Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 221,964 C→G 3.2% P231P (CCG→CCC)  RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034221,9640C→G 3.2% 37.5 0.0 ‑0.4709P231P (CCG→CCC) RCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (11/12):  ref base (326/359):  total (338/371)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 4.12e-01

Only 100 of 1584 total aligned reads displayed.

TGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAG  >  NC_014034/221864‑222064
                                                                                                    |                                                                                                    
ggggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                                                                      >  1:5284254‑M1/93‑101 (MQ=255)
  ggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgg                                                                                                    <  1:5658666‑M1/11‑1 (MQ=255)
   gatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggg                                                                                                   <  1:863656‑M1/12‑1 (MQ=255)
   ccGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcggg                                                                                                   >  1:579924/1‑101 (MQ=255)
         tcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtg                                                                                             <  1:1584705‑M1/18‑1 (MQ=255)
          cgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtggggtccgtgg                                                                                            <  1:4901327‑M1/19‑1 (MQ=255)
           gggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggg                                                                                           <  1:3816085‑M1/20‑1 (MQ=255)
            ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtggga                                                                                          <  1:1217833‑M1/21‑1 (MQ=255)
              gccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaggatc                                                                                        >  1:2623121‑M1/79‑101 (MQ=255)
               ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                                       <  2:2696211‑M1/24‑1 (MQ=255)
                cgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaggatcggtcgggtccgtaggatcgg                                                                                      <  2:3227181‑M1/25‑1 (MQ=255)
                      ttCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcggggccgtgggatcggtcgggt                                                                                >  2:4884190/1‑101 (MQ=255)
                        cGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtcc                                                                              <  2:1797298/101‑1 (MQ=255)
                        cGGTGTTGGTGGTCAGCGGCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtcc                                                                              <  1:920978/101‑1 (MQ=255)
                         ggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtggggtcggtcgggtccg                                                                             <  1:2204767‑M1/34‑1 (MQ=255)
                         ggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccg                                                                             <  2:4301176‑M1/34‑1 (MQ=255)
                              ggtccgtgggaacggtcgggtccgtgggagcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGAtcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggga                                                                        >  1:3556540‑M1/63‑101 (MQ=255)
                              ggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGAtcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggga                                                                        >  1:4482020‑M1/63‑101 (MQ=255)
                              cgatggtCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGAtcgggcgggtccgtggggtcggccgggtgcgtggga                                                                        >  2:4470511/4‑101 (MQ=255)
                               ggtggtCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATcggtcgggtccgtgggatcggtcgggcccgtgggat                                                                       >  1:4800205/1‑101 (MQ=255)
                                 ccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGgtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                     >  2:5628527‑M1/60‑101 (MQ=255)
                                   gtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggt                                                                   >  1:4308224‑M1/58‑101 (MQ=255)
                                   gtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggt                                                                   <  2:2144790‑M1/44‑1 (MQ=255)
                                    tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                                  <  1:1327713‑M1/45‑1 (MQ=255)
                                        atcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGgatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggcctgga                                                              <  2:4685670‑M1/49‑7 (MQ=255)
                                        atcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGAt                                                              >  1:2754301‑M1/53‑101 (MQ=255)
                                          tCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                            >  2:5750087/1‑101 (MQ=255)
                                          ccgtcggatccgtgggatcggtcggctccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                            >  2:1247119‑M1/51‑101 (MQ=255)
                                          ccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATcc                                                            <  1:393593‑M1/51‑1 (MQ=255)
                                            gtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGt                                                          <  1:5383095‑M1/53‑1 (MQ=255)
                                                 gtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                                     >  2:885214‑M1/44‑101 (MQ=255)
                                                 ggccgtgtgatcggtcggaaccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                     >  1:364748‑M1/44‑101 (MQ=255)
                                                 atccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAt                                                     <  2:3113635‑M1/58‑1 (MQ=255)
                                                  tccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGGCCGTCGGATCCGTGGGAtc                                                    <  1:108843‑M1/59‑1 (MQ=255)
                                                   ccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                   >  2:4363393‑M1/42‑101 (MQ=255)
                                                      tggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                >  1:1866127‑M1/39‑101 (MQ=255)
                                                      tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                <  2:4104035‑M1/63‑1 (MQ=255)
                                                      tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                <  1:672467‑M1/63‑1 (MQ=255)
                                                       ttccgatctcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                               >  1:803058‑M1/38‑101 (MQ=255)
                                                       gggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAgcggtcg                                               <  2:4575585‑M1/64‑1 (MQ=255)
                                                       cTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTAGGATCCGAGGGAtcggtcg                                               >  2:1513776/1‑101 (MQ=255)
                                                            cggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGTATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                          >  2:3678524‑M1/33‑101 (MQ=255)
                                                              gcGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                        <  1:1386912/100‑1 (MQ=255)
                                                               tgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTccggg                                       <  2:3395425‑M1/72‑3 (MQ=255)
                                                               gcggatccgtgggatcggtcggatccgtaGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCgtc                                       >  2:5444189‑M1/30‑100 (MQ=255)
                                                                   atccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGAGCCGTGGgac                                   <  2:3552048‑M1/76‑2 (MQ=255)
                                                                     cggtggggtcggtcggatccgtgGGTTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                 >  1:5489730‑M1/24‑101 (MQ=255)
                                                                      cgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGtccgtggggtccg                                >  1:1656990‑M1/23‑96 (MQ=255)
                                                                      cGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                                >  2:1587167/1‑101 (MQ=255)
                                                                       gTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                               <  1:5088824/101‑1 (MQ=255)
                                                                          ggATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                            >  2:1314129/1‑101 (MQ=255)
                                                                          cggtctgTGGGATCCGTGGGTTCCGGCGGTTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                            <  1:3239207/95‑1 (MQ=1)
                                                                            gtccGTGGGATCGGGCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAt                          <  1:5011975/98‑1 (MQ=14)
                                                                            aTGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcggcc                          >  1:5185634/1‑99 (MQ=255)
                                                                                gtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGt                      <  1:3031187‑M1/89‑1 (MQ=255)
                                                                                gtcggCTCCGTCGGCGCGGTCCGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                      <  2:108799/98‑1 (MQ=11)
                                                                                 tGGGGTTGGTCGGGTCCGTGTGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGAGGTATCGGTCGGGTCCTTAGGATCCGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGtc                     <  2:3310988/101‑2 (MQ=17)
                                                                                   ggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                   >  1:4356787‑M1/10‑101 (MQ=255)
                                                                                   ggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                   >  1:1008891‑M1/10‑101 (MQ=255)
                                                                                    ggtaggttggAGCGGTGGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                  <  2:1385808/97‑1 (MQ=11)
                                                                                     tctcgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                 >  2:404505‑M1/8‑101 (MQ=255)
                                                                                     gtccgtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAt                 <  2:773823/97‑1 (MQ=11)
                                                                                      tccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGCCCGTGGGATCGGTCGGATCcgtggggtc                <  1:1770779‑M1/95‑4 (MQ=255)
                                                                                      gcggtcggGTCCGTCGGATCCGTGGGATCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtc                <  2:654023/100‑1 (MQ=11)
                                                                                       cctttggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcg               <  2:2804474/96‑1 (MQ=14)
                                                                                       ccgtcggATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGAtcg               >  2:5504153/3‑101 (MQ=11)
                                                                                       ccgggggatcgctcgggtccgtgggctcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcg               <  2:3959704/96‑1 (MQ=14)
                                                                                        ggtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg              <  1:2069228/101‑1 (MQ=255)
                                                                                        cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgggGGATCGGTGGGGGCCGGGGGAGCGGTCGGGTCCGTGGGAGCGGTCGGAACCGCGGGAtcag              >  2:2009705/5‑99 (MQ=11)
                                                                                        cgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg              <  1:314175‑M1/97‑1 (MQ=255)
                                                                                         gtggggtcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt             <  1:4575861/95‑1 (MQ=11)
                                                                                         gtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggt             <  1:423464‑M1/98‑1 (MQ=255)
                                                                                         gtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGatcggg             <  2:3017370‑M1/98‑2 (MQ=255)
                                                                                         gtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTCGGGTCGGGGGGATCCTTGGGAGCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTCGGAtgcgg             >  2:4776730/1‑97 (MQ=11)
                                                                                         gggGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt             >  1:1980799‑M1/4‑101 (MQ=255)
                                                                                          ggGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc            >  1:4108048‑M1/3‑101 (MQ=255)
                                                                                           gGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGtcggtcg           <  1:2878596‑M1/100‑1 (MQ=255)
                                                                                           gGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg           >  2:4210700‑M1/2‑101 (MQ=255)
                                                                                           cggGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTCGGCtcggcgg           >  1:239313/1‑98 (MQ=11)
                                                                                            ggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGTGGGGtccgtggg          >  2:3830562/1‑101 (MQ=11)
                                                                                             gatcggtcgggtccgtcggatcggtggggtccgtggGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCggg         <  2:5328511/101‑1 (MQ=11)
                                                                                             gatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtggGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGCAGCCGTCggg         >  2:2222827/1‑101 (MQ=11)
                                                                                              gtcggtcgggtccgtggggtccgtccgatccgtgggaTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGt        <  2:1949244/100‑1 (MQ=11)
                                                                                              atcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGTGGCGtgggtcggaa        >  2:2313829/1‑99 (MQ=14)
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                                                                                                cggtcgggtcggggggagcggtcgggccggtgggatCGGTCGGCCCGGTGGGAGCGGTCGGTCCGGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc      <  2:4979660/101‑1 (MQ=2)
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                                                                                                cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTcc      >  1:465800/1‑101 (MQ=11)
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                                                                                                 ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatgGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGGGGGTCCGGGGGACTGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg     >  1:341041/1‑101 (MQ=11)
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                                                                                                    cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtgg  >  1:2497719/1‑99 (MQ=14)
                                                                                                    cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGATGGGATCCGTGGGATCGGGCGGGGCCGtgg  >  1:2283932/1‑99 (MQ=14)
                                                                                                    |                                                                                                    
TGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAG  >  NC_014034/221864‑222064

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 22 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG