New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_014034 221962 =425 (2.300)164 (0.890) 68/156 3.0 0.34 coding (695/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
?NC_014034 = 222128 205 (0.860)coding (529/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein

Only 100 of 782 total aligned reads displayed.

GGTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGT  >  NC_014034/221862‑222062
                                                                                                    |                                                                                                    
   gtccGACACCGGCCCCGAGGCTTCGGTGTTGGTTGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcg                                                                                                   <  2:2074183/99‑1 (MQ=255)
       gACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtc                                                                                               <  1:275987/101‑1 (MQ=255)
        acacCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtcc                                                                                              <  2:315849/101‑1 (MQ=255)
        acacCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtcc                                                                                              <  1:3605290/101‑1 (MQ=255)
            cGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCACCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGGGgggtcggtcggggccgtgg                                                                                          >  1:4600603/1‑101 (MQ=255)
                 ccGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                                     <  1:3832768/101‑1 (MQ=255)
                  cGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcggggccgggggatcgg                                                                                    >  2:1046751/1‑101 (MQ=255)
                       cTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggg                                                                               <  1:4475755/101‑1 (MQ=255)
                       cTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggg                                                                               >  1:1580812/1‑101 (MQ=255)
                          cGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtcc                                                                            <  1:4203716/101‑1 (MQ=255)
                             tcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtg                                                                         <  1:1465864‑M1/30‑1 (MQ=255)
                               ggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtggg                                                                       >  2:574633‑M1/70‑101 (MQ=255)
                                 ggtggtCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggat                                                                     >  2:4017419/1‑101 (MQ=255)
                                   ccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcg                                                                   >  1:4506249‑M1/66‑101 (MQ=255)
                                        aGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGgtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgg                                                              <  1:37317/101‑1 (MQ=255)
                                          atcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGAt                                                            <  2:1719544‑M1/43‑1 (MQ=255)
                                            tCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgcccac                                                          <  2:856123/101‑6 (MQ=255)
                                            cggtcggctccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                          >  2:4330671‑M1/57‑101 (MQ=255)
                                             ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                         <  1:574684‑M1/46‑1 (MQ=255)
                                              gCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGt                                                        <  2:2012741/101‑1 (MQ=255)
                                               ccGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                                                       <  1:2423714/101‑1 (MQ=255)
                                               ccGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                                                       <  1:1273344/101‑1 (MQ=255)
                                                  gatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGtgggc                                                    <  1:1002062‑M1/51‑2 (MQ=255)
                                                    tCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                  <  2:1814117/101‑1 (MQ=255)
                                                       cgcTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                               >  2:4286196/1‑101 (MQ=255)
                                                          tCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                            >  2:137943/1‑101 (MQ=255)
                                                            ctcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGt                                          >  2:4430170‑M1/41‑101 (MQ=255)
                                                              cGAGGGGGGGCGGCGGGTGCGTGGGCTCGGTCGGATGGGTCGGGTCCGGGGGATGGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                        <  2:458265/101‑1 (MQ=18)
                                                              cGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                        >  1:3524447/1‑101 (MQ=255)
                                                              cGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGGcc                                        >  2:4147656/1‑101 (MQ=255)
                                                               ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                       <  1:3199596‑M1/64‑1 (MQ=255)
                                                                gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                      >  1:3090013‑M1/37‑101 (MQ=255)
                                                                 cGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                                     <  1:3359561/101‑1 (MQ=255)
                                                                  cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                    <  2:2739063‑M1/67‑1 (MQ=255)
                                                                   gggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                   <  1:2059527‑M1/68‑1 (MQ=255)
                                                                   gggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                   <  1:63313‑M1/68‑1 (MQ=255)
                                                                   gggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                   >  2:3424351‑M1/34‑101 (MQ=255)
                                                                     gggCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                 <  1:1789319/101‑1 (MQ=255)
                                                                          tgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGgatcgggc                            <  2:2498609‑M1/75‑3 (MQ=255)
                                                                          gggggtGCGTTGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                            <  1:2347087/96‑1 (MQ=11)
                                                                           gggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                           <  1:1048766‑M1/76‑1 (MQ=255)
                                                                           gggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                           <  1:830767‑M1/76‑1 (MQ=255)
                                                                            ggATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                          >  1:1686012/1‑101 (MQ=255)
                                                                            ggATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                          >  1:2106200/1‑101 (MQ=255)
                                                                               ctggcgggGTCGGTGGGGTCGGCCGGGGCCGTGGGATAGGTGGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATc                       <  1:344523/96‑1 (MQ=11)
                                                                                gtttGGGATCTGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTAGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                      <  1:1952836/98‑1 (MQ=11)
                                                                                   tcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                   >  1:11686‑M1/18‑101 (MQ=255)
                                                                                   gggaatcggtaggTTCGGCGGGGTCCGTAGG.TTGGGCCGGTTCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGtcg                  <  2:717757/96‑3 (MQ=2)
                                                                                    gggCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGg                  <  2:651949‑M2/101‑2 (MQ=255)
                                                                                    gggATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtcg                  >  1:2581653/1‑99 (MQ=1)
                                                                                    cgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGGCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCcgttg                  <  1:3017352‑M1/85‑3 (MQ=255)
                                                                                     ggggcggtgggATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                 <  1:23015/97‑1 (MQ=11)
                                                                                     ggCGCGATCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGATCCGTGgg                 <  2:1905128‑M2/101‑3 (MQ=255)
                                                                                      ggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtgggg                <  2:1133500‑M1/87‑2 (MQ=255)
                                                                                      ggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                <  2:1004982‑M1/87‑1 (MQ=255)
                                                                                       gtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGGCCGTCGGATCCGTGGGAt               >  2:1505068/8‑101 (MQ=11)
                                                                                       gtccgtcggATCGTTGGGATCCGTAGTATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt               <  1:1335283/97‑1 (MQ=11)
                                                                                       cTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGag               >  2:4499371/1‑100 (MQ=255)
                                                                                       atcaggcggAGCGCTCGGGCCCGTCGGAGCGGTCGGGCCCGTCGGACCCGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAt               <  2:2927323/95‑1 (MQ=2)
                                                                                         tcgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgggcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcg             <  1:4752546/96‑1 (MQ=11)
                                                                                         cggtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg             >  2:4372673/1‑101 (MQ=255)
                                                                                         ccgttggatcggtggggtccctgggctcggtcgggtccgtaGGATCTGTCGGGTCCGTCGGATCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg             <  2:3512555/96‑1 (MQ=11)
                                                                                         ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTTGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcg             <  2:2420980/96‑1 (MQ=11)
                                                                                           gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGTTCCGTGGGAtcggt           >  2:2656278/4‑101 (MQ=11)
                                                                                           gtgggatcgggcggatccgtgggatcgggcggatccgtaGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt           <  1:4137238/98‑1 (MQ=11)
                                                                                           gtcggGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcggt           <  1:2025503/101‑1 (MQ=11)
                                                                                           gtcggGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGCCCGTCGGAtcggg           >  1:722214/1‑100 (MQ=11)
                                                                                           gtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcggg           >  2:3837835/1‑100 (MQ=14)
                                                                                            tggggtccgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGAtcggtc          <  2:2869155/93‑1 (MQ=14)
                                                                                            tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGgggtccgtg          >  1:91755‑M2/3‑92 (MQ=255)
                                                                                            tgggatcgggcggatccgtgggatcggtcggatccgtaGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc          <  1:1905240/99‑1 (MQ=11)
                                                                                            tcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcggtc          <  2:3700368/101‑1 (MQ=14)
                                                                                            gggggtcggtcggttccgtgggatcggccgggtccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc          <  2:1611586/96‑1 (MQ=11)
                                                                                             gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcgggcg         >  2:3266976/2‑101 (MQ=11)
                                                                                             gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAgcggtcg         >  2:941643/2‑101 (MQ=14)
                                                                                             cggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg         >  1:4378468/1‑101 (MQ=255)
                                                                                             cggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggggggggtcg         >  2:3621432/1‑93 (MQ=11)
                                                                                              gtaacggtctggtccgtgggatcggtcgggtccgttgcgtCCTTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg        <  2:4198284/97‑1 (MQ=11)
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                                                                                                    gtcgggggcgtggggtgggtcgggtccgggggatcgGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGt  <  1:3249859/101‑1 (MQ=11)
                                                                                                    gtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGatccgt  <  1:1132289‑M2/101‑7 (MQ=255)
                                                                                                    |                                                                                                    
GGTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGT  >  NC_014034/221862‑222062

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 17 ≤  ATCG  < 24 ≤  ATCG  < 32 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG