New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_014034 221965 =1098 (3.200)87 (0.250) 16/150 26.0 0.10 coding (692/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
?NC_014034 = 222128 388 (0.850)coding (529/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
Rejected: Position hash score below cutoff.

Only 100 of 3180 total aligned reads displayed.

GCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGG  >  NC_014034/221865‑222065
                                                                                                    |                                                                                                    
 ggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggttggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgg                                                                                                     >  1:3631229‑M1/91‑101 (MQ=255)
   atcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggc                                                                                                   <  1:488971‑M1/13‑2 (MQ=255)
     cggtagggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggcccgtgggatcggtcgggtcc                                                                                                 <  2:4748583‑M1/15‑1 (MQ=255)
      ggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggctcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccg                                                                                                <  1:8114633‑M1/16‑1 (MQ=255)
       gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgt                                                                                               <  1:3764045‑M1/17‑1 (MQ=255)
        tcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtg                                                                                              >  2:1689341‑M1/84‑101 (MQ=255)
          gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggg                                                                                            <  1:8997759‑M1/20‑1 (MQ=255)
          ggaacagtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggg                                                                                            <  1:8828625‑M1/20‑1 (MQ=255)
               cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgagtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgg                                                                                       <  2:6764953‑M1/25‑1 (MQ=255)
                gAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggt                                                                                      >  1:6478024/1‑101 (MQ=255)
                 tggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtg                                                                                     <  1:2610547‑M1/27‑2 (MQ=255)
                 gcggatcggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                                                     >  2:5490476‑M1/75‑101 (MQ=255)
                   gtatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgg                                                                                   >  1:7891693‑M1/73‑101 (MQ=255)
                    cTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggg                                                                                  <  1:8516079/101‑1 (MQ=255)
                        cgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccg                                                                              >  2:5828835‑M1/68‑101 (MQ=255)
                         gtcgtatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgt                                                                             >  2:3165497‑M1/67‑101 (MQ=255)
                         gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgt                                                                             <  1:7740584‑M1/35‑1 (MQ=255)
                            ggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtggggtccgtgggatcggtggggtccgtggg                                                                          <  2:1856594‑M1/38‑1 (MQ=255)
                                 cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtgcgtgggatcgg                                                                     <  2:6161993‑M1/43‑1 (MQ=255)
                                  gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggt                                                                    <  1:634070‑M1/44‑1 (MQ=255)
                                   tCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                                   >  1:9185319/1‑101 (MQ=255)
                                    gggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggccg                                                                  <  1:2786121‑M1/46‑4 (MQ=255)
                                    cggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtgg                                                                  <  1:6813598‑M1/46‑3 (MQ=255)
                                      gatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgggggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGa                                                                <  1:4770189‑M1/48‑1 (MQ=255)
                                       cGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGAt                                                               <  2:8221097/101‑1 (MQ=255)
                                              ggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                                        >  1:2428256‑M1/46‑101 (MQ=255)
                                               gATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                                       <  2:7500611/101‑1 (MQ=255)
                                                 tccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                     >  2:4859451‑M1/43‑101 (MQ=255)
                                                 tCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGATCCGGGGGAtc                                                     >  2:905478/1‑101 (MQ=255)
                                                  cgcgCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                    <  2:7666673/101‑1 (MQ=255)
                                                   cgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg                                                   >  2:7876473‑M1/41‑101 (MQ=255)
                                                     tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGatcggtg                                                 <  2:1552844‑M1/63‑2 (MQ=255)
                                                        gatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCggg                                              <  2:2062721‑M1/66‑1 (MQ=255)
                                                        cATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCggg                                              >  1:6926265/1‑101 (MQ=255)
                                                           cggtcgggtccgggggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                           >  1:1754768‑M1/33‑101 (MQ=255)
                                                           cggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                           >  1:5963025‑M1/33‑101 (MQ=255)
                                                           cggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                           <  2:5633791‑M1/69‑1 (MQ=255)
                                                                gggtccgtgggatcggtcgggtccgggGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                      >  1:6162230‑M1/28‑101 (MQ=255)
                                                                  gtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                    >  1:5223374‑M1/26‑101 (MQ=255)
                                                                  gtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                    <  2:6898370‑M1/76‑1 (MQ=255)
                                                                   tccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                   >  1:3158350‑M1/25‑101 (MQ=255)
                                                                   ggCGGCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                   <  2:7087825/101‑1 (MQ=255)
                                                                    ccgtcggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                  >  2:2213926‑M1/24‑101 (MQ=255)
                                                                     cgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                                 >  1:1166768‑M1/23‑101 (MQ=255)
                                                                     cgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                                 <  1:8348388‑M1/79‑1 (MQ=255)
                                                                     cgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGtcggtggggtctg                                 <  2:4446488‑M1/79‑6 (MQ=255)
                                                                     cgtgggatcggtcgggtccgtcGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                                 >  1:1627480‑M1/23‑101 (MQ=255)
                                                                       tgggatcggtcgggttcgttGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                               >  2:2546746‑M1/21‑101 (MQ=255)
                                                                        gggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                              <  1:8237653‑M1/82‑1 (MQ=255)
                                                                         ggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                             <  1:663972‑M1/83‑1 (MQ=255)
                                                                         ggatcggtcgggtccgtgGGATCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                             >  2:5325282‑M1/19‑101 (MQ=255)
                                                                          gatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGatcggtcggc                            <  1:5362643‑M1/84‑2 (MQ=255)
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                                                                              ggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                        <  2:2351510‑M1/88‑1 (MQ=255)
                                                                               gtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCcgg                       <  1:7225385‑M1/89‑2 (MQ=255)
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                                                                                 cggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgg                     <  1:5617602‑M1/91‑1 (MQ=255)
                                                                                  gggtcgggcggGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTcgg                    <  1:1000386/98‑1 (MQ=11)
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                                                                                    atcggtcggGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTCGGAt                  >  2:6313434/2‑101 (MQ=11)
                                                                                     gccgtcggATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                 <  1:3296334/98‑1 (MQ=11)
                                                                                      cggtcggGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcg                <  1:2280142/101‑1 (MQ=11)
                                                                                      ccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATccgtggggtcc                >  1:7610709‑M1/6‑97 (MQ=255)
                                                                                       cgtggggtccgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGAtcgg               >  1:8675993/11‑101 (MQ=11)
                                                                                       cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGCTCCGTGGGATCGGCCGCGCCCGAGGGAccgg               >  2:649216/5‑101 (MQ=11)
                                                                                       cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATTCGTGGGAtcgg               >  1:4662733/5‑101 (MQ=11)
                                                                                        gtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGAtcggg              >  2:8678673/1‑100 (MQ=14)
                                                                                         tggggtccgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTGGGAtcggtg             >  2:1194454/9‑100 (MQ=11)
                                                                                         tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcGGATCGGTCGGGTCCGGGGGGTCGGTCGGGTCGGGGGGATGGGTGGGGTCGGGGGGGtcgtcg             >  2:2931925/3‑98 (MQ=2)
                                                                                         tgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTGCGTGGGGtcggtg             >  2:5066038/3‑100 (MQ=11)
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                                                                                          gggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATGCGTGGGATCGGTCGGATCCGTCGGAtcgggcg            >  2:8852028/2‑101 (MQ=11)
                                                                                          gGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg            >  1:3920229‑M1/2‑101 (MQ=255)
                                                                                          gGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg            <  1:707719‑M1/100‑1 (MQ=255)
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                                                                                                    gggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGgg  >  1:1331000/1‑101 (MQ=11)
                                                                                                    |                                                                                                    
GCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGG  >  NC_014034/221865‑222065

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG