Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 221,964 C→G 1.8% P231P (CCG→CCC)  RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034221,9640C→G 1.8% 20.6 ‑0.2 ‑0.5943P231P (CCG→CCC) RCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (11/8):  ref base (491/433):  total (502/441)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 8.18e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 2.93e-01

Only 100 of 2207 total aligned reads displayed.

TGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTA  >  NC_014034/221864‑222063
                                                                                                    |                                                                                                   
tcggatcggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                                                                     >  1:6600131‑M1/93‑101 (MQ=255)
   gatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggg                                                                                                  <  1:3907261‑M1/12‑1 (MQ=255)
    atcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggc                                                                                                 <  1:6744406‑M1/13‑2 (MQ=255)
     tcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggctc                                                                                                <  1:2739705‑M1/14‑4 (MQ=255)
      cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtcc                                                                                               <  1:207032‑M1/15‑1 (MQ=255)
       ggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccg                                                                                              <  2:429754‑M1/16‑1 (MQ=255)
          cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgttg                                                                                           <  2:6152234‑M1/19‑3 (MQ=255)
           ggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggg                                                                                          >  2:3118075‑M1/82‑101 (MQ=255)
              gCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatc                                                                                       <  1:4241307/101‑1 (MQ=255)
               ccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                                      <  1:6066156‑M1/24‑1 (MQ=255)
                 gAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggt                                                                                    >  1:4726904/1‑101 (MQ=255)
                  tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtc                                                                                   <  2:4171885‑M1/27‑1 (MQ=255)
                    ggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgg                                                                                 <  1:963444‑M1/29‑1 (MQ=255)
                     cTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggacgggtccgtgggatcggtcggg                                                                                >  1:5137504/1‑101 (MQ=255)
                        cggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtcc                                                                             <  1:4869335‑M1/33‑1 (MQ=255)
                          gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgggggatcgttcgggtccgt                                                                           <  2:2037269‑M1/35‑1 (MQ=255)
                          ggcgggtccgtgggatcggtccggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgt                                                                           >  1:1246028‑M1/67‑101 (MQ=255)
                           tgtTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcgggcgggtccgtg                                                                          >  1:2634251/1‑101 (MQ=255)
                            cggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggcccgtgggatcggtcgggtccgtgg                                                                         <  2:3785900‑M1/37‑1 (MQ=255)
                             gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtcggtcggggccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggg                                                                        <  2:4939605‑M1/38‑1 (MQ=255)
                             ggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgggcgggtccgtggg                                                                        <  2:4017506‑M1/38‑1 (MQ=255)
                                gtggtCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatc                                                                     >  2:5096946/1‑101 (MQ=255)
                                gtggtCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatc                                                                     <  2:6828569/101‑1 (MQ=255)
                                     cAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                                                <  2:873622/101‑1 (MQ=255)
                                       gatcggtggggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggg                                                              >  2:2960693‑M1/54‑100 (MQ=255)
                                         tcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATc                                                            <  1:3431586‑M1/50‑1 (MQ=255)
                                         gTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                            >  2:5416365/1‑101 (MQ=255)
                                           ggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                          <  2:5640207‑M1/52‑1 (MQ=255)
                                           ggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                          <  2:3522869‑M1/52‑1 (MQ=255)
                                              cGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgg                                                       >  1:3601882/1‑101 (MQ=255)
                                                  tccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTGGGAtc                                                   <  2:2595762‑M1/59‑1 (MQ=255)
                                                  tccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                   >  2:4373732‑M1/43‑101 (MQ=255)
                                                  tccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                   >  2:5544595‑M1/43‑101 (MQ=255)
                                                  tCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                   <  1:1644243/101‑1 (MQ=255)
                                                   ccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                  <  2:2342347‑M1/60‑1 (MQ=255)
                                                     cgcTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                >  1:2932394/1‑101 (MQ=255)
                                                      tgggatcggtggggtccgtgggatcggtcgggtccgtcGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                               >  1:6451763‑M1/39‑101 (MQ=255)
                                                       gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGtccgtcg                                              >  1:413769‑M1/38‑101 (MQ=255)
                                                       gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                              <  2:5887338‑M1/64‑1 (MQ=255)
                                                          aTCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGt                                           >  2:1353494/1‑101 (MQ=255)
                                                           tcggtcgtttccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                          >  2:2484273‑M1/34‑101 (MQ=255)
                                                           tcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                          >  2:1921974‑M1/34‑101 (MQ=255)
                                                            cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                         >  1:850800‑M1/33‑101 (MQ=255)
                                                            cggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                         >  1:7109491‑M1/33‑101 (MQ=255)
                                                               tgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                                      <  1:3846756‑M1/72‑1 (MQ=255)
                                                                 gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                    >  1:4337120‑M1/28‑101 (MQ=255)
                                                                  ggtccgtgggatcggtcgggtccgtcGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                                   >  2:1706954‑M1/27‑101 (MQ=255)
                                                                  gatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                   <  1:56762‑M1/75‑1 (MQ=255)
                                                                   gtgcgttggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                  >  1:1495102‑M1/26‑101 (MQ=255)
                                                                   atccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                  >  2:2149112‑M1/26‑101 (MQ=255)
                                                                     gCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                <  2:1239692/101‑1 (MQ=255)
                                                                       gtgggatcggtcgggtccgtcGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                              >  2:1085550‑M1/22‑101 (MQ=255)
                                                                       gtcggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                              <  1:1805145‑M1/80‑1 (MQ=255)
                                                                       gtcggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGAtcggt                              <  2:600438‑M1/80‑1 (MQ=255)
                                                                       gTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTGGGAgcggg                              >  2:2737270/1‑100 (MQ=17)
                                                                        gcGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcagtc                             <  1:3180154/100‑1 (MQ=255)
                                                                          ggatcggtcggatccgggGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                           >  1:4410400‑M1/19‑101 (MQ=255)
                                                                                gtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGt                     <  1:3518294‑M1/89‑1 (MQ=255)
                                                                                   gggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                  <  1:328402‑M1/92‑1 (MQ=255)
                                                                                   gggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                  <  1:5954240‑M1/92‑1 (MQ=255)
                                                                                    ggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                 <  2:6724480‑M1/93‑1 (MQ=255)
                                                                                    ggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGa                 <  2:7010829‑M1/93‑1 (MQ=255)
                                                                                    ggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                 <  1:3999764‑M1/93‑1 (MQ=255)
                                                                                    ggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                 >  1:4533451‑M1/9‑101 (MQ=255)
                                                                                    gatcggtcggGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGa                 >  1:6988900/3‑101 (MQ=11)
                                                                                     gtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATTCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGCTTGGTCGGATGCGTCGGAt                >  1:5384314/8‑101 (MQ=11)
                                                                                      tcggtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc               >  1:100103‑M1/7‑101 (MQ=255)
                                                                                      tcggtcggGTCGGGGGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc               <  1:5514516/101‑1 (MQ=14)
                                                                                      tcggtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGTATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc               <  2:2838957/101‑1 (MQ=255)
                                                                                      tccgtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTCGGAtg               >  2:717996/4‑100 (MQ=11)
                                                                                       ccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg              >  1:5809315‑M1/6‑101 (MQ=255)
                                                                                       ccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcg              <  2:6292859‑M1/96‑1 (MQ=255)
                                                                                        cgtgggatcggtcgggtccgtgggatctgtcgggtccgtgGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg             >  1:2823989/5‑101 (MQ=11)
                                                                                         gtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggt            >  2:6413239‑M1/4‑101 (MQ=255)
                                                                                         gtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggt            <  1:2509960‑M1/98‑1 (MQ=255)
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                                                                                                   gcgggtcgattggatcggtcggagccgttggatcggtCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGAGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTa  <  2:4639023/100‑1 (MQ=11)
                                                                                                    |                                                                                                   
TGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTA  >  NC_014034/221864‑222063

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 17 ≤  ATCG  < 24 ≤  ATCG  < 33 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG