Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 222,017 Δ1 bp 0.4% coding (640/2748 nt) RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034222,0170T→. 0.4% 6.8 ‑1.3 ‑1.01651coding (640/2748 nt)RCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (5/2):  ref base (787/851):  total (796/855)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 2.72e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.05e-01

Only 100 of 2047 total aligned reads displayed.

CGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGT  >  NC_014034/221917‑222116
                                                                                                    |                                                                                                   
    cATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGGCggg                                                                                                 >  2:1688485/1‑101 (MQ=255)
       cggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                                                              <  1:913768‑M1/69‑1 (MQ=255)
       cgggcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                                                              >  2:4846033‑M1/33‑101 (MQ=255)
          tcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                                                                                           <  1:4917823‑M1/72‑1 (MQ=255)
              ggccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                                                                       >  1:477224‑M1/26‑101 (MQ=255)
               tccgtcggatcggtctggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                                                      >  2:3477604‑M1/25‑101 (MQ=255)
                cggTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTtggggcc                                                                                     >  1:843734/3‑97 (MQ=11)
                ccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                                                     >  1:2882660‑M1/24‑101 (MQ=255)
                ccggctgATGCGTCTGATCCGTGGGATCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                                                     <  2:4414395/95‑1 (MQ=11)
                 cgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg                                                                                    <  1:4853250‑M1/79‑1 (MQ=255)
                  gtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                                                                   <  2:3407094‑M1/80‑1 (MQ=255)
                      gATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGa                                                                               >  1:982663/1‑101 (MQ=255)
                         gCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                                            <  1:2790637/101‑1 (MQ=255)
                            tcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                                                                         <  1:531930‑M1/90‑1 (MQ=255)
                              gggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                                                       <  2:1557544‑M1/92‑1 (MQ=255)
                              gggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                                       <  2:240992‑M1/92‑1 (MQ=255)
                                gtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAGCGGTCGGAACCGTGGGAt                                                                     >  1:2157639/8‑101 (MQ=11)
                                gtccgggggatcggtcgggtccgggggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAt                                                                     <  1:1676950/94‑1 (MQ=11)
                                 tcgggggggtcggtggggtcggtgggatcggtcgggtccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtc                                                                    <  1:18811/92‑1 (MQ=11)
                                  cggtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAGCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                                   <  1:2613285/101‑1 (MQ=255)
                                  ccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                                   <  2:2122335‑M1/96‑1 (MQ=255)
                                  ccctcggcgcggtcggggcccttggagcggccgggcccctgggatCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGtcc                                                                   <  2:836883/92‑2 (MQ=2)
                                   cgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGAtccgtggggtccg                                                                  >  1:3701608‑M1/5‑96 (MQ=255)
                                    gtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                                                 <  2:1433750‑M1/98‑1 (MQ=255)
                                     tggggtccgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGGTCCGGGGGAtcggtc                                                                >  1:4471242/9‑101 (MQ=11)
                                     tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTGGGGTCCGGGGGGtcggcg                                                                >  2:3543131/3‑99 (MQ=11)
                                     tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCGGTGGGAtcggtg                                                                >  2:4746835/3‑100 (MQ=11)
                                     tgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGCTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                                >  2:1898741‑M1/3‑101 (MQ=255)
                                     nnnnnnnnnncgggtccntgggatcggtcgggtccgtcggatcggtCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                                <  2:1336348/91‑1 (MQ=11)
                                      gGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                               <  1:2702909‑M1/100‑1 (MQ=255)
                                       gggtcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaggaTCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                                              <  1:3527732/98‑1 (MQ=11)
                                       ggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAGCGGGCGGGGCCGTGGGGacgggcgg                                                              >  2:1242584/1‑101 (MQ=11)
                                       ggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcggtcgg                                                              <  2:3948608/101‑1 (MQ=11)
                                         atcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGGGGGGCCGGGGGATCGGGGGGGTCGGGGGGAtcgtgggggc                                                            >  2:3728284/1‑94 (MQ=11)
                                          tcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATc                                                           <  1:3600286/101‑1 (MQ=11)
                                          tcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaggaTCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                           <  2:3311430/101‑1 (MQ=11)
                                           cggtcgggtcggtgggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATcc                                                          <  1:1568020/101‑1 (MQ=11)
                                           cggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcg                                                          >  2:2870885/1‑100 (MQ=11)
                                           cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGATCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGATTGGTCGGGGTCGTGGGGTCGGGCGGGAcc                                                          >  2:4320269/1‑101 (MQ=11)
                                           cgggggggttcgtggggtcggtggggtccgtggggtccgtcGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                          <  1:3298450/96‑1 (MQ=14)
                                           cgctcgggtccgtgagatcggtcgggtccgtcggatcggTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                          <  2:4141322/98‑1 (MQ=11)
                                             gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCgg                                                        >  1:1060985/1‑100 (MQ=14)
                                              tcgggtccgggggtgcggtcgggtccgtgggatgggTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGtg                                                       <  1:4341719/101‑2 (MQ=11)
                                              tcggatccgtgggatctgtcggatccgtgggatcggTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGtg                                                       <  2:4468521/101‑2 (MQ=11)
                                               cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGATCGGTCgggagcgtgg                                                      >  2:3816888/1‑94 (MQ=11)
                                               cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                                      <  1:1474486‑M2/101‑3 (MQ=255)
                                                gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                                     >  1:3078865‑M2/1‑98 (MQ=255)
                                                gggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAgg                                                     >  1:4084898/1‑101 (MQ=11)
                                                 ggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcgGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                                                    >  1:2451204/1‑101 (MQ=11)
                                                 ggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggga                                                    >  2:306980‑M2/1‑97 (MQ=255)
                                                 gggacgtgggctcggtctggtccgtgggggccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                                                    <  2:653232/97‑1 (MQ=11)
                                                  gtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtcggtcggGTCCGTGGGACCGGTCGGGTCCGCGGGGGCGGTCGCATCGGCGGGCTCGCTCGGGGCCgcgccgc                                                   >  2:2694685/1‑95 (MQ=9)
                                                  gtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggggt                                                   <  1:4414714‑M2/101‑6 (MQ=255)
                                                  gtccgtgggatcggtcggatccgggggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTGGGACCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGAt                                                   <  1:4701539/101‑1 (MQ=11)
                                                      gtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggt                                               >  1:1246404‑M2/1‑92 (MQ=255)
                                                      gtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggt                                               <  1:1001112‑M2/101‑10 (MQ=255)
                                                        gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTG.........GGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcg                                    >  2:2953171/1‑101 (MQ=11)
                                                           gtcggtcgggtccgtgggatccgtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggt                                          >  2:716621‑M2/2‑87 (MQ=255)
                                                             cggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCTGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtcc                                        >  2:3176530‑M2/1‑85 (MQ=255)
                                                             cggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtcc                                        >  1:3399131‑M2/1‑85 (MQ=255)
                                                             cggcggggtccgtgggggccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtcc                                        <  1:2241823/96‑1 (MQ=11)
                                                              ggtcgtgtccgtgggaccgggcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccg                                       <  2:1052719/101‑1 (MQ=11)
                                                               gtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgt                                      <  1:2537986‑M2/101‑19 (MQ=255)
                                                               gtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCGGGGGGATCGATCGGGTCCGTGGGGTCGgccgggtcggt                                      >  2:2193405/1‑101 (MQ=11)
                                                                tcgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccggg                                     >  1:4590839/1‑99 (MQ=11)
                                                                   gatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccgtcggg                                  >  1:672499/3‑101 (MQ=11)
                                                                     tccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCTGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatc                                <  1:625403‑M2/101‑25 (MQ=255)
                                                                      ccgtgggtttggccggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcggatccgtggggtcc                               <  2:1778069/101‑1 (MQ=11)
                                                                      ccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcg                               <  1:1778199‑M2/101‑26 (MQ=255)
                                                                        gtgggatcggtcggATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTcgggtccgtcggatccgt                             >  2:4568572/1‑101 (MQ=11)
                                                                         tggggtccggcggACCCGTGTGATCGGTAGGATCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGTTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTcggatccgtgggatcggtc                            <  2:576010/101‑2 (MQ=11)
                                                                         tgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGGCCGTGGGATGGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggaccgt.gggtccggtc                           >  1:5002298/1‑98 (MQ=11)
                                                                         tgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTcgggtccgtcggatcggtc                            >  1:3479273/1‑100 (MQ=11)
                                                                          gggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTcgggtccgtcggatcggtcg                           >  2:5016845/1‑99 (MQ=11)
                                                                          gggatcggtcggATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTgg                           >  1:755246/1‑101 (MQ=11)
                                                                          cggatcggtgggaTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                           <  1:3196086‑M2/100‑30 (MQ=255)
                                                                           gggtccgtcggATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGTTCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTggg                          >  2:2765094/7‑101 (MQ=11)
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                                                                                                 ccgtcggatCCGTGGGATCGGTCGGATCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatcc    >  1:2089273‑M2/3‑49 (MQ=255)
                                                                                                  ggtcggGTCCGTGGGATCAGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccg   <  1:1406813‑M2/101‑54 (MQ=255)
                                                                                                   gtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgt  <  1:2356988‑M2/101‑55 (MQ=255)
                                                                                                    |                                                                                                   
CGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGT  >  NC_014034/221917‑222116

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG