|
[+] Show/hide bicluster #11 rows and columns.
bicluster 11
Phaeodactylum tricornutum
24x50
[+] Show/hide bicluster #11 rows (genes).
bicluster 11 genes
Phaeodactylum tricornutum
24
[+] Show/hide bicluster #11 rows (short gene names).
bicluster 11 short names
Phaeodactylum tricornutum
24
short_name
[+] Show/hide bicluster #11 rows (long gene names).
bicluster 11 long names
Phaeodactylum tricornutum
24
long_name
[+] Show/hide bicluster #11 rows (NCBI RefSeq gene IDs).
bicluster 11 NCBI RefSeq IDs
Phaeodactylum tricornutum
0
[+] Show/hide bicluster #11 gene upstream sequences.
bicluster 11 upstream sequences
Phaeodactylum tricornutum
24
upstream
[+] Show/hide bicluster #11 columns (arrays; conditions).
bicluster 11 arrays
Phaeodactylum tricornutum
50
[+] Show/hide bicluster #11 ratios.
bicluster 11 ratios
Phaeodactylum tricornutum
24x50
GENES GSE12015_Si_free_11v18_2 GSE12015_Si_free_23v20_2 GSE17237_highlight_24hr_3 GSE17237_highlight_3hr_1 GSE17237_highlight_3hr_2 GSE17237_highlight_48hr_1 GSE31131_Cadmium_0.12mg_2 GSE31131_Cadmium_0.12mg_3 GSE31131_Cadmium_1.2mg_2 GSE34988_Ammonia_1 GSE34988_Ammonia_2 GSE34988_Ammonia_3 GSE34988_Ammonia_4 GSE34988_Ammonia_5 GSE34988_Cadmium_2 GSE34988_Cadmium_3 GSE34988_Cadmium_4 GSE34988_Control_1 GSE34988_Control_2 GSE34988_Control_4 GSE34988_Control_5 GSE34988_Copper_3 GSE34988_Copper_4 GSE34988_Copper_5 GSE34988_Dispersant_4 GSE34988_Dispersed_oil_1 GSE34988_Dispersed_oil_3 GSE34988_Dispersed_oil_4 GSE34988_Dispersed_oil_5 GSE34988_Mixture_1 GSE34988_Mixture_2 GSE34988_Mixture_3 GSE34988_Mixture_4 GSE34988_Mixture_5 GSE34988_Oil_3 GSE34988_Salinity_15ppt_1 GSE34988_Salinity_15ppt_3 GSE34988_Salinity_15ppt_4 GSE34988_Silver_1 GSE34988_Silver_2 GSE34988_Silver_4 GSE34988_Silver_5 GSE34988_Simazine_2 GSE34988_Simazine_4 GSE42514_light_16hr_dark_7.5hr_1 GSE55959_BlueLight_24h_rep1 GSE55959_BlueLight_24h_rep2
14627 -0.0405038254983848 0.0844873610911325 1.08642116682162 -0.528373099568449 0.645736761631122 1.10822363838886 0 0.41016038824275 -0.251343635767949 0.256447909298803 0.322730536507806 0.343193714983784 0.499072122309398 0.284834473956455 -0.385717006474078 -0.639928159980069 -0.696394682295771 0.226171136888328 0.0474998712597186 0.0572469567992406 -0.102543237615038 -0.187478367801113 -0.253688134056393 -0.554610748843027 0.289755335215963 0.581636595602386 -0.252833447663015 -0.10799616603435 0.198611594928802 1.18567444618147 0.930194548618558 1.21843619509671 -0.198004769213368 1.21855194417329 -0.0817123011061432 -0.571240283383988 -0.424089523458506 0.00809591252796008 -0.0618662478235173 -0.191558912478049 -0.030260792653799 0.00215169079984437 -0.312687147622251 -0.546612983162143 -0.41943940546805 0.684655935829464 0.178546997194158
15138 -0.661225249782364 0.0550803596553679 -0.591430807586968 -0.153324102321205 0.197894911945046 -0.363502881003594 0.19989051983552 -0.143808581380915 0.252842908625599 1.43748165122608 1.34279224979881 0.286992839194644 -0.123062088409387 0.274101331839041 -0.133226161977938 -0.0984179956299583 -0.294426313558207 0.102982414946064 0.108718510721232 0.204696023214217 0.123028340065386 -0.0281084334098077 0.198788764688559 0.191925093637267 0.422686709661385 0.418316607487246 0.486793290582218 0.457327611771592 0.389815788145943 0.581982630661529 -0.498265817501286 0.4076068816913 0.709492515163053 0.269646730323805 0.459959970093812 0.0256687584626562 0.0293313777673364 -0.0549903283100537 -0.0606304724269152 0.332818993946027 0.304924642035614 0.0399393983341757 -0.0574990725790777 0.0543435256335936 -0.695660379062358 -0.48840482033653 -0.143420770458753
32286 -0.116799163411538 -0.141656829840187 -2.19890359523776 0.535925711161132 0.381521360075484 -1.66517284789108 -0.446270800801648 -0.290519992784448 -0.328609851839245 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.570665266253607 -0.255779116913964 -0.46242625929326
32365 0.159969649900722 -0.331909817821227 NA -0.432434963464623 0.0920043132711331 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.51135339990958 -0.786494416397513 -0.884035664561571
34307 0.144470619445963 -0.391839670476292 0.0124235726269868 -0.352459128226868 -0.177709697328408 0.598043506584566 -0.331821073976127 -0.243775395553375 -0.3725036678016 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.367858184456872 -0.176145669836229 -0.437321776635508
34708 0.12798600372484 0.0413735254174984 -1.85102468029982 -0.169319361577981 0 -1.82427420339309 -0.37331142698454 -0.483100278549618 -0.197623482508874 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.140067848373861 -0.13306091756494 -0.175959326691389
35605 -0.47051307469112 0.416189044512514 -1.7914044951769 -0.476876075666379 0.656120010827514 -1.59106627292611 0.501675265208958 0.143864392256533 0.432316561989603 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.783609790313371 -0.281462622873095 -0.244160420466115
36993 0.216169312713536 -0.0554723677882853 -0.169342512888013 -0.981876522643165 0.159874042237533 -0.800578550982266 -0.0018167378684369 0.441518571162679 0.50905607807937 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.06971530408468 -0.442435564255707 -0.538397458530814
40917 NA -1.50665177613288 NA -0.892816858635159 1.04704078638291 NA NA NA NA -0.983699960400428 -0.168803767753746 0.934732845383732 -0.136007946170851 -0.0184913649515059 -0.521129910470286 -0.269167009671134 -0.697587481249573 0.575545743173551 0.20866335965295 1.05357918618126 0.076158956799137 -0.374460937060946 -0.584556569804394 -1.5775003758963 -0.211616764075307 0.888229391276618 0.559337725405407 -1.38258370342751 0.455467131384776 1.17196579266467 0.618668872679088 -0.0727320573215102 0.598252195079871 -0.251887939325903 1.6642163000824 -0.328115930505941 0.446708538116492 -0.520226317102169 -0.366014625030248 0.0541859317417917 -0.211675613118004 -0.392829337504517 -0.434680183753921 -1.09201477565781 -0.0237077799644587 -0.0198563334665052 -0.417059513193734
42586 0.37889819266701 0.283422735242259 -1.36218637060069 -0.746635143181049 0.0699824673628171 -0.265378158224306 -0.0925543066370081 -0.121594205201682 0.123064735831928 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.336569137864546 -0.630876282367331 -0.524278022051977
43214 -0.0577413231141419 0.367645621631119 1.82317371060067 -1.36500628792216 0.499442302109753 1.7431210777274 0.166184705245632 0.224530391871487 0.208229828743599 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.403332313739961 -0.0126307037498169 -0.201268720458655
44258 -0.449771243561361 -0.305161132720611 -2.24540046160487 0.817923198587489 0.8588298814011 -2.11365986895267 0.0809494265767394 -0.52860173252389 0.278028775688162 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.24882847455022 -0.956131260000228 -1.30416112897267
44411 -0.234388086961933 0.0153941254525389 -1.26462105656509 1.30393247185191 0.604115917759409 -0.526126470997908 -0.372979003402401 0.0095739183452323 0.00124382234023437 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.055495056345791 0.111522594550631 -0.0881711027736567
44925 0.639364016330113 -0.229946660530145 -0.973707420735687 -1.51641263740315 -0.337751707893135 0 0.399625194645884 -0.318542148633851 0.395422264636334 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.380640013777879 0.750858049608073 1.14640802539989
45060 0.410247312086992 -0.316363391268724 -1.97695236784356 -0.480237608528883 -0.0461261833792567 -0.460479783978395 -0.164689994290036 -0.294113968657991 0.155065090108074 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.312940746554267 -0.577817405571352 -0.564675743981475
45656 0 0.0476654941888839 -2.10887993839948 -1.12155556485114 -0.0446323471488748 -1.6586879452303 0.129346706640552 -0.0967793805852085 -0.100571735754309 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.233086681632638 -0.628627522158389 -0.636490659315798
45662 -0.130143839061099 -0.635388074544838 -1.82290727044426 0.150243933339235 0.634024508600234 -1.67993768652275 0.221509619813586 0.165980479857908 0.933159900936379 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.576063048830376 -1.16205978793465 -1.16518951569738
45797 -0.127913986798465 0.331467187979721 -0.198253269990781 -0.0638981131505348 -0.0995278277605899 -0.799125922118004 -0.26888658480852 -0.559621596830976 -0.605013161405068 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.210538714885216 -0.560258667222343 -0.0873067528216093
47230 0 -0.122576958681158 -1.50022202127028 -1.03120584175388 0.646760266665777 -1.29911708988541 -0.281878274065658 0.0238931356157095 0.316743359469127 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.491120904227215 0.460796546053669 -0.540681238655866
48137 -1.76213244432912 -0.420208106932552 -2.25228280191865 0.237457452555566 1.19687663549335 -2.10363486612091 0.0223693926643316 -0.0361301693230202 -0.0658045711088584 1.10926242166669 1.16024585838881 1.25143502834739 -0.445372307663085 0.959651378463528 0.194168903488501 -1.07096355157002 -1.69350349805717 0.103172637069586 0.112521787444564 -0.0933179948031271 0.0613968554242409 0.355630846271601 0.556969077873511 0.703668074749874 0.369290967670106 0.145042270640488 0.842140318172035 0.800525150491021 0.0390145557185598 0.114425817735161 0.851952768154439 0.0130905592881452 1.29853329212612 1.22503667561334 1.29192944240542 -0.532970295559149 -0.491993377383639 0 -0.313155706516931 -0.285984157643531 -0.132884280398288 -0.342474775813154 0.0591782562400774 0.075612656745762 -0.0915408055725268 -0.751053772874808 -0.422583248241449
48316 0.315070914110991 0.0610421441936713 -0.733579388782314 -0.172341902999214 0.769245043711245 -0.706789123893341 0.428758558986296 0.277289019754442 0.580706844746072 0.495632015664253 0.890369861526476 0.529155215396511 0.32567309011734 0.486146346907445 -0.147747216584907 0.391797286984358 0.134071011076844 0.0218725610134925 -0.0305713268037952 0.441521874982379 -0.0744372805462926 -0.100221188968496 0 0.139238640180574 -0.183395171570777 0.182308905469261 -1.11226356215441 0.141774707094031 -0.129029692893787 0.33758287726277 0.244051555490722 0.253827891782339 0.685676019014798 0.946913343795387 0.0113689012722528 0.5687556235542 0.0786134627179794 0.373899631377809 -0.162474925334355 -0.160050513835614 -0.418753026214055 -0.307999143969985 -1.35501986402868 -0.821323278608979 -0.0209715574090932 -0.774176192901145 -0.0601266522522264
49733 -0.301790579983511 -0.114787914762513 -1.10460239949203 -1.70238427620013 0.256587242500209 -1.09914567275349 0.0431305955289508 0.0206527648433307 0.19159030139403 -0.276679953300509 -0.34716718233152 0.383058289438125 0 -0.146248473818929 0.376617156398126 0.429924312667714 0.24698877337728 -0.0106987920695815 0.0510877821604912 0.374456564011761 0.187393351851133 0.448461131137586 0.269347065781032 0.337406647174094 -0.707338022502649 -0.723637042412044 0.440457372935705 -0.575872390700883 -0.230501140042245 0.924937302557318 0.902055568180032 0.548583351031414 1.75220951198096 1.17407185153162 0.451996419281741 0.0990502058776826 0.204530220928958 -0.0699570240702329 0.195919631907241 0.0773394755704469 -0.149441596732455 0.296052701265433 1.28494964831614 1.53330794315917 0.0171075967267349 -0.187173943813861 -0.31755147581048
50621 NA NA -0.310472129117969 -1.73254068372171 -0.323899901525304 0.00251450364728126 -0.276223005543055 -0.209965795993044 0.203352889754419 0.516652919223359 -0.505207359950724 -0.319184016186912 0.298043715955331 0.277234494685683 0.305652303102463 -0.237463983456306 0.377254032616694 0.211911885980046 -0.0280023225061991 0.457069236696673 0.0414493641462538 -0.91398016346277 -0.544739099183168 -0.142157341446652 0.022199093105651 1.66856318966107 0.494824565089059 0.13396184357007 1.77668093122108 0.542968663076473 1.09128149960724 0.862352517076437 1.39976620974012 1.01631914045356 0.706877898883285 0.0298481378501483 0.0689825019543703 -0.429469556679714 0.292463380605539 0.164530519911326 -0.285086290797148 -0.505395418476484 0.212662381382368 -0.152823351791998 0.160490020533961 -0.266785211557664 -0.26060330315351
55150 0.113844180634895 -0.115339734447978 -1.67789748858889 0.7276895996974 0.435659949169224 -1.98801903423803 0.00984662288473995 -0.0723154860493608 0.0547134320510771 0.980953772433176 0.691046313018971 -0.145911049748545 0.0367048298095471 0.75711464699375 -0.439316362118965 -0.225584604420114 -0.143213366786616 -0.0661700513798113 -0.1079052668591 -0.51075609184722 -0.0291388195264431 -0.199583877535365 0.0382942949239619 -0.654472799749548 -0.406185821022921 -0.0512599366785781 0.129157341978104 0.0283485245671382 0.449110747735053 0.693812686230802 0.632781723815073 -0.0297754054435501 -0.00133192861697597 0.601007289265177 -0.699558450338709 0.461990039742626 0.395443600852642 0.222079830499211 0.197174388477307 -0.0435177794039695 -0.122938043648368 -0.335370151953728 -0.194539422700072 -0.180437872746729 -0.828085404334243 -0.786551513848335 -1.00124079477228
[+] Show/hide bicluster #11 motif PSSM #1. bicluster 11 motif PSSM #1 Phaeodactylum tricornutum 21x4
POSITION A C G T
1 0.142857 0.857143 0 0
2 0 0.142857 0.857143 0
3 0.142857 0.285714 0.285714 0.285714
4 1 0 0 0
5 0.285714 0.428571 0 0.285714
6 0.142857 0 0.857143 0
7 0.714286 0.285714 0 0
8 0 0 0 1
9 0 0 1 0
10 0.285714 0.714286 0 0
11 0 0.428571 0 0.571429
12 0 0 1 0
13 0.142857 0.142857 0.142857 0.571429
14 0.285714 0 0.285714 0.428571
15 0 0.142857 0.857143 0
16 0.285714 0.142857 0.285714 0.285714
17 0 0 0 1
18 0 0.428571 0.571429 0
19 0 0.428571 0.428571 0.142857
20 0.142857 0 0 0.857143
21 0 0 0.714286 0.285714 [+] Show/hide bicluster #11 motif PSSM #2. bicluster 11 motif PSSM #2 Phaeodactylum tricornutum 21x4
POSITION A C G T
1 0.142857 0 0.095238 0.761905
2 0.142857 0.095238 0 0.761905
3 0.047619 0.761905 0.142857 0.047619
4 0.52381 0.142857 0.333333 0
5 0.380952 0.52381 0 0.095238
6 0.857143 0 0.047619 0.095238
7 0.47619 0.190476 0.047619 0.285714
8 0 0.285714 0.52381 0.190476
9 0.238095 0 0 0.761905
10 0.190476 0.380952 0.142857 0.285714
11 0.047619 0.190476 0.095238 0.666667
12 0.142857 0.238095 0.095238 0.52381
13 0 0 0.428571 0.571429
14 0.238095 0.333333 0.095238 0.333333
15 0.047619 0.333333 0.238095 0.380952
16 0 0.190476 0.047619 0.761905
17 0.095238 0.142857 0 0.761905
18 0 0.047619 0.333333 0.619048
19 0 0 0.333333 0.666667
20 0.047619 0.809524 0 0.142857
21 0.666667 0.285714 0.047619 0 |