New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_014034 221953 =242 (1.040)106 (0.460) 3/196 31.1 0.14 coding (704/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
?NC_014034 = 222042 1015 (4.280)coding (615/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
Rejected: Position hash score below cutoff.

Only 100 of 2022 total aligned reads displayed.

GCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGG  >  NC_014034/221942‑222142
                                                                                                    |                                                                                                    
 ggtcgggtccgtgggatcggtcggaTCCGTGGGAGCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                                                                     <  1:4725307‑M1/76‑1 (MQ=255)
 ggTGGGGTCGGGGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                                                                     <  1:2322773/100‑1 (MQ=11)
    cgggtccgtgggatcggtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                                                                                  >  2:1997079‑M1/23‑101 (MQ=255)
     ggCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGgg                                                                                                 >  2:3809729‑M2/1‑99 (MQ=255)
        tcggtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                                                              >  1:1416748/1‑101 (MQ=255)
        tccgtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtc                                                                                              <  2:2394722/98‑1 (MQ=11)
        acggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                                                              >  1:3813275‑M1/70‑101 (MQ=255)
         ccgtggggtccGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                                                             <  2:4309907‑M1/90‑1 (MQ=255)
         ccgggggatcggtcggggccgtgggatcggtcggggccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGtcc                                                                                             <  1:1833780/96‑2 (MQ=11)
          cgtgggatcggtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                                                                                            <  2:3562121‑M1/85‑1 (MQ=255)
            tgtgatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                                                          <  2:421737/98‑1 (MQ=11)
            tcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGACCGTGGGGTCGGGGGGGCCCGTCGGAtcggcg                                                                                          >  2:1587716/1‑99 (MQ=14)
             gggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggagccctgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                                                                         <  1:4074643/100‑1 (MQ=11)
             gggatcggtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                                                         <  2:671696‑M1/88‑1 (MQ=255)
             cggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                                                         >  1:4378468/1‑101 (MQ=255)
                gtgcgtggggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGt                                                                                      <  1:652013/94‑1 (MQ=11)
                gtcggtcgggtccgggggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGgggtccgtgggat                                                                                      >  1:1258468‑M2/2‑88 (MQ=255)
                gtagggtgggaccgtgggatcggtcgggtcggggggatccgtcGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcggat                                                                                      <  1:746846/94‑3 (MQ=11)
                atcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGat                                                                                      >  1:4475044‑M2/1‑99 (MQ=255)
                atcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGAGCGGTCGGGt                                                                                      >  2:4460828/1‑101 (MQ=11)
                atcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaggATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGt                                                                                      >  1:2250389/1‑101 (MQ=11)
                 tccgtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGAATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                                                     <  1:4309850‑M1/92‑1 (MQ=255)
                  cggtggggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                                                    <  2:1019090/101‑1 (MQ=11)
                  cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGGTCGGTCGGGTcc                                                                                    >  2:2689295/1‑101 (MQ=11)
                  ccgtcgggtccgggggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCTGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                                                    <  1:1910486/99‑1 (MQ=14)
                   ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtcCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCGATCGGATCCGTCGGATCGGTCGGGTCCg                                                                                   >  1:204614/1‑101 (MQ=11)
                    gtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                                                  >  1:3554110/7‑101 (MQ=11)
                    gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGatccgt                                                                                  <  1:2394736‑M2/101‑7 (MQ=255)
                    gtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaggatcgGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                                                  >  2:330505/1‑101 (MQ=11)
                      cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGatccgtgg                                                                                <  1:3995759‑M2/101‑9 (MQ=255)
                       gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggattggtcGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGTTCCGTGgggtccgtgggatcggtcgg                                                                               <  2:2900363‑M2/101‑21 (MQ=255)
                       gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGgtccgtggg                                                                               <  1:421781‑M2/101‑10 (MQ=255)
                       ggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGatccgtggg                                                                               >  1:4167798‑M2/1‑92 (MQ=255)
                       ggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGgtccgtggg                                                                               <  2:1404932‑M2/101‑10 (MQ=255)
                       cggcccttgggatcggtcgggtccgtgcgatcggtcggGTCCTTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGgg                                                                               <  2:4369827/94‑1 (MQ=11)
                        ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGatccgtggga                                                                              <  2:1943096‑M2/101‑11 (MQ=255)
                        ggtccgtgggaggggtcgggtccgtcggatcggtggGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                                                                              <  1:1512725/101‑1 (MQ=11)
                        gaTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGa                                                                              >  1:3717328‑M1/3‑101 (MQ=255)
                         gtccgtggggtcggtggggtcggtggggtcggtcggATCGGTGGGATCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGgggc                                                                             <  2:2059406/101‑3 (MQ=14)
                         gtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGgtccgtgggat                                                                             <  2:2591720‑M2/101‑12 (MQ=255)
                         atccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggaTCCGTGGGATCGGCCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGgtccgtgggat                                                                             <  2:3476141‑M2/100‑12 (MQ=255)
                          tcggtcggagccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGAtc                                                                            >  1:1051201‑M1/52‑101 (MQ=255)
                          tccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGgtccgtgggatc                                                                            >  1:1117528‑M2/1‑89 (MQ=255)
                          tccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGgtccgtgggatc                                                                            <  1:288753‑M2/101‑13 (MQ=255)
                          tccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggacggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCTGatccatgggata                                                                            <  1:82816‑M2/101‑13 (MQ=255)
                          gtcgtgggatcggtcgggtccgtgcgctcggtcggGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                                            <  2:3202635/99‑1 (MQ=11)
                           ccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGatccgtaggatcg                                                                           <  1:4654983‑M2/101‑14 (MQ=255)
                             gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGACGGGTCCGAGCGATCGAGCGGCGCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGtggttacggc                                                                         >  2:2339199/1‑92 (MQ=14)
                             gtgggatcggtcgggtccatgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGatccgtgggatcggc                                                                         <  2:746772‑M2/101‑16 (MQ=255)
                              tgcgttccgtgggttcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGAtcggtc                                                                        >  2:2185951‑M1/48‑101 (MQ=255)
                              tcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGatcggtg                                                                        <  2:188177‑M1/54‑2 (MQ=255)
                                 gatcggtcgggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcggg                                                                     >  2:2817456/1‑101 (MQ=11)
                                  atccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCggtcgggg                                                                    <  1:1618914‑M1/58‑2 (MQ=255)
                                   tcggtcgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtc                                                                   <  2:2498798/101‑1 (MQ=11)
                                     ggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGgtccgtgggatcggtcgggtccg                                                                 <  2:2122687‑M2/101‑24 (MQ=255)
                                     ggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGTGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccg                                                                 >  1:1352460/1‑101 (MQ=14)
                                     ggtcggatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccg                                                                 >  1:3308087/1‑101 (MQ=11)
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                                         gggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgtcgg                                                             <  2:3635098/101‑1 (MQ=11)
                                          ggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGGGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGATCGgtcgggtccgcgggg                                                            >  1:3479807/1‑96 (MQ=11)
                                          gatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcgga                                                            >  2:2288117/3‑100 (MQ=255)
                                           atccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGCTCGGCCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCCTGGGATCGgtcgggtccgtgggat                                                           >  1:543580/2‑99 (MQ=11)
                                           atccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcggat                                                           >  2:1334330/2‑99 (MQ=255)
                                             cggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcgggtcc                                                         >  1:1180721‑M1/33‑101 (MQ=255)
                                             ccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgtgggggcc                                                         >  2:4092742/1‑101 (MQ=11)
                                              cgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgg                                                        <  1:3903788‑M2/101‑33 (MQ=255)
                                               gtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGgtccgtgggatcggtcgggtccgggggatcggt                                                       <  2:1698017‑M2/101‑34 (MQ=255)
                                                ggggatcggtcgggTCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                      >  1:1985319‑M2/2‑67 (MQ=255)
                                                ggggatcggtcggTTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTcgggtccgtggggtccgtc                                                      <  1:2656432/100‑2 (MQ=11)
                                                 ggggttcgtcggATCCGTGGGATCTGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTcgggtccgtggggtccgtcg                                                     <  1:4544227/94‑3 (MQ=11)
                                                  gggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTggg                                                    <  2:1501030‑M1/74‑1 (MQ=255)
                                                  gggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTggg                                                    <  2:3009424‑M1/74‑1 (MQ=255)
                                                  gggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGGCCGTggg                                                    <  2:1801691‑M1/74‑1 (MQ=255)
                                                  gggtccgtcggATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTggg                                                    >  1:2168042/7‑101 (MQ=11)
                                                    atcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGgtccgtgggatcggtggggtccgtgggatcggtcgggg                                                  <  2:836570‑M2/101‑39 (MQ=255)
                                                        gtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                              <  2:1256219/101‑1 (MQ=14)
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                                                                                                gATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGGCGGGTCGGTgggatcgggcggg      >  2:4584257/1‑91 (MQ=11)
                                                                                                   ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg   <  2:4010593‑M2/101‑86 (MQ=255)
                                                                                                    |                                                                                                    
GCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGG  >  NC_014034/221942‑222142

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG