| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_014034 | 1,951,207 | C→G | 89.7% | A129A (GCG→GCC) | ssb1 ← | single‑stranded DNA‑binding protein |
| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_014034 | 1,951,207 | 0 | C→G | 89.7% | 31.7 ‑0.5 0.0 | 136 | A129A (GCG→GCC) | ssb1 | single‑stranded DNA‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (68/54): ref base (9/5): total (77/59) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 5.84e-01 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
Only 100 of 143 total aligned reads displayed.
GCCCGACGAGGGGGCCGAGGAGCCGCCGCCACCGCCGCCATAGCCCGCGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.CGCG.CGTAATTGCCACCGCCGCGCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCGCAGCACCACCTCGGTCGT > NC_014034/1951114‑1951299
|
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cccggcggggggggCCAAGGAGCCGCCGCCACCGCCGCCATAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.CCGC.CGTAAt < 2:3665161/92‑1 (MQ=255)
ccccGAAGGGGGGGCGGAGGACCCCCCGCCCCCGCCGCCATAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.CCGC.CGTAAt < 1:1112113/100‑1 (MQ=255)
cccGACGGGGGGCCCGAGGACCCCCCCCCCCCGCCGCCATAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.CCGC.CGTAAtt < 1:3600568/101‑1 (MQ=255)
ccGACGAGGGGGCCGAGGAGCCGCCGCCACCGCCGCCATAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.CCGC.CGTAATTg > 2:2560194/1‑101 (MQ=255)
gcggggggggCCGGGGACCCCCCCCCCCCGCCGCCATAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.CCGC.CGTAATTGcc < 2:4751800/96‑1 (MQ=255)
gcgggggggcCCGAGGAGCCCCCGCCCCCGCCGCCATAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.CCGC.CGTAATTGcc < 2:1736161/96‑1 (MQ=255)
ggggtggCGGAGGAGCCGCCCCCACCGCCGCCATAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCCCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.C.CGCCGTAATTGCCAcc < 2:3099518/96‑1 (MQ=255)
gggggggCCGAGGAGCCGCCGCCACCGCCGCCATGGCTCGGGCCGTCATCGTAGCCGGCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.CCGC.CGTAATTGCCAcc < 1:4315416/99‑1 (MQ=255)
gaGGGGGCGGAGGCGCCGCCGCCACCGCCGCCATAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.C.CGCCGTAATTGCCAcc < 2:2993865/101‑1 (MQ=255)
gggggCCGAGGAGCCGCCGCCACCGCCGCCATAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.CTGC.CGTAATTGCCAccgc > 2:4540731/1‑101 (MQ=255)
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ggCCGAGGAGCCGCCGCCACCGCCGCCATAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.CCGC.CGTAATTGCCACcgccgc > 1:4078702/1‑101 (MQ=255)
ggggagctgccccccccCCCGCGCCCATAGCCCGGGCCGCCCCCGTCGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGACCCG.CCGC.CGTAATTGCCACcgccgcc < 1:1313220/93‑2 (MQ=255)
gCCGAGGAGCCGCCGCCACCGCCGCCATAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.CCGC.CGTAATTGCCACcgccgcc > 1:1369301/1‑100 (MQ=255)
cggaggccccgccccccccgccgccaTAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.CCGC.CGTAATTGCCACcgccgccc < 1:4125664/93‑3 (MQ=255)
ccGAGGAGCCGCCGCCACCGCCGCCATAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.CCGC.CGTAATTGCCACcgccgccc > 2:2965651/1‑99 (MQ=255)
gaggagCCGCCGCCACCGCCGCCATAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.CCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGa > 1:3909836/1‑101 (MQ=255)
gaggagCCGCCGCCACCGCCGCCATAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.CAGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGa > 2:2781164/1‑101 (MQ=255)
aggagCCGCCGCCACCGCCGCCATAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.CCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAg > 1:2544683/1‑101 (MQ=255)
ggacCCGCCGCCCCCGCCGCCATAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.CCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAgc < 1:12688/101‑1 (MQ=255)
gagCCGCCCCCCCCGCCGCCATAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.CCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAgcc < 1:79574/101‑1 (MQ=255)
cgccgccaccgccgccaTAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.CCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAgccgccg > 1:3561904/1‑101 (MQ=255)
ccccgcccccgccgccaTAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.CCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAgccgccg < 2:4205187/99‑1 (MQ=255)
ccgccaccgccgccaTAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.CCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAgccgccgcc > 2:4947842/1‑101 (MQ=255)
cgcccccgccgccaTAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.CCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCa < 2:594984/101‑1 (MQ=255)
cgccaccgccgccaTAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.CCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCa > 2:216888/1‑101 (MQ=255)
cgccaccgccgccaTAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.CCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCa > 2:2283140/1‑101 (MQ=255)
ccccccgccgccaTAGCCGGGGCCGTCATCTTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCGGCGAACCG.CCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCAt < 2:2025409/97‑1 (MQ=255)
ccaccgccgccaTAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.CCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATc > 1:2819882/1‑101 (MQ=255)
ccaccgccgccaTAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.CCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATc > 1:1577058/1‑101 (MQ=255)
ccccccgccaTAGCCCGGGCCGCCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.CCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATccc < 2:508336/97‑1 (MQ=255)
accgccgccaTAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.CCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATccc > 2:4106589/1‑101 (MQ=255)
ccgccgccaTAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.CCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCg < 1:5017689/101‑1 (MQ=255)
cccccgccaTAGCCCGGGCCGTCATCTTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.CCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCg < 1:2952003/98‑1 (MQ=255)
ccgccaTGGCCCGGCCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.CCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGgcc < 2:4592788/101‑1 (MQ=255)
ccgccaTCGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCCCCATAGCCCCCCCCCTGCCAACCC.CCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGgcc < 1:117253/101‑1 (MQ=255)
ccgccaTAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.CCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGgcc > 1:2118691/1‑101 (MQ=255)
cccaagaGCCCGGCCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.CCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGgccg < 1:977017/95‑1 (MQ=255)
ccaTGGCCGGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.CCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGgccgcc < 1:236186/101‑1 (MQ=255)
ccaTAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCTATAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.CCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGgccgcc > 1:4478662/1‑101 (MQ=255)
ccaTAGCCCGGCCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.CCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGgccgcc < 1:2560375/101‑1 (MQ=255)
agccccggggcCGCCATCTTAGCCCCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.CCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCaa < 2:1297540/92‑1 (MQ=255)
tcgCCCGGGCCGTCATCGTACCCCCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGACCCG.CCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAag < 1:4683319/99‑1 (MQ=255)
gccccGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.CCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAagc < 1:2010051/99‑1 (MQ=255)
aGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.CCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAagc > 1:2456081/1‑101 (MQ=255)
cgggggcCGTAATCGAACCCCCCGCAATAGCCCCCGCCCTGAAAACCG.CCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAagcag < 1:4793879/96‑1 (MQ=255)
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cgggcCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.CCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCg > 2:181883/4‑101 (MQ=255)
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ggcggTCATCGTAGCCCCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.CCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTc < 1:53285/97‑1 (MQ=255)
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ccGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.CCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAg > 1:4696685/1‑101 (MQ=255)
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cGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.CCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAgg > 2:3459928/1‑101 (MQ=255)
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cATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.CCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTg > 2:3846006/1‑101 (MQ=255)
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cGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.CCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGccc < 1:1059329/101‑1 (MQ=255)
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gtcccggccgccAAAGCCCCCGCCCTGCGAACCG.CCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCg < 1:3758967/95‑1 (MQ=255)
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gTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.CCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCg > 1:4554358/1‑101 (MQ=255)
tAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.CCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGt > 2:2958629/1‑101 (MQ=255)
ccccgccccaATACCCGCCCCCCTGCGAACCG.CCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGta < 2:751867/99‑1 (MQ=255)
aGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.CCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGta > 2:732261/1‑101 (MQ=255)
aGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.CCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGta > 2:2064770/1‑101 (MQ=255)
aGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.CCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGta > 2:4441941/1‑101 (MQ=255)
cccccccATAGCCGCCGCCCTGCGACCCG.CCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAg < 2:2819669/96‑1 (MQ=255)
gccgccATAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.CCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAgg > 1:2138359/1‑101 (MQ=255)
cccgccATAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.CCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAgg < 1:4630360/100‑1 (MQ=255)
gccATAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.CCGC.CGTAATTGCCACCACCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGgc > 2:2569375/1‑101 (MQ=255)
ccATAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.C.CGCCGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGgcg > 2:1751580/1‑101 (MQ=255)
ccATAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.C.CGCCGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGgcg > 1:3245491/1‑101 (MQ=255)
catgcccgccgccCTGCGAACCG.CCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGgcgc < 2:4014088/96‑1 (MQ=255)
cATAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.CCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGgcgc > 1:4920200/1‑101 (MQ=255)
aTAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.CCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCgca > 2:201863/1‑101 (MQ=255)
aTAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.C.CGCCGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCgca > 2:102774/1‑101 (MQ=255)
tAGCCGCCGCCCTGCGAACCGACGC..CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCAGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGGCAGGTTGCCGGTATAGGGGCgcag > 2:2101619/1‑101 (MQ=255)
agcccnnccccTGCGACCCG.CCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCgcagc < 1:1820125/93‑1 (MQ=255)
aGCCGCCGCCCTGCGAACCG.C.CGCCGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCgcagc > 2:3111853/1‑101 (MQ=255)
gccCTGCGAACCG.C.CGCCGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCGCAGCACCACCt > 1:3595600/1‑101 (MQ=255)
ccccTGCGACCCC.CCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCGCAGCACCACCt < 1:229354/100‑1 (MQ=255)
cccTGCGACCCG.CCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCGCAGCACCACCTc < 1:774735/101‑1 (MQ=255)
cccTGCGAACCG.CCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCCTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCGCAGCACCACCTc < 1:4173347/101‑1 (MQ=255)
cTGCGAACCG.CCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCGCAGCACCACCTCgg > 1:2955938/1‑101 (MQ=255)
cTGCGAACCG.CCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCGCAGCACCACCTCgg > 1:3937419/1‑101 (MQ=255)
cGAACCG.CCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCGCAGCACCACCTCGGTCg > 1:1607412/1‑101 (MQ=255)
gAACCG.CCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCGCAGCACCACCTCGGTCgt > 1:2207033/1‑101 (MQ=255)
|
GCCCGACGAGGGGGCCGAGGAGCCGCCGCCACCGCCGCCATAGCCCGCGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCG.CGCG.CGTAATTGCCACCGCCGCGCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCGCAGCACCACCTCGGTCGT > NC_014034/1951114‑1951299
Base quality scores:
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 17 ≤
ATCG
< 24 ≤
ATCG
< 33 ≤
ATCG
< 40 ≤
ATCG
|