New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_014034 221956 =317 (1.310)68 (0.280) 27/166 21.1 0.09 coding (701/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
?NC_014034 = 222045 1018 (3.490)coding (612/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
Rejected: Position hash score below cutoff.

Only 100 of 1371 total aligned reads displayed.

TTCGCCGGTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGG  >  NC_014034/221856‑222056
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cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgg                                                                                                      >  2:1487822‑M1/101‑101 (MQ=255)
cggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgg                                                                                                      <  2:5484981‑M1/1‑1 (MQ=255)
 tCGCCGGTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCtcggtcgg                                                                                                     <  1:3907545/101‑1 (MQ=255)
  gatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtggga                                                                                                    >  1:3718238‑M1/99‑101 (MQ=255)
    tccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaggatc                                                                                                  <  2:3504834‑M1/5‑1 (MQ=255)
    ccGGTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatc                                                                                                  <  1:1989272/101‑1 (MQ=255)
     ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                                                 <  1:5430885‑M1/6‑1 (MQ=255)
       gtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggt                                                                                               <  1:379535‑M1/8‑1 (MQ=255)
        tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcgggcggatccgtgggatcggtc                                                                                              <  2:4382178‑M1/9‑1 (MQ=255)
         gCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcg                                                                                             <  2:1304390/101‑1 (MQ=255)
           gatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggg                                                                                           <  1:863656‑M1/12‑1 (MQ=255)
           gatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaggatcggtcggg                                                                                           <  1:2653451‑M1/12‑1 (MQ=255)
            atcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggt                                                                                          <  1:2931929‑M1/13‑1 (MQ=255)
             tcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtc                                                                                         <  1:2212209‑M1/14‑1 (MQ=255)
             gACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtc                                                                                         <  1:4060996/101‑1 (MQ=255)
              gcacCGTCGCCGGGGCTTTGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtcc                                                                                        <  2:2311967/100‑1 (MQ=255)
                gtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgg                                                                                      <  2:3668044‑M1/17‑2 (MQ=255)
                  ggggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgg                                                                                    >  2:1361520‑M1/83‑101 (MQ=255)
                    ggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggga                                                                                  <  1:4700730‑M1/21‑1 (MQ=255)
                      gCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatc                                                                                <  1:5667235/101‑1 (MQ=255)
                        cgtgggatcggtcgggtccgtggggtcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgg                                                                              >  1:153310‑M1/77‑101 (MQ=255)
                          tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                                            >  2:5739098‑M1/75‑101 (MQ=255)
                          tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaggatcggtc                                                                            >  2:5618399‑M1/75‑101 (MQ=255)
                              ttCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggg                                                                        >  1:4851319/1‑100 (MQ=255)
                              atcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggt                                                                        >  1:3104187‑M1/71‑101 (MQ=255)
                                cggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatcc                                                                      >  2:5279662‑M1/69‑101 (MQ=255)
                                  gtgtTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgg                                                                    >  2:892314/1‑100 (MQ=255)
                                  gtgtTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGGGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgt                                                                    >  2:5383788/1‑101 (MQ=255)
                                    ggggtctgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGgatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgg                                                                  >  1:5204991‑M1/65‑101 (MQ=255)
                                       gtccgtggggtccgtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggat                                                               >  1:4958006‑M1/62‑101 (MQ=255)
                                       gtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggat                                                               >  1:2545213‑M1/62‑101 (MQ=255)
                                        gtggtCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatc                                                              <  1:5042632/101‑1 (MQ=255)
                                         tggtCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                             <  2:2199015/101‑1 (MQ=255)
                                         cggtgggatcggtcgggtcggtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                             >  1:4305837‑M1/60‑101 (MQ=255)
                                          cgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgg                                                            <  1:4618689‑M1/43‑1 (MQ=255)
                                            tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                          >  1:230598‑M1/57‑101 (MQ=255)
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                                                                                                    |                                                                                                    
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Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 24 ≤  ATCG  < 32 ≤  ATCG  < 41 ≤  ATCG