New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_014034 221962 =871 (2.440)196 (0.550) 60/156 10.0 0.24 coding (695/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
?NC_014034 = 222128 397 (0.870)coding (529/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
Rejected: Position hash score below cutoff.

Only 100 of 2980 total aligned reads displayed.

GGTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGT  >  NC_014034/221862‑222062
                                                                                                    |                                                                                                    
 gtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggt                                                                                                     <  2:1857566‑M1/8‑1 (MQ=255)
 gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggc                                                                                                     <  2:5557262‑M1/8‑2 (MQ=255)
  gtggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtc                                                                                                    >  1:808767‑M1/93‑101 (MQ=255)
    ggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggggccgtgggatcgggcgg                                                                                                  <  2:7152732‑M1/11‑1 (MQ=255)
    cccGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggccgg                                                                                                  >  2:8871877/1‑101 (MQ=255)
     gatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgga                                                                                                 <  1:1498109‑M1/12‑2 (MQ=255)
       tgggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtc                                                                                               >  2:3765399‑M1/88‑101 (MQ=255)
           ttgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtggggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtg                                                                                           >  1:2269984‑M1/84‑101 (MQ=255)
           tcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtg                                                                                           >  1:3489753‑M1/84‑101 (MQ=255)
            cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgggggatcgggcgggtccgtgg                                                                                          <  2:6338858‑M1/19‑1 (MQ=255)
             gggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggg                                                                                         <  1:4888190‑M1/20‑1 (MQ=255)
             gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggg                                                                                         <  1:163829‑M1/20‑1 (MQ=255)
              gatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtggga                                                                                        >  1:6297511‑M1/81‑101 (MQ=255)
                    tggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtg                                                                                  <  1:2610547‑M1/27‑2 (MQ=255)
                    tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtcggtg                                                                                  <  2:4694985‑M1/27‑2 (MQ=255)
                      ggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcgggcgg                                                                                <  1:8484570‑M1/29‑1 (MQ=255)
                        atcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggc                                                                              <  1:8198857‑M1/31‑2 (MQ=255)
                              cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggctgggtcgggtccgtgg                                                                        <  2:171752‑M1/37‑1 (MQ=255)
                               gggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggg                                                                       <  2:6787767‑M1/38‑1 (MQ=255)
                                tggtggTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGAtcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggga                                                                      <  1:7043513/101‑1 (MQ=255)
                                 gtccgtggggtcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggat                                                                     >  1:5777158‑M1/62‑101 (MQ=255)
                                 atcggtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggat                                                                     <  1:8807261‑M1/40‑1 (MQ=255)
                                  tccgtgggatcggtcggctccgtgggatccgtcggctccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatc                                                                    >  2:732473‑M1/61‑101 (MQ=255)
                                     gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggt                                                                 <  1:5224219‑M1/44‑1 (MQ=255)
                                     gtCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggg                                                                 >  2:3222071/1‑100 (MQ=255)
                                      tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtc                                                                >  1:3645376‑M1/57‑101 (MQ=255)
                                      tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                                >  1:897129‑M1/57‑101 (MQ=255)
                                       gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                                               >  2:837663‑M1/56‑101 (MQ=255)
                                       gggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggccg                                                               <  1:2786121‑M1/46‑4 (MQ=255)
                                       cAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                                               >  1:7725133/1‑101 (MQ=255)
                                          gtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGAt                                                            >  1:690743‑M1/53‑101 (MQ=255)
                                          atcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAt                                                            <  1:8650421‑M1/49‑1 (MQ=255)
                                              gtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCcgg                                                        <  2:1008721‑M1/53‑2 (MQ=255)
                                               tcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                                                       <  2:8102804‑M1/54‑1 (MQ=255)
                                                 gggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGCGGGATAGGTCGGTTCCGTggg                                                     <  2:7535615‑M1/56‑1 (MQ=255)
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                                                  gatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGa                                                    <  2:5667212‑M1/57‑1 (MQ=255)
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                                                   gtCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                   <  1:7171604/100‑1 (MQ=255)
                                                      cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcgg                                                <  1:5028643‑M1/61‑1 (MQ=255)
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                                                        tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGatcggtg                                              <  2:1552844‑M1/63‑2 (MQ=255)
                                                        ggggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                              >  2:1369860‑M1/39‑101 (MQ=255)
                                                           gatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCggg                                           <  2:2062721‑M1/66‑1 (MQ=255)
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                                                                      tccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                >  1:3158350‑M1/25‑101 (MQ=255)
                                                                       ccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                               <  2:6659204‑M1/78‑1 (MQ=255)
                                                                       ccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                               <  1:1144863‑M1/78‑1 (MQ=255)
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                                                                        cgtgggattggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                              >  1:7572809‑M1/23‑101 (MQ=255)
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                                                                         gtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCgggtccgtgcggtccgt                             <  1:7856353‑M1/80‑9 (MQ=255)
                                                                         gtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                             <  1:1337356‑M1/80‑1 (MQ=255)
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                                                                          tgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                            >  1:8329802‑M1/21‑101 (MQ=255)
                                                                           gggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGCTCCGTGGGAtcggtcg                           <  1:732486‑M1/82‑1 (MQ=255)
                                                                            ggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                          <  1:3767118‑M1/83‑1 (MQ=255)
                                                                            ggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                          <  2:1178893/101‑1 (MQ=11)
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                                                                             caTGCGTGGGTCCCGTGGCATCCGTGGGGTCCGTCGGCTCCGTCGGATCTGTCGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcggg                         <  2:5415418/100‑2 (MQ=2)
                                                                              atcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGGgatcggtcgggc                        <  2:8246337‑M1/85‑3 (MQ=255)
                                                                                  gtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCcgg                    <  2:6515702‑M1/89‑2 (MQ=255)
                                                                                  gTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                    <  2:5877212/101‑1 (MQ=11)
                                                                                   ggggggcggtcggGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtc                   <  2:2579969/95‑2 (MQ=11)
                                                                                   cgatcTCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtc                   <  2:6170414/97‑2 (MQ=11)
                                                                                    cgggtcggtgggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTgg                  <  1:2087993/97‑1 (MQ=11)
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                                                                                      ggtcggtggtATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGTCGGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                <  1:4654266/99‑1 (MQ=11)
                                                                                      gatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                <  2:4506346/93‑1 (MQ=11)
                                                                                         tgggcggTTCGGCGGGATCCGTCGGGTCCGTGGGATCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGAtcg             <  2:5981236/97‑1 (MQ=2)
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                                                                                          ggtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg            >  2:4126883/1‑101 (MQ=255)
                                                                                          cgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGCCGCCTCCGTGGGCtcgg            >  1:5958404/5‑101 (MQ=11)
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                                                                                                    gtccggtccgtcggatctgtcgggtccgtaggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt  <  2:3428100/101‑1 (MQ=11)
                                                                                                    |                                                                                                    
GGTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGT  >  NC_014034/221862‑222062

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG