Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 1,669,016 T→C 100% K383E (AAG→GAG)  ilvI ← acetolactate synthase large subunit

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_0140341,669,0160T→C100.0% 953.1 248K383E (AAG→GAG) ilvIacetolactate synthase large subunit
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GCGGTTCGGCGCCTCGAAGCCCAGATATTGCGCCGCCCACATCTGATGCTGGCCGACTTCGGTGGTGATGTAGCGGCTGCGCCCCTT.GGTCAGGGCCTTCAGCCGCTCCAGCGCATATTGCGGTTTGGTGATGCTGTCCGAGCCGGTGTAGGCGAGGCAGCGGATCTTCTTCCACTCCTCGATCTTGCCCCAC  >  NC_014034/1668918‑1669110
                                                                                                   |                                                                                              
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gCGGTTCGGCGCCTCGAAGCCCAGATATTGCGCCGCCCACATCTGATGCTGGCCGACTTCGGTGGTGATGTAGCGGTTGCGCCCCTT.GGTCAGGGCCTCCa                                                                                              <  1:2438106/101‑1 (MQ=255)
gCGGTTCGGCGCCTCGAAGCCCAGATATTGCGCCGCCCACATCTGATGCTGGCCGACTTCGGTGGTGATGTAGCGGTTGCGCCCCTT.GGTCAGGGCCTCCa                                                                                              <  1:2410802/101‑1 (MQ=255)
 cGGTTCGGCGCCTCGAAGCCCAGATATTGCGCCGCCCACATCTGATGCTGGCCGACTTCGGTGGTGATGTAGCGGTTGCGCCCCTT.GGTCAGGGCCTCCAg                                                                                             >  2:4255560/1‑101 (MQ=255)
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  ggTTCGGCGCCTCGAAGCCCAGATATTGCGCCGCCCACATCTGATGCTGGCCGACTTCGGTGGTGATGTAGCGGTTGCGCCCCTT.GGTCAGGGCCTCCAGc                                                                                            >  1:898314/1‑101 (MQ=255)
  ggTTCGGCGCCTCGAAGCCCAGATATTGCGCCGCCCACATCTGATGCTGGCCGACTTCGGTGGTGATGTAGCGGTTGCGCCCCTT.GGTCAGGGCCTCCAGc                                                                                            >  2:243891/1‑101 (MQ=255)
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    gtCGGCGCCTCCAAGACCAGATATTGCGCCGCCCACATCTGATGCTGGCCGACTTCGGTGGTGATGTAGCGGTTGCGCCCCTT.GGTCAGGGCCTCCAGCCg                                                                                          <  2:2492718/100‑1 (MQ=255)
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      cGGCGCCTCGAAGCCCAGATATTGCGCCGCCCACATCTGATGCTGGCCGACTTCGGTGGTGATGTAGCGGTTGCGCCCCTT.GGTCAGGGCCTCCAGCCGCt                                                                                        >  2:3736175/1‑101 (MQ=255)
      cGGCGCCTCGAAGCCCAGATATTGCGCCGCCCACATCTGATGCTGGCCGACTTCGGTGGTGATGTAGCGGTTGCGCCCCTT.GGTCAGGGCCTCCAGCCGCt                                                                                        <  2:3982495/101‑1 (MQ=255)
       ggCGCCTCGAAGCCCAGATATTGCGCCGCCCACATCTGATGCTGGCCGACTTCGGTGGTGATGTAGCGGTTGCGCCCCTT.GGTCAGGGCCTCCAGCCGCTc                                                                                       >  2:2777841/1‑101 (MQ=255)
       ggCGCCTCGAAGCCCAGATATTGCGCCGCCCACATCTGATGCTGGCCGACTTCGGTGGTGATGTAGCGGTTGCGCCCCTT.GGTCAGGGCCTCCAGCCGCTc                                                                                       <  1:297608/101‑1 (MQ=255)
         cgcCTCGAAGCCCAGATATTGCGCCGCCCACATCTGATGCTGGCCGACTTCGGTGGTGATGTAGCGGTTGCGCCCCTT.GGTCAGGGCCTCCAGCCGCTCCa                                                                                     <  2:3899473/101‑1 (MQ=255)
         cgcCTCGAAGCCCAGATATTGCGCCGCCCACATCTGATGCTGGCCGACTTCGGTGGTGATGTAGCGGTTGCGCCCCTT.GGTCAGGGCCTCCAGCCGCTCCa                                                                                     <  2:2206817/101‑1 (MQ=255)
          gcCTCGAAGCCCAGATATTGCGCCGCCCACATCTGATGCTGGCCGACTTCGGTGGTGATGTAGCGGTTGCGCCCCTT.GGTCAGGGCCTCCAGCCGCTCCAg                                                                                    >  1:1595272/1‑101 (MQ=255)
            cTCGAAGCCCAGATATTGCGCCGCCCACATCTGATGCTGGCCGACTTCGGTGGTGATGTAGCGGTTGCGCCCCTT.GGTCAGGGCCTCCAGCCGCTCCAgcg                                                                                  >  1:4750756/1‑101 (MQ=255)
             tCGAAGCCCAGATATTGCGCCGCCCACATCTGATGCTGGCCGACTTCGGTGGTGATGTAGCGGTTGCGCCCCTT.GGTCAGGGCCTCCAGCCGCTCCAgcgc                                                                                 <  1:1406403/101‑1 (MQ=255)
              cGAAGCCCAGATATTGCGCCGCCCACATCTGATGCTGGCCGACTTCGGTGGTGATGTAGCGGTTGCGCCCCTT.GGTCAGGGCCTCCAGCCGCTCCAGCGCa                                                                                >  2:3496379/1‑101 (MQ=255)
              cGAAGCCCAGATATTGCGCCGCCCACATCTGATGCTGGCCGACTTCGGTGGTGATGTAGCGGTTGCGCCCCTT.GGTCAGGGCCTCCAGCCGCTCCAGCGCa                                                                                >  1:2064009/1‑101 (MQ=255)
               gAAGCCCAGATATTGCGCCGCCCACATCTGATGCTGGCCGACTTCGGTGGTGATGTAGCGGTTGCGCCCCTT.GGTCAGGGCCTCCAGCCGCTCCAGCGCat                                                                               <  1:3079077/101‑1 (MQ=255)
               gAAGCCCAGATATTGCGCCGCCCACATCTGATGCTGGCCGACTTCGGTGGTGATGTAGCGGTTGCGCCCCTT.GGTCAGGGCCTCCAGCCGCTCCAGCGCat                                                                               <  2:1370452/101‑1 (MQ=255)
               gAAGCCCAGATATTGCGCCGCCCACATCTGATGCTGGCCGACTTCGGTGGTGATGTAGCGGTTGCGCCCCTT.GGTCAGGGCCTCCAGCCGCTCCAGCGCat                                                                               <  1:2744853/101‑1 (MQ=255)
                aaGCCCAGATATTGCGCCGCCCACATCTGATGCTGGCCGACTTCGGTGGTGATGTAGCGGTTGCGCCCCTT.GGTCAGGGCCTCCAGCCGCTCCAGCGCata                                                                              >  2:4889815/1‑101 (MQ=255)
                aaGCCCAGATATTGCGCCGCCCACATCTGATGCTGGCCGACTTCGGTGGTGATGTAGCGGTTGCGCCCCTT.GGTCAGGGCCTCCAGCCGCTCCAGCGCata                                                                              <  2:1062190/101‑1 (MQ=255)
                aaGCCCAGATATTGCGCCGCCCACATCTGATGCTGGCCGACTTCGGTGGTGATGTAGCGGTTGCGCCCCTT.GGTCAGGGCCTCCAGCCGCTCCAGCGCata                                                                              <  1:5476899/101‑1 (MQ=255)
                 aGCCCAGATATTGCGCCGCCCACATCTGATGCTGGCCGACTTCGGTGGTGATGTAGCGGTTGCGCCCCTT.GGTCAGGGCCTCCAGCCGCTCCAGCGCatat                                                                             >  1:152978/1‑101 (MQ=255)
                 aGCCCAGATATTGCGCCGCCCACATCTGATGCTGGCCGACTTCGGTGGTGATGTAGCGGTTGCGCCCCTT.GGTCAGGGCCTCCAGCCGCTCCAACGCatat                                                                             >  1:2917001/1‑101 (MQ=255)
                  gCCCAGATATTGCGCCGCCCACATCTGATGCTGGCCGACTTCGGTGGTGATGTAGCGGTTGCGCCCCTT.GGTCAGGGCCTCCAGCCGCTCCAGCGCATAtt                                                                            >  2:4672154/1‑101 (MQ=255)
                     cAGATATTGCGCCGCCCACATCTGATGCTGGCCGACTTCGGTGGTGATGTAGCGGTTGCGCCCCTT.GGTCAGGGCCTCCAGCCGCTCCAGCGCATATTGCg                                                                         >  1:4164447/1‑101 (MQ=255)
                      aGATATTGCGCCGCCCACATCTGATGCTGGCCGACTTCGGTGGTGATGTAGCGGTTGCGCCCCTT.GGTCAGGGCCTCCAGCCGCTCCAGCGCATATTGCgg                                                                        >  1:4736054/1‑101 (MQ=255)
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                       gATATTGCGCCGCCCACATCTGATGCTGGCCGACTTCGGTGGTGATGTAGCGGTTGCGCCCCTT.GGTCAGGGCCTCCAGCCGCTCCAGCGCATATTGCGGt                                                                       <  1:4672430/101‑1 (MQ=255)
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                              cgccgcCCACATCTGATGCTGGCCGACTTCGGTGGTGATGTAGCGGTTGCGCCCCTT.GGTCAGGGCCTCCAGCCGCTCCAGCGCATATTGCGGTTTGATGa                                                                <  1:1243997/101‑1 (MQ=255)
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                                     cacaTCTGATGCTGGCCGACTTCGGTGGTGATGTAGCGGTTGCGCCCCTT.GGTCAGGGCCTCCAGCCGCTCCAGCGCATATTGCGGTTTGATGATGCTGTc                                                         >  1:2701669/1‑101 (MQ=255)
                                     cacaGCTGATGCTGGCCGACTGCGGTGGTTATAAAGCGGTTGCGCCCCTT.GGACAGGGCCTCCAGCCGCTCCAGCGCATATTGCGGTTTGATGATGCTGTc                                                         <  2:2008533/101‑1 (MQ=255)
                                      acaTCTGATGCTGGCCGACTTCGGTGGTGATGTAGCGGTTGCGCCCCTT.GGTCAGGGCCTCCAGCCGCTCCAGCGCATATTGCGGTTTGATGATGCTGTcc                                                        <  1:3432596/101‑1 (MQ=255)
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                                      acaTCTGATGCTGGCCGACTTCGGTGGTGATGTAGCGGTTGCGCCCCTT.GGTCAGGGCCTCCAGCCGCTCCAGCGCATATTGCGGTTTGATGATGCTGTcc                                                        >  2:3026887/1‑101 (MQ=255)
                                         tCTGATTCTGGCCGACTTCGGTGGTGATGTAGCGGTTGCGCCCCTT.GGTCAGGGCCTCCAGCCGCTCCAGCGCATATTGCGGTTTGATGATGCTGTCCGAg                                                     <  1:5212267/101‑1 (MQ=255)
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                                          cTGATGCTGGCCGACTTCGGTGGTGATGTAGCGGTTGCGCCCCTT.GGTCAGGGCCTCCAGCCGCTCCAGCGCATATTGCGGTTTGATGATGCTGTCCGAGc                                                    >  1:5636739/1‑101 (MQ=255)
                                          cTGATGCTGGCCGACTTCGGTGGTGATGTAGCGCTTGCGCCCCTT.GGTCAGGGCCTCCAGCCGCTCCAGCGCATATTGCGGTTTGATGATGCTGTCCGAGc                                                    <  1:1015200/101‑1 (MQ=255)
                                           tGATGCTGGCCGACTTCGGTGGTGATGTAGCGGTTGCGCCCCTT.GGTCAGGGCCTCCAGCCGCTCCAGCGCATATTGCGGTTTGATGATGCTGTCCGAGcc                                                   <  2:1958694/101‑1 (MQ=255)
                                            gATGCTGGCCGACTTCGGTGGTGATGTAGCGGTTGCGCCCCTT.GGTCAGGGCCTCCAGCCGCTCCAGCGCATATTGCGGTTTGATGATGCTGTCCGAGCCg                                                  <  1:3356288/101‑1 (MQ=255)
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                                            gATGCTGGCCGACTTCGGTGGTGATGTAGCGGTTGCGCCCCTT.GGTCAGGGCCCCCAGCCGCTCCAGCGCATATTGCGGTTTGATGATGCTGTCCGAGCCg                                                  <  1:4284282/101‑1 (MQ=255)
                                              tGCTGGCCGACTTCGGTGGTGATGTAGCGGTTGCGCCCCTT.GGTCAGGGCCTCCAGCCGCTCCAGCGCATATTGCGGTTTGATGATGCTGTCCGAGCCggg                                                >  1:1818272/1‑100 (MQ=255)
                                               gCTGGCCGACTTCGGTGGTGATGTAGCGGTTGCGCCCCTT.GGTCAGGGCCTCCAGCCGCTCCAGCGCATATTGCGGTTTGATGATGCTGTCCGAGCCGgtg                                               >  2:1840815/1‑101 (MQ=255)
                                                cTGGCCGACTTCGGTGGTGATGTAGCGGTTGCGCCCCTT.GGTCAGGGCCTCCAGCCGCTCCAGCGCATATTGCGGTTTGATGATGCTGTCCGAGCCGgtgt                                              >  1:3667737/1‑101 (MQ=255)
                                                  ggCCGACTTCGGGTGTGATGTAGCGGTTGCGCCCCTT.GGTCAGGGCCTCCAGCCGCTCCAGCGCATATTGCGGTTTGATGATGCTGTCCGAGCCGGTGTAg                                            <  2:2319918/101‑1 (MQ=255)
                                                     cGATTTCGGTGGTGATGTAGCGGTTGCGCCCCTT.GGTCAGGGCCTCCAGCCGCTCCAGCGCATATTGCGGTTTGATGATGCTGTCCGAGCCGGTGTAGGCg                                         <  2:4400457/101‑1 (MQ=255)
                                                     cGACTTGGGTGGTGATGTAGCGTTTGCGCCCCTT.GGTCAGGCCCCCCGGCCGCTCCAGCGCATATTGCGGTTTGATGATGCTGTCCGAGCCGGTGTAGGCg                                         <  2:3235924/101‑1 (MQ=255)
                                                      gACTTCGGTGGTGATGTAGCGGTTGCGCCCCTT.GGTCAGGGCCTCCAGCCGCTCCAGCGCATATTGCGGTTTGATGATGCTGTCCGAGCCGGTGTAGGCGa                                        >  2:5266043/1‑101 (MQ=255)
                                                       aCTTCGGTGGTGATGGAGCGGTTGCCCCCCTT.GGTCAGGGCCTCCAGCCGCTCCAGCGCATATTGCGGTTTGATGATGCTGTCCGAGCCGGTGTAGGCGAg                                       <  1:5140180/101‑1 (MQ=255)
                                                        cTTCGGTGGTGATGTAGCGGTTGCGCCCCTT.GGTCAGGGCCTCCAGCCGCTCCAGCGCATATTGCGGTTTGATGATGCTGTCCGAGCCGGTGTAGGCGAgg                                      <  1:4914978/101‑1 (MQ=255)
                                                         ttCGGTGGTGATGTAGCGGTTGCGCCCCTT.GGTCAGGGCCTCCAGCCGCTCCAGCGCATATTGCGGTTTGATGATGCTGTCCGAGCCGGTGTAGGCGAGGc                                     >  1:385500/1‑101 (MQ=255)
                                                         ttCGGTGGTGATGTAGCGGTTGCGCCCCTT.GGTCAGGGCCTCCAGCCGCTCCAGCGCATATTGCGGTTTGATGATGCTGTCCGAGCCGGTGTAGGCGAGGc                                     >  2:3864353/1‑101 (MQ=255)
                                                          tCGGTGGTGATGTAGCGGTTGCGCCCCTT.GGTCAGGGCCTCCAGCCGCTCCAGCGCATATTGCGGTTTGATGATGCTGTCCGAGCCGGTGTAGGCGAGGCa                                    >  1:433166/1‑101 (MQ=255)
                                                             gtggtgATGTAGCGGTTGCGCCCCTT.GGTCAGGCCCTCCAGCCGCTCCAGCGCATATTGCGGTTTGATGATGCTGTCCGAGCCGGTGTAGGCGAGGCAGCg                                 <  1:191840/101‑1 (MQ=255)
                                                              tggtgATGTAGCGGTTGCGCCCCTT.GGTCAGGGCCTCCAGCCGCTCCAGCGCATATTGCGGTTTGATGATGCTGTCCGAGCCGGTGTAGGCGAGGCAGCgg                                >  2:3092905/1‑101 (MQ=255)
                                                                 tgATGTAGGGGTTGCCCCCCTT.GGTCAGGCCCCCCAGCCGCTCCAGCGCATATTGCGGTTTGATGATGCTGTCCGAGCCGGTGTAGGCGAGGCAGCGGAtc                             <  1:764202/101‑1 (MQ=255)
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                                                                    tGTAGCGGTTGCGCCCCTT.GGTCAGGGCCTCCAGCCGCTCCAGCGCATATTGCGGTTTGATGATGCTGTCCGAGCCGGTGTAGGCGAGGCAGCGGAtcttc                          >  1:2334556/1‑101 (MQ=255)
                                                                        gCGGTTGCGCCCCTT.GGTCGGGCCCCCCAGCCGCTCCAGCGCATATTGCGGTTTGATGATGCTGTCCGAGCCGGTGTAGGCGAGGCAGCGGATCTTCTTcc                      <  1:1425380/101‑1 (MQ=255)
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                                                                                  cccTT.GGTCAGGGCCTCCAGCCGCTCCAGCGCATATTGCGGTTTGATGATGCTGTCCGAGCCGGCGTAGGCGAGGCAGCGGATCTTCTTCCACTCCTCGAt            >  2:784743/1‑101 (MQ=255)
                                                                                     tt.GGTCAGGGCCTCCAGCCGCTCCAGCGCATATTGCGGTTTGATGATGCTGTCCGAGCCGGTGTAGGCGAGGCAGCGGATCTTCTTCCACTCCTCGATCtt         >  2:951484/1‑101 (MQ=255)
                                                                                         gTCGGGGCCCCCAGCCGCTCCAGCGCATATTGCGGTTTGATGATGCTGTCCGAGCCGGTGTAGGCGAGGCAGCGGATCTTCTTCCACTCCTCGATCTTGcc      <  1:3327592/101‑1 (MQ=255)
                                                                                         gTCAGGGCCTCCAGCCGCTCCAGCGCATATTGCGGTTTGATGATGCTGTCCGAGCCGGTGTAGGCGAGGCAGCGGATCTTCTTCCACTCCTCGATCTTGcc      >  1:405141/1‑101 (MQ=255)
                                                                                                   |                                                                                              
GCGGTTCGGCGCCTCGAAGCCCAGATATTGCGCCGCCCACATCTGATGCTGGCCGACTTCGGTGGTGATGTAGCGGCTGCGCCCCTT.GGTCAGGGCCTTCAGCCGCTCCAGCGCATATTGCGGTTTGGTGATGCTGTCCGAGCCGGTGTAGGCGAGGCAGCGGATCTTCTTCCACTCCTCGATCTTGCCCCAC  >  NC_014034/1668918‑1669110

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 19 ≤  ATCG  < 27 ≤  ATCG  < 33 ≤  ATCG  < 41 ≤  ATCG