Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 221,976 A→G 6.7% D227D (GAT→GAC)  RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034221,9760A→G 6.7% 86.4 ‑2.5 ‑2.0654D227D (GAT→GAC) RCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (28/16):  ref base (301/308):  total (330/324)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 8.54e-02
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e-02

Only 100 of 1701 total aligned reads displayed.

CGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGG  >  NC_014034/221877‑222083
                                                                                                   |                                                                                                           
          tcggtcggttccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtc                                                                                                  >  1:3036081‑M1/70‑101 (MQ=255)
          tCGGTGTTGGGTGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcgggcgggtccgtgggatcggtcgggtc                                                                                                  <  2:156938/101‑1 (MQ=255)
           cggtcggttccgtgggatccgtcgggtccgtgggatcggtcggctccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtcc                                                                                                 >  2:2594739‑M1/69‑101 (MQ=255)
            ggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccg                                                                                                <  2:2042121‑M1/34‑1 (MQ=255)
            cgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccg                                                                                                >  1:160701‑M1/68‑101 (MQ=255)
                ggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtcggtcgggtccgtggg                                                                                            <  2:3780467‑M1/38‑1 (MQ=255)
                 tggtggTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGAtcggtcgggtccgtgggatcggtggggtgcgtggga                                                                                           >  2:215681/1‑101 (MQ=255)
                 gatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgcggga                                                                                           <  2:228891‑M1/39‑1 (MQ=255)
                  gtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggat                                                                                          <  1:2755607‑M1/40‑1 (MQ=255)
                  gtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggggccgtgggatcggtcgggtccgtgggat                                                                                          <  2:3468523‑M1/40‑1 (MQ=255)
                  gtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgggcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggat                                                                                          <  1:2157469‑M1/40‑1 (MQ=255)
                   tccgttggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatc                                                                                         >  2:362002‑M1/61‑101 (MQ=255)
                   gtggtCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatc                                                                                         >  1:4697473/1‑101 (MQ=255)
                   gccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatc                                                                                         >  2:1693267‑M1/61‑101 (MQ=255)
                    ccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                                        >  1:3202518‑M1/60‑101 (MQ=255)
                    ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcg                                                                                        <  2:3195479‑M1/42‑1 (MQ=255)
                        gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgcgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                                                                    <  2:3708550‑M1/46‑1 (MQ=255)
                         ggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgg                                                                                   >  2:2522707‑M1/55‑101 (MQ=255)
                           atcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGAt                                                                                 <  2:4906931‑M1/49‑1 (MQ=255)
                               gtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                                             >  2:2701953‑M1/49‑101 (MQ=255)
                                  ggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                                                          <  1:4561357‑M1/56‑1 (MQ=255)
                                  ggATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                                                          >  1:4045183/1‑101 (MQ=255)
                                      ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                                      <  1:2599895‑M1/60‑1 (MQ=255)
                                          gggatcggtctgatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                                                  >  2:4808860‑M1/38‑101 (MQ=255)
                                              tcggtcgcttccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                              >  2:839510‑M1/34‑101 (MQ=255)
                                               gggtggggggCGTCGGGGGGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                             <  1:3415430/94‑1 (MQ=1)
                                                  tcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                                                          <  1:4917823‑M1/72‑1 (MQ=255)
                                                  tcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGCCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTccggg                                                          <  1:4135838‑M1/72‑3 (MQ=255)
                                                   gggatcggTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGtcg                                                         >  1:3913257/8‑99 (MQ=11)
                                                   cggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                                         <  2:2985635‑M1/73‑1 (MQ=255)
                                                    ggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGGggg                                                        <  1:2001979‑M1/74‑1 (MQ=255)
                                                     tGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCggtgga                                                       >  2:1795041/1‑96 (MQ=255)
                                                       tccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                     >  2:1345014‑M1/25‑101 (MQ=255)
                                                       tccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                     >  2:3883834‑M1/25‑101 (MQ=255)
                                                        cggTCGGGTCCGTGGGATGTGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGtcc                                                    <  1:4303634/99‑2 (MQ=11)
                                                        ccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                    <  1:2253467‑M1/78‑1 (MQ=255)
                                                        ccggctgATGCGTCTGATCCGTGGGATCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                    <  2:4414395/95‑1 (MQ=11)
                                                         cgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg                                                   <  1:4853250‑M1/79‑1 (MQ=255)
                                                                 cgggcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                           >  1:3543401‑M1/15‑101 (MQ=255)
                                                                  ggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGgtccgtgggatcgagatcggaag                                          <  1:1250541‑M1/88‑11 (MQ=255)
                                                                   gTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGt                                         >  1:3498206/1‑101 (MQ=255)
                                                                     gggCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgg                                       >  2:4731043/1‑101 (MQ=255)
                                                                        gtccgtcggTTCGGTCGGGGCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTTGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAt                                    <  2:4996126/97‑1 (MQ=11)
                                                                        ggtggggggatgggtcggggccggggggtccgtcgtgcacgggGGGCCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                    <  1:149672/94‑1 (MQ=2)
                                                                        cTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                    <  2:2768514/101‑1 (MQ=255)
                                                                         cccagcgcatcgctcggacctgtcgggtcgctcgggtccgggggATCGGTCGGCTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                   <  2:1455662/93‑1 (MQ=11)
                                                                          ctgttggatcggtcgggtccgtcgggtccggcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                  <  2:4190159/96‑1 (MQ=11)
                                                                          ccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                  >  1:3786074‑M1/6‑101 (MQ=255)
                                                                           ggtgggATCGGTCGGATCCGGGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTGGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg                                 <  1:2847022/101‑1 (MQ=11)
                                                                            gtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCCGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                >  1:674405/4‑101 (MQ=11)
                                                                             tggggtccgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGAtcggtc                               <  1:2949440/93‑1 (MQ=11)
                                                                             tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGGGGGATCGGGCGGGTCCGTggggtggggg                               >  2:3524893/3‑94 (MQ=11)
                                                                             tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGGgggcgcggcg                               >  1:2087040/3‑94 (MQ=11)
                                                                             tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGCTCGTGGGCTCGGTCGGCTTCGTGGGAgcgggt                               >  1:552213/3‑99 (MQ=11)
                                                                             tcggATTGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                               <  1:2690675/101‑1 (MQ=255)
                                                                             ggGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                               >  2:2426970‑M1/3‑101 (MQ=255)
                                                                              ggggtcggtctggcccgtgggatcggtcggatccgtgggaTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGtccgtcg                              <  2:1913657/97‑1 (MQ=11)
                                                                              gGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                              >  1:2533499‑M1/2‑101 (MQ=255)
                                                                              gGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGCtcggtcg                              <  1:971802‑M1/100‑1 (MQ=255)
                                                                              cggATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGCCGGGGCCGTGGGATCGGTTGGGCCCGTGGGAccggtcg                              >  1:3338615/1‑101 (MQ=11)
                                                                              cggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                              >  1:3631390/1‑101 (MQ=255)
                                                                              cggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcggtcg                              >  1:2336405/1‑101 (MQ=14)
                                                                                gatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtggGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCggg                            >  2:907900/1‑101 (MQ=11)
                                                                                 gtgtgtcgggtccgtggggtccgtcggttccgtgggatcgGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcggat                           <  1:1700593/97‑3 (MQ=11)
                                                                                  tcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggaTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATc                          <  2:584808/101‑1 (MQ=11)
                                                                                  tcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaggaTCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTc                          <  2:1240232/101‑1 (MQ=11)
                                                                                  tcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaggaTCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTc                          <  2:3311430/101‑1 (MQ=11)
                                                                                   cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc                         <  1:4452162/101‑1 (MQ=14)
                                                                                   cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGATCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGATTGGTCGGGGTCGTGGGGTCGGGCGGGAcc                         >  2:4320269/1‑101 (MQ=11)
                                                                                   ccgtcggtgccttgggataggtcggggccgtgggatcgGTCGGATCCGCGGGATCGGCCGGGGCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                         <  1:116477/99‑1 (MQ=14)
                                                                                    ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTGGGTTCCg                        >  1:1888390/1‑101 (MQ=11)
                                                                                     gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCgg                       >  1:1060985/1‑100 (MQ=14)
                                                                                     gtcgcgtccgtgtgcgcggtcgggctcgtgggatcgGGCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                       <  2:4621920/101‑1 (MQ=14)
                                                                                     gtcgcatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGt                       >  2:3398868/7‑101 (MQ=11)
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                                                                                                   |                                                                                                           
CGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGG  >  NC_014034/221877‑222083

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG