New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_014034 221953 =242 (1.040)122 (0.520) 23/196 18.3 0.21 coding (704/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
?NC_014034 = 222060 680 (2.870)coding (597/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
Rejected: Position hash score below cutoff.

Only 100 of 953 total aligned reads displayed.

CGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGACCGCTGTCGCCGC  >  NC_014034/221960‑222160
                                                                                                    |                                                                                                    
cggtggggtccgtgggatcggtcggggccgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                                                                      <  1:1698122/101‑1 (MQ=11)
cggtcgtgtccgtgggctccgtcggatccgtgggatCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                                                                      <  2:4468024/101‑1 (MQ=11)
cggtccggtccgtgggatcgttcgggtccgtcggatCGGTCGCGTCCGTTGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                                                                      <  2:3327970/101‑1 (MQ=11)
cggccgggtccgtgggaccggtcgggtccgtgggatCGGCCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                                                                      <  2:438966/101‑1 (MQ=11)
  gtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGCTCGGTCGGGTCCGt                                                                                                    >  1:3202836/7‑101 (MQ=11)
  gtgggagccgtgggatcggtcgggcccgtgggatcggtcggGCCCGTGGGCGCGGTCGGGGCCGCGGGCTGGGGGGGGCCCGTGGGGTGGCTCGGGGCCgc                                                                                                    >  1:2984585/8‑100 (MQ=2)
  gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGCGGATTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCgg                                                                                                    >  1:4067148/1‑100 (MQ=11)
   tcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggagcggTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGtg                                                                                                   <  1:4328687/101‑2 (MQ=14)
    cggaTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGtccgcgg                                                                                                  <  2:4660498‑M1/97‑4 (MQ=255)
     gggtcggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAgg                                                                                                 >  1:41184‑M1/55‑101 (MQ=255)
     gggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGgg                                                                                                 >  1:675418/1‑101 (MQ=11)
      ggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtggGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGCGGATCGGGCGGGTCCGTGggg                                                                                                >  2:1943135/1‑100 (MQ=11)
      gatccgtggggtccgtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCGGCGGGATCGCTAGGGAcccagcga                                                                                                >  2:2654727/3‑95 (MQ=2)
       gtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATGGGTCGGGGCCGTGGGAGGGGTCGGGGCCGtggtcg                                                                                               >  2:3249658/1‑96 (MQ=11)
       gtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTGGGGGCCGtggcgt                                                                                               >  1:4524782/1‑96 (MQ=11)
       gtccgtcgggtcggtcggggccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTTGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                                                                               <  1:2689449/101‑1 (MQ=11)
       atcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGAt                                                                                               <  1:4422006‑M1/49‑1 (MQ=255)
        ttcgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggGTCCGTTGGATCGGTCGTATTCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTTGGAtc                                                                                              <  1:3463428/99‑1 (MQ=11)
        tccgggggatcggtcggttccgtggtggcggccggTCCCCTGGGATCCGTCGGGCCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                                                              <  2:4059788/101‑1 (MQ=2)
        gccgtggggtcgctcgggtccgtggcatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAGCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                                                              <  2:1192927/100‑1 (MQ=11)
        gccgtggggtccgtgggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                                                              <  1:3643582/100‑1 (MQ=11)
         cgctgggatcgttcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGCATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                                                             <  2:546619/98‑1 (MQ=11)
         ccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGggcccg                                                                                             >  2:1411389/1‑97 (MQ=11)
         ccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCGGTGGGGtcg                                                                                             >  2:2171910/1‑101 (MQ=14)
         ccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                                                             >  1:90485/1‑101 (MQ=11)
         ccgtgggatcggcgcggtccgtgggatccgtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                                                             <  2:3505773/101‑1 (MQ=11)
         ccgtgggagcggtcggttccgtgggatcggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                                                             <  2:1503430/101‑1 (MQ=11)
          cgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg                                                                                            >  1:3959537/1‑101 (MQ=11)
           gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggg                                                                                           >  2:3669909/1‑100 (MQ=14)
           gtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                                                                           >  2:2307961/1‑101 (MQ=11)
           gtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGCCGGATCCGTGGGAtgggt                                                                                           >  1:3887352/1‑101 (MQ=11)
           gggggatctgtcgggttcgtcgggtcggtcgtATCCTGGGGATCGGTCGGGTCGGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                                                                           <  2:1827921/99‑1 (MQ=11)
            tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                                                          >  1:247737/1‑101 (MQ=11)
            tgggatcggtcggatccgtgcgatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGAtcggtc                                                                                          >  1:3362420/1‑101 (MQ=11)
            tgggatcgggcgggtccgggggagcggtcggGGCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                                                          <  1:2160132/101‑1 (MQ=14)
             gggatcggtcgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGCTCGGTCGGGCCCGTGGGGtcggggg                                                                                         >  2:3599748/1‑98 (MQ=11)
             gggatcggacggatccgtgggatcggtcggATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGCAGGGTCGGTCGGGGCCGCCGGCTCGGGAGGTTCAGAGGGAtcggtcg                                                                                         >  2:1142601/1‑101 (MQ=2)
               ggtccgtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGgtgggg                                                                                       >  2:1066833/6‑101 (MQ=11)
               gatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcggg                                                                                       >  2:600853‑M1/45‑101 (MQ=255)
                 tgtgtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtc                                                                                     <  1:2587403/98‑1 (MQ=14)
                 tccgtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCGGTGGGATCGgccggatc                                                                                     >  1:1584239/4‑101 (MQ=11)
                   ggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAACGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCGGTCGGATCGgtcgggtccg                                                                                   >  2:3159523/1‑101 (MQ=11)
                   ggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGTGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccg                                                                                   >  1:1352460/1‑101 (MQ=14)
                    gtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGACCGggcgggtcagg                                                                                  >  2:1359750/1‑98 (MQ=11)
                     tcggatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccgtc                                                                                 <  2:390780/101‑1 (MQ=11)
                     gcggatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccgtc                                                                                 <  2:2744163/100‑1 (MQ=11)
                      cggatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccgtcg                                                                                >  2:4249428/1‑101 (MQ=11)
                       gggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgtggg                                                                               <  1:53776/101‑1 (MQ=11)
                       gggtccgtcggatcgggcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgtcgg                                                                               <  1:2746371/101‑1 (MQ=11)
                       ggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcgg                                                                               <  1:1935548/98‑1 (MQ=255)
                         atccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGATCGgtcggagccgtggtat                                                                             >  2:3452608/2‑96 (MQ=11)
                          tccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgtggggtc                                                                            <  2:3084442/101‑1 (MQ=11)
                          tccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccgtcgggtc                                                                            <  2:3734385/101‑1 (MQ=11)
                           cggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcgggtcc                                                                           <  1:3757518‑M1/69‑1 (MQ=255)
                            cgttggatcggtcggGTCCTTTGGCTCGGTCGGGTCCGTGGGCTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGtcggatccgtggggtccg                                                                          <  2:3825718/101‑1 (MQ=14)
                             gtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGATCGGTcgggtccgtggggtccgt                                                                         >  1:1192172/1‑101 (MQ=14)
                             gtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTggggtccgtcgggtccgt                                                                         <  2:2250265/98‑1 (MQ=11)
                                 ggtccgtgggatccgtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGa                                                                     >  2:1294716‑M1/27‑101 (MQ=255)
                                 ggtccggggggtcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGa                                                                     >  1:1459292‑M1/27‑101 (MQ=255)
                                 gatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGa                                                                     >  2:1885251/1‑101 (MQ=14)
                                  gtcggtcggGTCCGTGGGATCGGGCGTGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGAt                                                                    <  2:4601938/100‑1 (MQ=11)
                                  gtccgtcggATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGTATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGAt                                                                    <  2:4106657/97‑1 (MQ=11)
                                     ggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAGCCGGGGGGTCCGTCGGGTCCGGGGGAtcgg                                                                 >  2:2374996/1‑101 (MQ=11)
                                     cgtcggATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGAtccg                                                                 <  2:2430799/100‑3 (MQ=11)
                                      gtgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGgtcggg                                                                <  2:2120756‑M1/80‑2 (MQ=255)
                                      gtgggATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGGCCGTCGGCTCCGTGGGGtcggc                                                                >  1:3307279/4‑100 (MQ=14)
                                      gtcggATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGAtccgg                                                                >  1:3697852/1‑98 (MQ=11)
                                       tgggATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGGCCGGCGGGCCCGTGGGAccgggc                                                               >  2:3373023/3‑99 (MQ=11)
                                       tcggGTCCGTAGGATCCGTCGGGGCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                               <  2:1719252/101‑1 (MQ=14)
                                       tcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAtccgtg                                                               >  1:2311802/1‑100 (MQ=11)
                                        cggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCTGATCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcgggag                                                              >  1:2390850/1‑98 (MQ=17)
                                         ggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGCTCGGACGGGGCAGTCGGGTCGGTCGGagacgtggg                                                             >  2:1022334/1‑93 (MQ=11)
                                         ggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGACCGTGGGATCGGTCGGGCCCGTGGGGTCCGTTTGAtccgtggg                                                             >  1:1138940/1‑101 (MQ=11)
                                          gATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGAtccgtgggc                                                            >  2:2052796/1‑100 (MQ=11)
                                           atcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGAt                                                           <  2:674141‑M1/85‑1 (MQ=255)
                                            tcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATc                                                          <  1:1049475‑M1/86‑1 (MQ=255)
                                             cggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                         <  1:4200575‑M1/87‑1 (MQ=255)
                                               ggaggATCGGTCGGGTCGGTCGGAGCTGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                       <  2:1577260/98‑1 (MQ=14)
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                                                     tcggtcggGTCCGTCGGAGCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtc                                                 <  2:2875952/101‑1 (MQ=14)
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                                                                                                    |                                                                                                    
CGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGACCGCTGTCGCCGC  >  NC_014034/221960‑222160

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 14 ≤  ATCG  < 22 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG