New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_014034 221956 =286 (1.410)29 (0.140) 2/166 27.2 0.05 coding (701/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
?NC_014034 = 222045 804 (3.280)coding (612/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
Rejected: Position hash score below cutoff.

Only 100 of 1288 total aligned reads displayed.

TCGCCGGTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGG  >  NC_014034/221857‑222056
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 ggtccgtggggtcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggg                                                                                                    >  1:3641099‑M1/99‑100 (MQ=255)
 ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtggga                                                                                                    <  2:3042456‑M1/3‑1 (MQ=255)
 cGCCGGTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCgga                                                                                                    <  1:2193776/101‑1 (MQ=255)
  gtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggat                                                                                                   >  1:3708828‑M1/98‑101 (MQ=255)
  gCCGGTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggat                                                                                                   <  1:2008377/101‑1 (MQ=255)
    ccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                                                 >  1:4006302‑M1/96‑101 (MQ=255)
    ccgtgggatcggtcgcgtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                                                 >  2:4473664‑M1/96‑101 (MQ=255)
      gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggt                                                                                               <  2:2014514‑M1/8‑1 (MQ=255)
      gtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggt                                                                                               <  1:1001112‑M1/8‑1 (MQ=255)
      gTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggt                                                                                               >  1:470096/1‑101 (MQ=255)
         cccAACACCGTCTCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGGCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgg                                                                                            <  2:4218574/101‑1 (MQ=255)
            tcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtc                                                                                         >  2:4057873‑M1/88‑101 (MQ=255)
              ggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccg                                                                                       <  1:1203845‑M1/16‑1 (MQ=255)
                  gggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggg                                                                                   <  1:3166506‑M1/20‑1 (MQ=255)
                  gggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtggg                                                                                   >  1:4957687‑M1/82‑101 (MQ=255)
                            gatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggagcgggcgga                                                                         <  2:1569109‑M1/30‑2 (MQ=255)
                              tcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtc                                                                       >  1:250161‑M1/70‑101 (MQ=255)
                                ggTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccg                                                                     <  2:2212775/101‑1 (MQ=255)
                                 gtgtTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcggggccgtgggatcggtcgggtccgt                                                                    >  1:3411082/1‑101 (MQ=255)
                                     tggtggTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGAtcggtcgggtccgtgggatcggtggggtgcgtggga                                                                >  2:215681/1‑101 (MQ=255)
                                      atccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggat                                                               <  2:2596265‑M1/40‑1 (MQ=255)
                                        ccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                             >  1:1544070‑M1/60‑101 (MQ=255)
                                        ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcg                                                             >  1:2802825‑M1/60‑101 (MQ=255)
                                        ccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcg                                                             <  2:2790899‑M1/42‑1 (MQ=255)
                                         cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgg                                                            >  2:2893710‑M1/59‑101 (MQ=255)
                                         cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgg                                                            <  2:3840240‑M1/43‑1 (MQ=255)
                                          gtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggt                                                           <  1:2729952‑M1/44‑1 (MQ=255)
                                          gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtggggtcggt                                                           <  1:3888642‑M1/44‑1 (MQ=255)
                                          gtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtcggtcgggtccgtgggatcggt                                                           <  1:3556251‑M1/44‑1 (MQ=255)
                                           tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                          >  1:1433877‑M1/57‑101 (MQ=255)
                                            cggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                                         <  1:4086794‑M1/46‑1 (MQ=255)
                                             aGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGgtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgg                                                        >  1:4614581/1‑101 (MQ=255)
                                              gatcggtggggtcggtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggg                                                       >  1:1844086‑M1/54‑100 (MQ=255)
                                                gTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGCCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTTGGGTCCGTGGGTTCGGTCGGGTc                                                     >  1:2679678/1‑101 (MQ=37)
                                                   gtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                  >  2:4152624‑M1/49‑101 (MQ=255)
                                                   gtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                  >  2:2701953‑M1/49‑101 (MQ=255)
                                                     cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTgg                                                >  2:920139‑M1/47‑101 (MQ=255)
                                                     cGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgg                                                >  1:212985/1‑101 (MQ=255)
                                                      gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                               <  2:3638307‑M1/56‑1 (MQ=255)
                                                       ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtgggg                                              <  2:2319962‑M1/57‑2 (MQ=255)
                                                          ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcg                                           <  2:3202267‑M1/60‑1 (MQ=255)
                                                           cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGtcgg                                          <  2:4862080‑M1/61‑1 (MQ=255)
                                                             tgggatcggtccgatccgtgggatcggtcgtgtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                        >  2:841143‑M1/39‑101 (MQ=255)
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                                                                           tccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                          >  1:476964‑M1/25‑101 (MQ=255)
                                                                           tccgtgggatcggtcgggtccgtcGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGAGCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                          <  2:3149254‑M1/77‑1 (MQ=255)
                                                                            cggtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                         >  1:570932‑M1/24‑101 (MQ=255)
                                                                            ccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                         >  1:680980‑M1/24‑101 (MQ=255)
                                                                            ccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                         >  1:1910797‑M1/24‑101 (MQ=255)
                                                                            ccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                         <  2:110744‑M1/78‑1 (MQ=255)
                                                                            ccgtgggatcggtcgggtccgtcGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                         >  1:2274634‑M1/24‑101 (MQ=255)
                                                                             cgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                        >  2:4590517‑M1/23‑101 (MQ=255)
                                                                             cgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg                        <  1:4853250‑M1/79‑1 (MQ=255)
                                                                              gtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGatcggg                       <  2:442874‑M1/80‑2 (MQ=255)
                                                                                gggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGtccgtcg                     <  1:2594920‑M1/82‑1 (MQ=255)
                                                                                gggatcggtcgggtccgtcGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGATCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                     <  2:494256‑M1/82‑1 (MQ=255)
                                                                                     cggtcgttccggtgggATCGGTCGGGCCCTTGGGATCGGTCGTATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                <  2:748397/92‑1 (MQ=11)
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                                                                                      gggggggtccgtgGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCg               >  1:1069629‑M1/14‑101 (MQ=255)
                                                                                      cGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCg               >  1:4434124/1‑101 (MQ=255)
                                                                                          gggtccgtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCCGGTCCGTggg           <  1:4365902/95‑1 (MQ=11)
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                                                                                                   |                                                                                                    
TCGCCGGTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGG  >  NC_014034/221857‑222056

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 22 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG