New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_014034 221934 =192 (0.830)11 (0.050) 2/190 29.0 0.01 coding (723/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
?NC_014034 = 222028 1254 (5.120)coding (629/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
Rejected: Position hash score below cutoff.

Only 100 of 2115 total aligned reads displayed.

GGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGG  >  NC_014034/221928‑222128
                                                                                                    |                                                                                                    
cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                                                                                      <  1:2786304‑M1/73‑1 (MQ=255)
cggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgg                                                                                                      <  1:1945287‑M1/73‑1 (MQ=255)
 gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                                                                     >  1:4914979‑M1/28‑101 (MQ=255)
  gatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                                                                                                    <  1:125084‑M1/75‑1 (MQ=255)
    tccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                                                                  >  1:4674536‑M1/25‑101 (MQ=255)
    gccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                                                                  >  1:613186‑M1/25‑101 (MQ=255)
     ccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                                                                 >  1:2882660‑M1/24‑101 (MQ=255)
       gtgggatcggtcgggtccgtcGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                                                                               >  1:1688614‑M1/22‑101 (MQ=255)
           gatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGa                                                                                           <  2:4827904‑M1/84‑1 (MQ=255)
               gggggggtccgtgGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                                                       >  1:1069629‑M1/14‑101 (MQ=255)
                gtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGt                                                                                      <  1:744277‑M1/89‑1 (MQ=255)
                  gggATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtcg                                                                                    <  2:592236/101‑3 (MQ=11)
                   gggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                                                   <  1:3494813‑M1/92‑1 (MQ=255)
                    ggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                                                                  >  2:3370015‑M1/9‑101 (MQ=255)
                     gtccgtcggATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                                                                 <  1:3530553/97‑1 (MQ=11)
                       cggtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCCTGGGATCGGCCGGATCCGGGGGAtcg                                                                               >  1:3878873/1‑101 (MQ=255)
                        cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCCGGAGGGTCCGGGCGATCGGGCGGGTGGGTggggccgg                                                                              >  2:1216905/5‑96 (MQ=11)
                         gggggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                                             <  1:1776896/98‑1 (MQ=11)
                          tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGGGGGATCGGGCGGGTCCGTggggtggggg                                                                            >  2:3524893/3‑94 (MQ=11)
                          tgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTACGTGGGATCGGTCGGGTCGGTGGGAtaggtc                                                                            >  2:2455933/3‑101 (MQ=11)
                           tggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcggtcg                                                                           <  2:371859/100‑1 (MQ=11)
                           gggatccgtcgggtccgtgggttcggtcgggtccgtgGGATCTGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                                           <  2:3905938/100‑1 (MQ=11)
                            ggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGCCCGTGGGTtcgggagg                                                                          >  2:491795/1‑97 (MQ=11)
                            ggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                                                          >  2:2817248/1‑101 (MQ=11)
                              gtcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggaTCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGt                                                                        <  2:1843964/100‑1 (MQ=11)
                              atcgggcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggGCCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGt                                                                        <  1:659244/101‑1 (MQ=14)
                               tcggtcgggtccctggggtccgtcgggtccgtgggaTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                                       <  2:1501795/101‑1 (MQ=14)
                                cggtccggtcggtggggtcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                                      <  2:2157491/101‑1 (MQ=11)
                                 gttcggctccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                                     <  2:3622558/99‑1 (MQ=11)
                                 ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcGGTCGGGTCCGTGGGGCCCGTCGGATCCGTGGGGTCGGTGGGATGCGTGGGATGGGACGGGTGCg                                                                     >  2:4194990/1‑101 (MQ=11)
                                 ggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGTCCg                                                                     >  2:2264866/1‑101 (MQ=11)
                                   gcgggtgcgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGtg                                                                   <  1:824924/100‑2 (MQ=11)
                                    cgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCCTGGAGTAGGTCGGGGCCGtgg                                                                  >  2:4544528/1‑99 (MQ=11)
                                    cggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtCGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGATCGGTCGGCTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCgggg                                                                  >  1:3775216/1‑98 (MQ=11)
                                    cggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtCGGGGCCGTGGGATAGGTCGGGTCCGTGGGATGGGTCGGTGCCGTGGGATGGGGCGGGTCTGtgg                                                                  >  2:3035843/1‑99 (MQ=11)
                                    cggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTgg                                                                  <  2:4648249‑M2/101‑3 (MQ=255)
                                    cggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                                                  >  2:3462219‑M2/1‑99 (MQ=255)
                                     gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGgg                                                                 >  2:4401227/1‑101 (MQ=11)
                                     gggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAgg                                                                 >  1:4084898/1‑101 (MQ=11)
                                     ggatccgtgggatcggtcggatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCgg                                                                 <  1:3316895/98‑1 (MQ=11)
                                      gggacgtgggctcggtctggtccgtgggggccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                                                                <  2:653232/97‑1 (MQ=11)
                                       gtccgtgggatgggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                                               <  2:2356824/101‑1 (MQ=11)
                                        tccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGAGCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtc                                                              >  1:3083236/1‑101 (MQ=11)
                                         ccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcg                                                             <  2:4117932‑M2/101‑8 (MQ=255)
                                         ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcg                                                             >  1:1873846‑M2/1‑94 (MQ=255)
                                         ccgtgggataggtagggtccgtgggatcggtgggGTCCGTGGGATCCGTCGGGTCTTTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                             <  1:1336410/101‑1 (MQ=14)
                                          cgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcgg                                                            <  1:4768914‑M2/101‑9 (MQ=255)
                                           gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATACGGGGGAccggt                                                           >  2:2085050/1‑101 (MQ=14)
                                           gtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggt                                                           <  1:3622829‑M2/101‑10 (MQ=255)
                                           gtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggt                                                           <  1:2530673‑M2/101‑10 (MQ=255)
                                           gtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggt                                                           <  1:1001112‑M2/101‑10 (MQ=255)
                                            tgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtc                                                          <  1:1171437‑M2/101‑11 (MQ=255)
                                             ggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGCCCGTGGGAtcgtgcg                                                         >  1:1480797/1‑97 (MQ=11)
                                             gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcg                                                         <  1:2346339‑M2/101‑12 (MQ=255)
                                              ggggcggtcgggtccgggggatcggtcggAGCCGTGGTATCGGTCGGATCCGTAGGAACGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcggtcgg                                                        <  1:4314983/97‑1 (MQ=11)
                                              ggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgggatcggtcgg                                                        <  1:2082668‑M2/101‑13 (MQ=255)
                                                gtcggtcgggtccgtgggatccgtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggt                                                      >  2:716621‑M2/2‑87 (MQ=255)
                                                 tcggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtc                                                     >  1:530960‑M2/1‑86 (MQ=255)
                                                  cggcggggtccgtgggggccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtcc                                                    <  1:2241823/96‑1 (MQ=11)
                                                   ggtcgggtccgtggggtccgtcggCTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccg                                                   <  2:1710091/101‑1 (MQ=11)
                                                   ggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgggatcggtcgggtccg                                                   <  1:946778‑M2/101‑18 (MQ=255)
                                                   ggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccg                                                   <  1:4410211‑M2/101‑18 (MQ=255)
                                                    gtcgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtcggt                                                  >  2:3267742/1‑101 (MQ=11)
                                                     tcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtg                                                 <  2:2560681‑M2/101‑20 (MQ=255)
                                                      cggatgcgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGgtcgggtccgtag                                                <  1:4583912/95‑3 (MQ=11)
                                                         atcggtggggtccgtcggATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgtcggat                                             <  1:4828231/97‑3 (MQ=11)
                                                          tccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcggatc                                            <  1:3192344/101‑1 (MQ=255)
                                                             gtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTcgggtccgtcggatcggt                                         >  2:1307959/1‑101 (MQ=11)
                                                             gtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGtgggtgccggcggggccgg                                         >  2:1399865/4‑100 (MQ=11)
                                                               gggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcgggcgggtccgtgggatcggtcg                                       <  1:888517‑M2/101‑30 (MQ=255)
                                                               gggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcg                                       <  2:824822‑M2/101‑30 (MQ=255)
                                                               gggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTcgggtccgtcggatcggtcg                                       >  2:5016845/1‑99 (MQ=11)
                                                                ggatcggtcggATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGGCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTCGGGTCCGTggg                                      >  2:3172465/1‑101 (MQ=17)
                                                                  gtgcgtggcgtCCGTCGGGTCGGTGGGGTACGTGGGATCTGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAt                                    <  1:4157733/91‑1 (MQ=14)
                                                                    cggtgggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                  <  2:4015326/101‑1 (MQ=14)
                                                                    cggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtcc                                  >  2:2729751‑M2/1‑67 (MQ=255)
                                                                    cggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCAGTCGGCTCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTgggctgg                                  >  1:1589630/1‑97 (MQ=14)
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                                                                                                    |                                                                                                    
GGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGG  >  NC_014034/221928‑222128

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG