New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	NC_014034	411494 =	201 (0.890)	96 (0.430)	18/184	17.7	0.47	intergenic (+7/+56)	RCAP_rcc00380/RCAP_rcc00381	transglycosylase, Slt family/hypothetical protein
	?	NC_014034	1608059 =	14 (0.060)					intergenic (+329/‑18)	RCAP_rcc01484/murD	hypothetical protein/UDP‑N‑acetylmuramoylalanine‑‑D‑glutamate ligase
Rejected: Position hash score below cutoff.

GCCCAATTCACCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCACGGCGGCGGCATT  >  NC_014034/1608042‑1608159                  |                                                                                                     gggtgtgaaaCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTg                   >  2:4952171/10‑101 (MQ=255) gggtgtgaaaCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTg                   >  2:3464337/10‑101 (MQ=255)  ggtgtgaaccccccGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTgg                  <  2:895569/92‑1 (MQ=255)   gtgtgaaaCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGc                 >  1:367216/8‑101 (MQ=255)    tgtgaaaCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGGGCTCGGGTCTGGcc                >  1:1054509/7‑101 (MQ=255)    tgtgaaaCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGcc                <  2:367163/95‑1 (MQ=255)    ggtgaaccccccGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGcc                <  1:1809007/94‑1 (MQ=255)     gtgaaaCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATTTGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCa               >  2:1904457/6‑101 (MQ=255)     gtgaaaCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCa               >  1:2998735/6‑101 (MQ=255)      tgaaccccccGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCAc              <  1:3201730/96‑1 (MQ=255)      tgaaaCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGGGCTCGGGTCTGGCCAc              >  2:2076785/5‑101 (MQ=255)      tgaaaCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCAc              <  1:1579751/97‑1 (MQ=255)      tgaaaCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCAc              <  2:1501202/97‑1 (MQ=255)      tgaaaCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCAc              >  1:4143501/5‑101 (MQ=255)      tgaaaCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCAc              <  2:4665313/97‑1 (MQ=255)      tgaaaCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGGCTGGcccc              >  2:4537826/5‑99 (MQ=255)      tgaaaCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTAGCGGTGCTGGCGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCAc              >  2:2850056/5‑101 (MQ=255)      ggaaaCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCAc              <  2:1335094/97‑1 (MQ=255)      aacccccccgGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCAc              <  1:1727624/96‑1 (MQ=255)       gaaaCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCAcg             >  2:4450889/4‑101 (MQ=255)       gaaaCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCAcg             >  1:2856562/4‑101 (MQ=255)       gaaaCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCAcg             <  2:2526301/98‑1 (MQ=255)        aaaCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCAcgg            <  2:1646208/99‑1 (MQ=255)        aaaCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCAcgg            >  1:2219632/3‑101 (MQ=255)         aaCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCAcggc           <  2:4609697/100‑1 (MQ=255)         aaCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCAcggc           >  1:3578087/2‑101 (MQ=255)         aaCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGGCTGGCCAcggc           >  1:3309815/2‑101 (MQ=255)          aCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCAcggcg          >  2:2158800/1‑101 (MQ=255)          aCCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCAcggcg          >  1:3770336/1‑101 (MQ=255)          aCCCCCGCAGCTGACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCAcggcg          >  1:2728036/1‑101 (MQ=255)              ccGCAGCTTCGGGAGGTCGCAGATGATCCCGGTTCAGGGATATGGGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCGGGGGCTGGGGCGCTCGGGTCGGGCCCcggcggcgg      <  2:236412/101‑1 (MQ=255)               cGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCACggcggcggc     <  2:3920587/101‑1 (MQ=255)               cGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGACCCtgcggcggc     >  2:2502147/1‑101 (MQ=255)                gCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCACGGCGGCGGCa    >  2:4579273/1‑101 (MQ=255)                 cAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCACGGCGGCGGGAt   >  1:4133370/1‑101 (MQ=255)                 cAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCACGGCGGCGGCAt   <  2:3577817/101‑1 (MQ=255)                 cAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCACGGCGGCGGCAt   >  1:816744/1‑101 (MQ=255)                 cAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCACGGCGGCGGCAt   >  1:4007576/1‑101 (MQ=255)                 cAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCACGGCGGCGGCAt   >  1:1228801/1‑101 (MQ=255)                 cAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCACGGCGGCGGCAt   <  2:68681/101‑1 (MQ=255)                  aGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCACGGCGGCGGCCtt  >  2:3517417/1‑101 (MQ=255)                  |                                                                                                     GCCCAATTCACCCCCGCAGCTTACGGAGGTCGCAGATGATACCGGTTCAGGGATATGAGGGTGCGCGCGTCGCGGTGCTGGGGCTCGGGCGCTCGGGTCTGGCCACGGCGGCGGCATT  >  NC_014034/1608042‑1608159 Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 20 ≤  ATCG  < 29 ≤  ATCG  < 34 ≤  ATCG  < 41 ≤  ATCG