Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 221,979 G→C 10.8% T226T (ACC→ACG)  RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034221,9790G→C10.8% 209.7 ‑0.3 ‑0.2982T226T (ACC→ACG) RCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (57/51):  ref base (476/398):  total (533/449)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 7.59e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 6.33e-01

Only 100 of 2590 total aligned reads displayed.

CCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATC.GGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGT  >  NC_014034/221879‑222085
                                                                                                    |                                                                                                           
ccGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                                                             <  2:5626631/101‑1 (MQ=255)
  gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggt                                                                                                           <  2:5894762‑M1/26‑1 (MQ=255)
  gtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggt                                                                                                           >  1:1900305‑M1/76‑101 (MQ=255)
  gAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGGGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtggggtcggt                                                                                                           >  1:1790613/1‑101 (MQ=255)
   ggggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                                                                          >  2:6744052‑M1/75‑101 (MQ=255)
   aGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                                                                          <  1:3022769/101‑1 (MQ=255)
    gggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                                                                                         <  1:4411115‑M1/28‑1 (MQ=255)
     ggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgg                                                                                                        <  1:6784161‑M1/29‑1 (MQ=255)
      ggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgga                                                                                                       >  1:5558894‑M1/72‑100 (MQ=255)
      gatcggtcgggtccgtcggatcggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggg                                                                                                       <  2:879008‑M1/30‑1 (MQ=255)
      gatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtcggtcggg                                                                                                       <  2:127916‑M1/30‑1 (MQ=255)
          ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtcct                                                                                                   <  1:3502701‑M1/34‑2 (MQ=255)
           gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtggggtccgtgggatcggtcgggtccgt                                                                                                  <  1:3262130‑M1/35‑1 (MQ=255)
           gtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgt                                                                                                  >  2:7038030‑M1/67‑101 (MQ=255)
            tgtTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccggg                                                                                                 >  2:2962882/1‑99 (MQ=255)
            tcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtg                                                                                                 >  1:6355329‑M1/66‑101 (MQ=255)
              ggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgggggatcggtcgggtccgtggg                                                                                               <  2:173793‑M1/38‑1 (MQ=255)
               ggtccgtgggattggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggc                                                                                              <  1:5072705‑M1/39‑2 (MQ=255)
                 tccgcgggatcgttgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatc                                                                                            >  2:6021150‑M1/61‑101 (MQ=255)
                 gtggtCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatc                                                                                            >  2:5096946/1‑101 (MQ=255)
                 gccgtgggatcggtcggggccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatc                                                                                            >  2:6625970‑M1/61‑101 (MQ=255)
                          gTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATc                                                                                   <  2:2380219/101‑1 (MQ=255)
                            cGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                                                 >  2:6148266/1‑101 (MQ=255)
                             gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGt                                                                                >  1:7131806‑M1/49‑101 (MQ=255)
                               cggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGGTCGGTCGGGTCCGtgc                                                                              <  1:3871758‑M1/55‑2 (MQ=255)
                               cGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgg                                                                              <  1:455711/101‑1 (MQ=255)
                                   tCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                                          <  1:1635346/101‑1 (MQ=255)
                                   gccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                                          >  1:865265‑M1/43‑101 (MQ=255)
                                     gcgcTCCTCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg                                                                        >  1:1327417/1‑101 (MQ=255)
                                     cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg                                                                        <  2:311826‑M1/61‑1 (MQ=255)
                                        gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                                     <  1:7020774‑M1/64‑1 (MQ=255)
                                           agcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGgatcggtcggat                                                                  >  2:4529955‑M1/35‑99 (MQ=255)
                                            tcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                                 >  2:466271‑M1/34‑101 (MQ=255)
                                            gcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                                 >  1:2588427‑M1/34‑101 (MQ=255)
                                             gggtcgggtgcgtgggaccggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                                >  1:62297‑M1/33‑101 (MQ=255)
                                                 cgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgg                                                            <  1:5202220‑M1/73‑1 (MQ=255)
                                                  gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                                           <  1:5328799‑M1/74‑1 (MQ=255)
                                                   gatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                                                          <  2:6840131‑M1/75‑1 (MQ=255)
                                                    gggCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                                         >  2:284897/1‑101 (MQ=255)
                                                    atccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                                         >  1:5441151‑M1/26‑101 (MQ=255)
                                                     ggCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                        >  1:608884/1‑101 (MQ=255)
                                                      ccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc.g                                                      <  1:999665‑M1/78‑1 (MQ=255)
                                                      ccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc.g                                                      >  1:2698537‑M1/24‑101 (MQ=255)
                                                      ccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc.g                                                      <  1:5960095‑M1/78‑1 (MQ=255)
                                                       cgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGgatccg                                                      <  1:4806175‑M1/79‑3 (MQ=255)
                                                         tgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATGGGTCGGGTCCGTGGGatc.ggtg                                                   <  2:3577136‑M1/81‑2 (MQ=255)
                                                         tCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGtccctg                                                    >  2:5752656/1‑97 (MQ=11)
                                                              tGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATC.GGTCGGATc                                              <  1:3163592/101‑1 (MQ=255)
                                                               ccGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATC.GGTCGGGTcc                                             <  2:729471/100‑1 (MQ=1)
                                                                     gctccgtgGGATCGGTCGGGGCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATC.GGTCGGATCCGTGGGa                                       >  2:4826510‑M1/9‑101 (MQ=255)
                                                                      gtcggtgggATGGGTCGGGTCCGTGAGATCGGTCGGATCCGGGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATC.GGTCGGATCCGTGGGAt                                      <  2:1117508/100‑1 (MQ=11)
                                                                      gtccgtctgATCGGTGGGTGCCGTGGGATCGGCCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATC.GGTCGGGTCCGTGGGAt                                      <  2:3938162/97‑1 (MQ=11)
                                                                        ccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATC.GGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                    >  2:4302996‑M1/6‑101 (MQ=255)
                                                                        ccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTC.CGTCGGATCCGTGGGAtcg                                    <  2:6292859‑M1/96‑1 (MQ=255)
                                                                          gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGAGCCGTGGGATC.TGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                  >  2:4187649/4‑101 (MQ=11)
                                                                          gtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTC.CGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                  >  2:6413239‑M1/4‑101 (MQ=255)
                                                                          gtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCCTGGGACC.GGTCGGGCCCGTCGGCtcggt                                  >  1:3602397/1‑101 (MQ=11)
                                                                           tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGGAA.GGTCGGATCCGTcgggtagggg                                 >  2:1565970/3‑94 (MQ=11)
                                                                           tcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATC.GGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                 <  2:2216719/101‑1 (MQ=255)
                                                                            gGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATC.GGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                <  1:3397190‑M1/100‑1 (MQ=255)
                                                                             ggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATC.GGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                               <  1:1090076/101‑1 (MQ=11)
                                                                             ggagcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATC.GGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                               <  1:4037693/101‑1 (MQ=14)
                                                                               gtcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggaTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATC.GGTCGGATCCGTGGGGtccgtgggat                             <  1:467905/100‑3 (MQ=11)
                                                                               gtccgtcgggtccgtggggtcggtctggtccgtgggatcgGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATC.GGTCGGATCCGTGGGGtccgtgggat                             <  2:5405688/97‑3 (MQ=11)
                                                                                tcggtcgggtccgtggggtcggtcggggccgtggggTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATC.GGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTc                            <  2:5503217/101‑1 (MQ=14)
                                                                                 cggtggggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATC.GGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATcc                           <  1:218737/101‑1 (MQ=11)
                                                                                 cggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATC.GGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc                           >  1:4307749/1‑101 (MQ=11)
                                                                                 cggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaggatCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATC.GGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                           <  1:1488818/101‑1 (MQ=11)
                                                                                 cggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaggatCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATC.GGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                           >  1:3940943/1‑101 (MQ=11)
                                                                                  ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGT.GGATCGGGTCGGATCCGTGGGAT.GGTCGGGACCgg                         >  2:4949991/1‑100 (MQ=14)
                                                                                  ggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTC.CGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                          >  2:4410178/1‑101 (MQ=11)
                                                                                   gtcgggtccgtggggtcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATC.GGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                         <  1:3739163/101‑1 (MQ=14)
                                                                                   gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATC.CGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGt                         >  1:2803382/1‑101 (MQ=11)
                                                                                   ggcgggtccgtgtgatcggtcgggtccgtggggtccgtCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATC.GGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                         <  2:1956977/99‑1 (MQ=14)
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                                                                                                    |                                                                                                           
CCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATC.GGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGT  >  NC_014034/221879‑222085

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 24 ≤  ATCG  < 32 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG