Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 221,973 G→C 1.4% P228P (CCC→CCG)  RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034221,9730G→C 1.4% 6.3 ‑0.3 0.0652P228P (CCC→CCG) RCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (7/5):  ref base (319/321):  total (326/326)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 7.72e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00

Only 100 of 1679 total aligned reads displayed.

GTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCG  >  NC_014034/221875‑222082
                                                                                                  |                                                                                                             
gggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtggg                                                                                                             >  1:4957687‑M1/82‑101 (MQ=255)
gggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggg                                                                                                             <  1:33312‑M1/20‑1 (MQ=255)
 ggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggga                                                                                                            <  1:4103659‑M1/21‑1 (MQ=255)
  gtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggat                                                                                                           <  1:4745306‑M1/22‑1 (MQ=255)
  cGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtggggt                                                                                                           >  1:1831086/1‑99 (MQ=255)
    ccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcg                                                                                                         <  2:1679913‑M1/24‑1 (MQ=255)
      gAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggt                                                                                                       >  1:2002773/1‑101 (MQ=255)
       aGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                                                                      <  1:3028577/101‑1 (MQ=255)
         ggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgg                                                                                                    <  2:3174376‑M1/29‑1 (MQ=255)
             cggtcgggtccgtggggtccgtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtcc                                                                                                >  2:3879459‑M1/69‑101 (MQ=255)
             cGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtcc                                                                                                <  1:2445110/101‑1 (MQ=255)
                  ttGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggg                                                                                           >  1:2319833/1‑101 (MQ=255)
                    gtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgggcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggat                                                                                         <  1:2157469‑M1/40‑1 (MQ=255)
                    gaccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggat                                                                                         <  1:466489‑M1/40‑1 (MQ=255)
                    atccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggat                                                                                         <  2:2699550‑M1/40‑1 (MQ=255)
                     tccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatc                                                                                        <  1:3616341‑M1/41‑1 (MQ=255)
                      tggtCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                                       >  2:2867401/1‑101 (MQ=255)
                      tggtCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                                       >  2:121753/1‑101 (MQ=255)
                       cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtcagtggggtccg                                                                                      >  1:162488‑M1/59‑96 (MQ=255)
                        gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggt                                                                                     <  1:2845863‑M1/44‑1 (MQ=255)
                        gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggt                                                                                     <  2:4891698‑M1/44‑1 (MQ=255)
                          gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtctgtcgggtccgtgggatcggtcg                                                                                   <  2:4306646‑M1/46‑1 (MQ=255)
                          gggatcggtcgggtccgtcggatcggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                                                                   <  1:2940262‑M1/46‑1 (MQ=255)
                           ggatcggtcgggtccgtggggtccgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgg                                                                                  >  1:887898‑M1/55‑101 (MQ=255)
                             gtcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGAt                                                                                >  2:3456127‑M1/53‑101 (MQ=255)
                             cGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGgtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggt                                                                                >  2:74337/1‑99 (MQ=255)
                              tccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATc                                                                               <  1:4439255‑M1/50‑1 (MQ=255)
                               ccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgggggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                                              >  1:2089273‑M1/51‑101 (MQ=255)
                                ggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGATCCg                                                                             <  1:4277741‑M1/52‑1 (MQ=255)
                                 gCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGt                                                                            <  2:2191448/101‑1 (MQ=255)
                                   cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTgg                                                                          >  2:920139‑M1/47‑101 (MQ=255)
                                    ggATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                                                         >  1:3135120/1‑101 (MQ=255)
                                        cgcgCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                                     >  2:3295084/1‑101 (MQ=255)
                                        ccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGAtcg                                                                     <  1:1376871‑M1/60‑1 (MQ=255)
                                               atcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCGGTGGGGt                                                              <  2:1042118‑M1/67‑1 (MQ=255)
                                                tcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                             >  1:4825269‑M1/34‑101 (MQ=255)
                                                tcggtcgcttccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                             >  2:839510‑M1/34‑101 (MQ=255)
                                                gcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                             >  1:1055934‑M1/34‑101 (MQ=255)
                                                    tcgggttcgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                                                         >  1:3199198‑M1/30‑101 (MQ=255)
                                                     cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                                        <  1:490512‑M1/73‑1 (MQ=255)
                                                     cggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgg                                                        >  2:1885623‑M1/29‑101 (MQ=255)
                                                     cggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgg                                                        >  2:4409892‑M1/29‑101 (MQ=255)
                                                        atccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGgag                                                     <  2:445134‑M1/76‑2 (MQ=255)
                                                          gCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                   <  1:1895603/101‑1 (MQ=255)
                                                          ccgtggggctcGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                   <  1:787424/91‑1 (MQ=11)
                                                          ccgtgggatcggtcgggtccgtgGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                   >  2:64765‑M1/24‑101 (MQ=255)
                                                          ccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                   <  1:2253467‑M1/78‑1 (MQ=255)
                                                             tgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                >  2:557576‑M1/21‑101 (MQ=255)
                                                               gcagtgtcgggATCCGTCGCAACGGTCGGGGCCGTGGGATCGGGCGGATCGGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                              <  2:2284463/93‑1 (MQ=11)
                                                                 atcggtcgggtccgtcGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGgatcggtcgggt                                            <  1:2754350‑M1/85‑3 (MQ=255)
                                                                   cggtcggCTCGGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGTTCGGGTcc                                          <  2:3994722/96‑1 (MQ=11)
                                                                    ggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGgtccgtgggatcgagatcggaag                                         <  1:1250541‑M1/88‑11 (MQ=255)
                                                                     gTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCgg                                        >  2:4804690/1‑100 (MQ=255)
                                                                        gggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                     <  1:3494813‑M1/92‑1 (MQ=255)
                                                                        gggtccgtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCCGGTCCGTggg                                     <  1:4365902/95‑1 (MQ=11)
                                                                         gatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGGTCCGTCGGATCCGT.GGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                   <  1:611012/93‑1 (MQ=11)
                                                                          gtgcgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                   >  1:3528907‑M1/8‑101 (MQ=255)
                                                                          gtccgtcggATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                   <  2:3708140/97‑1 (MQ=11)
                                                                            cggtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCCTGGGATCGGCCGGATCCGGGGGAtcg                                 >  1:3878873/1‑101 (MQ=255)
                                                                            ccgtggggtcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggaTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcg                                 <  2:2584961/93‑1 (MQ=11)
                                                                            ccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                 <  2:2122335‑M1/96‑1 (MQ=255)
                                                                             cgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGAtccgtggggtccg                                >  1:3701608‑M1/5‑96 (MQ=255)
                                                                              gtcggGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGCCGGAtcggc                               >  1:649753/1‑100 (MQ=11)
                                                                              gtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgat                               <  2:4614259/101‑3 (MQ=255)
                                                                               tgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                              >  1:2598676‑M1/3‑101 (MQ=255)
                                                                               tgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                              >  2:2413948‑M1/3‑101 (MQ=255)
                                                                                ggggtcggtcgggtccgtggggtcggtcgggtccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                             <  2:4728765/97‑1 (MQ=14)
                                                                                gGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                             <  1:1432917‑M1/100‑1 (MQ=255)
                                                                                 gggccgggcgggtccgtgggagcggtggggtccgtgggagCGGTCGCGTCCGTGGGATTGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGtccgtcgg                            <  1:948782/97‑1 (MQ=11)
                                                                                 ggatccgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                            <  2:4188742/101‑1 (MQ=14)
                                                                                  gatcggtcggatccgtgggatcggtcggatctgtagGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCggg                           >  1:4481513/1‑101 (MQ=11)
                                                                                   gtccgtcggttccgtgggatcggtcggctccgtcggatcgGTCGGGCCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGt                          <  2:1310571/97‑1 (MQ=11)
                                                                                    tcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATAGGTCGGATCCGTGGGAGCGGTCGGGTc                         >  1:3772286/1‑101 (MQ=11)
                                                                                     tggtccggcccgtggggtcggtcgggtccgtgggatcGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                        <  2:3386815/100‑1 (MQ=11)
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                                                                                                  |                                                                                                             
GTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCG  >  NC_014034/221875‑222082

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG