|
[+] Show/hide bicluster #106 rows and columns.
bicluster 106
Phaeodactylum tricornutum
17x71
[+] Show/hide bicluster #106 rows (genes).
bicluster 106 genes
Phaeodactylum tricornutum
17
[+] Show/hide bicluster #106 rows (short gene names).
bicluster 106 short names
Phaeodactylum tricornutum
17
short_name
[+] Show/hide bicluster #106 rows (long gene names).
bicluster 106 long names
Phaeodactylum tricornutum
17
long_name
[+] Show/hide bicluster #106 rows (NCBI RefSeq gene IDs).
bicluster 106 NCBI RefSeq IDs
Phaeodactylum tricornutum
0
[+] Show/hide bicluster #106 gene upstream sequences.
bicluster 106 upstream sequences
Phaeodactylum tricornutum
16
upstream
[+] Show/hide bicluster #106 columns (arrays; conditions).
bicluster 106 arrays
Phaeodactylum tricornutum
71
[+] Show/hide bicluster #106 ratios.
bicluster 106 ratios
Phaeodactylum tricornutum
17x71
GENES GSE12015_Si_free_23v20_1 GSE17237_highlight_12hr_3 GSE17237_highlight_30min_3 GSE17237_highlight_3hr_1 GSE17237_highlight_6hr_1 GSE17237_highlight_6hr_2 GSE34988_Ammonia_1 GSE34988_Ammonia_3 GSE34988_Ammonia_4 GSE34988_Ammonia_5 GSE34988_Cadmium_1 GSE34988_Cadmium_2 GSE34988_Cadmium_3 GSE34988_Cadmium_4 GSE34988_Cadmium_5 GSE34988_Control_1 GSE34988_Control_2 GSE34988_Control_4 GSE34988_Control_5 GSE34988_Control_6 GSE34988_Copper_2 GSE34988_Copper_3 GSE34988_Copper_4 GSE34988_Copper_5 GSE34988_Dispersant_1 GSE34988_Dispersant_2 GSE34988_Dispersant_4 GSE34988_Dispersant_5 GSE34988_Dispersed_oil_2 GSE34988_Dispersed_oil_3 GSE34988_Dispersed_oil_4 GSE34988_Dispersed_oil_5 GSE34988_Mixture_1 GSE34988_Mixture_3 GSE34988_Mixture_4 GSE34988_Mixture_5 GSE34988_Oil_1 GSE34988_Oil_2 GSE34988_Oil_3 GSE34988_Oil_4 GSE34988_Oil_5 GSE34988_Salinity_15ppt_1 GSE34988_Salinity_15ppt_2 GSE34988_Salinity_15ppt_3 GSE34988_Salinity_15ppt_5 GSE34988_Silver_1 GSE34988_Silver_2 GSE34988_Silver_3 GSE34988_Silver_4 GSE34988_Silver_5 GSE34988_Simazine_1 GSE34988_Simazine_2 GSE34988_Simazine_3 GSE34988_Simazine_4 GSE34988_Simazine_5 GSE42039_light_24h_1 GSE42039_light_24h_2 GSE42039_light_6h_3 GSE42514_light_16hr_dark_4hr_2 GSE42514_light_16hr_dark_7.5hr_1 GSE55959_BlueLight_24h_rep2 GSE55959_BlueLight_24h_rep3 GSE55959_BlueLight_6h_rep2 GSE55959_GreenLight_24h_rep1 GSE55959_GreenLight_24h_rep3 GSE55959_GreenLight_6h_rep1 GSE55959_GreenLight_6h_rep2 GSE55959_GreenLight_6h_rep3 GSE55959_RedLight_24h_rep3 GSE55959_RedLight_6h_rep3
12436 -0.562500607444354 1.33779536824011 -0.46263028860926 -0.475352836598026 0.845486613129847 -0.36897819924751 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.324529209134987 0.157768184628002 -0.0152885355571547 0.845105535791098 -0.834394700095762 -0.750248874770348 -0.91356831207573 -0.330263823228739 -0.85821335219475 -0.91356831207573 0.869538782442078 1.05837984504623 0.4838282087946 0.212412325276106 1.11135999337101
16711 -0.137291815521416 0.809686853489714 -1.08367053046065 -1.05104977185404 NA NA 0.986388063743231 -0.603770502990051 0.513164383319732 1.40196913360874 1.62281208794811 1.59489189973267 1.35992002700023 1.81472065264215 1.94074212163676 0.84077446667206 -0.506495679873537 -1.06920587265307 -0.036013259366616 0.102867541490417 0.148498569242001 -0.210173145560715 -1.59743609101445 -2.01344508160983 0.800128554970772 0.429744955349182 0.843901483104445 -2.50322163440104 1.04861334674107 0.764918645733437 -1.54065978623142 0.633602372768069 -0.397380118546411 0.127843462074253 1.29776464562798 0.972310155398697 1.70194784384535 0.0401965205220038 0.373722262642553 0.64273311564546 2.72493664756336 -0.614061291946496 1.00588405964408 -0.636649799944388 -1.770653993506 2.30182238694214 -1.86075983984569 -1.29222823689691 -0.935337618304595 -1.32291269256996 -0.0423369985230859 -0.891418343234642 -0.0134954901395259 -0.996147609646839 2.36236235709477 0.464805221338048 0.566828902003238 -0.0499942306492997 -0.31184345704574 0.0732003202092391 -0.114272540709315 -0.102431866836342 0.380684992327316 0.0372313954164061 0.0645811198885217 0.290468793887353 0.773823689633972 -0.291038550536012 -0.076042299079275 -0.327013506932822
17914 -0.526696321344925 0.308488482572108 0 -0.763704481456003 0.0142601292198607 -0.559077642747261 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.406257288042145 -0.375846147224949 0.730947169808433 0.613546762344835 -0.84626351548712 -0.956912458340474 -0.896360649219654 0.169036027083876 -0.781323439004215 -0.77634890820346 0.263628583333407 0.39972674640388 0.721304788913707 -0.407591838611009 0.41052583279944
19604 -0.256318900113875 0.853573252315141 0.129375150742156 -0.250765465855327 0.650697878822286 -0.280055810769236 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.811605110076457 0.770832502189187 -0.172771787502268 -0.0487496713558264 -0.248634503206164 -0.644445243666934 -0.622025389992259 0.106885423623387 -0.724023490390549 -0.659008002373965 0.361038809478425 0.861833683700659 0.256044075476794 -0.563593982123194 0.690977813935613
34636 -0.214897064464195 0.278381628315412 -0.0506195381062639 -0.689158237629608 0.0862181495363421 0.130521855492971 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.348982420431074 0.311482825125278 0.226269516970033 0.0741798890840133 -0.459778892757563 -0.524614340405852 -0.610381979409545 0.358746321536317 -0.571524010531592 -0.433668713633221 -0.0462753196315329 0.00687101619938048 0.0408583747840623 -0.00687101619938044 1.28379458071498
36163 -0.458537282639503 0.793819912230072 0.56136435102901 0.309173359628107 1.23613143918492 -1.28480720155529 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.467129791534912 0.300202388286363 0.100505143243059 0.908381151800549 -0.975311784875209 -0.571084513901908 -0.643933894889009 0.413795517579175 -0.341592133686476 -0.378432019622086 0.425252036963581 -0.0296093563092149 0.16989364913744 -0.218483390136205 0.57560399573116
37176 -0.669791131298539 1.52614497725526 -0.487407916710413 -0.612580922271006 1.05950684263338 -0.195545641696164 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.221834870884893 0.441116486460623 0.538157475232933 0.257578265117731 0.103977858452321 0.0368386341272103 -0.201494675482083 0.197462342396326 0.264460847867546 0.178574103716625 -0.552306777126174 -0.820179698048335 0.0546912050773968 0.708849976264364 0.381650213906017
37371 -0.791362614634362 0.0246535990319931 0 -0.566076507749847 -0.10562620164531 -0.788766303775297 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.126698218794452 -0.148040947924754 0.622131108291621 0.824364268799498 -1.74861148116608 -0.892054088805045 -0.907559944940471 0.23407386931862 -0.818367567331498 -0.771073005609644 0.392247332415408 0.0667534604910272 0.0646417760194592 -1.19904226369653 0.284873794866552
42546 -0.839196284232501 -0.0574168051243037 -0.275323795572181 -0.118039097017917 0.801759521780049 -0.192735386650435 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.788088473722235 0.684090081342752 0.952982458144262 -0.0299645276774189 -0.504509352769667 -0.317028227626271 -0.418877262215055 0.648310418721949 -0.36768274733123 -0.383935181654961 0.864772328526123 0.563241754931087 0.913883108039449 -0.390314513699641 1.1659595551624
42874 -0.474341681543859 0.392331603631053 0.392396607215111 -0.534298820693156 0.27304569331169 -0.721582813509836 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -0.277034773154737 -0.108387179514519 0.462935098767573 0.653361313603717 -0.93023570186458 -0.563410332816868 -0.527451127274186 -0.168697864208429 -0.396317730236549 -0.244188745745153 0 -0.00162432418465872 0.205104087624801 -0.258728439486196 0.342348727188534
43240 -0.410425502516094 0.184862299392587 0.393819712656428 -0.317127251247281 0.192012144834424 -0.176744226924986 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.127186645140623 0.11904143836098 -0.541286210124557 0.813711055654201 -0.782470212731702 -0.332328353571851 -0.403861668355203 0.21248888531833 -0.406903281437002 -0.439871088560012 0.0739684839207643 0 0.0846859603911693 -0.0163929060191885 0.368029654733588
43529 -0.0858098657057991 0.0489934451616275 -0.51777144326591 -0.0888198829174421 0.364370237082677 0.0873040074754912 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.031047441423505 0.227445917058204 -0.249240582000987 0.990346455521872 -0.467829476788216 -0.0747926050911935 -0.132715948777675 -0.475839843565511 -0.265217337227757 -0.21603651155617 0.736398720599489 0.708749888168698 0.286546477162483 -0.255216824291347 0.0754611573410321
44510 -0.00467628482399626 0.544181564780653 0.0324043540180856 -0.282098798517748 0.696066912562017 -0.92017402973169 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.361439640891995 0.444879081473079 0.303137993549806 -0.0334405596367628 -0.0290803228491127 0.165064847246226 0.098530081497922 -0.0928051468192948 -0.0371847233920801 -0.0547508694345767 -0.0871389074398733 -0.164332228613814 -0.0496898752263596 -0.169338961597277 0.141344227594681
45814 0.0762809930634328 0.916852238769023 0.114510308915619 -0.60022616451446 0.325965055721455 -0.51763807449642 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.635147281537925 0.705167228152378 0.315809838401666 0.604646737284465 -0.233864323131042 -0.632228270834341 -0.661977413866318 -0.137282032291336 -0.524652955992452 -0.573325646458323 0.544018542785712 0.583314157354543 0.406757995146604 -0.245518068068363 1.13012704660854
50507 0.269854182877825 1.13498087753734 -0.509036150410314 -0.463269849080989 0.793863408427787 -0.431932074091784 1.36924099116647 -0.306125005273491 1.3729801254142 2.03451968819193 2.42178389655694 1.40401265054856 0.905851744719063 1.14158944109453 1.90797844658103 1.39872697754169 -0.241209847093462 0.267054697836393 0.126752889577653 0.831663666716591 0.203912671221527 -0.638644956419809 -1.6231375546751 -1.84753502230037 0.276308255923742 0.58918056368746 0.736452757927966 -2.13747438343698 0.87350740152664 1.3422131182408 -2.19914695520055 1.78193859323518 -0.00839571221182353 0.469286250105098 2.32567071074444 0.859880087986895 1.73425729529417 0.610603577335843 1.80773165133673 0.624117269760143 2.39057082324283 -1.1793304847435 1.72926196763983 -1.26309560298872 -2.24195030600621 2.28793930762607 -1.22374053686641 -1.12020666355189 -1.04324915153433 -1.47936820084027 -0.185074771903827 -0.663464966322027 -0.242314010542641 -0.90779263765143 2.15837811938382 -0.199412737637673 -0.118873712625679 0.934078942598983 0.202593344570318 0.81815100224035 -0.18814767511386 -0.128091085369534 -0.278660557096589 -0.1005261040944 -0.0997240268088462 -0.494016691113359 -0.390278058440057 0.119560008588224 -0.376309936073661 -0.612666178612399
52260 0 0.441057520380476 -0.674614591288762 0.100117697394125 0.577575719413962 -0.758516182156742 1.99767371048753 -0.500675324674654 0.513927178260016 1.75384400492519 2.26425853643645 1.35185064043467 0.790310037300727 1.41755262213543 3.03892842994892 0.725550089917686 -0.363168821543168 -0.361191412387887 -0.246161202884592 0.421655899231365 0.428917873983488 -0.0857860015705607 -0.576555259677247 -1.37404695675524 0.46491967490903 0.977342215760219 0.626643257096832 -1.55800880163385 0.790075909380387 1.16738502757051 -1.52488732108189 1.89948229803565 1.25062045042745 0.770240524529311 1.88618124076944 2.08839310214763 1.18422973224975 0.0874333411593363 1.7195084736636 0.849875653123813 2.30931621309051 -0.783170627019188 1.11736806329104 -0.964682505617749 -1.61207049964713 1.55568198837456 -1.32429741552109 -1.16299630173933 -0.898780593860268 -1.33662879873664 -0.146703699495825 -0.436354586189126 0.0742333242425088 -0.586958472819876 1.82119945864219 0.631288161134768 0.513859001309235 1.62312900642883 -0.73118422728053 0.284955818651177 -0.1796774905413 -0.172804961309982 1.13193578661709 -0.275766689589127 -0.210841340593632 0.94172588667827 0.851949798028726 1.07856407527706 -0.396973035630299 1.33964876918446
768 -0.285600187769644 0.224657072546318 -0.396207382248149 -0.634434056758224 0.286812840355555 -0.630149741503012 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.535457067637938 0.523021165685552 0.491648888080965 0.00178181631418088 0.220748376514663 -0.10475750964933 -0.040196680126605 -0.229336540662406 -0.17148617238185 -0.0468740270864598 0.0620917122028868 0.21974564279258 0.190816466337776 0.00545518890596612 0.529524046110196
[+] Show/hide bicluster #106 motif PSSM #1. bicluster 106 motif PSSM #1 Phaeodactylum tricornutum 24x4
POSITION A C G T
1 0 0 0.444444 0.555556
2 0.333333 0.333333 0.111111 0.222222
3 0 0.111111 0.777778 0.111111
4 0.444444 0 0 0.555556
5 0.222222 0 0.333333 0.444444
6 0.111111 0.222222 0.111111 0.555556
7 0 0.555556 0.222222 0.222222
8 0.222222 0 0 0.777778
9 0.222222 0 0.777778 0
10 0.444444 0 0.111111 0.444444
11 0.666667 0 0 0.333333
12 0.555556 0 0 0.444444
13 0 0.222222 0.666667 0.111111
14 0 0 0 1
15 0 0.111111 0.333333 0.555556
16 1 0 0 0
17 0 1 0 0
18 0.555556 0.111111 0 0.333333
19 0.111111 0 0.888889 0
20 0.111111 0 0 0.888889
21 0 0 0.333333 0.666667
22 1 0 0 0
23 0.333333 0.111111 0.555556 0
24 0.111111 0.222222 0 0.666667 [+] Show/hide bicluster #106 motif PSSM #2. bicluster 106 motif PSSM #2 Phaeodactylum tricornutum 13x4
POSITION A C G T
1 0 0.4 0.6 0
2 0 0 1 0
3 1 0 0 0
4 0 0.2 0.8 0
5 0.2 0 0.8 0
6 0 0 0.2 0.8
7 0 0 0 1
8 0 0.8 0.2 0
9 0 0.2 0.8 0
10 0 1 0 0
11 1 0 0 0
12 0 0.2 0 0.8
13 0 0 1 0 |