New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_014034 | 300660 = | 239 (1.060) | 90 (0.400) | 18/184 | 17.7 | 0.42 | intergenic (+13/+131) | RCAP_rcc00263/RCAP_rcc00264 | winged helix family two component transcriptional regulator/hypothetical protein |
? | NC_014034 | 1608059 = | 14 (0.060) | intergenic (+329/‑18) | RCAP_rcc01484/murD | hypothetical protein/UDP‑N‑acetylmuramoylalanine‑‑D‑glutamate ligase | |||||
Rejected: Position hash score below cutoff. |
GCCCAATTCACCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCACGGCGGCGGCATT > NC_014034/1608042‑1608159
|
gggtgtgaaaCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTg > 2:4952171/10‑101 (MQ=255)
gggtgtgaaaCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTg > 2:3464337/10‑101 (MQ=255)
ggtgtgaaccccccGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTgg < 2:895569/92‑1 (MQ=255)
gtgtgaaaCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGc > 1:367216/8‑101 (MQ=255)
tgtgaaaCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGGGCTCGGGTCTGGcc > 1:1054509/7‑101 (MQ=255)
tgtgaaaCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGcc < 2:367163/95‑1 (MQ=255)
ggtgaaccccccGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGcc < 1:1809007/94‑1 (MQ=255)
gtgaaaCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATTTGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCa > 2:1904457/6‑101 (MQ=255)
gtgaaaCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCa > 1:2998735/6‑101 (MQ=255)
tgaaccccccGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCAc < 1:3201730/96‑1 (MQ=255)
tgaaaCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGGGCTCGGGTCTGGCCAc > 2:2076785/5‑101 (MQ=255)
tgaaaCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCAc < 1:1579751/97‑1 (MQ=255)
tgaaaCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCAc < 2:1501202/97‑1 (MQ=255)
tgaaaCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCAc > 1:4143501/5‑101 (MQ=255)
tgaaaCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCAc < 2:4665313/97‑1 (MQ=255)
tgaaaCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGGCTGGcccc > 2:4537826/5‑99 (MQ=255)
tgaaaCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTAGCGGTGCTGGCGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCAc > 2:2850056/5‑101 (MQ=255)
ggaaaCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCAc < 2:1335094/97‑1 (MQ=255)
aacccccccgGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCAc < 1:1727624/96‑1 (MQ=255)
gaaaCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCAcg > 2:4450889/4‑101 (MQ=255)
gaaaCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCAcg > 1:2856562/4‑101 (MQ=255)
gaaaCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCAcg < 2:2526301/98‑1 (MQ=255)
aaaCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCAcgg < 2:1646208/99‑1 (MQ=255)
aaaCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCAcgg > 1:2219632/3‑101 (MQ=255)
aaCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCAcggc < 2:4609697/100‑1 (MQ=255)
aaCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCAcggc > 1:3578087/2‑101 (MQ=255)
aaCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGGCTGGCCAcggc > 1:3309815/2‑101 (MQ=255)
aCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCAcggcg > 2:2158800/1‑101 (MQ=255)
aCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCAcggcg > 1:3770336/1‑101 (MQ=255)
aCCCCCGCAGCTGACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCAcggcg > 1:2728036/1‑101 (MQ=255)
ccGCAGCTTCGGGAGGTCGCAGATGATCCCGGTTCAGGGATATGGGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCGGGGGCTGGGGCGCTCGGGTCGGGCCCcggcggcgg < 2:236412/101‑1 (MQ=255)
cGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCACggcggcggc < 2:3920587/101‑1 (MQ=255)
cGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGACCCtgcggcggc > 2:2502147/1‑101 (MQ=255)
gCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCACGGCGGCGGCa > 2:4579273/1‑101 (MQ=255)
cAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCACGGCGGCGGGAt > 1:4133370/1‑101 (MQ=255)
cAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCACGGCGGCGGCAt < 2:3577817/101‑1 (MQ=255)
cAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCACGGCGGCGGCAt > 1:816744/1‑101 (MQ=255)
cAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCACGGCGGCGGCAt > 1:4007576/1‑101 (MQ=255)
cAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCACGGCGGCGGCAt > 1:1228801/1‑101 (MQ=255)
cAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCACGGCGGCGGCAt < 2:68681/101‑1 (MQ=255)
aGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCACGGCGGCGGCCtt > 2:3517417/1‑101 (MQ=255)
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GCCCAATTCACCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCACGGCGGCGGCATT > NC_014034/1608042‑1608159
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 20 ≤
ATCG
< 29 ≤
ATCG
< 34 ≤
ATCG
< 41 ≤
ATCG
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