|
[+] Show/hide bicluster #188 rows and columns.
bicluster 188
Phaeodactylum tricornutum
20x78
[+] Show/hide bicluster #188 rows (genes).
bicluster 188 genes
Phaeodactylum tricornutum
20
[+] Show/hide bicluster #188 rows (short gene names).
bicluster 188 short names
Phaeodactylum tricornutum
20
short_name
[+] Show/hide bicluster #188 rows (long gene names).
bicluster 188 long names
Phaeodactylum tricornutum
20
long_name
[+] Show/hide bicluster #188 rows (NCBI RefSeq gene IDs).
bicluster 188 NCBI RefSeq IDs
Phaeodactylum tricornutum
0
[+] Show/hide bicluster #188 gene upstream sequences.
bicluster 188 upstream sequences
Phaeodactylum tricornutum
20
upstream
[+] Show/hide bicluster #188 columns (arrays; conditions).
bicluster 188 arrays
Phaeodactylum tricornutum
78
[+] Show/hide bicluster #188 ratios.
bicluster 188 ratios
Phaeodactylum tricornutum
20x78
GENES GSE12015_Si_free_11v18_1 GSE12015_Si_free_22v19_1 GSE12015_Si_free_22v19_2 GSE12015_Si_free_23v20_2 GSE17237_highlight_12hr_1 GSE17237_highlight_12hr_2 GSE17237_highlight_24hr_1 GSE17237_highlight_24hr_3 GSE17237_highlight_3hr_1 GSE17237_highlight_3hr_3 GSE17237_highlight_48hr_1 GSE17237_highlight_48hr_2 GSE17237_highlight_48hr_3 GSE17237_highlight_6hr_1 GSE17237_highlight_6hr_3 GSE31131_Cadmium_1.2mg_1 GSE34988_Ammonia_1 GSE34988_Ammonia_2 GSE34988_Ammonia_3 GSE34988_Ammonia_4 GSE34988_Ammonia_5 GSE34988_Cadmium_1 GSE34988_Cadmium_2 GSE34988_Cadmium_3 GSE34988_Cadmium_4 GSE34988_Cadmium_5 GSE34988_Control_3 GSE34988_Control_6 GSE34988_Copper_2 GSE34988_Copper_3 GSE34988_Copper_4 GSE34988_Copper_5 GSE34988_Dispersant_1 GSE34988_Dispersant_2 GSE34988_Dispersant_3 GSE34988_Dispersant_4 GSE34988_Dispersant_5 GSE34988_Dispersed_oil_1 GSE34988_Dispersed_oil_2 GSE34988_Dispersed_oil_3 GSE34988_Dispersed_oil_4 GSE34988_Dispersed_oil_5 GSE34988_Mixture_1 GSE34988_Mixture_2 GSE34988_Mixture_3 GSE34988_Mixture_4 GSE34988_Mixture_5 GSE34988_Oil_1 GSE34988_Oil_2 GSE34988_Oil_3 GSE34988_Oil_4 GSE34988_Oil_5 GSE34988_Salinity_15ppt_1 GSE34988_Salinity_15ppt_2 GSE34988_Salinity_15ppt_3 GSE34988_Salinity_15ppt_4 GSE34988_Salinity_15ppt_5 GSE34988_Silver_1 GSE34988_Silver_2 GSE34988_Silver_3 GSE34988_Silver_4 GSE34988_Silver_5 GSE34988_Simazine_1 GSE34988_Simazine_2 GSE34988_Simazine_3 GSE34988_Simazine_4 GSE34988_Simazine_5 GSE42039_Dark_treated_48h_1 GSE42039_Dark_treated_48h_2 GSE42039_Dark_treated_48h_3 GSE42039_light_0.5h_3 GSE42039_light_24h_1 GSE42039_light_24h_2 GSE42514_light_0.5hr_1 GSE42514_light_0.5hr_2 GSE55959_BlueLight_0.5h_rep2 GSE55959_BlueLight_0.5h_rep3 GSE55959_RedLight_24h_rep3
12732 0.31404316731787 0.0918615154044502 0.0762393680042879 0.252133175769079 0.529281642608996 0.417791583996504 0.806412751507357 0.827337750052797 -0.406861075394436 0.523110894385932 0.631545955284614 0.622427249987334 0.708022152788927 0.449287568949387 0.553788163095436 -0.206961234458062 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -2.80920707401628 -2.91671757219989 -2.98856753761306 -2.40840776305442 -0.228702099585375 -0.445322370949745 -0.0310713054582973 0.0977127007435228 -2.28734497111956 -2.36954016031611 0.136167266254054
13261 -0.12777443531083 -0.172501447900723 -0.520918393800254 0.0271495648193798 0.513980409245286 0.418304575719963 0.363615539383901 0.610088387819786 -0.227960782786945 0.551061695552602 0.474418610355689 0.309936642100291 0.443486748098171 0.310554609520615 0.274415399420506 -0.186247981915066 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -2.87827531689116 -2.83854141247062 -2.86874226958814 -2.68402197651036 0.189708782142052 0.148495463924015 0.498782395423574 0.407817801143894 -2.2255347025861 -2.64041245206362 -0.233279997004547
18337 -0.0334888220673737 -0.195882331336299 -0.178530958740269 -0.00194958679613615 1.09977725414787 1.07330251066806 0.981686304721648 0.985332010245554 0.0563769083895146 0.676522634086601 0.857759158811193 0.500176128788105 0.759095036216936 0.519084331720928 0.710262905351235 -0.0257727337786749 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -3.1465888006101 -3.08760448881227 -3.13952047195651 -2.34403433278553 0.290039829739145 0.329810859505122 0.633307938874696 0.535131038630624 -2.02774767783678 -2.45050774820868 -0.0975583204446347
21388 -0.117226064273606 -0.0924536960302114 0.0430905688469992 0.150625167358099 0.942679416312955 0.575883686362733 0.707268726912714 0.66177061307932 0.0367510946101668 0.353737474140091 0.759600354826885 0.420399072570512 0.645740357288183 0.64707890968588 0.457484433847613 -0.421955751606742 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -3.38611643826247 -3.31942603967097 -3.38611643826247 -2.58770564052299 0.0402906604391931 0.00921320852142489 0.489886300380617 0.375500437854949 -1.53920424146588 -2.26294969739165 -0.0484066721638197
26813 0.16052924853407 -0.0450873648052499 -0.17694706126246 0.167251884187387 0.80959107747316 0.588621885054707 0.596920498580466 0.701523748969562 -0.254360131563452 0.435782763476538 0.595341639578459 0.468913832729129 0.828670877833796 0.609879819367018 0.450173045280724 -0.17867862013145 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -2.82597937561249 -2.82968996414483 -2.85700954796196 -2.88223245579497 0.170540435876783 0.154044892667051 0.108907682080092 -0.00388339186126009 -2.39804207381854 -2.92614022279781 -0.190601611592933
32202 0.174262296180922 0 -0.0805628248319283 0.26170007361269 1.01298327408501 1.01398127189904 0.372841912966161 1.03584297563107 -0.54330071424396 0.385277507978679 0.516505828561879 0.474330415119818 0.851325703205919 0.828025100943832 0.482936693810998 -0.283734780846769 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -2.90613115610884 -2.9223170136363 -2.77021062494393 -2.37483238132296 0.403240748750422 0.363969512886388 0.158442154524209 -0.217445139694715 -2.33749673316955 -2.5658400182627 -0.0223473443254055
34093 0.117864755159255 0.0194367104399693 -0.0631523385773624 0.130592519562611 0.638904074931525 0.315420871640011 0.616696954439759 0.411082748895634 -0.496920206227911 0.262505898231081 0.586090923637822 0.479870658711593 0.694360358632992 0.461372974445383 0.340747708606644 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -3.36375060438787 -3.23118671309729 -3.21760745354999 -2.39467400086719 -0.143075287926191 -0.12416793986391 0.661912543526556 0.0806761555612099 -2.38512340934124 -2.61052386565947 -0.203992977588739
34747 -0.173747878720779 -0.439258567327144 -0.710057204658374 0.065323066261263 1.02871774565892 0.8694113324951 0.408435793970472 1.00231974899821 -0.324095393492314 0.668964678251833 0.387745998801712 0.429634902095364 0.396415451579582 0.782424575971075 0.595353648870809 -0.567705624985016 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -3.15936922451737 -3.08366335308463 -3.09696013046668 -2.56086682797883 0.264152114310549 0.228059374497222 0.742503370828629 0.0485327271017753 -2.28159940818605 -2.46624935837058 -0.233492530919432
34933 0.0666946902857586 -0.194042684592244 -0.309915005122369 0.167873414425256 1.03165768041765 0.655467097658251 0.91797460713499 0.871754864233488 -0.180997926669073 0.614273748099235 0.934782503570015 0.832075250946929 0.966847086566075 0.81659076433447 0.688195357860411 -0.0495612415863776 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -3.03751073736671 -3.06042527626333 -3.05961338157207 -2.74481131183154 0.18548124714879 0.114859674517982 0.32832190211135 0.288562550835448 -2.12114508786966 -2.25986347286178 -0.136405485120926
41721 0.0468828077309731 -0.174654670705562 -0.172164449257691 0.266483447263609 0.851078611323436 0.831712066892918 0.694451060686261 0.92866653320518 -0.213996480364966 0.447279980508732 0.645069969374977 0.413349329825128 0.835142116361301 0.578434410342665 0.53157766573613 -0.230676352544503 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -2.89267194195501 -2.88596521301716 -2.93763481481869 -2.7451584790406 0.332664722333672 0.313707564678131 0.0832620981345548 -0.0729163439144595 -2.58705066065336 -2.85468179105853 -0.0266917796970646
45306 -0.142879836618583 0.120480223172684 0.383019207173486 0.298858938650946 0.902427646841939 0.525221323323913 0.724570314490621 0.91181254312694 -0.45395876866213 0.590786277881925 0.906114277141122 0.184035594733535 0.590763698297687 0.751731501639164 0.552634991278024 0.350352706849884 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -3.19106650761752 -2.96656970278447 -2.9987601545615 -2.08141732397515 0.150450116413195 -0.00699503403653987 0.591522513325096 0.0485474871404979 -1.75993818093086 -2.21657129115402 0
45434 -0.304366015381952 -0.236730256815406 -0.23658786574474 0.180902753449181 1.22090719884676 1.18259403346255 0.800906225076993 0.861079267629913 0.0582542047306668 0.598520100695995 0.880770528792371 0.464332179610675 0.893402040671188 0.636693722830953 0.86077312682798 -0.0931131990305561 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -2.92040569609497 -2.93634444943492 -2.87017252673526 -2.17925508816206 0.15244600512355 0.0943586308157837 0.0914039981598325 0.29287156543418 -2.64151212450571 -2.81803697720317 -0.27140432008384
46281 -0.155832166002952 -0.139442602261219 -0.215099477311441 0.146960885346845 0.99192732731913 1.01038793593368 0.851784968746888 1.17705489958371 -0.425365991537454 0.262356658180559 1.02407404941377 0.280855343559359 0.597908970875953 0.674555841796636 0.570369537255374 -0.701910908228142 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -2.96845127630048 -2.98414956314673 -2.99843868496118 -2.28753384098095 0.0560348918929941 0.0140841195665221 0.679940261444168 0.124101263106042 -2.6629119675474 -2.77715196149459 -0.070484383213844
46333 0.0436107724105018 -0.100670297317409 -0.175886816371059 -0.0983487998157534 0.877500800246539 0.881962718444721 0.556390105068751 0.701842370286247 -0.274868505349159 0.454857090336331 0.504975899899579 -0.0175235427981033 0.488856581996831 0.375272673733316 0.367457352393991 -0.0690793593148765 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -3.01078795641825 -2.91138640885991 -3.0951067744575 -2.54807020137591 0.458227470623549 0.44924416708075 0.0651573010431546 -0.187720315435235 -2.06323436814196 -2.64952932413011 -0.0520104987239004
46394 0.163512421935904 0.0296954517197932 -0.222675722724797 0.319688005484771 1.29837806462441 1.17720509107384 0.646109032912681 1.01361903298624 -0.343863423505704 0.535301351842485 0.583174222317897 0.388930087181987 0.714997661081763 0.84609009368517 0.628431001149465 -0.256820136846073 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -2.79607376731672 -2.8035430101214 -2.85909771417561 -2.43830765189362 0.188480348487242 0.239370591550308 0.306539506035884 0.066615477889763 -1.97226894636928 -2.4189814700419 0.0342443235824994
46438 -0.180722647893344 -0.46753099416353 -0.493355483732197 0.0700879250387017 1.1853693734804 1.02738414574263 0.47806790660623 1.14190401857532 -0.251256763228126 0.92772118001483 1.05939086160198 0.200957438729367 0.702132525228182 0.649146672262168 0.592799070717204 -0.390237514324223 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -2.99497981537269 -3.05013104927844 -3.06787509380745 -2.54729230789965 0.035065934760015 0.0841713812069839 0.494007688585254 0.262759415536725 -2.68845613873356 -2.94698050718379 -0.508758303353031
46599 -0.275727646928619 -0.200091090183756 -0.0424797177489311 -0.193330280642316 1.28669543809822 0.56665231991098 0.43546726177126 0.505957152252701 -0.189227314351854 0.298797496891045 0.558594280038777 0.625015008277463 0.816705086307111 1.30272700772336 0.874843822857533 0.151707634305086 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -2.83604773461905 -2.61068084948656 -2.57636295816963 -1.93688636680726 0.506788025862712 0.198846655853189 0.0648298943124021 0.389738752452194 -2.26339061240107 -2.61938883589531 0.153894489334651
49082 -0.198382364308968 -0.0745151315980174 -0.100629193060191 -0.170732181584314 0.774980873661983 0.917335674885358 0.439179179788183 0.101189211352285 0.00782934691420274 0.129470600268431 0.264449575602618 -0.0836494672142781 0.266792858764839 0.437083072501834 0.655927286398097 0.221734232714652 -1.00734466682846 -0.909739661457821 -1.28787036372207 -1.95427377152509 -1.48881485478359 0.531485992370347 0.524974974822457 0.766136586833286 0.852713707836885 0.212323906147838 0.0157803885385947 0.0398603252073604 0.0948082974566862 0.240427258609663 0.315566385780982 0.286928979815148 -0.717758752169507 -0.6312794890727 -0.921266924882559 -0.695870218164319 -0.210047807659906 -0.274833686993187 -0.168997529449668 -0.250354163289833 -0.352259414452141 -0.309768889893309 -2.08411358335196 -2.20230799006426 -1.89228394709615 -1.5000151338505 -2.00379064042116 -0.293712959445175 -0.249957913827807 -0.0645946707972148 -0.117411079288506 0.22255804174671 0.161670335447011 0.310728707018529 0.00527922409300645 -0.266182286954742 0.0860144640653625 0.045726185789747 0.228528498222333 -0.255374305328792 -0.400764223819163 -0.341731733062378 0.448497432177507 0.475777584237138 0.215016251919849 0.438134199551262 -0.246786940599884 -2.61429943220828 -2.59256606015881 -2.54588544732895 -2.19936846319654 0.19604237489248 0.134041191771808 0.536012356899265 0.588222170473704 -2.31579555666141 -2.35716942512112 0.04093470318455
49304 -0.26796548841442 0.143667564843141 -0.00371579457932163 0.0968516742030649 1.06666712371851 0.9770615090334 0.731127231969825 0.358037528084052 -0.387403228968508 0.336947836311635 0.751965505070286 -0.0540688858455372 0.465993237978192 0.444542023494722 0.821152455748817 -0.0679055824124932 -1.12163320085175 -0.466160586870038 -1.494080833467 -1.83413785178979 -1.58535630161436 -0.0423070689737755 0.226072575350231 0.459791147390654 0.57879641315054 0.127374035935439 -0.0249181733564569 -0.0465802587488235 0.406584965704691 0.610875268289777 0.460575799057 0.485069612951607 -0.694779347890068 -1.90576833187146 -0.96783667128425 -0.704901983799577 -0.306691592573917 -0.297919187637733 -0.0237722209210566 -0.176984162196053 0.0130202687593311 -0.667513279013553 -1.87595276495638 -2.07910546740775 -2.35459331579099 -1.61749896507862 -2.12114683077128 -0.609718429136894 -0.37174566243557 -1.00985375974153 -0.165471432449298 0.196595634707848 0.278361893826836 0.365885094348225 0.0812224281051075 -0.241620833714212 -0.166286280365107 0.281635087508203 0.481430024238716 0.108045349898277 0.139899553784512 0.138751914243126 0.587694354030515 0.528418743541739 0.388575594813813 0.517394112802954 0.136406290738699 -2.96336207349726 -2.95853132306131 -2.97307990998157 -1.89509675381173 0.945787527846897 0.767015233173304 -0.00259066516293964 0.350222289362669 -2.36986615407228 -2.39138133010844 -0.00748213446022905
54590 0.0612681579776199 0.233276302654515 0.067298493600683 0.110946637158092 0.67470548502791 0.385372853421734 0.639608931701683 0.505442578853705 -0.618617724462042 0.471135712335259 0.638598132587722 0.452860923808986 0.581545414416761 0.587402018942112 0.386960841802474 -0.0893724974748881 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA -3.08782413904475 -3.1054534828533 -3.09495592762618 -2.58279910601499 -0.0249777063239241 -0.0235360760751998 0.646000407942361 0.259334276511455 -2.57047204212702 -2.6352665745538 -0.193558721496462
[+] Show/hide bicluster #188 motif PSSM #1. bicluster 188 motif PSSM #1 Phaeodactylum tricornutum 22x4
POSITION A C G T
1 0 1 0 0
2 0 0 1 0
3 0 0 0 1
4 0 0 0.4 0.6
5 0.2 0 0.8 0
6 0.2 0 0.8 0
7 0.2 0 0.2 0.6
8 0 0 1 0
9 0 0 0.2 0.8
10 0.2 0.4 0.4 0
11 0.2 0 0.6 0.2
12 0 0.8 0.2 0
13 0 0.8 0 0.2
14 0.4 0 0.6 0
15 0.2 0 0.4 0.4
16 0 0 0 1
17 0 0.6 0.4 0
18 0 0.8 0 0.2
19 0 0.2 0.8 0
20 0 0 1 0
21 0.8 0 0 0.2
22 0.2 0 0 0.8 [+] Show/hide bicluster #188 motif PSSM #2. bicluster 188 motif PSSM #2 Phaeodactylum tricornutum 11x4
POSITION A C G T
1 0 0 0.181818 0.818182
2 0 0.090909 0 0.909091
3 0 0.636364 0.363636 0
4 0 0 1 0
5 0 0.272727 0 0.727273
6 0.090909 0 0.272727 0.636364
7 0 0.090909 0.909091 0
8 0 1 0 0
9 0.181818 0.090909 0.727273 0
10 0 0 0.090909 0.909091
11 0 0.636364 0 0.363636 |