Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_014034 | 1,948,851 | +G | 90.3% | coding (1069/2472 nt) | quiP ← | acyl‑homoserine‑lactone acylase |
Read alignment evidence... | ||||||||||
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* | NC_014034 | 1,948,851 | 1 | .→G | 90.3% | 121.0 ‑1.2 ‑1.2 | 411 | coding (1069/2472 nt) | quiP | acyl‑homoserine‑lactone acylase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (165/205): ref base (14/26): total (179/232) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 3.14e-01 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 6.62e-02 |
Only 100 of 436 total aligned reads displayed.
TGATCCGACGGCAGCACCGGGCCGTTTTCGGTCCAGCGCAGGGTGAGGGTGATCGGCGCGGCATCCTTGACCGTGACGATCACCTTGCGGGTGGTGAACTC..G..CCC.ACCCTCGGGGCTGCGGTA.CGCTCGGGCGTTTTCGGATCAAGTTCCTCGACGAACAGGTCCTCGTCATCGGCGAAGGCGGCGGTGATGC > NC_014034/1948751‑1948943
|
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tGATCCGACGGCAGCACCGGGCCGTTTTCGGTCCAGCGCAGGGCGAGGGTGATCGGCGCGGCATCCTTGACCGTGACGATCACCTTGCGGGTGGTGAACTc > 1:2616804/1‑101 (MQ=255)
gATCCGACGGCAGCACCGGGCCGTTTTCGGTCCAGCGCAGGGTGAGGGTGATCGGCGCGGCATCCTTGACCGTGACGATCACCTTGCGGGTGGTGAACTC..g > 1:143444/1‑101 (MQ=255)
gATCCGACGGCAGCACCGGGCCGTTTTCGGTCCAGCGCAGGGTGAGGGTGATCGGCGCGGCATCCTTGACCGTGACGATCACCTTGCGGGTGGTGAACTC..g > 2:1205323/1‑101 (MQ=255)
gATCCGACGGCAGCACCGGGCCGTTTTCGGTCCAGCGCAGGGTGAGGGTGATCGGCGCGGCATCCTTGACCGTGACGATCACCTTGCGGGCGGTGAACTC..g > 1:5099430/1‑101 (MQ=255)
gATCCGACGGCAGCACCAGGCCGTTTTCGGTCCAGCGCAGGGTGAGGGTGATCGGCGCGGCATCCTTGACCGTGACGATCACCTTGCGGGTGGTGAACTC..g > 1:7311106/1‑101 (MQ=255)
aTCCGACGGCAGCACCGGGCCGTTTTCGGTCCAGCGCAGGGTGAGGGTGATCGGCGCGGCATCCTTGACCGTGACGATCACCTTGCGGGTGGTGAACTC..gg < 2:6697110/101‑2 (MQ=255)
cGACGGCAGCACCGGGCCGTTTTCGGTCCAGCGCAGGGTGAGGGTGATCGGCGCGGCATCCTTGACCGTGACGATCACCTTGCGGGTGGTGAACTC..G..gccc > 1:8398744/1‑100 (MQ=255)
cGGCAGCACCGGGCCGTTTTCGGTCCAGCGCAGGGTGAGGGTGATCGGCGCGGCATCCTTGACCGTGACGATCACCTTGCGGGTGGTGAACTCG.G..CCC.Acc > 1:2678868/1‑101 (MQ=255)
cGGCAGCACCGGGCCGTTTTCGGTCCAGCGCAGGGTGAGGGTGATCGGCGCGGCATCCTTGACCGTGACGATCACCTTGCGGGTGGTGAACTC..G..gcccaac < 2:8590992/101‑5 (MQ=255)
cGGCAGCACCGGGCCGTTTTCGGTCCAGCGCAGGGTGAGGGTGATCGGCGCGGCATCCTTGACCGTGACGATCACCTTGCGGGTGGTGAACTC..G..gcccaac < 1:334011/101‑5 (MQ=255)
cGGCAGCACCGGGCCGTTTTCGGTCCAGCGCAGGGTGAGGGTGATCGGCGCGGCATCCTTGACCGTGACGATCACCTTGCGGGTGGTGAACTC..G..gcccaac > 2:3994977/1‑97 (MQ=255)
cGGCAGCACCGGGCCGTTTTCGGTCCAGCGCAGGGTGAGGGTGATCGGCGCGGCATCCTTGACCGTGACGATCACCTTGCGGGTGGTGAACTC..G..gcccaac < 1:2566639/101‑5 (MQ=255)
gcagcaCCGGGCCGTTTTCGGTCCAGCGCAGGGTGAGGGTGATCGGCGCGGCATCCTTGACCGTGACGATCACCTTGCGGGTGGTGAACTC..G..gcccaaccc > 2:2100381/1‑95 (MQ=255)
gaCCGGGCCGTTTTCGGTCCAGCGCAGGGTGAGGGTGATCGGCGCGGCATCCTTGACCGTGACGATCACCTTGCGGGTGGTGAACTCG.G..CCCAACCCTCgg < 2:1566959/100‑1 (MQ=255)
aCCGGGCCGTTTTCGGTCCAGCGCAGGGTGAGGGTGATCGGCGCGGCATCCTTGACCGTGACGATCACCTTGCGGGTGGTGAACTCG.G..CCCAACCCTCggg > 2:3921805/1‑101 (MQ=255)
aCCGGGCCGTTTTCGGTCCAGCGCAGGGTGAGGGTGATCGGCGCGGCATCCTTGACCGTGACGATCACCTTGCGGGTGGTGAACTCG.G..CCCAACCCTCggg > 1:4970573/1‑101 (MQ=255)
aCCGGGCCGTTTTCGGTCCAGCGCAGGGTGAGGGTGATCGGCGCGGCATCCTTGACCGTGACGATCACCTTGCGGGTGGTGAACTCG.G..CCCAACCCTCggg < 2:8359403/101‑1 (MQ=255)
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gCCGTTTTCGGTCCAGCGCAGGGTGAGGGTGATCGGCGCGGCATCCTTGACCGTGACGATCACCTTGCGGGTGGTGAACTCG.G..CCCAACCCTCGGGGCTGc < 2:7642659/101‑1 (MQ=255)
ccGTTTTCGGTCCAGCGCAGGGTGAGGGTGATCGGCGCGGCATCCTTGACCGTGACGATCACCTTGCGGGTGGTGAACTCG.G..CCCAACCCTCGGGGCTGCg > 1:4716399/1‑101 (MQ=255)
gTTTTCGGTCCAGCGCAGGGTGAGGGTGATCGGCGCGGCATCCTTGACCGTGACGATCACCTTGCGGGTGGTGAACTCG.G..CCCAACCCTCGGGGCTGCGGt > 1:3426242/1‑101 (MQ=255)
gTTTTCGGTCCAGCGCAGGGTGAGGGTGATCGGCGCGGCATCCTTGACCGTGACGATCACCTTGCGGGTGGTGAACTCG.G..CCCAACCCTCGGGGCTGCGGt > 2:361083/1‑101 (MQ=255)
ttttCGGTCCAGCGCAGGGTGAGGGTGATCGGCGCGGCATCCTTGACCGTGACGATCACCTTGCGGGTGGTGAACTCG.G..CCCAACCCTCGGGGCTGCGGTa < 2:6075581/101‑1 (MQ=255)
tttCGGTCCAGCGCAGGGTGAGGGTGATCGGCGCGGCATCCTTGACCGTGACGATCACCTTGCGGGTGGTGAACTCG.G..CCCAACCCTCGGGGCTGCGGTag > 1:7034348/1‑100 (MQ=255)
tCGGTCCAGCGCAGGGTGAGGGTGATCGGCGCGGCATCCTTGACCGTGACGATCACCTTGCGGGTGGTGAACTCG.G..CCCAACCCTCGGGGCTGCGGTagcg < 1:7639035/101‑4 (MQ=255)
cGGTCCAGCGCAGGGTGAGGGTGATCGGCGCGGCATCCTTGACCGTGACGATCACCTTGCGGGTGGTGAACTCG.G..CCCAACCCTCGGGGCTGCGGTagcgc < 2:849634/101‑5 (MQ=255)
ggTCCAGCGCAGGGTGAGGGTGATCGGCGCGGCATCCTTGACCGTGACGATCACCTTGCGGGTGGTGAACTCG.G..CCCAACCCTCGGGGCTGCGGTagcgct > 2:1031836/1‑96 (MQ=255)
gTCCAGCGCAGGGTGAGGGTGATCGGCGCGGCATCCTTGACCGTGACGATCACCTTGCGGGTGGTGAACTCG.G..CCCAACCCTCGGGGCTGCGGTAGCGCTc > 1:7098405/1‑101 (MQ=255)
gTCCAGCGCAGGGTGAGGGTGATCGGCGCGGCATCCTTGACCGTGACGATCACCTTGCGGGTGGTGAACTC..GA.CCCAACCCTCGGGGCTGCGGTAGCGCTc > 1:6307553/1‑101 (MQ=255)
gcgcAGGGTGAGGGTGATCGGCGCGGCATCCTTGACCGTGACGATCACCTTGCGGGTGGTGAACTCG.G..CCCAACCCTCGGGGCTGCGGTAGCGCTCGGGCg < 2:7814880/101‑1 (MQ=255)
cgcAGGGTGAGGGTGATCGGCGCGGCATCCTTGACCGTGACGATCACCTTGCGGGTGGTGAACTCG.G..CCCAACCCTCGGGGCTGCGGTAGCGCTCGGGCGt > 1:425168/1‑101 (MQ=255)
ccgaaggtgagggtggTCGGCGCGGCATCCGTGACCGTGACGATCACCTTGCGGGTGGTAAACTCG.G..CCCAACCCGCGGGGCTGCGGTAGCGCTCGGGCGt < 1:2919461/96‑1 (MQ=255)
gcAGGGTGAGGGTGATCGGCGCGGCATCCTTGACCGTGACGATCACCTTGCGGGTGGTGAACTCG.G..CCCAACCCTCGGGGCTGCGGTAGCGCTCGGGCGtt < 1:3640566/101‑1 (MQ=255)
cAGGGTGAGGGTGATCGGCGCGGCATCCTTGACCGTGACGATCACCTTGCGGGTGGTGAACTCG.G..CCCAACCCTCGGGGCTGCGGTAGCGCTCGGGCGttt < 2:5697988/101‑1 (MQ=255)
agggtgagggtgATCGGCGCGGCATCCTTGACCGTGACGATCACCTTGCGGGTGGTGAACTCG.G..CCCAACCCTCGGGGCTGCGGTAGCGCTCGGGCGtttt > 1:606315/1‑101 (MQ=255)
agggtgagggtgATCGGCGCGGCATCCTTGACCGTGACGATCACCTTGCGGGTGGTGAACTCG.G..CCCAACCCTCGGGGCTGCGGTAGCGCTCGGGCGtttt > 2:7107424/1‑101 (MQ=255)
agggtgagggtgATCGGCGCGGCATCCTTGACCGTGACGATCACCTTGCGGGTGGTGAACTCG.G..CCCAACCCTCGGGGCTGCGGTAGCGCTCGGGCGtttt < 1:8025098/101‑1 (MQ=255)
gggtgagggtgaTCGGCGCGGCATCCTTGACCGTGACGATCACCTTGCGGGTGGTGAACTCG.G..CCCAACCCTCGGGGCTGCGGTAGCGCTCGGGCGTTTTc < 1:3194684/101‑1 (MQ=255)
gggtgagggtgaTCGGCGCGGCATCCTTGACCGTGACGATCACCTTGCGGGTGGTGAACTCG.G..CCCAACCCTCGGGGCTGCGGTAGCGCTCGGGCGTTTTc < 2:900964/101‑1 (MQ=255)
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gtgagggtgaTCGGCGCGGCATCCTTGACCGTGACGATCACCTTGCGGGTGGTGAACTCG.G..CCCAACCCTCGGGGCTGCGGTAGCGCTCGGGCGTTTTCgg > 1:8984782/1‑101 (MQ=255)
gtgagggtgaTCGGCGCGGCATCCTTGACCGTGACGATCACCTTGCGGGTGGTGAACTCG.G..CCCAACCCTCGGGGCTGCGGTAGCGCTCGGGCGTTTTCgg > 1:1149428/1‑101 (MQ=255)
agggtgaTCGGCGCGGCATCCTTGACCGTGACGATCACCTTGCGGGTGGTGAACTCG.G..CCCAACCCTCGGGGCTGCGGTAGCGCTCGGGCGTTTTCGGATc > 2:6981817/1‑101 (MQ=255)
agggtgaTCGGCGCGGCATCCTTGACCGTGACGATCACCTTGCGGGTGGTGAACTCG.G..CCCAACCCTCGGGGCTGCGGTAGCGCTCGGGCGTTTTCGGATc < 1:2347733/101‑1 (MQ=255)
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gggtgaTCGGCGCGGCATCCTTGACCGTGACGATCACCTTGCGGGTGGTGAACTCG.G..CCCAACCCTCGGGGCTGCGGTAGCGCTCGGGCGTTTTCGGATCa > 1:6415785/1‑101 (MQ=255)
gaTCGGCGCGGCATCCTTGACCGTGACGATCACCTTGCGGGTGGTGAACTCG.G..CCCAACCCTCGGGGCTGCGGTAGCGCTCGGGCGTTTTCGGATCAAGtt > 2:543181/1‑101 (MQ=255)
gaTCGGCGCGGCATCCTTGACCGTGACGATCACCTTGCGGGTGGTGAACTCG.G..CCCAACCCTCGGGGCTGCGGTAGCGCTCGGGCGTTTTCGGATCAAGtt < 1:1811015/101‑1 (MQ=255)
aTCGGCGCGGCATCCTTGACCGTGACGATCACCTTGCGGGTGGTGAACTCG.G..CCCAACCCTCGGGGCTGCGGTAGCGCTCGGGCGTTTTCGGATCAAGTTc < 1:2100443/101‑1 (MQ=255)
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aCGATCACCTTGCGGGTGGTGAACTCG.G..CCCAACCCTCGGGGCTGCGGTAGCGCTCGGGCGTTTTCGGATCAAGTTCCTCGACGAACAGGTCCTCGTCATc < 2:4970413/101‑1 (MQ=255)
cGATCACCTTGCGGGTGGTGAACTCG.G..CCCAACCCTCGGGGCTGCGGTAGCGCTCGGGCGTTTTCGGATCAAGTTCCTCGACGAACAGGTCCTCGTCATCg < 2:3239645/101‑1 (MQ=255)
gATCACCTTGCGGGTGGTGAACTCG.G..CCCAACCCTCGGGGCTGCGGTAGCGCTCGGGCGTTTTCGGATCAAGTTCCTCGACGAACAGGTCCTCGTCATCgg < 2:5200332/101‑1 (MQ=255)
gATCACCTTGCGGGTGGTGAACTCG.G..CCCAACCCTCGGGGCTGCGGGAGCGCTCGGGCGTTTTCGGATCAAGTTCCTCGACGAACAGGTCCTCGTCATCgg > 2:6591251/1‑101 (MQ=255)
cACCTTGCGGGTGGTGAACTCG.G..CCCAACCCTCGGGGCTGCGGTAGCGCTCGGGCGTTTTCGGATCAAGTTCCTCGACGAACAGGTCCTCGTCATCGGCGa > 2:2653367/1‑101 (MQ=255)
ttGCGGGTGGTGAACTCG.G..CCCAACCCTCGGGGCTGCGGTAGCGCTCGGGCGTTTTCGGATCAAGTTCCTCGACGAACAGGTCCTCGTCATCGGCGAAggc < 2:1399205/101‑1 (MQ=255)
tGCGGGTGGTGAACTCG.G..CCCAACCCTCGGGGCTGCGGTAGCGCTTGGGCGTTTTCGGATCAAGTTCCTCGACGAACAGGTCCTCGTCATCGGCGAAggcg > 2:4542029/1‑101 (MQ=255)
gCGGGTGGTGAACTCG.G..CCCAACCCTCGGGGCTGCGGTAGCGCTCGGGCGTTTTCGGATCAAGTTCCTCGACGAACATGTCCTCGTCATCGGCGAAggcgg > 1:5595261/1‑101 (MQ=255)
gCGGGTGGTGAACTCG.G..CCCAACCCTCGGGGCTGCGGTAGCGCTCGGGCGTTTTCGGATCAAGTTCCTCGACGAACAGGTCCTCGTCATCGGCGAAggcgg < 2:369227/101‑1 (MQ=255)
cGGGTGGTGAACTCG.G..CCCAACCCTCGGGGCTGCGGTAGCGCTCGGGCGTTTTCGGATCAAGTTCCTCGACGAACAGGTCCTCGTCATCGGCGAAggcggc > 1:5823398/1‑101 (MQ=255)
gtggtgAACTCG.G..CCCAACCCTCGGGGCTGCGGTAGCGCTCGGGCGTTTTCGGATCAAGTTCCTCGACGAACAGGTCCTCGTCATCGGCGAAGGgggcggg > 1:5370610/1‑100 (MQ=255)
tggtgAACTCGGG..CCA.ACCCTCGGGGCTGCGGTAGCGCTCGGGCGTTTTCGGATCAAGTTCCTCGACGAACAGGTCCTCGTCATCGGCGAAGGCGGCGGTg < 1:7144020/101‑1 (MQ=255)
ggtgAACTCG.G..CCCAACCCTCGGGGCTGCGGTAGCGCTCGGGCGTTTTCGGATCAAGTTCCTCGACGAACAGGTCCTCGTCATCGGCGAAGGCGGCGGTGa > 2:4131707/1‑101 (MQ=255)
ggtgAACTCG.G..CCCAACCCTCGGGGCTGCGGTAGCGCTCGGGCGTTTTCGGATCAAGTTCCTCGACGAACAGGTCCTCGTCATCGGCGAAGGCGGCGGTGa > 2:3816980/1‑101 (MQ=255)
gAACTCG.G..CCCAACCCTCGGGGCTGCGGTAGCGCTCGGGCGTTTTCGGATCAAGTTCCTCGACGAACAGGTCCTCGTCATCGGCGAAGGCGGCGGTGATGc < 1:4013844/101‑1 (MQ=255)
|
TGATCCGACGGCAGCACCGGGCCGTTTTCGGTCCAGCGCAGGGTGAGGGTGATCGGCGCGGCATCCTTGACCGTGACGATCACCTTGCGGGTGGTGAACTC..G..CCC.ACCCTCGGGGCTGCGGTA.CGCTCGGGCGTTTTCGGATCAAGTTCCTCGACGAACAGGTCCTCGTCATCGGCGAAGGCGGCGGTGATGC > NC_014034/1948751‑1948943
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 24 ≤
ATCG
< 31 ≤
ATCG
< 35 ≤
ATCG
< 41 ≤
ATCG
|