|
[+] Show/hide bicluster #155 rows and columns.
bicluster 155
Phaeodactylum tricornutum
15x77
[+] Show/hide bicluster #155 rows (genes).
bicluster 155 genes
Phaeodactylum tricornutum
15
[+] Show/hide bicluster #155 rows (short gene names).
bicluster 155 short names
Phaeodactylum tricornutum
15
short_name
[+] Show/hide bicluster #155 rows (long gene names).
bicluster 155 long names
Phaeodactylum tricornutum
15
long_name
[+] Show/hide bicluster #155 rows (NCBI RefSeq gene IDs).
bicluster 155 NCBI RefSeq IDs
Phaeodactylum tricornutum
0
[+] Show/hide bicluster #155 gene upstream sequences.
bicluster 155 upstream sequences
Phaeodactylum tricornutum
15
upstream
[+] Show/hide bicluster #155 columns (arrays; conditions).
bicluster 155 arrays
Phaeodactylum tricornutum
77
[+] Show/hide bicluster #155 ratios.
bicluster 155 ratios
Phaeodactylum tricornutum
15x77
GENES GSE12015_Si_free_22v19_1 GSE12015_Si_free_22v19_2 GSE17237_highlight_30min_1 GSE17237_highlight_3hr_2 GSE17237_highlight_3hr_3 GSE17237_highlight_6hr_1 GSE17237_highlight_6hr_3 GSE34988_Ammonia_2 GSE34988_Ammonia_3 GSE34988_Ammonia_4 GSE34988_Ammonia_5 GSE34988_Cadmium_1 GSE34988_Cadmium_2 GSE34988_Cadmium_3 GSE34988_Cadmium_4 GSE34988_Cadmium_5 GSE34988_Control_1 GSE34988_Control_2 GSE34988_Control_3 GSE34988_Control_4 GSE34988_Control_5 GSE34988_Control_6 GSE34988_Copper_1 GSE34988_Copper_2 GSE34988_Copper_4 GSE34988_Copper_5 GSE34988_Dispersant_1 GSE34988_Dispersant_2 GSE34988_Dispersant_3 GSE34988_Dispersant_4 GSE34988_Dispersant_5 GSE34988_Dispersed_oil_1 GSE34988_Dispersed_oil_2 GSE34988_Dispersed_oil_3 GSE34988_Dispersed_oil_4 GSE34988_Dispersed_oil_5 GSE34988_Mixture_1 GSE34988_Mixture_2 GSE34988_Mixture_3 GSE34988_Mixture_4 GSE34988_Mixture_5 GSE34988_Oil_1 GSE34988_Oil_2 GSE34988_Oil_3 GSE34988_Oil_4 GSE34988_Oil_5 GSE34988_Salinity_15ppt_2 GSE34988_Salinity_15ppt_4 GSE34988_Silver_1 GSE34988_Silver_2 GSE34988_Silver_5 GSE34988_Simazine_3 GSE34988_Simazine_4 GSE42039_light_0.5h_1 GSE42039_light_24h_1 GSE42039_light_24h_2 GSE42039_light_6h_1 GSE42039_light_6h_2 GSE42039_light_6h_3 GSE42514_light_15.5hr_1 GSE42514_light_15.5hr_2 GSE42514_light_16hr_dark_30min_1 GSE42514_light_16hr_dark_30min_2 GSE55959_BlueLight_0.5h_rep1 GSE55959_BlueLight_0.5h_rep2 GSE55959_BlueLight_0.5h_rep3 GSE55959_BlueLight_6h_rep2 GSE55959_BlueLight_6h_rep3 GSE55959_GreenLight_24h_rep3 GSE55959_GreenLight_6h_rep1 GSE55959_GreenLight_6h_rep2 GSE55959_GreenLight_6h_rep3 GSE55959_RedLight_0.5h_rep1 GSE55959_RedLight_0.5h_rep2 GSE55959_RedLight_0.5h_rep3 GSE55959_RedLight_6h_rep1 GSE55959_RedLight_6h_rep3
15688 -0.337453791966227 -0.167366078295619 0.574671010850546 -0.236532901243286 0.108768053931043 0.372793249311387 0.458968843626115 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -1.9667252426421 0.164046931280882 0.0470924298746799 0.615649072715386 0.644258196364969 0.618291562243287 0.542112364306156 0.702758966527716 0.475812903040695 0.889015866817242 -2.4174866875769 -2.39771552304778 -2.55639965847655 0.459250823846302 0.00695410816024386 -0.648291125886278 0.784310214770119 0.481654459251589 -0.0410052234488803 -0.996544559582012 -1.49526228752922 -1.50967569024196 0.424912150499868 0.18736861326476
30502 -0.122017349604944 -0.797567057301793 0.860557372690713 0.425532947052527 1.30385111847348 1.23737111001239 0.656210982642063 -2.39793373977064 -1.3449683158593 -1.8068695605835 -3.28737964487309 -1.43002475783731 -0.798651957587624 -1.05756698475493 -1.14218894471948 -1.63359806260732 0.162016977653003 0.47549344067771 -0.138263873324662 0.660175249353993 0.107858293683092 0.346795018138596 -0.186807731323173 -0.384404679587125 -0.167004203675889 -0.00435682447065311 -0.57395288208259 -0.728639761049038 -0.452135194660416 -0.151282436120866 0.0413184620902253 -2.3595909190473 -0.996738043288107 -1.33309903570158 -0.290702937069556 -1.25502474019298 -2.5220500713661 -1.9074789319998 -1.59945745692705 -2.14238028739699 -1.62084467032996 -1.04797378442406 -0.867640750560267 -1.56060831909432 -1.12979492516253 -1.24578164226537 -0.490164146113724 -0.464529352285918 -0.831660322233724 -0.0536961743016049 0.175103290688359 -0.416000425415253 -0.282905870549833 -1.30231616828512 0.278135642429521 0.460543026269457 0.729001213699762 0.222530765399849 0.827966856801543 1.70542533057109 0.833706835914851 0.887775327396007 0.685015250750479 -1.43675490504485 -1.73052221977018 -1.88917805766726 0.162801190970787 0.0290692581714404 -0.0187797715459222 0.443014911209583 0.24649459719851 0.539432497946417 -0.901226063954834 -0.724477767255737 -1.08433275101546 0.0569497202161134 0.382199413299904
31748 -0.175242611918803 -0.130194442627572 0.25500195095455 0.30361390026425 0.503178672070088 0.175345456513046 0.230309750431083 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -2.78530150355787 0.199166869865001 0.166945594903258 0.356643605002516 0.283544674067364 0.220412695018939 0.170130345480779 0.214425247314326 0.120840919061175 0.132790490427562 -2.17745286288869 -1.93784742304382 -2.46122883357139 0.082885337356536 0.181296282556421 -0.26475059431389 0.221175986255973 0.27499174700909 0.219019304505632 -1.40368488813628 -1.35016502702893 -1.90019920486455 0.223730999890297 0.149351053374303
35954 -0.988252165528525 -0.215341029352595 0.34296284141524 0.601186766816445 0.557007488892701 0.176256296134658 0.37803203669294 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -2.76964975309352 -0.0884661145017723 0.150019976807187 0.401980940244424 0.432699125079657 0.325954710226908 0.356966793136305 0.52003661837238 0.453111632712744 0.515481744945061 -2.42283338150907 -2.19428193551563 -2.43899827801124 -0.0066673079449585 -0.025618895113922 -0.182828240443108 0.190640361689379 0.317324315751405 0.176003495038174 -1.13272711634758 -1.45307992161844 -1.65721510988631 0.433006042273594 0.240712196942849
42702 -0.376414571055599 0.0928515093820869 0.640193715850436 -0.161091723556733 -0.2212917226503 0.500209017301717 -0.0477035024565229 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -1.90662300237079 0.155763612877897 0.0772677023584675 0.616054327721604 0.450418633795308 0.452303492506027 0.356451617169361 -0.136424746839799 0.541717811808265 0.182011228468128 -1.37111155748314 -1.80823456426164 -1.6199037793033 0.0510737599897635 0.209808715659835 -0.141300475962797 -0.0253067005517316 -0.0437122873805761 0.111490746459782 -1.53868639530904 -1.48060612653538 -1.53172270860235 -0.282164080677933 0.0113887089350222
42932 -0.397640615119449 -0.188266165588205 0.27164245386689 0.263289070702216 0.32132450510679 0.280676708895352 0.257495308443384 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -2.9881171429565 0.28648981091871 0.310652355926832 0.252062080504568 0.116069741293852 0.321127868024039 0.497196314358461 0.307571960244249 0.458631979289073 0.26729335212044 -2.59608299855832 -2.27074399255395 -2.72037266243039 0.194561354148284 0.110730873430922 -0.0744629142341299 0.195075560519178 0.138624215388568 0.249704102665033 -1.055878714518 -1.14793121151369 -1.763526267784 -0.0706764802144733 0.193918190137259
43308 -0.288463130339803 -0.125037307573721 0.488810289103075 0.276733540953146 0.479340602330264 0.325704628036564 0.20327520370915 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -2.63976222379851 0.019120985806378 -0.0990384358238203 0.23147840248591 0.440253734308233 0.309335313469219 0.395049872712739 0.0318561509913728 0.445620058694912 0.395049872712739 -2.36266223092425 -2.31499203484328 -2.2101783769276 -0.206202424936655 -0.17247280570747 -0.203321475963738 0.110564647225109 0.042128827101366 0.142703925027695 -1.49459917510492 -1.72493404634028 -1.89949658953562 0.115468071369644 0
43350 -0.221426146289255 -0.243456851322324 0.201762943833291 0.307829613572212 0.54800580555809 0.549765601247568 0.137409338718215 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -2.17840376866266 0.0328867100217779 -0.0513678350682004 0.0953661639431831 0.0318363306468731 0.44158920288246 0.132811581660448 -0.0132757391070963 0.511251350422477 0.447075477822594 -2.18282018561132 -1.91156082940922 -2.2057240459227 0.302336658900336 -0.0992722098813536 -0.0431425428343097 0.39353833332557 0.0827518909742353 0.200077491183657 -0.939644878810046 -0.99232185227157 -1.07445952487773 -0.217256503249899 -0.0439192666447166
4413 -0.0899807191406794 -0.23210942267335 0.597263123325921 0.570348340761044 0.623935793903708 0.84558483452961 0.384222508907676 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -2.81440586879654 0.0652248918516656 0.0805564272494553 0.383141747807331 0.318157627874855 0.35948332823345 0.309851710499711 -0.0824123198990023 0.665380064737856 0.228770795911573 -2.07451477093733 -1.95411586463234 -2.0376911083697 0.388039224790314 0.367440632462965 -0.290923612563377 0.206953523906478 0.175733275322246 0.203042993741464 -1.09359991825458 -1.31208360639652 -1.39315245948804 0.116057801103305 0.304325192479208
44622 0.636420318795922 0.552387057695092 0.461991032254763 0.539177648967542 0.0899750965641689 0.937879311036816 0.100322552833736 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -2.85579340435588 0.169294180012886 0.145445153550133 0.908606143403417 0.528410378879631 0.828145625052103 0.357468130895094 -0.0221686913045984 0.608997687712307 0.303795532464309 -2.32629444853711 -1.92002071717909 -2.28830003084705 0.212840386243399 -0.156693003361327 -0.536964939548806 0.256380571842958 -0.00180602128499637 0.350365247413772 -0.665986691400663 -0.447510254930952 -1.15191543661747 0 0.156177077802055
44877 -0.438968211406472 -0.411792672550751 0.495714200051966 0.694036110974481 0.456196965848053 0.334449088100879 0.268803817409706 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -2.30373115399295 0.155730243205815 0.214939609361768 0.259145448911327 0.228141252964446 0.232919824247365 0.309507294140099 0.213319926838594 0.51293771507589 0.374912418599778 -1.95986683542071 -1.85012708036411 -2.25689454270621 0.338314401970201 0.0936110388310499 -0.161690810846589 0.214939609361768 0.204002015339898 0.0691313255475117 -0.53585994497071 -0.696129273608052 -0.800135104919742 0.152762796115296 0.191534577138381
45391 -0.0766148974724891 -0.0280221550171016 0.240998762273278 0.386165661589195 0.511310261003065 0.273785800865489 -0.0591006100842678 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -2.1248669017953 0.178407181943775 0.153491729859091 0.507273594156465 0.871189554300738 0.403029141192829 -0.115522701047213 0.159836069388437 -0.0791687065750539 0.211008684515611 -1.66750149786589 -1.37197228468283 -1.3272489597203 -0.078363872040978 0.165220930238563 -0.0789304349301038 0.28411484011253 0.404859892768319 0.171316448107242 -1.39213680312679 -1.54396802347303 -1.59656192323938 0.140158963401917 0.182449069990467
45998 1.3209282170381 0.464180258932477 0.270360504955582 0.895537278603058 0.590893281936299 0.45747425900585 0.134340083679612 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -2.05984889860158 0.523218396345545 0.312732328837739 -0.164544403095609 0.0116744161518642 -0.610390662080578 0.194378413155555 -0.924431968168262 0.450103911275537 -0.0825565412229652 -2.10584828344317 -2.03719753277316 -1.75326597274576 -1.05416869295826 -0.629239816125171 0.718503192110378 -0.316497089935416 0.272773845644479 0.210879591698562 -1.54475572238988 -1.7391229427109 -1.8757183643151 0.284263237005975 -0.124325939035382
51040 0.505979539856334 0.481006046260366 0.627653282212839 0.741083370385215 0.513128202398179 1.1419319555751 0.224545076112011 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -1.89636227998624 -0.015574862721583 0.066174666625389 0.667105613258528 0.516718290949176 0.283231892875468 -0.143450813826247 -0.579812532599657 0.266235158775595 0.0546228225828082 -2.75324114587185 -2.10071097279438 -2.18045986470614 -0.217096913094515 -0.119347541582379 0 0.0455902029804089 0.0120265175116129 0.287705334788325 -1.48517532933854 -1.47222551791107 -1.34049556429861 -0.159539707087788 0.0952387309950134
51541 -0.350813824382585 -0.410700923444172 -0.175346247088746 -0.145917174804633 0.0776110167035897 0.170822689662368 -0.104526912274344 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -1.99349996192941 0.136278879196499 0.125911942249587 0.207079599627361 0.0742095993550565 -0.550820552487728 0.237515212556014 -0.011048263227339 0.7248466723646 0.297137492479813 -2.24624388469606 -2.38378176507077 -2.20467564602081 0.317903430773032 0.0831153680419337 0.08118508610522 0.195572844574916 0.172571795702315 -0.364874011148874 -0.712653541175403 -0.583762760765549 -0.968574940515284 0.290761662284648 -0.313965306606503
[+] Show/hide bicluster #155 motif PSSM #1. bicluster 155 motif PSSM #1 Phaeodactylum tricornutum 23x4
POSITION A C G T
1 0 0.142857 0.857143 0
2 0 0 1 0
3 0.428571 0.285714 0.285714 0
4 0 0.285714 0.571429 0.142857
5 0 0.142857 0.857143 0
6 0 0.857143 0.142857 0
7 0.714286 0.285714 0 0
8 0.285714 0 0.714286 0
9 0.428571 0 0 0.571429
10 0 0 1 0
11 0.285714 0.142857 0.571429 0
12 0 0.285714 0.714286 0
13 0.285714 0.142857 0 0.571429
14 0 0 1 0
15 0.142857 0.571429 0 0.285714
16 0.428571 0.571429 0 0
17 0.857143 0 0.142857 0
18 0.714286 0 0.142857 0.142857
19 0.142857 0 0 0.857143
20 0.285714 0 0.428571 0.285714
21 0 0.571429 0.428571 0
22 0 0.714286 0 0.285714
23 0.857143 0 0.142857 0 [+] Show/hide bicluster #155 motif PSSM #2. bicluster 155 motif PSSM #2 Phaeodactylum tricornutum 24x4
POSITION A C G T
1 0 0 0.833333 0.166667
2 0.833333 0 0.166667 0
3 0 0.333333 0.666667 0
4 0 0.166667 0.333333 0.5
5 0.333333 0 0.666667 0
6 0.333333 0.166667 0.5 0
7 0.166667 0.166667 0 0.666667
8 0.333333 0 0 0.666667
9 0 1 0 0
10 0.166667 0 0.833333 0
11 0 1 0 0
12 0 0.333333 0.166667 0.5
13 0 0 0.333333 0.666667
14 0.166667 0 0.5 0.333333
15 0 0 0 1
16 0.5 0.333333 0.166667 0
17 0 1 0 0
18 1 0 0 0
19 0.166667 0 0.333333 0.5
20 0 0 0 1
21 0 0.5 0 0.5
22 0 0.5 0.5 0
23 0 0 0.666667 0.333333
24 0.166667 0.666667 0.166667 0 |