New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_014034 = 22209891 (0.880)23 (0.220) 9/84 12.3 0.20 coding (559/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
?NC_014034 222103 = 94 (0.380)coding (554/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
Rejected: Position hash score below cutoff.

GGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGT...........................................................................................................................................................  >  NC_014034/222073‑222098
....................................................................................TCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGACCGCTGTCGCCGCCGCCGGACAGACCCAGGCCGGCCAGACCGGCCGCAGCCC  >  NC_014034/222103‑222199
                          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                                                                                                 
ggatcggcCGGGTCGGTGGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGG                                                                                  <  2:2108268/93‑1 (MQ=9)
  atcgGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGg                                                                                >  1:4103212/5‑100 (MQ=2)
   tctGTCGGGGCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTC                                                                               <  2:900145/98‑1 (MQ=255)
   tcggtaGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTC                                                                               <  1:1437389/95‑1 (MQ=0)
    cgGTCGGGTCGGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCC                                                                              <  1:3263898/99‑1 (MQ=2)
      GTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGT                                                                            >  1:608207/1‑101 (MQ=18)
       TCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCAGTGGGATCGGTCGGGCCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTG                                                                           <  2:2981797/101‑1 (MQ=255)
       TCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTG                                                                           <  1:3797117/101‑1 (MQ=12)
        CGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGG                                                                          >  1:4503252/1‑101 (MQ=18)
         GGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATGGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGG                                                                         <  1:4667223/101‑1 (MQ=12)
         GGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGG                                                                         >  2:4978312/1‑101 (MQ=17)
          GGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGt                                                                        >  1:2414122/1‑100 (MQ=17)
          GGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                                                                        <  1:2765296/101‑2 (MQ=14)
          GGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGa                                                                        >  1:1520636/1‑100 (MQ=9)
           GTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGat                                                                       <  1:3530553/101‑3 (MQ=11)
           GTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGat                                                                       <  2:3708140/101‑3 (MQ=11)
           GTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGat                                                                       <  1:546986/101‑3 (MQ=11)
            TCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGatc                                                                      <  2:5005106/101‑4 (MQ=0)
            TCCGTCGGAGCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGatc                                                                      <  1:478423/101‑4 (MQ=0)
             CCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGaccg                                                                     >  1:4532867/1‑97 (MQ=255)
               gtcGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGatcggt                                                                   >  1:4757247/4‑95 (MQ=0)
               gtcGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGatcggt                                                                   >  1:4734485/4‑95 (MQ=0)
                  GGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGtggttcgg                                                                >  2:18801/1‑93 (MQ=255)
                                                                    CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGACCGCTGTCGCCGCCGCCGGACAGACCCAGGCCGGCCAGAC              <  2:3457128/101‑1 (MQ=1)
                                                                       gGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGACCGCTGTCGCCGCCGCCGGACAGACCCAGGCCGGCCAGACCGG           <  1:3678616/100‑1 (MQ=14)
                                                                        GGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGACCGCTGTCGCCGCCGCCGGACAGACCCAGGCCGGCCAGACCGGC          <  1:1675961/101‑1 (MQ=32)
                                                                           TCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGACCGCTGTCGCCGCCGCCGGACAGACCCAGGCCGGCCAGACCGGCCGC       <  2:1896214/101‑1 (MQ=33)
                                                                                CGGGTCCGTGGGATCCGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGACCGCTGTCGCCGCCGCCGGACAGACCCAGGCCGGCCAGACCGGCCGCAGCCC  <  1:2334812/101‑1 (MQ=37)
                          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                                                                                                 
GGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGT...........................................................................................................................................................  >  NC_014034/222073‑222098
....................................................................................TCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGACCGCTGTCGCCGCCGCCGGACAGACCCAGGCCGGCCAGACCGGCCGCAGCCC  >  NC_014034/222103‑222199

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 20 ≤  ATCG  < 30 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG