Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034221,9580A→G 3.4% 73.3 ‑4.1 ‑2.81326D233D (GAT→GAC) RCAP_rcc00185hypothetical protein
Rejected: Prediction has significantly lower quality scores supporting polymorphism compared to reference.
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (31/16):  ref base (605/673):  total (637/689)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.65e-02
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.50e-03

Only 100 of 2708 total aligned reads displayed.

CGCCGGTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGT  >  NC_014034/221858‑222058
                                                                                                    |                                                                                                    
ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggga                                                                                                      <  1:2226966‑M1/3‑1 (MQ=255)
  tccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatc                                                                                                    >  2:3548143‑M1/97‑101 (MQ=255)
   tcgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                                                   >  1:2542329‑M1/96‑101 (MQ=255)
     tggggatcggtcggctccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggt                                                                                                 >  2:4790625‑M1/94‑101 (MQ=255)
     gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggt                                                                                                 <  2:7141011‑M1/8‑1 (MQ=255)
        cccGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggccgg                                                                                              >  2:8871877/1‑101 (MQ=255)
         gatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgga                                                                                             <  1:1498109‑M1/12‑2 (MQ=255)
          atcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggt                                                                                            >  2:5256449‑M1/89‑101 (MQ=255)
           tcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtc                                                                                           >  2:5998049‑M1/88‑101 (MQ=255)
            ctgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtcc                                                                                          >  2:467515‑M1/87‑101 (MQ=255)
            cggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatcc                                                                                          <  2:2475111‑M1/15‑1 (MQ=255)
               tcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtg                                                                                       <  2:8109375‑M1/18‑1 (MQ=255)
               gcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtg                                                                                       >  1:3992447‑M1/84‑101 (MQ=255)
                cgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgg                                                                                      <  1:175062‑M1/19‑1 (MQ=255)
                cggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgg                                                                                      <  2:6678399‑M1/19‑1 (MQ=255)
                 gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggg                                                                                     <  1:8997759‑M1/20‑1 (MQ=255)
                         gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                                                             <  1:9166120‑M1/28‑1 (MQ=255)
                           gatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggg                                                                           <  1:565218‑M1/30‑1 (MQ=255)
                           cTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggg                                                                           <  1:8516079/101‑1 (MQ=255)
                            ttCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggt                                                                          <  1:8339104/101‑1 (MQ=255)
                            atcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggt                                                                          <  2:1426092‑M1/31‑1 (MQ=255)
                              cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtcc                                                                        <  2:8389696‑M1/33‑1 (MQ=255)
                              cggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtcc                                                                        >  2:5851331‑M1/69‑101 (MQ=255)
                                    gatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtggga                                                                  >  2:3928760‑M1/63‑101 (MQ=255)
                                    gatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggg                                                                  <  1:7889556‑M1/39‑2 (MQ=255)
                                       tggtCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                               <  1:3590168/101‑1 (MQ=255)
                                       ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                               <  1:7749687‑M1/42‑1 (MQ=255)
                                        cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgg                                                              <  1:6164389‑M1/43‑1 (MQ=255)
                                         gtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggt                                                             <  2:7513698‑M1/44‑1 (MQ=255)
                                         gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgt                                                             <  1:3236309‑M1/44‑7 (MQ=255)
                                         gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgt                                                             <  2:1202496‑M1/44‑7 (MQ=255)
                                         gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggt                                                             <  1:7053752‑M1/44‑1 (MQ=255)
                                         gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggt                                                             <  1:634070‑M1/44‑1 (MQ=255)
                                         gtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggt                                                             <  1:4955907‑M1/44‑1 (MQ=255)
                                          tgggttccgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                            >  2:6173545‑M1/57‑101 (MQ=255)
                                           gggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                                           <  2:7700896‑M1/46‑1 (MQ=255)
                                           gggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggggccgtgggatcggtcg                                                           <  2:8522352‑M1/46‑1 (MQ=255)
                                            ggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgagtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtcggtcgg                                                          <  1:8089125‑M1/47‑1 (MQ=255)
                                             gatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGa                                                         <  1:5981471‑M1/48‑1 (MQ=255)
                                              cGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGAt                                                        >  1:413771/1‑101 (MQ=255)
                                              atcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggt                                                        <  1:5432705‑M1/49‑3 (MQ=255)
                                               tcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggttc                                                       <  2:1011022‑M1/50‑4 (MQ=255)
                                                cggtcggatccgtggggtcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                      >  2:3742745‑M1/51‑101 (MQ=255)
                                                 ggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                                     >  2:7293395‑M1/50‑101 (MQ=255)
                                                     gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTggg                                                 <  1:6923458‑M1/56‑1 (MQ=255)
                                                     gggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                                 <  1:3121417‑M1/56‑1 (MQ=255)
                                                      gatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGa                                                <  2:5667212‑M1/57‑1 (MQ=255)
                                                           gtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                           <  2:5541008‑M1/62‑1 (MQ=255)
                                                            tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                          <  2:4502957‑M1/63‑1 (MQ=255)
                                                              tCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                        >  2:4304922/1‑101 (MQ=255)
                                                              ggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                        <  1:4578520‑M1/65‑1 (MQ=255)
                                                                 tcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                     >  1:5285078‑M1/34‑101 (MQ=255)
                                                                  cggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                    <  1:718384‑M1/69‑1 (MQ=255)
                                                                  cGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                    >  2:1909818/1‑101 (MQ=255)
                                                                   ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                   >  1:6780955‑M1/32‑101 (MQ=255)
                                                                   ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                   >  1:3862989‑M1/32‑101 (MQ=255)
                                                                    gtgggagctgTCGGCTCCGTGGGCTCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGt                                  <  2:8251693/92‑1 (MQ=14)
                                                                      gggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                <  1:8226865‑M1/73‑1 (MQ=255)
                                                                         gtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGgag                             <  2:8715249‑M1/76‑2 (MQ=255)
                                                                          tccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                            >  1:1901286‑M1/25‑101 (MQ=255)
                                                                          tccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                            >  2:4101335‑M1/25‑101 (MQ=255)
                                                                          tccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                            >  1:5550409‑M1/25‑101 (MQ=255)
                                                                          gccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                            >  1:4798058‑M1/25‑101 (MQ=255)
                                                                           ccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                           >  2:2275088‑M1/24‑101 (MQ=255)
                                                                           ccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                           >  2:1574082‑M1/24‑101 (MQ=255)
                                                                            cgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCGGTCGGGtcggtgggggcgg                          <  2:2635925‑M1/79‑6 (MQ=255)
                                                                            cgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg                          >  2:4987253‑M1/23‑101 (MQ=255)
                                                                             gtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                         <  1:8671675‑M1/80‑1 (MQ=255)
                                                                             gtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                         <  1:1137202‑M1/80‑1 (MQ=255)
                                                                             gTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggc                         >  2:9060426/1‑100 (MQ=255)
                                                                              tggggtccGTGGGATCGGTCGGGTCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                        <  1:2908810/94‑1 (MQ=11)
                                                                              cttccgatctGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                        <  1:1622490/92‑1 (MQ=1)
                                                                               cGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                       >  2:2849384/1‑101 (MQ=255)
                                                                                ggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                      <  1:663972‑M1/83‑1 (MQ=255)
                                                                                 gatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGatcggtcggg                     <  2:3124112‑M1/84‑2 (MQ=255)
                                                                                 gatcggtcgggtccgtcGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGatcggtcggg                     <  1:8817072‑M1/84‑2 (MQ=255)
                                                                                  atcggtcgggtccgtcGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGgatcggtcgggt                    >  2:6816083‑M1/17‑99 (MQ=255)
                                                                                    cggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGgatgc                  <  1:2731378‑M1/87‑3 (MQ=255)
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                                                                                        cgggtcggtgggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTgg              <  1:2087993/97‑1 (MQ=11)
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                                                                                         gggtcgggcggGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTcgg             <  1:1000386/98‑1 (MQ=11)
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                                                                                          gatcggtcggGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGa            >  1:3711107/3‑101 (MQ=1)
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                                                                                                    atcggtcggggccgtgggatgggtcgggtccgtgggGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGt  <  1:4314692/101‑1 (MQ=14)
                                                                                                    |                                                                                                    
CGCCGGTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGT  >  NC_014034/221858‑222058

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 17 ≤  ATCG  < 24 ≤  ATCG  < 32 ≤  ATCG  < 41 ≤  ATCG