New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_014034 221968 =1242 (3.620)96 (0.280) 2/150 37.5 0.11 coding (689/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
?NC_014034 = 222113 387 (0.840)coding (544/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
Rejected: Position hash score below cutoff.

Only 100 of 3335 total aligned reads displayed.

CGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATC  >  NC_014034/221868‑222068
                                                                                                    |                                                                                                    
  cggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtcc                                                                                                    >  2:9047989‑M1/87‑101 (MQ=255)
      cggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggggccgtgggatcggtcgggtccgggg                                                                                                <  2:6638518‑M1/19‑4 (MQ=255)
        ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggg                                                                                              <  1:4792462‑M1/21‑2 (MQ=255)
         atccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggt                                                                                             <  1:8386252‑M1/22‑3 (MQ=255)
          gCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatc                                                                                            >  1:212052/1‑101 (MQ=255)
            cGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcgg                                                                                          >  2:4853158/1‑101 (MQ=255)
                   tcggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtc                                                                                   <  1:4529450‑M1/32‑1 (MQ=255)
                    cGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtcc                                                                                  <  2:3190026/101‑1 (MQ=255)
                    cGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcggggccgtgggatgggtcgggtcc                                                                                  >  2:505912/1‑101 (MQ=255)
                        gtTGGGGGTCAGCGTGGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGgatcggtcgggtccgggggatcggtcgggtccgtgg                                                                              >  1:7256880/1‑101 (MQ=255)
                         ggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggcccgtggg                                                                             <  2:8212178‑M1/38‑1 (MQ=255)
                            tccgtgggatcgggcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatc                                                                          >  1:6966258‑M1/61‑101 (MQ=255)
                             ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcg                                                                         <  1:4403246‑M1/42‑1 (MQ=255)
                             ccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                         <  2:1941462‑M1/42‑1 (MQ=255)
                                ggggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                                      >  1:1957909‑M1/57‑101 (MQ=255)
                                 tggatcggtctggtccgtcggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                                                     >  2:3928831‑M1/56‑101 (MQ=255)
                                  gggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgg                                                                    <  1:7643819‑M1/47‑1 (MQ=255)
                                      cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                                >  2:5476621‑M1/51‑101 (MQ=255)
                                       cGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                               <  2:3394946/101‑1 (MQ=255)
                                       cGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                               >  2:6778899/1‑101 (MQ=255)
                                        ggcGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGt                                                              <  2:4091764/99‑1 (MQ=255)
                                           ggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                                           <  1:9047183‑M1/56‑1 (MQ=255)
                                             gtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGgac                                                         <  1:1138735‑M1/58‑2 (MQ=255)
                                             aTCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                         <  1:146536/101‑1 (MQ=255)
                                                cgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                                                      <  2:2420748‑M1/61‑1 (MQ=255)
                                                 gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                                     >  1:6858928‑M1/40‑101 (MQ=255)
                                                  tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                    >  1:4695134‑M1/39‑101 (MQ=255)
                                                   gggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                   <  1:2441284‑M1/64‑1 (MQ=255)
                                                   gggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                   <  1:8879027‑M1/64‑1 (MQ=255)
                                                      gtcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGt                                                >  1:6224975‑M1/35‑101 (MQ=255)
                                                      gtcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGgatcggtcggat                                                >  2:4736864‑M1/35‑99 (MQ=255)
                                                       tcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGggatcggtcggatc                                               >  1:3927869‑M1/34‑98 (MQ=255)
                                                        cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                              <  1:1312118‑M1/69‑1 (MQ=255)
                                                        cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                              >  2:1742977‑M1/33‑101 (MQ=255)
                                                        cgggcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                              >  1:8556744‑M1/33‑101 (MQ=255)
                                                         ggtcgggtccgtgggctcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTTGGgtctg                                             >  2:8353811‑M1/32‑99 (MQ=255)
                                                         ggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCg                                             <  2:3729100‑M1/70‑1 (MQ=255)
                                                         gACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                             <  1:5393149/101‑1 (MQ=255)
                                                         gACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                             <  2:6477774/101‑1 (MQ=255)
                                                             ggtcccgtgtgatcggtcggttccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                         >  2:2111372‑M1/28‑101 (MQ=255)
                                                             ggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                         <  2:6159412‑M1/74‑1 (MQ=255)
                                                              ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                        <  1:4070680‑M1/75‑1 (MQ=255)
                                                               gtccgtggggtcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                       >  1:555029‑M1/26‑101 (MQ=255)
                                                               atccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                       <  2:5612221‑M1/76‑1 (MQ=255)
                                                                ggCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                      <  1:2999085/101‑1 (MQ=255)
                                                                ggCGGCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                      <  2:7087825/101‑1 (MQ=255)
                                                                 tcgtggggtcggtcgggtccgtcGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                     >  1:7125192‑M1/24‑101 (MQ=255)
                                                                  cgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                                    >  1:7787076‑M1/23‑101 (MQ=255)
                                                                   ttgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                   >  2:4278012‑M1/22‑101 (MQ=255)
                                                                    tgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                  >  1:6065278‑M1/21‑101 (MQ=255)
                                                                    tgggagtggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                  >  1:961469‑M1/21‑101 (MQ=255)
                                                                      ggATGCTTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGTTCTGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcag                                >  2:5959744/1‑99 (MQ=17)
                                                                         tcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGggatcggtcgggtc                             >  1:5883696‑M1/16‑98 (MQ=255)
                                                                          gCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATcc                            <  1:505920/101‑1 (MQ=255)
                                                                           cGTGGGCTCGGTCGGATCGGGCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                           <  1:8128887/101‑1 (MQ=255)
                                                                            gtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCcgg                          <  2:7661109‑M1/89‑2 (MQ=255)
                                                                             ggggggcggtcggGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtc                         <  2:2579969/95‑2 (MQ=11)
                                                                              cggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCcgtcg                        <  2:580292‑M1/91‑3 (MQ=255)
                                                                               gggtcgggcggGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTcgg                       <  1:1000386/98‑1 (MQ=11)
                                                                               gggtccgtgGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                       >  2:7273872‑M1/10‑101 (MQ=255)
                                                                               gggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                       >  1:3462997‑M1/10‑101 (MQ=255)
                                                                                 cTCGGTCGGATCGGGCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                     <  2:8848447/101‑1 (MQ=255)
                                                                                 atccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGCCCGTGGGAt                     <  1:3757296‑M1/94‑1 (MQ=255)
                                                                                  tccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                    >  1:3140366‑M1/7‑101 (MQ=255)
                                                                                  gcggttcgatcggtccggtccgggggatcggtggggtccggggGATCGGTCCGGTCCGGCGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGtc                    <  1:4225030/94‑1 (MQ=2)
                                                                                   ccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTCGGATCGGGGGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGAtcg                   >  2:1046960/6‑101 (MQ=11)
                                                                                   ccgtcgaATCGGTCGGGTCTGTGGGATCGGTCGGGTCCGCGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                   <  2:2994872/99‑1 (MQ=14)
                                                                                    cgtcggATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                  >  1:3625964/2‑101 (MQ=11)
                                                                                     gtcggATCGGTCGGGCCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcggt                 <  2:5305144/101‑1 (MQ=14)
                                                                                       cggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg               >  1:2786711/1‑101 (MQ=255)
                                                                                         gatcggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtggGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTGCGTGGGATCGGTCggg             >  2:2769731/1‑101 (MQ=11)
                                                                                         gatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGGCCGTGGGGTCCGGCGGATCCGTGGGAtcggtcgga             >  2:746539/1‑100 (MQ=14)
                                                                                         gatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtggGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtacggcggg             >  2:8485001/1‑93 (MQ=11)
                                                                                         gagcgggcgggtccgtgggagcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCggg             <  1:2298410/98‑1 (MQ=14)
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                                                                                                    |                                                                                                    
CGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATC  >  NC_014034/221868‑222068

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 32 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG