New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_014034 221974 =1632 (3.600)14 (0.030) 4/198 40.0 0.01 coding (683/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
?NC_014034 = 222125 576 (1.260)coding (532/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
Rejected: Position hash score below cutoff.

Only 100 of 3608 total aligned reads displayed.

CGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGG  >  NC_014034/221874‑222074
                                                                                                    |                                                                                                    
     ccGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                                                 <  2:4471251/101‑1 (MQ=255)
       gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggt                                                                                               <  2:4740086‑M1/26‑1 (MQ=255)
        tcggatcggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                                                              >  2:6493702‑M1/75‑101 (MQ=255)
        aGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                                                              >  1:5279297/1‑101 (MQ=255)
           gatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggg                                                                                           >  2:7657423‑M1/72‑101 (MQ=255)
            atcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggt                                                                                          <  2:8193489‑M1/31‑1 (MQ=255)
                gtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgc                                                                                      <  1:6635537‑M1/35‑2 (MQ=255)
                    tggtggTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGAtcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggga                                                                                  <  1:7043513/101‑1 (MQ=255)
                       ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcg                                                                               <  2:2616825‑M1/42‑1 (MQ=255)
                       ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcg                                                                               <  1:4403246‑M1/42‑1 (MQ=255)
                          tgggatcgctcgtgtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                                            >  2:8484190‑M1/57‑101 (MQ=255)
                           gggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggccg                                                                           <  1:2786121‑M1/46‑4 (MQ=255)
                           cggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                                                           <  1:4531407‑M1/46‑1 (MQ=255)
                              ggTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGGCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGAt                                                                        <  2:2293395/100‑1 (MQ=255)
                                   tcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGgatccagc                                                                   >  2:7255492‑M1/48‑98 (MQ=255)
                                     gggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTGGGGTCCGTggg                                                                 <  2:4621270‑M1/56‑1 (MQ=255)
                                     gggtccgggggatcgggcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                                 >  1:2255428‑M1/46‑101 (MQ=255)
                                      ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtgggg                                                                <  2:6780684‑M1/57‑2 (MQ=255)
                                        tccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                              >  2:4859451‑M1/43‑101 (MQ=255)
                                          cgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGCGGGATCCGTGGGAgcgg                                                            <  2:1809398‑M1/61‑1 (MQ=255)
                                            tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                          >  1:5734091‑M1/39‑101 (MQ=255)
                                            tgggatcgggcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                          >  1:8084143‑M1/39‑101 (MQ=255)
                                              tCAGCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                                        >  1:8811806/1‑101 (MQ=255)
                                               gatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGatcggtcgga                                                       <  1:5466798‑M1/66‑2 (MQ=255)
                                                atcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGgatcggtcggat                                                      <  1:209721‑M1/67‑3 (MQ=255)
                                                 tcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                     >  1:5933342‑M1/34‑101 (MQ=255)
                                                  cggtggggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                    >  1:6893129‑M1/33‑101 (MQ=255)
                                                  cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGtcg                                                    <  2:1652418‑M1/69‑2 (MQ=255)
                                                  cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                    <  1:1312118‑M1/69‑1 (MQ=255)
                                                  cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                    <  1:5592678‑M1/69‑1 (MQ=255)
                                                  cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                    >  1:8499405‑M1/33‑101 (MQ=255)
                                                  cGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                    >  2:1175358/1‑101 (MQ=255)
                                                   ggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                   <  1:6328874‑M1/70‑1 (MQ=255)
                                                      gggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                                <  1:2423164‑M1/73‑1 (MQ=255)
                                                       ggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                               <  1:4794548‑M1/74‑1 (MQ=255)
                                                        ggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                              >  1:3125445‑M1/27‑101 (MQ=255)
                                                        gatcggtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGggggc                                              <  1:8333553‑M1/75‑2 (MQ=255)
                                                         gtccgtgggagcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                             >  1:8990796‑M1/26‑101 (MQ=255)
                                                          tccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                            >  2:9047150‑M1/25‑101 (MQ=255)
                                                           ccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                           <  2:2796194‑M1/78‑1 (MQ=255)
                                                           ccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                           >  1:6138429‑M1/24‑101 (MQ=255)
                                                            cgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg                                          <  1:6760715‑M1/79‑1 (MQ=255)
                                                            cgtcggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGtcgg                                          <  1:3919536‑M1/79‑1 (MQ=255)
                                                            cgtcggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                                          <  2:3209065‑M1/79‑1 (MQ=255)
                                                             gtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGCTCGGTCGGGTCCGTGGGatcggg                                         <  2:5305204‑M1/80‑2 (MQ=255)
                                                             gtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                         <  1:1137202‑M1/80‑1 (MQ=255)
                                                             gTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                         <  2:7435557/101‑1 (MQ=255)
                                                             gTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggc                                         >  2:100805/1‑100 (MQ=255)
                                                              tgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                        >  1:4701405‑M1/21‑101 (MQ=255)
                                                               cGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCGGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                       >  1:6462512/1‑101 (MQ=255)
                                                                    gCGTGGGATCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                  <  1:4232956/101‑1 (MQ=255)
                                                                    cggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGTATcc                                  >  2:243589‑M1/15‑101 (MQ=255)
                                                                    cggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                  <  1:1459990‑M1/87‑1 (MQ=255)
                                                                     ggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGCCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                 <  1:375434‑M1/88‑1 (MQ=255)
                                                                     ggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGtgggatcggtcggcttcg                                 <  2:3748121‑M1/88‑6 (MQ=255)
                                                                     cGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtaggtcggggccg                                 >  2:8824865/1‑96 (MQ=11)
                                                                      gtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                >  1:4074849‑M1/13‑101 (MQ=255)
                                                                         gggtcgggcggGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTcgg                             <  1:1000386/98‑1 (MQ=11)
                                                                         gggtccgtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGTTCGGTCGGGTCNGNggg                             >  1:2990690/7‑101 (MQ=11)
                                                                           gtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                           >  2:5630284‑M1/8‑101 (MQ=255)
                                                                             cggtcggGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGtcg                         >  2:7840777/1‑101 (MQ=11)
                                                                              cgtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGAtcgg                        >  2:3586554/2‑101 (MQ=14)
                                                                               gtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                       <  1:5085382‑M1/98‑1 (MQ=255)
                                                                                tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGAtccggc                      >  2:5822489/3‑97 (MQ=11)
                                                                                tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                      >  1:3625790/3‑101 (MQ=11)
                                                                                tgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                      >  2:4100836‑M1/3‑101 (MQ=255)
                                                                                 cggATCGGTCGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcggtcg                     <  2:1328653/101‑1 (MQ=11)
                                                                                  ggctcggtcgggtccgtgggagcggtcgggtccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGtccgtcgg                    <  2:3934464/98‑1 (MQ=11)
                                                                                  ggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGgggtccgtggg                    <  1:1915510‑M2/101‑12 (MQ=255)
                                                                                   gatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcgGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCggg                   <  2:5486152/101‑1 (MQ=11)
                                                                                     ccggtcgggtccgtgggttccgtcgggtcggtcggacCGTTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTc                 <  2:6326276/100‑1 (MQ=11)
                                                                                      ctgttgggtccgtgggctcagtcggatccgtgggatcggtcGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                <  2:663962/96‑1 (MQ=11)
                                                                                      cgctcgcgttcgtgggagcggtcgggtccgtgggatcggTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc                <  2:1513160/98‑1 (MQ=11)
                                                                                       ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtcCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGCATTGGTCCGGTCCg               >  1:7561153/1‑101 (MQ=14)
                                                                                       ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtcCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTAGGGTcag               >  2:8058766/1‑99 (MQ=14)
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                                                                                                    |                                                                                                    
CGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGG  >  NC_014034/221874‑222074

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG