cmonkey.microarray
index
/home/weiju/Projects/ISB/cmonkey-python/cmonkey/microarray.py

microarray.py - cMonkey microarray related processing
This module captures the microarray-specific scoring component
of cMonkey.
 
This file is part of cMonkey Python. Please see README and LICENSE for
more information and licensing details.

 
Modules
       
cmonkey.datamatrix
logging
numpy
cmonkey.scoring
cmonkey.util

 
Functions
       
compute_row_scores(membership, matrix, num_clusters, config_params)
for each cluster 1, 2, .. num_clusters compute the row scores
for the each row name in the input name matrix
seed_column_members(data_matrix, row_membership, num_clusters, num_clusters_per_column)
Default column membership seeder ('best')
In case of multiple input ratio matrices, we assume that these
matrices have been combined into data_matrix

 
Data
        __all__ = ['compute_row_scores', 'seed_column_members']