New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_014034 221956 =505 (1.360)102 (0.270) 43/162 15.6 0.18 coding (701/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
?NC_014034 = 222125 418 (0.910)coding (532/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
Rejected: Position hash score below cutoff.

Only 100 of 2739 total aligned reads displayed.

TTCGCCGGTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGG  >  NC_014034/221856‑222056
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cgggtccgtggggtcgggcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgg                                                                                                      >  1:826846‑M1/101‑101 (MQ=255)
 gggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtggg                                                                                                     <  2:6252323‑M1/2‑1 (MQ=255)
 gggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtggg                                                                                                     <  1:269541‑M1/2‑1 (MQ=255)
 gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtggg                                                                                                     >  1:5790202‑M1/100‑101 (MQ=255)
  ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtggggtcggtggggtccgtgggg                                                                                                    <  2:5312094‑M1/3‑2 (MQ=255)
  gatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgtgatcggtcggatccgtggga                                                                                                    <  1:2863036‑M1/3‑1 (MQ=255)
   gtcggtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggat                                                                                                   >  1:2384347‑M1/98‑101 (MQ=255)
    tccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatc                                                                                                  >  1:8699813‑M1/97‑101 (MQ=255)
     ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtcc                                                                                                 >  2:6470880‑M1/96‑97 (MQ=255)
      cgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgg                                                                                                <  2:124278‑M1/7‑1 (MQ=255)
        tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgggc                                                                                              <  1:6410844‑M1/9‑3 (MQ=255)
         gggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                                                                             <  1:8867982‑M1/10‑1 (MQ=255)
         gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggaccgtgggatcggtcgggtgcgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                                                                             <  2:6775596‑M1/10‑1 (MQ=255)
          ggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgg                                                                                            >  1:7806496‑M1/91‑101 (MQ=255)
             gACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtc                                                                                         <  2:5597790/101‑1 (MQ=255)
                  cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggctcggtcggatccgtgg                                                                                    <  1:1129561‑M1/19‑1 (MQ=255)
                   gggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggacgggtccgtggg                                                                                   <  2:2999863‑M1/20‑1 (MQ=255)
                    ggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggg                                                                                  <  1:2071627‑M1/21‑2 (MQ=255)
                    ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggga                                                                                  <  1:6525596‑M1/21‑1 (MQ=255)
                      gCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGCGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatc                                                                                <  1:4770443/101‑1 (MQ=255)
                       cgtggggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                               >  2:2157041‑M1/78‑101 (MQ=255)
                          tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtc                                                                            >  2:4717868‑M1/75‑101 (MQ=255)
                             gatgggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggg                                                                         >  1:3375456‑M1/72‑101 (MQ=255)
                             gatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggg                                                                         >  2:7657423‑M1/72‑101 (MQ=255)
                                cGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtcc                                                                      <  1:9201913/101‑1 (MQ=255)
                                    gtTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGgatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgg                                                                  >  2:3446870/1‑101 (MQ=255)
                                     ggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatgggtcggggccgtgggatcggtcgggtccgtggg                                                                 <  2:8365706‑M1/38‑1 (MQ=255)
                                      ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggctcggtcgggtccgtggga                                                                <  2:4010306‑M1/39‑1 (MQ=255)
                                      ggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcgctcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggga                                                                >  1:7671631‑M1/63‑101 (MQ=255)
                                       gtcggtggggtcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggat                                                               >  2:8079720‑M1/62‑101 (MQ=255)
                                       atccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggat                                                               <  2:415654‑M1/40‑1 (MQ=255)
                                        tccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgggggatcggtcgggtccgtgggatc                                                              <  2:4418288‑M1/41‑1 (MQ=255)
                                        tccgggggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatc                                                              >  1:5380864‑M1/61‑101 (MQ=255)
                                        gtggtCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatc                                                              >  1:5612723/1‑101 (MQ=255)
                                         ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                             <  1:4081426‑M1/42‑1 (MQ=255)
                                         ccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtcg                                                             <  2:6633529‑M1/42‑1 (MQ=255)
                                         ccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtaggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                             <  2:7446042‑M1/42‑1 (MQ=255)
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                                           gtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggc                                                           <  1:2510219‑M1/44‑2 (MQ=255)
                                           gtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggt                                                           <  2:6892844‑M1/44‑1 (MQ=255)
                                           gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggg                                                           <  2:6111605‑M1/44‑2 (MQ=255)
                                            tgggatcggtcgggtccgtgggatctgtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                          >  1:221706‑M1/57‑101 (MQ=255)
                                            tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                          >  1:4712641‑M1/57‑101 (MQ=255)
                                             cggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                                         <  1:6228562‑M1/46‑1 (MQ=255)
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                                                                ggatcggtcgggtccgtggggtcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                      >  1:354225‑M1/37‑101 (MQ=255)
                                                                 cATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCggg                                     >  1:9031741/1‑101 (MQ=255)
                                                                  atcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTcgggc                                    <  1:7479035‑M1/67‑2 (MQ=255)
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                                                                    cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                  >  1:4911894‑M1/33‑101 (MQ=255)
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                                                                     ggcGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGGTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                 <  2:7077052/99‑1 (MQ=18)
                                                                     cgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                 <  1:6706770‑M1/70‑1 (MQ=255)
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                                                                               gtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                       <  1:4553064‑M1/80‑1 (MQ=255)
                                                                               gtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                       <  1:383927‑M1/80‑1 (MQ=255)
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                                                                                                   cggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcggccg   >  1:4263292/1‑101 (MQ=11)
                                                                                                    |                                                                                                    
TTCGCCGGTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGG  >  NC_014034/221856‑222056

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 17 ≤  ATCG  < 24 ≤  ATCG  < 33 ≤  ATCG  < 41 ≤  ATCG