Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 221,997 G→C 1.5% T220T (ACC→ACG)  RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034221,9970G→C 1.5% 7.7 0.0 0.0833T220T (ACC→ACG) RCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (8/9):  ref base (377/438):  total (385/448)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00

Only 100 of 1831 total aligned reads displayed.

TGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCC.GTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGG  >  NC_014034/221897‑222097
                                                                                                    |                                                                                                     
 cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                                                                                                      <  1:3903788‑M1/31‑1 (MQ=255)
 cgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcgg                                                                                                      <  2:3291114‑M1/37‑1 (MQ=255)
    gggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGGTGCGTAGGAtcggtcg                                                                                                   <  2:3140997‑M1/34‑1 (MQ=255)
        gTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATc                                                                                               >  1:1537472/1‑101 (MQ=255)
         tCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgcccac                                                                                              <  2:856123/101‑6 (MQ=255)
            tcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                                                                                           <  1:184951‑M1/48‑1 (MQ=255)
            ccGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                                                                                           >  2:1935431/1‑101 (MQ=255)
            ccGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                                                                                           >  2:1845947/1‑101 (MQ=255)
              ggATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                                                                         <  1:3248745/101‑1 (MQ=255)
               ggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                                                                                        <  1:167148‑M1/45‑1 (MQ=255)
               gatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGtgggc                                                                                        <  1:1002062‑M1/51‑2 (MQ=255)
                gtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                                                       >  2:577630‑M1/56‑101 (MQ=255)
                    cgcTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                                                   >  1:4427529/1‑101 (MQ=255)
                     tgggatctgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                                                  >  1:219696‑M1/45‑101 (MQ=255)
                      gggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                                                                 <  2:1117442‑M1/52‑1 (MQ=255)
                         atcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGt                                                                              <  1:3599760‑M1/61‑1 (MQ=255)
                          tcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                                             >  1:434228‑M1/40‑101 (MQ=255)
                           cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                                            <  2:150673‑M1/63‑1 (MQ=255)
                           cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                                            <  1:97189‑M1/63‑1 (MQ=255)
                             gtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCC.Gt                                                                         <  1:1353805‑M1/59‑1 (MQ=255)
                                gggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCC.GTggg                                                                      <  1:2519882‑M1/62‑1 (MQ=255)
                                gggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCC.GTggg                                                                      <  1:2059527‑M1/68‑1 (MQ=255)
                                ggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCGGTGGGGTCC.GTggg                                                                      <  1:2869705‑M1/62‑1 (MQ=255)
                                 gttccgttggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCC.GTGGGa                                                                     >  2:2437734‑M1/39‑101 (MQ=255)
                                   ggCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCC.GGGGGAtc                                                                   >  2:432869/1‑101 (MQ=255)
                                    gcgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCC.GTGGGAtcg                                                                  >  1:683724‑M1/36‑101 (MQ=255)
                                      gtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCC.GTGGGAtcggt                                                                >  2:751023‑M1/28‑101 (MQ=255)
                                      gtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCC.GTGGGAtcggt                                                                <  1:211535‑M1/68‑1 (MQ=255)
                                      gtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCC.GTGGGAtcggt                                                                <  1:235550‑M1/68‑1 (MQ=255)
                                        ggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCC.GTGGGAtcggtcg                                                              >  2:4489504‑M1/32‑101 (MQ=255)
                                        cGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCC.GTGGGAtcggtcg                                                              <  1:4008274/101‑1 (MQ=255)
                                         ggATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCC.GTGGGAtcggtcgg                                                             <  1:1133834/101‑1 (MQ=255)
                                           gtccGTCGGATCGGTGGGACCGGGCCGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCC.GTGGGATCGGTCGGAt                                                           <  2:3216736/98‑1 (MQ=11)
                                            tcggtcgggtccgtgggatcggtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCC.GTGGGATCGGTCGGATc                                                          <  2:418800‑M1/74‑1 (MQ=255)
                                               ttGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCGGACGGATCGGTCCGGTCC.GTGGCAtcggccggggccgg                                                       >  1:4672493/2‑95 (MQ=2)
                                                tcggatccgtgggatcggtcgggTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCC.GTGGGATCGGTCGGATCCGTg                                                      <  1:4510834‑M1/78‑1 (MQ=255)
                                                tGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCC.GTGGGATCGGTCGGATCCGTg                                                      >  2:2058830/1‑101 (MQ=255)
                                                  gggtccgtggggtcggtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCC.GTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                                    >  1:106420‑M1/22‑101 (MQ=255)
                                                    atcaggcggAGCGCTCGGGCCCGTCGGAGCGGTCGGGCCCGTCGGACCCGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCC.GTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAt                                                  <  2:2927323/95‑1 (MQ=2)
                                                      cggtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCC.GTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                <  1:3339707/101‑1 (MQ=255)
                                                      ccgtggggtccGTCGGCTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCC.GTGGGATCGGTCGGGTccgtggggtcc                                                >  1:3174926‑M1/12‑97 (MQ=255)
                                                      ccgtcggAGCGGTCGGGTCCGTTGGCTCGGTCGGGTCCGTTGGATCTGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCC.GTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGtcc                                                <  2:4664642/99‑2 (MQ=11)
                                                         tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGCCCGTGGGGGACG.CGGGTCCGGTGGGGTAGGTCGGTCCCGTGGGAtggttg                                             >  2:4565609/3‑96 (MQ=2)
                                                         tgggatcggtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGTATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCC.GTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                             >  2:1725609‑M1/15‑101 (MQ=255)
                                                         ggggatcggtcgggttcgtgggagcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCC.GTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                             <  1:4595084/99‑1 (MQ=14)
                                                          tggatccggcgggtccgtgggttccgtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCC.GTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                            <  2:3027791/100‑1 (MQ=14)
                                                           ggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCC.GTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                           <  1:382277/101‑1 (MQ=11)
                                                            gatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggGATCGGTCGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGTCC.GTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcagtcgga                                          >  1:767979/1‑100 (MQ=14)
                                                              tcaggcggaTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCC.GTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                        >  2:438582‑M1/10‑101 (MQ=255)
                                                               gtctcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCC.GTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGatcc                                       >  2:2610845‑M2/4‑97 (MQ=255)
                                                               gggtcggatccgtgggggcggtcgggtccttgggatcGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCC.GTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                       <  2:1414928/100‑1 (MQ=14)
                                                               gcggggggtccgtgggagcggtggggtccgtgggatcggtgGGGTGGGTGGGATCGGGCGGGTCC.GTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATcc                                       <  1:4290622/96‑1 (MQ=2)
                                                               cggtggggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCC.GTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                       <  2:1019090/101‑1 (MQ=11)
                                                               cggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCC.GTGGGGCCGGTGGGTTCGGTGGGGTCGTGCggggcg                                       >  2:3399772/1‑98 (MQ=11)
                                                               cggcgggttccgtgggatcggtcgggtcggggggatcggtccgGGCCGGGGGATCGGTCGGGTCC.GTGGGATCGGTCGGGTCAGTGGGATCGGTCGGGTcc                                       <  1:3494132/93‑1 (MQ=11)
                                                               ccgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCC.GTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                       <  2:1262783/99‑1 (MQ=14)
                                                                ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCC.GTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGatcgg                                      <  1:600917‑M2/101‑6 (MQ=255)
                                                                  tcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCC.GTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGGCggggcgggg                                    >  2:1627602/1‑95 (MQ=11)
                                                                   gggttccctggcatcggtcgtgtccgtgggatcggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCC.GTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGtgg                                   <  2:2298554/97‑3 (MQ=11)
                                                                    gggtccgtgggatgggtcgggtccgtgggatcggtcGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCC.GTGGGATCGGTCGGATCCGTGgggtccgtgggatcggtcgg                                  >  2:1996972‑M2/1‑81 (MQ=255)
                                                                    gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCC.GTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGgtccgtggg                                  <  2:219671‑M2/101‑10 (MQ=255)
                                                                    gggtccgggggatcggtcgggtccgtgggctcggtcGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCC.GTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGgg                                  <  2:93449/101‑1 (MQ=14)
                                                                    ggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCC.GGGGGATCGGTAGGATCCGTGGGATCGGCCGGGTCCGTGgg                                  >  1:3044029/4‑101 (MQ=14)
                                                                      gtgcgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggttggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCC.GTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                <  2:666297/98‑1 (MQ=11)
                                                                      gtccgtcgggtcggtcgggtccgtgggatcggtctgGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCC.GTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                <  2:3832307/101‑1 (MQ=11)
                                                                      ggccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatCCGTGGGATCGGTCGGGTCC.GTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGgtccgtgggat                                >  1:1745903‑M2/3‑90 (MQ=255)
                                                                       gccgtggggtcgctcgggtccgtggcatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCC.GTGGGGTCCGTCGGAGCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                               <  2:1192927/100‑1 (MQ=11)
                                                                        cgggggcatcggtgggggccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCC.GTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                              <  2:2358434/94‑1 (MQ=11)
                                                                        ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCC.GTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGCGGGAtcg                              >  1:419748/1‑101 (MQ=11)
                                                                        ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCC.GTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGgtccgtgggatcg                              >  1:2654881‑M2/1‑88 (MQ=255)
                                                                         cgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCC.GTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGCCCGTGGGAtcgg                             >  1:3422218/1‑101 (MQ=11)
                                                                         cgggggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCC.GTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                             <  1:1416111/98‑1 (MQ=14)
                                                                          gtgggctcggttgggtccgtgggctcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCC.GTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                            <  2:3560909/101‑1 (MQ=14)
                                                                          gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCC.GTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGatccgtgggatcggt                            >  1:298178‑M2/1‑86 (MQ=255)
                                                                          gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCC.GTGGGATCGGTCGGATCCGTGgggtccgtgggatcggtcgggtccgt                            <  2:496841‑M2/101‑27 (MQ=255)
                                                                          gtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCC.GTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGgtccgtgggatcggt                            <  2:3714980‑M2/101‑16 (MQ=255)
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                                                                                                 atcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCC.GTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggc     <  2:2533444‑M2/101‑39 (MQ=255)
                                                                                                    |                                                                                                     
TGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCC.GTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGG  >  NC_014034/221897‑222097

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG