Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
JC NC_014034 222,056 +ATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGG 100% coding (601/2748 nt) RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_014034 221968 =597 (2.540)571 (2.430) 114/198 0.8 0.44 coding (689/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
?NC_014034 = 222056 859 (3.620)coding (601/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein

Only 100 of 1564 total aligned reads displayed.

GACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGC.GTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATC  >  NC_014034/221869‑222068
                                                                                                    |                                                                                                    
atcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatctgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggat                                                                                                      >  2:2890763‑M1/101‑101 (MQ=255)
 tcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatc                                                                                                     >  2:4261087‑M1/100‑101 (MQ=255)
 tcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtggggtccgtgggatc                                                                                                     >  1:3131679‑M1/100‑101 (MQ=255)
        gatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtggga                                                                                              >  1:1969819‑M1/93‑101 (MQ=255)
         gtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggat                                                                                             <  1:428134‑M1/10‑1 (MQ=255)
         atccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggat                                                                                             <  1:3806665‑M1/10‑1 (MQ=255)
           ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcg                                                                                           <  2:1146508‑M1/12‑1 (MQ=255)
             aGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGC.GTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                                                        <  1:2147139/101‑1 (MQ=255)
              tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtc                                                                                        <  1:3706833‑M1/15‑1 (MQ=255)
               ggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                                                                       <  2:2562727‑M1/22‑1 (MQ=255)
               gggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaggatcggtcg                                                                                       <  2:2204793‑M1/16‑1 (MQ=255)
                         gggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTggg                                                                             <  2:2967075‑M1/26‑1 (MQ=255)
                          ggtggtCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGC.GTGGGCTCGGTCGGATcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggat                                                                           >  2:4017419/1‑101 (MQ=255)
                            tccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggaTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGAtc                                                                          <  1:638720‑M1/29‑1 (MQ=255)
                               gtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggt                                                                       >  2:2648949‑M1/64‑101 (MQ=255)
                               gtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGatcggg                                                                       <  2:2124443‑M1/32‑2 (MQ=255)
                                tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGatcggtg                                                                      <  2:3255969‑M1/33‑2 (MQ=255)
                                  ggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgg                                                                    >  1:2686139‑M1/61‑101 (MQ=255)
                                   gatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGa                                                                   <  1:2603373‑M1/42‑1 (MQ=255)
                                   cGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGC.GTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGAt                                                                  <  2:3380427/101‑1 (MQ=255)
                                    gTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGC.GTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATc                                                                 <  1:1162896/101‑1 (MQ=255)
                                    atcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggTCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTGGgatcggtcgggg                                                                  <  2:836570‑M1/37‑3 (MQ=255)
                                     tCGCCGGAGCGCGCTCAGCGACGGTGGGCGTCGGATGC.GTGGTCCCGTTCGGATCGTTTGGGTCCGTGGGATCGGTCGGTTCTGTGGGATCGGTCGGATcc                                                                <  2:380834/101‑1 (MQ=25)
                                      cGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGC.GTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                               >  1:2294911/1‑101 (MQ=255)
                                        gtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCcgg                                                              <  2:1633465‑M1/41‑2 (MQ=255)
                                          ggATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGC.GTGGGCTCGGCGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGCATCGGTCGGATCCGTggg                                                           >  1:951964/1‑101 (MQ=255)
                                          cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                                            <  1:432019‑M1/43‑1 (MQ=255)
                                           ggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                                           <  1:577681‑M1/50‑1 (MQ=255)
                                            gtcccgcTTATCGGCGGTGGGCGGCGGATGC.GTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCGGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                         <  2:3583826/97‑1 (MQ=21)
                                            gatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGtgggc                                                          <  1:1002062‑M1/51‑2 (MQ=255)
                                             ttccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                         >  2:3665103‑M1/50‑101 (MQ=255)
                                             atccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                         <  2:605699‑M1/52‑1 (MQ=255)
                                              tccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                        <  1:2881878‑M1/47‑1 (MQ=255)
                                              tccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                        >  1:2083941‑M1/49‑101 (MQ=255)
                                               ccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                       <  1:863420‑M1/48‑1 (MQ=255)
                                                cgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg                                                      <  1:3334251‑M1/49‑1 (MQ=255)
                                                  cTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGC.GTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                   >  1:1373265/1‑101 (MQ=255)
                                                   gggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                                   >  2:4393072‑M1/50‑101 (MQ=255)
                                                   gggatcggtcggggccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                   >  2:2079273‑M1/50‑101 (MQ=255)
                                                      atcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGt                                                <  1:3599760‑M1/61‑1 (MQ=255)
                                                           tcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                                           <  1:3879110‑M1/60‑1 (MQ=255)
                                                           tcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                                           >  1:1247866‑M1/42‑101 (MQ=255)
                                                            cgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgg                                          <  1:1063949‑M1/61‑1 (MQ=255)
                                                            cgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCcgtag                                          <  1:1130312‑M1/61‑3 (MQ=255)
                                                             gggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                         >  1:3211666‑M1/34‑101 (MQ=255)
                                                               gtctgtggATGCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGCCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                       <  2:4690586/95‑1 (MQ=11)
                                                                 cGTCGGATGC.GTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGAtcgg                                    >  2:2321456/1‑101 (MQ=255)
                                                                  gTCGGATGC.GTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                   <  2:3083794/101‑1 (MQ=255)
                                                                     gggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                 <  2:4340668‑M1/70‑1 (MQ=255)
                                                                     ggATGC.GTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                >  1:1686012/1‑101 (MQ=255)
                                                                     cggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGtcggtcg                                 <  2:2006684‑M1/70‑1 (MQ=255)
                                                                      ggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                <  2:2746513‑M1/77‑1 (MQ=255)
                                                                       gatcggtcggatccgtgggatcggtcgggTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGatcggtcggt                               <  1:3519563‑M1/72‑2 (MQ=255)
                                                                          ccgtcggatccgtgggatcggtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGCCCGTGGGATCGGTCGGATcc                            <  1:1474553‑M1/75‑1 (MQ=255)
                                                                             tcggatccgtgggatcggtcgggTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                         <  1:4510834‑M1/78‑1 (MQ=255)
                                                                              cggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGCTCCGTCGGATCCGGGGGAGCGGTCGGGTCCGGGGGATCGGTTGGATCGGTgg                        >  2:3483178/11‑101 (MQ=11)
                                                                                ggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                      <  2:1004982‑M1/87‑1 (MQ=255)
                                                                                 gtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCgtggggt                     >  2:4587295‑M1/14‑99 (MQ=255)
                                                                                 cTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGag                     >  2:4499371/1‑100 (MQ=255)
                                                                                  tcggtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                    <  2:1537371/101‑1 (MQ=255)
                                                                                  tccgtggggtccgtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                    >  2:3937201‑M1/19‑101 (MQ=255)
                                                                                  tccgtgggatcggtcgggTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGACGGATCCGTGGGatg                    <  2:1247776‑M1/83‑2 (MQ=255)
                                                                                  tccgtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtc                    <  2:2394722/98‑1 (MQ=11)
                                                                                  gccgtcggGTCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                    <  1:475339/98‑1 (MQ=11)
                                                                                  accggggggtcggtcggggccgtgggatcggtcgggtcggtcggaTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                    <  1:1588148/92‑1 (MQ=11)
                                                                                   cggtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                   <  1:4147902/101‑1 (MQ=255)
                                                                                      tggggtccgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGAGCGGTCGGGTCCGTTGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtggggg                >  2:4192182/9‑99 (MQ=11)
                                                                                      tgggatcggtcgggtgcgtgggatcgggcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                <  1:235564/99‑1 (MQ=11)
                                                                                      tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGgggtccgtc                <  1:2783100‑M2/99‑10 (MQ=255)
                                                                                      ggggatcggtcgggttcgtgggagcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                <  1:4595084/99‑1 (MQ=14)
                                                                                       gggatcggtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg               <  1:243099‑M1/88‑1 (MQ=255)
                                                                                       cggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcggtcg               <  1:3994935/101‑1 (MQ=11)
                                                                                        ggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGCTCGGTCGGGGCCGGGGGGgccgtcgg              >  2:24858/1‑101 (MQ=11)
                                                                                         ggtccgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGGTCGGTCggg             >  1:1770598/6‑101 (MQ=14)
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                                                                                                    tccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGatccgtgggatc  >  1:4197267‑M2/1‑89 (MQ=255)
                                                                                                    tccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGatccgtgggatc  >  2:1060059‑M2/1‑89 (MQ=255)
                                                                                                    |                                                                                                    
GACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGC.GTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATC  >  NC_014034/221869‑222068

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG