New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_014034 221992 =1799 (4.850)67 (0.180) 16/162 27.4 0.06 coding (665/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
?NC_014034 = 222125 418 (0.910)coding (532/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
Rejected: Position hash score below cutoff.

Only 100 of 4031 total aligned reads displayed.

GTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGG  >  NC_014034/221892‑222092
                                                                                                    |                                                                                                    
  ggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtggga                                                                                                    <  1:456069‑M1/39‑1 (MQ=255)
     ccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                                                 <  1:2256651‑M1/42‑1 (MQ=255)
     ccgtgggatcggtcgtgtccgtggggtcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                                                 >  2:6207418‑M1/60‑101 (MQ=255)
     ccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatgggtcgggtccgtgggatcg                                                                                                 <  2:3687740‑M1/42‑1 (MQ=255)
       gtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggt                                                                                               <  2:5535037‑M1/44‑1 (MQ=255)
       gtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggt                                                                                               <  2:7513698‑M1/44‑1 (MQ=255)
        tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtc                                                                                              <  2:1302937‑M1/45‑1 (MQ=255)
          ggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgg                                                                                            <  2:3525313‑M1/47‑1 (MQ=255)
            gtcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAt                                                                                          >  2:5844549‑M1/53‑101 (MQ=255)
              gggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgggggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                                                        >  1:6837177‑M1/51‑101 (MQ=255)
              ccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGATcc                                                                                        <  1:409697‑M1/51‑1 (MQ=255)
                  cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                                                                    <  1:9107071‑M1/55‑1 (MQ=255)
                  cggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGACCGTgg                                                                                    <  2:6970844‑M1/55‑1 (MQ=255)
                   gggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                                                                   <  1:4987413‑M1/56‑1 (MQ=255)
                   ggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                                                   <  2:8515225‑M1/56‑1 (MQ=255)
                          gcTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                                            >  1:3665841/1‑101 (MQ=255)
                                cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                                      <  1:1312118‑M1/69‑1 (MQ=255)
                                  gcGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                                    <  2:3347804/100‑1 (MQ=255)
                                   cGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                                                                   >  1:3815652/1‑101 (MQ=255)
                                    cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                                                  >  2:6549649‑M1/29‑101 (MQ=255)
                                     gTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                                 >  1:174172/1‑101 (MQ=255)
                                        tccgtgggatcggtcgggtccgtgCGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCcgtggggtc                                                              >  2:2434336‑M1/25‑98 (MQ=255)
                                        gccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                              >  2:2002588‑M1/25‑101 (MQ=255)
                                         ccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                             <  2:2610437‑M1/78‑1 (MQ=255)
                                         ccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                             <  1:1144863‑M1/78‑1 (MQ=255)
                                          cgtcggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGAtcgg                                                            <  1:583573‑M1/79‑1 (MQ=255)
                                            tCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                          >  1:1457843/1‑101 (MQ=255)
                                            ggggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                          >  1:6394995‑M1/21‑101 (MQ=255)
                                             gggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                         <  1:1580580‑M1/82‑1 (MQ=255)
                                             gggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGtccgtcg                                                         <  2:1645537‑M1/82‑1 (MQ=255)
                                               gatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCcgtgggatcccaccga                                                       >  2:4529315‑M1/18‑94 (MQ=255)
                                                 tgggTGGGGTCGGTGGGACCGGGAGTGTAGGCGGGTGCGGTCCCGTTCTTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                     <  1:5520794/98‑1 (MQ=0)
                                                 tcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATc                                                     >  1:8783464‑M1/16‑101 (MQ=255)
                                                   ggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTGCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                                   <  1:5630491‑M1/88‑1 (MQ=255)
                                                   cGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtaggtcggggccg                                                   >  2:8824865/1‑96 (MQ=11)
                                                      gggATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtcg                                                >  1:317019/1‑99 (MQ=1)
                                                      cgggtgcgtcggGTCGGGCGGGGCCGTGGGATCGGTGGGGTCCTTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                                <  1:4246354/94‑1 (MQ=11)
                                                       gggtcgggcggGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTcgg                                               <  1:1000386/98‑1 (MQ=11)
                                                       gggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                               <  1:2618487‑M1/92‑1 (MQ=255)
                                                       gggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                               >  1:2424648‑M1/10‑101 (MQ=255)
                                                        ggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                                              <  1:4717287‑M1/93‑1 (MQ=255)
                                                         gtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAt                                             >  2:6404122‑M1/8‑101 (MQ=255)
                                                         atccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                             <  2:7696939‑M1/94‑1 (MQ=255)
                                                          tccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                            >  1:4826645‑M1/7‑101 (MQ=255)
                                                          tccgtgGGATCGGGCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                            >  2:8345471‑M1/7‑101 (MQ=255)
                                                          gccgtcggATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                            <  1:3296334/98‑1 (MQ=11)
                                                           cggtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                           >  2:4958953/1‑101 (MQ=255)
                                                             gtggggtccgtcgggtccgtggggtcggtcggatccgtgggatcgGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                         <  1:3497565/92‑1 (MQ=14)
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                                                              tgggatcgggcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                        <  2:4024489/99‑1 (MQ=11)
                                                              tgGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGgatcgggc                                        <  1:8028500‑M1/99‑3 (MQ=255)
                                                               gGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCggatccgtggggtccgagg                                       >  1:8159949‑M1/2‑93 (MQ=255)
                                                               cggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                       >  2:4698056/1‑101 (MQ=255)
                                                                ggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGgggtccgtggg                                      <  1:1915510‑M2/101‑12 (MQ=255)
                                                                ggagcggtcgggtgcgtggggtcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                      <  1:6014142/101‑1 (MQ=14)
                                                                  atcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGTGGGGTCGGTGGGGt                                    >  2:2135109/1‑101 (MQ=11)
                                                                   tcggtcgggtccgtgggatcggtcaggtccgtggggTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGCCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                   >  2:1790437/1‑101 (MQ=11)
                                                                    cggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                  <  2:8068186/101‑1 (MQ=11)
                                                                    cggtagggtccgtgggatcgggcgggtccgtgggatCGGTCGGGTCCGTTGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                  <  1:8447151/101‑1 (MQ=11)
                                                                     ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtcCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGCTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                 >  1:2811041/1‑101 (MQ=14)
                                                                     cgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCAGTGGAAACGGTCGGGTCCGTGGCAccggacgcacccg                                 >  1:8301020/2‑95 (MQ=11)
                                                                      gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                >  1:7632359/1‑101 (MQ=11)
                                                                      gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCGGTGGGCTCGGTCGCGTGCgg                                >  2:1488612/1‑100 (MQ=11)
                                                                        cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgg                              <  1:6675932‑M2/101‑3 (MQ=255)
                                                                         gggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                             >  2:7872807‑M2/1‑98 (MQ=255)
                                                                         gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGGGGGATCGGTCGGATCCGTGgg                             >  2:6686668/1‑101 (MQ=11)
                                                                          ggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcgGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggga                            >  1:3939459‑M2/1‑97 (MQ=255)
                                                                          ggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcgGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggga                            <  1:7464906‑M2/101‑5 (MQ=255)
                                                                          gagccgtgggatcggtcggatccgtaggatcgggcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGa                            <  2:5350304/98‑1 (MQ=11)
                                                                           gtccgtggggtcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                           <  2:7279231/101‑1 (MQ=14)
                                                                           gtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCGGTGGGGTCGGGAGGGTCGGTGgggg                           >  2:4196510/1‑99 (MQ=14)
                                                                           gtccgtgggatccgtcgggtcgggcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                           <  2:8674680/101‑1 (MQ=11)
                                                                           agccgggggatcggcggggccaggaggatcggtcggGTGCGTCGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCGGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                           <  2:9009919/99‑1 (MQ=2)
                                                                            tccgtgggttctgtcgggtccgtcgggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                          <  2:1138717/101‑1 (MQ=11)
                                                                            tccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatc                          >  1:4418415‑M2/1‑95 (MQ=255)
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                                                                                                    ggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgg  <  1:6207657‑M2/101‑31 (MQ=255)
                                                                                                    |                                                                                                    
GTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGG  >  NC_014034/221892‑222092

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 32 ≤  ATCG  < 41 ≤  ATCG