Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 221,961 G→C 4.7% T232T (ACC→ACG)  RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034221,9610G→C 4.7% 58.0 ‑0.7 ‑0.7728T232T (ACC→ACG) RCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (19/16):  ref base (325/367):  total (344/384)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 4.88e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.81e-01

Only 100 of 1471 total aligned reads displayed.

CGGTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCG  >  NC_014034/221861‑222061
                                                                                                    |                                                                                                    
  gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggt                                                                                                    <  2:4271378‑M1/8‑1 (MQ=255)
    gCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcg                                                                                                  <  2:1304390/101‑1 (MQ=255)
      gatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggt                                                                                                <  2:3261505‑M1/12‑2 (MQ=255)
          ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccg                                                                                            >  1:3889657‑M1/86‑101 (MQ=255)
             ggggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgg                                                                                         >  2:1361520‑M1/83‑101 (MQ=255)
             cggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaggatcggtcgggtccgtag                                                                                         <  2:149390‑M1/19‑3 (MQ=255)
                 tccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatc                                                                                     <  2:2195724‑M1/23‑1 (MQ=255)
                 tccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatc                                                                                     >  2:1195918‑M1/79‑101 (MQ=255)
                 tccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatc                                                                                     >  2:549890‑M1/79‑101 (MQ=255)
                   cgtgggatcggtcggggccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgg                                                                                   >  1:5291697‑M1/77‑101 (MQ=255)
                     tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaggatcggtc                                                                                 >  2:5618399‑M1/75‑101 (MQ=255)
                     aGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                                                 <  2:2974997/101‑1 (MQ=255)
                      ggCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                                                                <  1:2408704/101‑1 (MQ=255)
                            ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccg                                                                          <  2:408352‑M1/34‑1 (MQ=255)
                             gtaggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgt                                                                         <  2:5037147‑M1/35‑1 (MQ=255)
                               cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGgatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgg                                                                       >  1:4804995‑M1/65‑101 (MQ=255)
                               cggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggggcggggg                                                                       <  1:860038‑M1/37‑8 (MQ=255)
                                gggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggg                                                                      <  1:2230159‑M1/38‑1 (MQ=255)
                                  atccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgtgatcggtcggatccgtgggatcggtcggctccgtggggt                                                                    <  1:1378743‑M1/40‑3 (MQ=255)
                                   tccgtgggatcggtcgggtccgtggcatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatc                                                                   >  2:513222‑M1/61‑101 (MQ=255)
                                    ccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                  <  1:793007‑M1/42‑1 (MQ=255)
                                      ctgggatcggtcgtgtccgtggggtcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggt                                                                >  2:4407851‑M1/58‑101 (MQ=255)
                                       tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCgggtccgtgggatcggtcgggtccgggggatcggtc                                                               <  2:528684‑M1/45‑1 (MQ=255)
                                       tCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                               <  1:4129137/101‑1 (MQ=255)
                                           atgggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGAt                                                           >  1:5478344‑M1/53‑101 (MQ=255)
                                            tcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATc                                                          <  1:4248041‑M1/50‑1 (MQ=255)
                                            tcgggcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATc                                                          >  2:2871552‑M1/52‑101 (MQ=255)
                                             tCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                         >  2:5750087/1‑101 (MQ=255)
                                             cggtggggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                         >  1:5389130‑M1/51‑101 (MQ=255)
                                               gtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCcgg                                                       <  2:2754140‑M1/53‑2 (MQ=255)
                                               gCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGt                                                       >  1:5029945/1‑101 (MQ=255)
                                                gcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                                                      >  2:4643506‑M1/48‑101 (MQ=255)
                                                ccGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                                                      >  1:1636627/1‑101 (MQ=255)
                                                 cGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgg                                                     >  1:3384451/1‑101 (MQ=255)
                                                    gtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCgtggggt                                                  >  1:1838445‑M1/44‑99 (MQ=255)
                                                    gtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                  >  1:1316941‑M1/44‑101 (MQ=255)
                                                    aTCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                  >  1:671945/1‑101 (MQ=255)
                                                     tccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGGCCGTCGGATCCGTGGGAtc                                                 <  1:108843‑M1/59‑1 (MQ=255)
                                                      ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                >  1:1221677‑M1/42‑101 (MQ=255)
                                                      ccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                <  2:904314‑M1/60‑1 (MQ=255)
                                                        gtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                              >  2:3157033‑M1/40‑101 (MQ=255)
                                                         tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                             >  2:4947479‑M1/39‑101 (MQ=255)
                                                         tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                             <  1:2554832‑M1/63‑1 (MQ=255)
                                                         tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                             >  1:2017581‑M1/39‑101 (MQ=255)
                                                           ggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                           >  1:3168067‑M1/37‑101 (MQ=255)
                                                            gatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCggg                                          <  1:2921368‑M1/66‑1 (MQ=255)
                                                             gtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGt                                         <  2:168624‑M1/67‑1 (MQ=255)
                                                             atcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGCCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGt                                         <  1:2665375‑M1/67‑1 (MQ=255)
                                                              tCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATTGGTCGGGTc                                        <  2:1973044/101‑1 (MQ=255)
                                                                cgtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                      >  2:4860333‑M1/32‑101 (MQ=255)
                                                                 gtcggatccgtgggatctgtccgatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                     >  2:3608345‑M1/31‑101 (MQ=255)
                                                                 gtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                     <  1:5783804‑M1/71‑1 (MQ=255)
                                                                   cgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgg                                   <  1:4316632‑M1/73‑1 (MQ=255)
                                                                   cggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTcgggtcggggg                                   <  2:4541113‑M1/73‑6 (MQ=255)
                                                                    ggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                  >  1:3477750‑M1/28‑101 (MQ=255)
                                                                     gatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                 >  1:9122‑M1/27‑101 (MQ=255)
                                                                      gtccgtgggatcggtcgggtccgtcGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                <  2:3907708‑M1/76‑1 (MQ=255)
                                                                      atccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGCCCGTGGgaa                                <  1:2766044‑M1/76‑2 (MQ=255)
                                                                       tccgtgggctcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                               >  2:2042180‑M1/25‑101 (MQ=255)
                                                                       tccgtgggatcggtcgggtccgtgGGAGCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                               >  1:1710018‑M1/25‑101 (MQ=255)
                                                                         cgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAgcgg                             <  2:3993270‑M1/79‑1 (MQ=255)
                                                                         cGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                             >  2:1587167/1‑101 (MQ=255)
                                                                          gTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                            <  1:3598397/101‑1 (MQ=255)
                                                                           tCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGtccgtg                           <  1:3261705/101‑2 (MQ=11)
                                                                           tCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                           >  1:4586585/1‑101 (MQ=255)
                                                                               atcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGAt                       <  2:1077825‑M1/85‑1 (MQ=255)
                                                                               accggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGCTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGAt                       >  1:4495557‑M1/17‑101 (MQ=255)
                                                                               aTGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcggcc                       >  1:5185634/1‑99 (MQ=255)
                                                                               aTGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGAt                       >  1:2094894/1‑101 (MQ=255)
                                                                                  ggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                    <  1:5093056‑M1/88‑1 (MQ=255)
                                                                                   gTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                   <  1:194000/101‑1 (MQ=11)
                                                                                    tcgtgtccctgGGATCTGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                  >  2:2556874‑M1/12‑101 (MQ=255)
                                                                                    tcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGCCGGATCCGTg                  <  1:5562146‑M1/90‑1 (MQ=255)
                                                                                     ggggtccgggGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgg                 >  1:4397010‑M1/11‑101 (MQ=255)
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                                                                                            gtgGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt          >  1:1495333‑M1/4‑101 (MQ=255)
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                                                                                                    ggtcggcgccgtggggtcggtcgggtccgtgggatcGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg  <  2:3450887/101‑1 (MQ=11)
                                                                                                    |                                                                                                    
CGGTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCG  >  NC_014034/221861‑222061

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG