Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 222,072 C→G 29.0% P195P (CCG→CCC RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034222,0720C→G29.0% 315.7 ‑1.0 ‑1.0413P195P (CCG→CCCRCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (66/54):  ref base (175/118):  total (241/172)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 3.82e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.84e-02

Only 100 of 736 total aligned reads displayed.

TGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGACCGCTGTCGCCGCCGCCGGACAGAC  >  NC_014034/221972‑222172
                                                                                                    |                                                                                                    
ggggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTG.........GGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtc                                                                                             <  2:1001002/100‑1 (MQ=11)
 gggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                                                                                     >  2:2533318/1‑101 (MQ=11)
 gggatcggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGCCGGCtcggtcg                                                                                                     >  1:866401/1‑101 (MQ=11)
 gggatcggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                                                                     >  1:626536/1‑101 (MQ=11)
 cgggtccgtcggatccgtggggtccgtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCGGTAGGAtcggtcg                                                                                                     >  2:4943849/8‑101 (MQ=11)
  ggggcggtcgggtccgggggatcggtcggAGCCGTGGTATCGGTCGGATCCGTAGGAACGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcggtcgg                                                                                                    <  1:4314983/97‑1 (MQ=11)
  ggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGGTCCGTCGGATCCTGGGGATCGGCAGGGGCGGTGGGAtcggtcgg                                                                                                    >  1:1437905/1‑101 (MQ=11)
  ggatcggccgggtcggtgggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                                                                                    <  2:2108268/101‑1 (MQ=11)
   gatctgccgggtccgtgggtgccgtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGCGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcggg                                                                                                   <  2:1040713/101‑1 (MQ=11)
    gtcgggcgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggt                                                                                                  <  1:3532947/100‑1 (MQ=11)
    gtccggcggatccgtggggtcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcggat                                                                                                  <  1:3444720/95‑3 (MQ=11)
    ggcggtcggggccgtgggagcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcggat                                                                                                  <  1:1948654/99‑3 (MQ=11)
    atcggtgggatccgtgggatcggccggGTCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGACCGGTCAGGGCCGTGGTATCGGTCGGGGCCGTGGGTtgggtcggcc                                                                                                  >  2:850949/1‑99 (MQ=2)
     tcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGACCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGggcgggtc                                                                                                 >  1:3746689/1‑101 (MQ=11)
      cggtcgggttcgtcggatcggtctgCTCCGTGGGAGCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtcc                                                                                                <  2:283649/101‑1 (MQ=11)
      cggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGGTCGggcggatcc                                                                                                >  1:4128132/1‑101 (MQ=11)
      cgctgaggtccctgggctccctctgATCCGTGCGCTCGCTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtcc                                                                                                <  2:625324/95‑1 (MQ=11)
       ggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcggatccg                                                                                               >  1:3678473/1‑101 (MQ=11)
       ggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGggcgggaccg                                                                                               >  2:3412289/1‑101 (MQ=11)
       cgtggggtcggtcgggtccgtgggATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccg                                                                                               <  2:4651997/97‑1 (MQ=11)
       cgtcgggtccggggggtccgtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGgtgggatccg                                                                                               <  2:4736538/100‑1 (MQ=11)
        gtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCGGGGGGATCGATCGGGTCCGTGGGGTCGgccgggtcggt                                                                                              >  2:2193405/1‑101 (MQ=11)
         tcgggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCAGTGGGATCGGTCGGGCCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgtg                                                                                             <  2:2981797/101‑2 (MQ=11)
         tcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtc                                                                                             <  1:1598566/101‑1 (MQ=255)
         gcggatccgtaggagcggtctgGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCTGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccgtc                                                                                             <  1:2172192/100‑1 (MQ=11)
          ctaattcgtaggttcgttcgaGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccgtcg                                                                                            <  2:4852923/95‑1 (MQ=11)
          cgggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgtgg                                                                                            >  1:4503252/1‑99 (MQ=11)
           ggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcgg                                                                                           >  2:4007734/4‑101 (MQ=255)
           ggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcgg                                                                                           >  1:1099110/4‑101 (MQ=255)
           ggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcgg                                                                                           >  1:548009/4‑101 (MQ=255)
           ggatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccgtcgg                                                                                           <  1:4804619/98‑1 (MQ=11)
            ggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGgtagggtgcgtgggg                                                                                          >  2:2072889/1‑101 (MQ=11)
             gtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAGCGGTCGGGACCCCGGCGCCGgtcggctccgtcgggc                                                                                         >  2:4997063/1‑100 (MQ=11)
                cgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGtggggtccgtcgggtccg                                                                                      <  2:670994/101‑1 (MQ=14)
                 gtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTcgggtccgtcggatcggt                                                                                     >  2:1307959/1‑101 (MQ=11)
                   gggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTcgggtccgtcggctcggtcg                                                                                   >  1:4602164/1‑99 (MQ=11)
                   gggatcggtcggATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTgg                                                                                   >  2:2921417/1‑101 (MQ=11)
                   gggatcggtcggATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTgg                                                                                   >  1:2599507/1‑101 (MQ=11)
                   cgggtccgtgggATCCGTCGGATCCGTCGGGTCGGTGGGATCGCTCGGGTCCGGGGACTCGCTCGGCTCCCGAGGGTCGTTTGGGTCCGGCGCGCCCGTgg                                                                                   >  2:3925499/11‑101 (MQ=2)
                    gggtccgtcggATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGTTCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTggg                                                                                  >  2:2765094/7‑101 (MQ=11)
                    gggtccgtcggATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTggg                                                                                  >  1:1833340/7‑101 (MQ=11)
                    ggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTggg                                                                                  <  1:4907258/101‑1 (MQ=14)
                    ggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTcgg                                                                                  <  1:121769/101‑1 (MQ=11)
                    ggatcggtcggATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTggg                                                                                  <  2:1835309/101‑1 (MQ=11)
                    gctgccgtcgtATCCGTCGGATCGGTCGGCTCCGGCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTcgg                                                                                  <  2:2669122/95‑1 (MQ=11)
                      ttcggtcagTTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAt                                                                                <  2:4446768/100‑1 (MQ=11)
                       tcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGAtc                                                                               <  1:3304250/101‑1 (MQ=11)
                        cggtcggATCCGTGGGATCGGGCGGATCCGTGGGATGGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAtcc                                                                              <  1:677466/101‑2 (MQ=11)
                        ccgtgggATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                                              <  1:1020335/96‑1 (MQ=14)
                        ccgtcggATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGAtcc                                                                              <  1:3816764/99‑2 (MQ=11)
                        ccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAtcc                                                                              <  2:89956/99‑2 (MQ=11)
                          gtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGAtcggt                                                                            >  1:917738/1‑101 (MQ=11)
                           tggcatggatGGGATCGGGTGGATGCGTGGGATGGGTCGGGTCGGTGGGGTGGGTCGGGTCCGGAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                                           <  1:4696146/92‑1 (MQ=12)
                           tcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                                           <  1:2700319/101‑1 (MQ=11)
                            cggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAtccgtgg                                                                          >  2:1696599/1‑99 (MQ=11)
                            cggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGGCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGAtccgtgg                                                                          >  1:1502870/1‑99 (MQ=14)
                             ggATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGAtccgtggg                                                                         >  1:4787231/1‑101 (MQ=11)
                             ggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAtccgtggg                                                                         >  1:5006197/1‑101 (MQ=11)
                              ggtCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCAGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcggg                                                                        >  2:365174/3‑100 (MQ=14)
                               aTCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAt                                                                       <  1:2933531/101‑1 (MQ=11)
                                 ccGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATcg                                                                     <  1:4165231/101‑2 (MQ=11)
                                  ggtcggATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGACCGGTCGGAGCCg                                                                    >  2:1631666/5‑101 (MQ=17)
                                  cGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGCGGGCTCCGTGGGagcgg                                                                    >  2:1378799/1‑97 (MQ=11)
                                  cGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                                                    <  1:1282700/101‑1 (MQ=14)
                                          cggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTCGGAtcg                                                            >  1:2316991/1‑101 (MQ=14)
                                           ggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCAGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcgg                                                           >  2:3263647/1‑101 (MQ=14)
                                            gtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                                          >  2:1934282/1‑101 (MQ=17)
                                             tggggTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGCGGGAtcggcc                                                         >  2:4053506/3‑99 (MQ=255)
                                             tctggTCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTGGGACCCGTCGGATCCGTGGGATCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcggtc                                                         <  2:3770238/98‑1 (MQ=14)
                                               gggTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGCtcggtcgg                                                       >  2:1143537/1‑101 (MQ=17)
                                               gggTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcggtcgg                                                       <  2:1440954/101‑1 (MQ=14)
                                                   ccGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                   <  2:4233825/101‑1 (MQ=14)
                                                     gTGGGATCTGGCGGATCCGTGGGGTCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                 <  2:2448758/101‑1 (MQ=17)
                                                     gTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCgg                                                 >  2:1246292/1‑100 (MQ=255)
                                                     gTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                 >  1:1382116/1‑101 (MQ=255)
                                                     gTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGCTCGGTCGGGTCCGt                                                 >  2:75728/1‑101 (MQ=17)
                                                      tGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGta                                                >  2:4544349/1‑100 (MQ=17)
                                                      tGGGATCGGGCGGATCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGta                                                <  1:3121764/101‑2 (MQ=17)
                                                       gggAGCGGTCGGGTCCGTGGGAGCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                               <  2:2381782/101‑1 (MQ=255)
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                                                                                                    |                                                                                                    
TGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGACCGCTGTCGCCGCCGCCGGACAGAC  >  NC_014034/221972‑222172

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG