New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_014034 221962 =778 (2.340)105 (0.320) 32/186 19.9 0.10 coding (695/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
?NC_014034 = 222062 1123 (3.140)coding (595/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
Rejected: Position hash score below cutoff.

Only 100 of 2118 total aligned reads displayed.

GGTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGT  >  NC_014034/221862‑222062
                                                                                                    |                                                                                                    
  tGCCCGACACCGGCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtc                                                                                                    <  2:5748949/101‑1 (MQ=255)
       tgcgtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtc                                                                                               >  1:5741328‑M1/88‑101 (MQ=255)
       tcggtcgggtccgtaggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtc                                                                                               <  1:520491‑M1/14‑1 (MQ=255)
        cggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtcc                                                                                              <  1:4462894‑M1/15‑1 (MQ=255)
        cggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatcg                                                                                              <  2:5402744‑M1/15‑5 (MQ=255)
          gtcgggtccgtgggatcggtcggctccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgt                                                                                            >  2:1284437‑M1/85‑101 (MQ=255)
          gtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgt                                                                                            <  1:2048707‑M1/17‑1 (MQ=255)
            cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgg                                                                                          <  2:6693518‑M1/19‑1 (MQ=255)
            cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgggg                                                                                          <  1:3347417‑M1/19‑4 (MQ=255)
            cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgttg                                                                                          <  2:6152234‑M1/19‑3 (MQ=255)
             ggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtggg                                                                                         >  1:2494224‑M1/82‑101 (MQ=255)
               gtcggtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggat                                                                                       >  2:1940144‑M1/80‑101 (MQ=255)
                 ccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                                     >  2:1832654‑M1/78‑101 (MQ=255)
                    tggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                                                  <  1:5975793‑M1/27‑1 (MQ=255)
                     gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                                                                 <  1:2793234‑M1/28‑1 (MQ=255)
                      ggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgg                                                                                <  1:6784161‑M1/29‑1 (MQ=255)
                       ggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgga                                                                               >  1:5558894‑M1/72‑100 (MQ=255)
                          ccgtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggctccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtcc                                                                            >  2:4475089‑M1/69‑101 (MQ=255)
                          cGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtcc                                                                            >  1:5913848/1‑101 (MQ=255)
                           ggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtggggtcggtcgggtccg                                                                           <  1:6119635‑M1/34‑1 (MQ=255)
                           ggTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccg                                                                           <  2:2634606/101‑1 (MQ=255)
                             tgtTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtg                                                                         >  2:5612703/1‑101 (MQ=255)
                                 ggtggtCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggat                                                                     <  2:1127626/101‑1 (MQ=255)
                                   tggtCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGatcggtcgggtccgtggggtcggtcggggccgggggggcg                                                                   >  1:5437386/1‑97 (MQ=38)
                                   tggtCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                   >  2:3163479/1‑101 (MQ=255)
                                    cgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgggggatcgg                                                                  <  1:287706‑M1/43‑1 (MQ=255)
                                           tgggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtc                                                           >  2:2509866‑M1/52‑98 (MQ=255)
                                             ggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggaccggtcgggcccg                                                         <  1:3240002‑M1/52‑6 (MQ=255)
                                                cggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgg                                                      <  1:3473419‑M1/55‑1 (MQ=255)
                                                    tccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                  >  2:4260484‑M1/43‑101 (MQ=255)
                                                    gccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                  >  1:704041‑M1/43‑101 (MQ=255)
                                                        ggggatcggtcgggtccgggggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                              >  1:3786061‑M1/39‑101 (MQ=255)
                                                         gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                             <  2:5887338‑M1/64‑1 (MQ=255)
                                                          ggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAGCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                            <  2:4601420‑M1/65‑1 (MQ=255)
                                                            atcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGgatcggtcggat                                          <  2:865241‑M1/67‑3 (MQ=255)
                                                            aTCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCgggg                                          >  2:4897918/1‑100 (MQ=255)
                                                              cggtcgggtccgtgggagcggtcggggccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                        >  2:4348315‑M1/33‑101 (MQ=255)
                                                               ggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                       <  2:3551421‑M1/70‑1 (MQ=255)
                                                                  cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                    >  2:3023117‑M1/29‑101 (MQ=255)
                                                                   gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                   <  2:3294096‑M1/74‑1 (MQ=255)
                                                                   gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTggg                                   <  1:887120‑M1/74‑1 (MQ=255)
                                                                   gggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGCggg                                   <  2:1020354‑M1/74‑1 (MQ=255)
                                                                   ggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                   <  1:1488373‑M1/74‑1 (MQ=255)
                                                                     gtccgtgggatcggtcgggtccgtcGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                 >  2:1725411‑M1/26‑101 (MQ=255)
                                                                     gggCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                 >  1:664040/1‑101 (MQ=255)
                                                                      tccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGggacc                                <  2:2772650‑M1/77‑3 (MQ=255)
                                                                      tccgtgggatcggtcgggtccgggGGATCGGGCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                >  1:3568142‑M1/25‑101 (MQ=255)
                                                                      tccgtaggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                >  2:628955‑M1/25‑101 (MQ=255)
                                                                      cgCGTGGTATGCGTCGGTTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtc                                <  2:6946148/100‑1 (MQ=14)
                                                                       gcgtggggtccgtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                               >  1:4182896‑M1/24‑101 (MQ=255)
                                                                       cggTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTcggggcc                               >  2:395758/3‑97 (MQ=11)
                                                                       cggTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTcggggcc                               >  1:5086008/3‑97 (MQ=11)
                                                                        cgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGAGCCGTGGGAtcgg                              <  2:386266‑M1/79‑1 (MQ=255)
                                                                         gtggggtcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                             >  1:4807308‑M1/22‑101 (MQ=255)
                                                                         gtcggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGAtcggt                             <  2:600438‑M1/80‑1 (MQ=255)
                                                                          tgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                            <  1:4278876‑M1/81‑1 (MQ=255)
                                                                          tgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGatcggtg                            <  2:6822775‑M1/81‑2 (MQ=255)
                                                                           gggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                           >  1:6516310‑M1/20‑101 (MQ=255)
                                                                           gggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                           <  2:2202338‑M1/82‑1 (MQ=255)
                                                                           cGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                           >  1:622947/1‑101 (MQ=255)
                                                                            ggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                          <  1:1241740‑M1/83‑1 (MQ=255)
                                                                            ggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                          <  1:300680‑M1/83‑1 (MQ=255)
                                                                            ggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                          <  1:725500‑M1/83‑1 (MQ=255)
                                                                               tcggtcgggtccgtgGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGggatcggtcgggtc                       >  2:2378865‑M1/16‑98 (MQ=255)
                                                                               tcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGggatcggtcgggtc                       <  1:269820‑M1/86‑4 (MQ=255)
                                                                                ccgtcggctccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGTGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATcc                      >  2:5251311‑M1/15‑101 (MQ=255)
                                                                                 ggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                     <  1:3125359‑M1/88‑1 (MQ=255)
                                                                                 cgtcgtgtccgggGGATCTGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                     >  2:3464454‑M1/14‑101 (MQ=255)
                                                                                   tGGGCTCGGTCGGATCGGTCTGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                   <  1:4359871/101‑1 (MQ=255)
                                                                                    gggATCGGTCGGGTCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                  <  2:6595357/101‑1 (MQ=11)
                                                                                    gggATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtcg                  >  1:3666572/1‑99 (MQ=1)
                                                                                     gggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTggg                 >  1:2365648‑M1/10‑101 (MQ=255)
                                                                                       gtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt               >  1:1610860‑M1/8‑101 (MQ=255)
                                                                                       gtccgtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAt               <  2:5010077/97‑1 (MQ=11)
                                                                                       ggccgtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAt               <  1:3884720/97‑1 (MQ=11)
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                                                                                                   ggtcggggccgggggagcgggcgggtccgtgggatcGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCg   <  1:1088802/101‑1 (MQ=14)
                                                                                                    |                                                                                                    
GGTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGT  >  NC_014034/221862‑222062

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 32 ≤  ATCG  < 41 ≤  ATCG