| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_014034 | 1,951,207 | C→G | 92.0% | A129A (GCG→GCC) | ssb1 ← | single‑stranded DNA‑binding protein |
| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_014034 | 1,951,207 | 0 | C→G | 92.0% | 26.8 ‑0.9 0.0 | 163 | A129A (GCG→GCC) | ssb1 | single‑stranded DNA‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (81/69): ref base (5/8): total (86/77) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 3.87e-01 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
Only 100 of 175 total aligned reads displayed.
GCCCGACGAGGGGGCCGAGGAGCCGCCGCCACCGCCGCCATAGCCCGCGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCGCG.CGTAATTGCCACCGCCGCGCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCGCAGCACCACCTCGGTCGT > NC_014034/1951114‑1951299
|
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cgccgcccccgccgccaTAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAgccgccg < 1:3075939/101‑1 (MQ=255)
ccccccccccgccgccaTAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAgccgccg < 1:1156341/93‑1 (MQ=255)
cccccccccgccgccaTAGCCCGGCCCGTCAGCGTAGCCCCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAgccgccgc < 2:3661582/94‑1 (MQ=255)
cccccgccgccaTGGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGACCCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATc < 1:4274151/98‑1 (MQ=255)
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ccaccgccgccaTAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATc > 1:4086368/1‑101 (MQ=255)
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cccgccCGGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCGCAGcacca < 1:192087/100‑1 (MQ=255)
ccgccCGGCGACCCG.GCGCCGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCGCAGcaccac < 1:3934951/101‑1 (MQ=255)
ccccTGCGACCCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCGCAGCACCACCt < 2:2481589/100‑1 (MQ=255)
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cTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCGCAGCACCACCTCgg > 1:545816/1‑101 (MQ=255)
cTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCGCAGCACCACCTCgg > 2:2026100/1‑101 (MQ=255)
cGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCGCAGCACCACCTCGGTCg > 1:1129243/1‑101 (MQ=255)
cGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCGCAGCACCACCTCGGTCg > 2:2193404/1‑101 (MQ=255)
cGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCGCAGCACCACCTCGGTCg > 2:3781834/1‑101 (MQ=255)
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GCCCGACGAGGGGGCCGAGGAGCCGCCGCCACCGCCGCCATAGCCCGCGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCGCG.CGTAATTGCCACCGCCGCGCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCGCAGCACCACCTCGGTCGT > NC_014034/1951114‑1951299
Base quality scores:
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 15 ≤
ATCG
< 23 ≤
ATCG
< 32 ≤
ATCG
< 40 ≤
ATCG
|