Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034221,9610G→C 3.6% 82.2 ‑3.1 ‑2.31331T232T (ACC→ACG) RCAP_rcc00185hypothetical protein
Rejected: Prediction has significantly lower quality scores supporting polymorphism compared to reference.
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (31/19):  ref base (607/673):  total (639/692)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 4.45e-02
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 4.61e-03

Only 100 of 2884 total aligned reads displayed.

CGGTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCG  >  NC_014034/221861‑222061
                                                                                                    |                                                                                                    
      gatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgga                                                                                                <  1:1498109‑M1/12‑2 (MQ=255)
      gatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggg                                                                                                <  1:3611919‑M1/12‑1 (MQ=255)
            tcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtg                                                                                          <  2:8109375‑M1/18‑1 (MQ=255)
             cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgg                                                                                         <  2:5636195‑M1/19‑1 (MQ=255)
             cgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgg                                                                                         <  1:175062‑M1/19‑1 (MQ=255)
              gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggg                                                                                        <  1:3123738‑M1/20‑1 (MQ=255)
              gggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtcggcggg                                                                                        <  2:7526266‑M1/20‑7 (MQ=255)
               ggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggg                                                                                       <  2:6799258‑M1/21‑2 (MQ=255)
               ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggga                                                                                       <  1:6525596‑M1/21‑1 (MQ=255)
                atccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggt                                                                                      <  1:8386252‑M1/22‑3 (MQ=255)
                  ccGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                                    <  1:5145520/101‑1 (MQ=255)
                   cgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatccgtcgggtccgtggggtcgg                                                                                   <  2:1774521‑M1/25‑1 (MQ=255)
                    gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggggcagtgggatcggc                                                                                  <  2:4289980‑M1/26‑2 (MQ=255)
                        gatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggg                                                                              <  2:2149314‑M1/30‑1 (MQ=255)
                         ttCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggt                                                                             <  2:633877/101‑1 (MQ=255)
                              tgtTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtg                                                                        >  2:5532364/1‑101 (MQ=255)
                               cgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgg                                                                       >  1:4579761‑M1/65‑101 (MQ=255)
                                ggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggagatcggaa                                                                      <  1:2746402‑M1/38‑10 (MQ=255)
                                 ggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtggga                                                                     <  2:7705819‑M1/39‑1 (MQ=255)
                                   tccgtgggatcgggcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatc                                                                   >  1:6966258‑M1/61‑101 (MQ=255)
                                   gaggtCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatc                                                                   >  2:4947353/3‑101 (MQ=255)
                                     cgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgg                                                                 <  1:9048411‑M1/43‑1 (MQ=255)
                                     cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtgcgtgggatcgg                                                                 <  2:6161993‑M1/43‑1 (MQ=255)
                                      gatctatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggt                                                                >  1:5564591‑M1/58‑101 (MQ=255)
                                       tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                               >  2:8878466‑M1/57‑101 (MQ=255)
                                       tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtc                                                               <  1:4729240‑M1/45‑1 (MQ=255)
                                       tCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCgggtccgtgggatcggtcggctccgtgggatcggtc                                                               <  1:7258743/101‑1 (MQ=255)
                                             cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGATcc                                                         <  1:9617‑M1/51‑1 (MQ=255)
                                             cggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTcc                                                         <  1:7933301‑M1/51‑1 (MQ=255)
                                              ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGATCGGATCCg                                                        <  2:5967596‑M1/52‑1 (MQ=255)
                                              cGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                        >  1:6210164/1‑101 (MQ=255)
                                               gtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGt                                                       <  1:8889274‑M1/53‑1 (MQ=255)
                                               gtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCcgg                                                       <  2:1493882‑M1/53‑2 (MQ=255)
                                                      ccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                <  1:5888333‑M1/60‑1 (MQ=255)
                                                        gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                              <  2:7923557‑M1/62‑1 (MQ=255)
                                                        gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                              >  1:6858928‑M1/40‑101 (MQ=255)
                                                        gtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                              <  1:5454315‑M1/62‑1 (MQ=255)
                                                           ggatcggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                           <  1:5676953‑M1/65‑1 (MQ=255)
                                                           ggatcggtcgggtccgtgggctcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                           >  2:5376914‑M1/37‑101 (MQ=255)
                                                           ggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                           <  1:3868545‑M1/65‑1 (MQ=255)
                                                              tcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGTGATCGGTCGGGTc                                        >  2:2643973‑M1/34‑101 (MQ=255)
                                                              tcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGggatcggtcggatc                                        >  1:5297874‑M1/34‑98 (MQ=255)
                                                               cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                       >  1:4336907‑M1/33‑101 (MQ=255)
                                                               cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                       >  1:6391682‑M1/33‑101 (MQ=255)
                                                                 gtgggagctgTCGGCTCCGTGGGCTCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGt                                     <  2:8251693/92‑1 (MQ=14)
                                                                 gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                     >  1:4010421‑M1/31‑101 (MQ=255)
                                                                 ggcggatcggtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                     >  2:2510146‑M1/31‑101 (MQ=255)
                                                                   cgggtccgggggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                   >  1:857346‑M1/29‑101 (MQ=255)
                                                                   cggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGtccgagg                                   <  2:852039‑M1/73‑4 (MQ=255)
                                                                    gTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATGGGGCGGGTcgggtgg                                  >  2:2309242/1‑95 (MQ=18)
                                                                     ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                 >  1:6050614‑M1/27‑101 (MQ=255)
                                                                       tccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                               >  1:1901286‑M1/25‑101 (MQ=255)
                                                                       tccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                               >  2:4658235‑M1/25‑101 (MQ=255)
                                                                       gccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                               >  2:312519‑M1/25‑101 (MQ=255)
                                                                        tcgtggggtcggtcgggtccgtcGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                              >  1:7125192‑M1/24‑101 (MQ=255)
                                                                        ccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                              <  1:1144863‑M1/78‑1 (MQ=255)
                                                                        ccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                              >  2:1064183‑M1/24‑101 (MQ=255)
                                                                         cgtgggatgggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                             >  1:293745‑M1/23‑101 (MQ=255)
                                                                         cgtgggatcggtcgggtccgtcGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                             <  1:2240104‑M1/79‑1 (MQ=255)
                                                                         cgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg                             <  1:2414826‑M1/79‑1 (MQ=255)
                                                                         cGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                             <  1:778936/101‑1 (MQ=255)
                                                                           tgggagcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                           >  1:3244800‑M1/21‑101 (MQ=255)
                                                                           tCGGATGCGTGGGCTCGGCCGGATCTGTCGGGTCCGTGGGAACGGTCGGGTCCGTGGGATAGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                           >  1:7474815/1‑101 (MQ=18)
                                                                            gggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCgggtccgtggggccggtgg                          <  1:255277‑M1/82‑9 (MQ=255)
                                                                            gggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                          <  2:1630412‑M1/82‑1 (MQ=255)
                                                                             ggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                         >  1:3420531‑M1/19‑101 (MQ=255)
                                                                                 cggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                     <  2:1990902‑M1/87‑1 (MQ=255)
                                                                                 cggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                     <  2:3918222‑M1/87‑1 (MQ=255)
                                                                                  ggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGCCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                    <  1:4992889‑M1/88‑1 (MQ=255)
                                                                                  cGTGGGCTCGGTCGGATCGGGCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                    <  1:8128887/101‑1 (MQ=255)
                                                                                   gtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCcgg                   <  2:6515702‑M1/89‑2 (MQ=255)
                                                                                    tGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                  >  2:6949675/1‑101 (MQ=255)
                                                                                     cggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgg                 >  1:7657677/11‑101 (MQ=11)
                                                                                      gggtcgggcggGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTcgg                <  1:1000386/98‑1 (MQ=11)
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                                                                                         tccgtcggATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAGCGGTCGGGTCCGTGGGAtc             >  2:2868873/4‑101 (MQ=11)
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                                                                                                    ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGCGATCGGACAGGTCCg  >  1:1632344/1‑101 (MQ=11)
                                                                                                    |                                                                                                    
CGGTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCG  >  NC_014034/221861‑222061

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 17 ≤  ATCG  < 24 ≤  ATCG  < 33 ≤  ATCG  < 41 ≤  ATCG