New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_014034 221965 =595 (3.240)35 (0.190) 6/150 22.1 0.08 coding (692/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
?NC_014034 = 222128 182 (0.740)coding (529/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
Rejected: Position hash score below cutoff.

Only 100 of 1515 total aligned reads displayed.

GCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGG  >  NC_014034/221865‑222070
                                                                                                    |                                                                                                         
gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                                                                                           <  1:4809129‑M1/10‑1 (MQ=255)
gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                                                                                           <  1:2014520‑M1/10‑1 (MQ=255)
 ggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgg                                                                                                          <  2:3600015‑M1/11‑1 (MQ=255)
 ggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgg                                                                                                          >  1:3132770‑M1/91‑101 (MQ=255)
   atcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggt                                                                                                        <  1:4881686‑M1/13‑1 (MQ=255)
    tcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtc                                                                                                       >  1:3430224‑M1/88‑101 (MQ=255)
     cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtcc                                                                                                      >  1:2699735‑M1/87‑101 (MQ=255)
      ggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccg                                                                                                     <  1:1203845‑M1/16‑1 (MQ=255)
      ggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggggccg                                                                                                     <  1:504623‑M1/16‑1 (MQ=255)
        tcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtg                                                                                                   <  2:2560681‑M1/18‑1 (MQ=255)
          gggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtcggtggggtccgtggg                                                                                                 <  1:4006016‑M1/20‑1 (MQ=255)
          gTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtggg                                                                                                 <  2:1463070/101‑1 (MQ=255)
                 aGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                                                          <  2:4012253/101‑1 (MQ=255)
                           cggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgggcgggtccgcgg                                                                                <  1:2765124‑M1/37‑4 (MQ=255)
                              ggtggtCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGGCGGATcggtcggggccgtgggatcggtggggtccgtgggat                                                                             >  1:3693139/1‑101 (MQ=255)
                              ggccgtggggtcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggat                                                                             >  2:3217151‑M1/62‑101 (MQ=255)
                                tggtCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                           >  2:2607995/1‑101 (MQ=255)
                                ccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                           >  1:1544070‑M1/60‑101 (MQ=255)
                                 ggtCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGGCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgg                                                                          >  2:2214221/1‑101 (MQ=255)
                                 cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgg                                                                          >  2:2893710‑M1/59‑101 (MQ=255)
                                  gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggt                                                                         <  1:3505549‑M1/44‑1 (MQ=255)
                                  gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggt                                                                         <  1:2845863‑M1/44‑1 (MQ=255)
                                   tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                                        <  1:2475876‑M1/45‑1 (MQ=255)
                                   tgggagcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtc                                                                        >  2:343424‑M1/57‑101 (MQ=255)
                                    cggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                                                       <  1:4086794‑M1/46‑1 (MQ=255)
                                     gggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgg                                                                      <  1:3767863‑M1/47‑1 (MQ=255)
                                     ggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgcgggatcggtcgg                                                                      <  1:4245350‑M1/47‑1 (MQ=255)
                                     aGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGgtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgg                                                                      <  2:4505861/101‑1 (MQ=255)
                                       gtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGAt                                                                    <  2:3333110‑M1/49‑1 (MQ=255)
                                         cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                                  <  2:2798652‑M1/51‑1 (MQ=255)
                                           gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGATCcgg                                                                <  2:732996‑M1/53‑2 (MQ=255)
                                           gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGt                                                                <  1:2356988‑M1/53‑1 (MQ=255)
                                             cggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTgg                                                              >  2:4398666‑M1/47‑101 (MQ=255)
                                              ggATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                                             >  1:754079/1‑101 (MQ=255)
                                               ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGtgggg                                                            <  1:26112‑M1/57‑2 (MQ=255)
                                               gatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                                            <  1:4947045‑M1/57‑1 (MQ=255)
                                                atccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                           >  1:2270049‑M1/44‑101 (MQ=255)
                                                 tccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtc                                                          >  2:2054005‑M1/43‑101 (MQ=255)
                                                 tccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                          >  1:3385214‑M1/43‑101 (MQ=255)
                                                    gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                       <  1:1435650‑M1/62‑1 (MQ=255)
                                                     tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                      <  1:979512‑M1/63‑1 (MQ=255)
                                                     tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                      >  2:4948775‑M1/39‑101 (MQ=255)
                                                     tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                      >  1:1007584‑M1/39‑101 (MQ=255)
                                                     tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                      <  1:4622242‑M1/63‑1 (MQ=255)
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                                                            ggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                               <  2:2713829‑M1/70‑1 (MQ=255)
                                                             gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCcgg                                              <  2:2356783‑M1/71‑2 (MQ=255)
                                                             aCGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                              >  2:3025185/1‑101 (MQ=255)
                                                              tcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                                             >  1:4729846‑M1/30‑101 (MQ=255)
                                                               cggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgg                                            >  2:4298122‑M1/29‑101 (MQ=255)
                                                                ggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATAGGGCGGGTCCGTggg                                           <  2:1572761‑M1/74‑1 (MQ=255)
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                                                                   tccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                        >  1:2902447‑M1/25‑101 (MQ=255)
                                                                    cggtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                       >  1:570932‑M1/24‑101 (MQ=255)
                                                                    ccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                       >  1:1910797‑M1/24‑101 (MQ=255)
                                                                    ccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                       <  1:1655962‑M1/78‑1 (MQ=255)
                                                                    ccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                       >  2:1830953‑M1/24‑101 (MQ=255)
                                                                    ccgggggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTccgtggggtcc                                       >  2:1067565‑M1/24‑97 (MQ=255)
                                                                     cgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                                      >  2:4590517‑M1/23‑101 (MQ=255)
                                                                     cgtgggatcggtcgggtccgtcGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                                      <  1:1063124‑M1/79‑1 (MQ=255)
                                                                      gtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                     <  2:3149271‑M1/80‑1 (MQ=255)
                                                                         ggATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                  <  1:183941/101‑1 (MQ=255)
                                                                           gtctgttgggtcggtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAt                                <  2:3720515/91‑1 (MQ=14)
                                                                              cGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                             >  1:4434124/1‑101 (MQ=255)
                                                                               gggggGTCGGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                            <  1:3027107/99‑1 (MQ=11)
                                                                                 cgggtcggtgggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgg                          <  2:4441499/97‑1 (MQ=11)
                                                                                   gatcggtcggGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGa                        >  1:1269367/3‑101 (MQ=11)
                                                                                    gtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAGCGGTCGGAACCGTGGGAt                       >  1:2157639/8‑101 (MQ=11)
                                                                                    gctcgggggatctgtcggctccgtgggatcggtcgggcccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                       <  2:2460813/94‑1 (MQ=11)
                                                                                       ggtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg                    >  2:4697647/1‑101 (MQ=255)
                                                                                       cgtgGGTTCGGGCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGAtccgtggggtccg                    >  2:4135744‑M1/5‑96 (MQ=255)
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                                                                                                    gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg       <  1:1741426‑M2/101‑4 (MQ=255)
                                                                                                    |                                                                                                         
GCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGG  >  NC_014034/221865‑222070

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 17 ≤  ATCG  < 24 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG