|
[+] Show/hide bicluster #14 rows and columns.
bicluster 14
Phaeodactylum tricornutum
28x47
[+] Show/hide bicluster #14 rows (genes).
bicluster 14 genes
Phaeodactylum tricornutum
28
[+] Show/hide bicluster #14 rows (short gene names).
bicluster 14 short names
Phaeodactylum tricornutum
28
short_name
[+] Show/hide bicluster #14 rows (long gene names).
bicluster 14 long names
Phaeodactylum tricornutum
28
long_name
[+] Show/hide bicluster #14 rows (NCBI RefSeq gene IDs).
bicluster 14 NCBI RefSeq IDs
Phaeodactylum tricornutum
0
[+] Show/hide bicluster #14 gene upstream sequences.
bicluster 14 upstream sequences
Phaeodactylum tricornutum
25
upstream
[+] Show/hide bicluster #14 columns (arrays; conditions).
bicluster 14 arrays
Phaeodactylum tricornutum
47
[+] Show/hide bicluster #14 ratios.
bicluster 14 ratios
Phaeodactylum tricornutum
28x47
GENES GSE17237_highlight_3hr_3 GSE34988_Ammonia_1 GSE34988_Ammonia_2 GSE34988_Ammonia_4 GSE34988_Ammonia_5 GSE34988_Cadmium_1 GSE34988_Cadmium_2 GSE34988_Cadmium_3 GSE34988_Cadmium_4 GSE34988_Cadmium_5 GSE34988_Control_4 GSE34988_Control_6 GSE34988_Copper_1 GSE34988_Copper_3 GSE34988_Copper_4 GSE34988_Dispersant_1 GSE34988_Dispersant_2 GSE34988_Dispersant_3 GSE34988_Dispersant_4 GSE34988_Dispersed_oil_1 GSE34988_Dispersed_oil_2 GSE34988_Dispersed_oil_3 GSE34988_Dispersed_oil_4 GSE34988_Dispersed_oil_5 GSE34988_Mixture_3 GSE34988_Mixture_4 GSE34988_Mixture_5 GSE34988_Oil_2 GSE34988_Oil_3 GSE34988_Oil_5 GSE34988_Salinity_15ppt_1 GSE34988_Salinity_15ppt_2 GSE34988_Salinity_15ppt_3 GSE34988_Salinity_15ppt_4 GSE34988_Salinity_15ppt_5 GSE34988_Silver_1 GSE34988_Silver_3 GSE34988_Simazine_1 GSE34988_Simazine_3 GSE34988_Simazine_4 GSE34988_Simazine_5 GSE42039_light_24h_3 GSE55959_BlueLight_6h_rep1 GSE55959_BlueLight_6h_rep3 GSE55959_GreenLight_6h_rep3 GSE55959_RedLight_6h_rep2
10988 0.944460868749154 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.523633702425329 -0.197322650722726 0.123894783761061 -0.174300868715977 0.519749521295931
12043 1.00281347289487 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.23092396103532 -0.0722832325043818 -0.281836603859057 -1.01778057751606 -0.548458590967594
12577 0.825851870046493 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.125972841765334 -0.739715842334218 -0.370052317810142 -0.36284939619309 0.522553396658122
15060 1.34128202345494 -1.28042883066281 -1.12730435520664 -3.34765259282474 -2.70547420341536 -1.33027463962296 -0.0317118487889987 -0.477647749310016 0.334743987824488 -0.890808423091068 0.0877214288782202 0.220598308281375 0.556021901448195 1.27390949984194 1.53991939471103 -0.251660543872964 -0.536935553887085 -0.0369020221539246 -0.207513268440932 -0.643510796003528 0.178296484863965 -0.426001787820069 0 -0.49881554678996 -1.62721662910208 -1.37710394867575 -1.88830554820462 -0.860880481140856 -1.3699294616277 -0.608797523308442 0.826887893292225 1.37668831891686 0.374467675963266 1.04521454060611 1.54911475474527 -1.67659976078216 0.309857682936786 0.768685235892079 0.143266551159648 0.75059061628629 -0.0481089496425327 0.521351867899808 -0.602801676401001 -0.86236259234315 -0.536267864262308 -1.05627871995341
20547 -0.143524495189907 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.276935889429063 -0.813182109904144 -0.668947116598678 -0.173257158329616 -0.718095198936279
31906 1.12093402305999 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.235577347351665 -0.745313384370832 -0.343214530234819 0 0.270037344760564
31997 1.39411479494802 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.39010095660979 -0.642547476571216 -0.750019646705482 -0.00804589197578064 0.0120267812924492
32775 1.23431467933972 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.784682200451116 -0.027422046829377 -0.580529711203971 -0.248652604726725 0.528813313456779
33783 0.481245800706371 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.820077696270193 -0.76465510742895 -0.545261295514184 0.168597911761339 -0.00644316903566751
35332 0.179566021444596 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.257181888916867 -0.684796595591868 -0.51004253498057 -0.391762337435807 -0.39948943409164
35579 1.21702926879994 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.555337416408724 0.233019191122137 0.561982582714765 -0.136107777884885 0.338175636973
36289 0.595381299741549 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.0987496789933 -0.349269819932803 -0.308052755940131 -0.866021459887146 -0.0832417235103183
42262 1.49717169874124 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.117512071825515 -1.05300174685532 0.234614984405272 -0.31939686573267 0.440181882192779
42712 1.51161541198258 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.114533858732706 -0.168683159367195 -0.382842440019608 -0.283337536961645 -0.20920408095319
42807 1.75202926672155 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.388331684123618 -0.108923073800133 -0.318545142662879 -0.594031771705462 -2.20786149315177
43024 0.661014243027664 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.927578594207093 -0.655079879683642 -0.718509999434454 -0.391787196939194 -0.115663246229283
43588 1.55682292727181 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.370191416337742 -0.317147405374472 -0.142294128153498 -0.19486385850714 0.260932796448012
44297 0.781889872921298 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.465043018258554 -0.546035045375224 -0.450926301786479 0.159830172409674 -0.570591260084096
44551 0.799427805696477 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.378347316607012 -0.232208313148609 -0.18055727117946 -0.0284002698760683 0.017238152594696
45080 0.450831793000281 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.0614393185885592 -0.157723367024265 -0.555660909227981 -0.363969877054087 0.0107233182706982
45834 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.425092553491651 0.0892804529810447 -0.0444191896954556 -0.372953348938089 -0.156547082497811
45921 1.22592193902139 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.759205271806046 -0.146579352382169 -0.744183616320365 0 -0.366021920184163
46825 1.88722316112553 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.82256668712984 0.0117655474709246 -0.115848721238129 -0.604906602289114 -1.05660060961772
46898 1.36006937981235 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.546894244506329 -0.115848511396264 -0.667318168470449 -0.207980660254213 -0.111612708569181
51761 1.43245970030126 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.84780038379353 -0.632268011190363 -0.043692402753047 -0.830536344518627 0.468416976779774
54503-54751_ATP 0.435208602772339 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.546900769669323 -0.0521455468179984 0.14720799553538 -0.98600776459125 -0.097808397917704
9323 0.967802818251937 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.437457236589466 -0.0456300950383385 0.14734878526235 -0.890901257661772 -0.173251011970491
rpl2 1.25582702412209 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.441890553308306 -0.237745603144841 -0.521336394862059 -0.820137130998874 -0.533867830073329
[+] Show/hide bicluster #14 motif PSSM #1. bicluster 14 motif PSSM #1 Phaeodactylum tricornutum 15x4
POSITION A C G T
1 0.2 0.8 0 0
2 0.2 0 0.7 0.1
3 0.7 0.1 0 0.2
4 0 1 0 0
5 0 0.3 0.5 0.2
6 1 0 0 0
7 0 0.5 0.1 0.4
8 0 0 1 0
9 1 0 0 0
10 0.1 0.6 0 0.3
11 0.5 0.4 0 0.1
12 0.9 0 0.1 0
13 0.9 0 0.1 0
14 0.5 0 0.5 0
15 0.8 0.2 0 0 [+] Show/hide bicluster #14 motif PSSM #2. bicluster 14 motif PSSM #2 Phaeodactylum tricornutum 14x4
POSITION A C G T
1 0 0 1 0
2 0 0 1 0
3 0 0 0 1
4 0 0 1 0
5 0 1 0 0
6 0 1 0 0
7 0 1 0 0
8 0 1 0 0
9 0 1 0 0
10 0 0.5 0.5 0
11 0 1 0 0
12 0 0 1 0
13 0 0 0 1
14 0 1 0 0 |