New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_014034 221965 =470 (2.640)97 (0.550) 4/150 26.0 0.23 coding (692/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
?NC_014034 = 222128 198 (0.830)coding (529/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
Rejected: Position hash score below cutoff.

Only 100 of 890 total aligned reads displayed.

CCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGG  >  NC_014034/221866‑222065
                                                                                                   |                                                                                                    
   gACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtc                                                                                                  >  1:3731733/1‑101 (MQ=255)
   gACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGATCGGTCggatcggtcggggc                                                                                                  >  2:3873754/1‑99 (MQ=255)
    acacCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtcc                                                                                                 <  2:315849/101‑1 (MQ=255)
         gTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtggg                                                                                            <  2:4061518/101‑1 (MQ=255)
           cGCCGAGGCTTCGGTGATGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggat                                                                                          >  1:4147742/1‑101 (MQ=255)
              cGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcggggccgggggatcgg                                                                                       >  2:1046751/1‑101 (MQ=255)
              cGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCACCGGTGGGCGGCGGATGCGGGGGCTCGGTCgggtcgggcgggtccgggggatggg                                                                                       >  1:1054892/1‑101 (MQ=255)
                   cTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggctggg                                                                                  >  1:645932/1‑96 (MQ=255)
                      cGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtcc                                                                               <  1:4203716/101‑1 (MQ=255)
                        gtgtTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgt                                                                             <  1:4493210/101‑1 (MQ=255)
                         tgtTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtg                                                                            <  2:1409775/101‑1 (MQ=255)
                         tcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtg                                                                            >  1:2052730‑M1/72‑101 (MQ=255)
                            tggtggTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGAtcggtcgggtccgtgggctcggtcggggccgtggga                                                                         >  1:3620910/1‑101 (MQ=255)
                                cgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcgg                                                                     >  1:1133586‑M1/65‑101 (MQ=255)
                                 gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggt                                                                    <  2:3723545‑M1/38‑1 (MQ=255)
                                    ggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgg                                                                 >  1:2686139‑M1/61‑101 (MQ=255)
                                          gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                           <  1:4370074‑M1/47‑1 (MQ=255)
                                           ccGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                                                          <  1:2423714/101‑1 (MQ=255)
                                              gatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGtgggc                                                       <  1:1002062‑M1/51‑2 (MQ=255)
                                              gatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                                       <  1:3027979‑M1/51‑1 (MQ=255)
                                                gcgcgCTCATCGGCGGTGGTCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGGCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                     <  2:2075617/100‑1 (MQ=255)
                                                    tgggatctgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                 >  1:219696‑M1/45‑101 (MQ=255)
                                                       gatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCggg                                              <  2:4575188‑M1/60‑1 (MQ=255)
                                                          cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                           >  2:857120‑M1/39‑101 (MQ=255)
                                                          cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                           <  1:97189‑M1/63‑1 (MQ=255)
                                                            gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                         <  1:1508137‑M1/65‑1 (MQ=255)
                                                              cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                       <  1:1281312‑M1/67‑1 (MQ=255)
                                                               gggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                      >  1:3211666‑M1/34‑101 (MQ=255)
                                                               gTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                      >  2:4679505/1‑101 (MQ=255)
                                                                 gtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                    <  2:431851‑M1/70‑1 (MQ=255)
                                                                   ccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                  <  1:77685‑M1/72‑1 (MQ=255)
                                                                     gtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                >  2:751023‑M1/28‑101 (MQ=255)
                                                                      tgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                               >  2:210778‑M1/27‑101 (MQ=255)
                                                                        ggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                             <  2:2746513‑M1/77‑1 (MQ=255)
                                                                        ggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                             <  1:997474‑M1/77‑1 (MQ=255)
                                                                          aTGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGAt                           <  1:1352937/101‑1 (MQ=255)
                                                                           tcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGggatcggtcgggtc                          <  2:4490688‑M1/80‑4 (MQ=255)
                                                                           tGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGTGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATc                          <  2:580697/101‑1 (MQ=255)
                                                                            ccGTGGGATCGTTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                         <  2:294770/100‑1 (MQ=1)
                                                                              gTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGt                       <  1:137959/101‑1 (MQ=255)
                                                                              gTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCgg                       >  1:278965/1‑100 (MQ=11)
                                                                              gTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCgc                       >  1:888166/1‑100 (MQ=11)
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                                                                               tGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGGCCGTGGGGtcggtcggggccggg                      >  2:3425017/1‑94 (MQ=14)
                                                                                 ggggcggtgggATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                    <  1:23015/97‑1 (MQ=11)
                                                                                  ggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtgggg                   <  2:1133500‑M1/87‑2 (MQ=255)
                                                                                   gttcgtgggatcggtcggctccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGGGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                  <  2:363319/94‑1 (MQ=11)
                                                                                   gtccgtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGGCCGTAGGac                  >  2:2004865/5‑100 (MQ=11)
                                                                                    tcggtggtATCGGTTGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGTATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                 <  2:4366767/101‑1 (MQ=11)
                                                                                    tcggtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                 <  2:1537371/101‑1 (MQ=255)
                                                                                    tccgtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                 <  2:184133/98‑1 (MQ=11)
                                                                                     ccgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGgggtcc                >  1:1936052‑M2/3‑95 (MQ=255)
                                                                                       gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGTTCCGTGGGAtcggt              >  2:2656278/4‑101 (MQ=11)
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                                                                                       gtgggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGgggtccgt              >  1:3103611‑M2/1‑93 (MQ=255)
                                                                                        tgggatcggtcgggtgcgtgggatcgggcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtc             <  1:235564/99‑1 (MQ=11)
                                                                                        ggggagctggcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGtccgtc             <  1:3399978/91‑1 (MQ=11)
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                                                                                         gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAgcggtcg            >  2:941643/2‑101 (MQ=14)
                                                                                         cggATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGtcggtcg            >  2:1935935/1‑101 (MQ=11)
                                                                                         cggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcggtcg            <  1:3994935/101‑1 (MQ=11)
                                                                                          ggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGGGGGATCGGTCGGAGCCGTGGGAtcggtcgg           >  2:658852/1‑101 (MQ=11)
                                                                                          ggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGCCGGGTCCGTGGGAtctggcgg           >  1:576814/1‑101 (MQ=14)
                                                                                          ggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTCGGATCGGTAGGATCCGTGGGAtccgtagg           >  2:1335191/1‑101 (MQ=11)
                                                                                           gttcgggcggagccgtgggatcgggcgggtcggggggaTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCGGGGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgga          <  1:3549233/99‑2 (MQ=14)
                                                                                           gatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGa          >  1:2944407‑M2/1‑100 (MQ=255)
                                                                                            gtcggtggggtccgtcgggtcggtcgggtccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGt         <  1:2004982/100‑1 (MQ=11)
                                                                                            gtcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGgggtccgtcggat         >  1:3838070‑M2/2‑88 (MQ=255)
                                                                                            gtcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGat         >  2:4244936‑M2/2‑99 (MQ=255)
                                                                                            atcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCTGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGat         >  2:2890763‑M2/1‑99 (MQ=255)
                                                                                            atcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGat         >  1:1747933‑M2/1‑99 (MQ=255)
                                                                                            atcggtccggtccgtgggctcggtcggggccgtgggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGTTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGtccgtcggat         <  2:2426320/101‑3 (MQ=11)
                                                                                             tcggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTc        <  1:4651185/101‑1 (MQ=11)
                                                                                             tcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATc        <  2:2594116/101‑1 (MQ=14)
                                                                                             tcgggcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATc        <  1:4588683/101‑1 (MQ=14)
                                                                                             tcgggcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgagaTTGGTCGGATCCGTGGGATCGCTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATc        <  1:4060680/101‑1 (MQ=14)
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                                                                                                   |                                                                                                    
CCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGG  >  NC_014034/221866‑222065

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG