Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 221,967 G→A 23.2% D230D (GAC→GAT)  RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034221,9670G→A23.2% 0.0 ‑0.6 ‑0.3629D230D (GAC→GAT) RCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (69/77):  ref base (241/241):  total (311/318)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 5.72e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 4.81e-01

Only 100 of 1534 total aligned reads displayed.

CCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGG  >  NC_014034/221867‑222070
                                                                                                    |                                                                                                       
   cggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtcc                                                                                                      >  2:4136838‑M1/87‑101 (MQ=255)
     gtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgt                                                                                                    <  2:2269894‑M1/17‑1 (MQ=255)
       cgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgg                                                                                                  <  1:4952841‑M1/19‑1 (MQ=255)
        gggtccgtgggttcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtggg                                                                                                 >  2:3520725‑M1/82‑101 (MQ=255)
        gggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggg                                                                                                 <  1:33312‑M1/20‑1 (MQ=255)
           gCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatc                                                                                              <  2:4545162/101‑1 (MQ=255)
              gtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggt                                                                                           <  1:1547391‑M1/26‑1 (MQ=255)
              gAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggt                                                                                           <  1:2106764/101‑1 (MQ=255)
                   gtccgtcggatccgggggagcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggt                                                                                      >  2:4031667‑M1/71‑101 (MQ=255)
                    tcggtcggttccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtc                                                                                     >  1:3036081‑M1/70‑101 (MQ=255)
                    tcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtc                                                                                     <  2:2181896‑M1/32‑1 (MQ=255)
                      ggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccg                                                                                   <  1:3408830‑M1/34‑1 (MQ=255)
                        tgtTGGTGGTCAGCGTCGCCGGCTCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtg                                                                                 <  2:847576/101‑1 (MQ=255)
                         gtTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGACGCGTGGGCTCGGTCGgatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgg                                                                                >  2:2082855/1‑101 (MQ=255)
                           ggtccgttggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtggga                                                                              >  2:3150215‑M1/63‑101 (MQ=255)
                           gatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtggga                                                                              <  2:1014478‑M1/39‑1 (MQ=255)
                            atccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgggggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggggccgtgggatcggtcgggtccgtgggag                                                                             <  2:3925114‑M1/40‑2 (MQ=255)
                             tccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcgggtc                                                                            <  1:2855053‑M1/41‑7 (MQ=255)
                              ccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                           >  1:3202518‑M1/60‑101 (MQ=255)
                                gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggt                                                                         <  2:2472893‑M1/44‑1 (MQ=255)
                                gtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggt                                                                         <  1:2568863‑M1/44‑1 (MQ=255)
                                gtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggt                                                                         >  2:1171320‑M1/58‑101 (MQ=255)
                                  cAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGggtccgtgggatcgggcgggtccgtggggtcggtcg                                                                       >  2:2374426/1‑101 (MQ=255)
                                   ggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgg                                                                      <  2:1926163‑M1/47‑1 (MQ=255)
                                     gtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGAt                                                                    >  2:4456432‑M1/53‑101 (MQ=255)
                                       cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATcc                                                                  >  1:4884975‑M1/51‑101 (MQ=255)
                                        ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                                 <  2:138553‑M1/52‑1 (MQ=255)
                                        ggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGATCCg                                                                 <  1:4277741‑M1/52‑1 (MQ=255)
                                           cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCGGTgg                                                              <  2:149019‑M1/55‑1 (MQ=255)
                                            ggATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                                             >  1:687157/1‑101 (MQ=255)
                                             ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGtgggg                                                            <  1:4011809‑M1/57‑2 (MQ=255)
                                             gggccgtgggctcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                                                            >  2:3805503‑M1/45‑101 (MQ=255)
                                               tCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                          <  1:4821728/101‑1 (MQ=255)
                                                ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTccgtggggtcc                                                         <  1:417754‑M1/60‑5 (MQ=255)
                                                  gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                       <  1:1435650‑M1/62‑1 (MQ=255)
                                                  cgcTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                       >  1:2495687/1‑101 (MQ=255)
                                                   tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                      >  1:1007584‑M1/39‑101 (MQ=255)
                                                   tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                      <  2:2689474‑M1/63‑1 (MQ=255)
                                                   ggggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                      >  1:763179‑M1/39‑101 (MQ=255)
                                                    cTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                     >  2:2902234/1‑101 (MQ=255)
                                                       atcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGgatcggtcggat                                                  <  1:5054651‑M1/67‑3 (MQ=255)
                                                         cggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                <  2:1252936‑M1/69‑1 (MQ=255)
                                                         cggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                >  2:4629549‑M1/33‑101 (MQ=255)
                                                          ggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                               >  2:3051721‑M1/32‑101 (MQ=255)
                                                          gACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGACGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                               >  2:4204723/1‑101 (MQ=255)
                                                            tcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                                             >  1:4729846‑M1/30‑101 (MQ=255)
                                                                 gccgtgggatcggtcgggtccgtcGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                        >  1:2012054‑M1/25‑101 (MQ=255)
                                                                  cggtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                       >  1:570932‑M1/24‑101 (MQ=255)
                                                                  ccgtgggatcggtcgggtccgtgGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                       >  2:64765‑M1/24‑101 (MQ=255)
                                                                  ccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                       >  1:1910797‑M1/24‑101 (MQ=255)
                                                                  ccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                       <  1:1655962‑M1/78‑1 (MQ=255)
                                                                  ccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                       >  2:1830953‑M1/24‑101 (MQ=255)
                                                                  ccgtgggatcggtcgggtccgtcGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                       >  1:2274634‑M1/24‑101 (MQ=255)
                                                                   cgtgggatcggtcgggtccgtcGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                                      <  1:1063124‑M1/79‑1 (MQ=255)
                                                                    gtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                     <  1:4437001‑M1/80‑1 (MQ=255)
                                                                    gtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                     <  2:3226252‑M1/80‑1 (MQ=255)
                                                                    gtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                     <  2:4888605‑M1/80‑1 (MQ=255)
                                                                    gggggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGgtccgtggggtccgt                                     >  2:497394‑M1/22‑95 (MQ=255)
                                                                    gcgtgccccctGGGCTAGGTGGGGTCGGTGGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGAtcggt                                     <  2:1088987/91‑1 (MQ=11)
                                                                     tgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                    >  2:557576‑M1/21‑101 (MQ=255)
                                                                       ggATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                  <  1:183941/101‑1 (MQ=255)
                                                                           gCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATcc                              <  2:2840668/101‑1 (MQ=255)
                                                                           cggtcgggtccgtcGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                              <  1:315005‑M1/87‑1 (MQ=255)
                                                                           cgggcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATcc                              >  2:1599804‑M1/15‑101 (MQ=255)
                                                                             gTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                            >  1:3708418/1‑101 (MQ=1)
                                                                              tGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcgggc                           >  1:119599/1‑97 (MQ=11)
                                                                               gggCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgg                          >  2:4731043/1‑101 (MQ=255)
                                                                               cggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCcgttg                          <  2:4341402‑M1/91‑3 (MQ=255)
                                                                                gggtccgtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCCGGTCCGTggg                         <  1:4365902/95‑1 (MQ=11)
                                                                                 ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgagGGATCGGCCGGGTCCGTGGGGTCCGAAGCCAACGTGGTATCGGACGGTTCGGTGGGa                        >  1:409787/9‑101 (MQ=2)
                                                                                 gatcggtcggGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGa                        >  1:1269367/3‑101 (MQ=11)
                                                                                 gatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                        <  2:3446279‑M1/93‑1 (MQ=255)
                                                                                  cTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGAACCGTGGGag                       >  2:923653/1‑100 (MQ=255)
                                                                                  atccgtgggatcggtcgggtccgtgggttcggtcggatccgtgGGTTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCNGATCCGTGGGCTCGGCCGGCCCCGGGGGAt                       >  1:871304/8‑101 (MQ=11)
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                                                                                                    |                                                                                                       
CCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGG  >  NC_014034/221867‑222070

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG