Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 222,014 Δ1 bp 0.4% coding (643/2748 nt) RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034222,0140C→. 0.4% 6.9 ‑1.3 ‑0.61657coding (643/2748 nt)RCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (5/2):  ref base (806/840):  total (813/844)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 2.79e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 2.38e-01

Only 100 of 2042 total aligned reads displayed.

TCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCG  >  NC_014034/221914‑222114
                                                                                                    |                                                                                                    
   gtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGatcggc                                                                                                   <  1:1885760‑M1/62‑2 (MQ=255)
    tgggatcggtccgatccgtgggatcggtcgtgtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                                                                  >  2:841143‑M1/39‑101 (MQ=255)
    ggggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                                                                  >  1:763179‑M1/39‑101 (MQ=255)
     gggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                                                                                 <  2:4922199‑M1/64‑1 (MQ=255)
        aTCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCgggg                                                                                              >  2:3653711/1‑100 (MQ=255)
          cGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                                                            >  1:2565137/1‑101 (MQ=255)
             tcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                                                                                         >  1:4729846‑M1/30‑101 (MQ=255)
                 atccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGAt                                                                                     <  2:4214778‑M1/76‑1 (MQ=255)
                    cgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg                                                                                  >  2:2180937‑M1/23‑101 (MQ=255)
                    cgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg                                                                                  <  1:5031227‑M1/79‑1 (MQ=255)
                     gtgggatcggtcgggtccgtcGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                                                                 >  1:1688614‑M1/22‑101 (MQ=255)
                      tgggatcggtcgggtccgtcGGAGCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                                                >  2:2017538‑M1/21‑101 (MQ=255)
                        ggATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgggcgg                                                                              >  1:988919/1‑101 (MQ=255)
                        gcagtgtcgggATCCGTCGCAACGGTCGGGGCCGTGGGATCGGGCGGATCGGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                                                              <  2:2284463/93‑1 (MQ=11)
                            cggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                                          >  1:4281184‑M1/15‑101 (MQ=255)
                                 gggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                                                     <  2:1557544‑M1/92‑1 (MQ=255)
                                      catgggatcggttgggtgctttgggtcggtcgggtccgtgGGATCGCTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcgg                                                                <  1:627188/97‑1 (MQ=11)
                                       gtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                                               <  2:1433750‑M1/98‑1 (MQ=255)
                                        tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGCTCGTGGGCTCGGTCGGCTTCGTGGGAgcgggt                                                              >  1:552213/3‑99 (MQ=11)
                                        tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTGGGAGCCGTggggcccgtg                                                              >  2:4469331/3‑94 (MQ=11)
                                        tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                              <  1:2092250/99‑1 (MQ=11)
                                        tgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                              <  1:3217402‑M1/99‑1 (MQ=255)
                                        tgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                              >  1:149035‑M1/3‑101 (MQ=255)
                                          ggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAGCGGGCGGGGCCGTGGGGacgggcgg                                                            >  2:1242584/1‑101 (MQ=11)
                                          ggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcggtcgg                                                            <  2:3948608/101‑1 (MQ=11)
                                           gatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggGATCGGTCGGTTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgga                                                           <  2:4418604/101‑2 (MQ=11)
                                            gtctgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtcggat                                                          <  1:1568596/97‑3 (MQ=14)
                                            gtcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggaTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGt                                                          <  2:3479008/100‑1 (MQ=11)
                                             tcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaggaTCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                         <  2:3311430/101‑1 (MQ=11)
                                              cggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcg                                                        >  2:2870885/1‑100 (MQ=11)
                                              cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGCCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATcc                                                        >  2:583967/1‑101 (MQ=11)
                                              cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTcc                                                        <  1:2363715/101‑1 (MQ=11)
                                              cggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                        >  2:653902/1‑101 (MQ=11)
                                              cggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                        <  1:1423228/101‑1 (MQ=11)
                                              ccgtcgggtccgttgggtcggtggggtccgggggatcgGTCGTGTCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                        <  2:4852639/99‑1 (MQ=11)
                                              ccgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGGGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGGcc                                                        >  2:4338527/3‑101 (MQ=14)
                                               ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                       <  2:3077558/101‑1 (MQ=14)
                                               ggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGATGGGTCGGGTCCg                                                       >  2:1776999/1‑101 (MQ=11)
                                               ggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaggatcGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                                       >  1:3000167/1‑101 (MQ=11)
                                               cgtcagatccctgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                       <  2:1687281/94‑1 (MQ=11)
                                                gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcact                                                      >  1:2794953/1‑98 (MQ=14)
                                                gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCgg                                                      >  1:1060985/1‑100 (MQ=14)
                                                gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgggggattgGTCGGGGCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                      <  1:3320675/101‑1 (MQ=11)
                                                gtcggatccgtgggatcggtgggatccgtaggatcgGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                      <  2:1888495/101‑1 (MQ=11)
                                                gtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgGTCGGATCCGTG.........GGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCGGGAGGAtcggg                                             >  2:4571006/1‑100 (MQ=17)
                                                 tcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATTCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtg                                                     >  2:2514352/1‑100 (MQ=14)
                                                 tcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGtg                                                     >  1:3493529/1‑100 (MQ=14)
                                                 tcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                                                     >  1:3780752‑M2/1‑100 (MQ=255)
                                                  ggggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGtgg                                                    <  1:676724/100‑3 (MQ=11)
                                                  cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTGGGGGCCGtgg                                                    >  2:719818/1‑99 (MQ=14)
                                                  cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                                    <  1:4877103‑M2/101‑3 (MQ=255)
                                                  cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGATCGGTGGGATCGGTCGGGCCCGtgg                                                    >  1:2632514/1‑99 (MQ=14)
                                                  cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGATCGGTCgggagcgtgg                                                    >  2:3816888/1‑94 (MQ=11)
                                                  cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgg                                                    >  2:3544767‑M2/1‑99 (MQ=255)
                                                   gggtccggaggagccgtcgggcccgtgggatcggtcGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGgg                                                   <  2:3735703/101‑1 (MQ=11)
                                                    gtggcgttggattggtcgggtccgtcgcatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                                                  <  2:2119284/97‑1 (MQ=11)
                                                    ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGGCCGTGGGAGCGGGCGGGTCCGTGGGa                                                  >  2:1055824/1‑101 (MQ=11)
                                                    ggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtggGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCggggga                                                  >  1:362055/1‑96 (MQ=11)
                                                    gctccgtgggatcggtcgggtccgtcggatccgtgggATCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                                                  <  2:3408567/99‑1 (MQ=11)
                                                      accgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATTTTTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                <  1:4631262/100‑1 (MQ=11)
                                                       ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcg                                               <  1:3529717‑M2/101‑8 (MQ=255)
                                                         gtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggt                                             >  1:1246404‑M2/1‑92 (MQ=255)
                                                         gtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggt                                             <  1:1001112‑M2/101‑10 (MQ=255)
                                                            ggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgggatcggtcgg                                          >  1:3132770‑M2/1‑89 (MQ=255)
                                                            ggatcggtcgggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgg                                          <  2:2593938‑M2/101‑13 (MQ=255)
                                                               tctgtcggggccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtc                                       <  2:900145/98‑1 (MQ=11)
                                                                cggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggggtcggtcgggtcc                                      <  1:1329977‑M2/101‑17 (MQ=255)
                                                                cggtcgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtcc                                      <  1:4435786/101‑1 (MQ=11)
                                                                cgggcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatcc                                      >  1:2890114‑M2/1‑85 (MQ=255)
                                                                 ggtggggtccgtgggatcggtcggGTCCCTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccg                                     >  2:2694236‑M2/1‑84 (MQ=255)
                                                                   gcggatccgtaggagcggtctgGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCTGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccgtc                                   <  1:2172192/100‑1 (MQ=11)
                                                                      ggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtggga                                <  1:4516413‑M2/101‑23 (MQ=255)
                                                                      gatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcgga                                >  2:4670301/3‑100 (MQ=255)
                                                                         ccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcg                             <  1:1778199‑M2/101‑26 (MQ=255)
                                                                             cgggtccgtgggATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGGgg                         >  1:2260910/11‑101 (MQ=11)
                                                                              gggtccgtgggATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTggg                        >  1:4931036/10‑101 (MQ=11)
                                                                                 tccgggggATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtc                     <  1:1143651/95‑1 (MQ=14)
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                                                                                                ggATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgg      <  2:4033623‑M2/101‑49 (MQ=255)
                                                                                                   tcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatc   <  1:4113582‑M2/101‑52 (MQ=255)
                                                                                                    |                                                                                                    
TCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCG  >  NC_014034/221914‑222114

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG