Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 221,967 G→A 21.5% D230D (GAC→GAT)  RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034221,9670G→A21.5% 0.0 ‑1.3 0.0681D230D (GAC→GAT) RCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (77/69):  ref base (252/282):  total (329/352)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 2.62e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00

Only 100 of 1666 total aligned reads displayed.

CCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGC.GTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGAT  >  NC_014034/221867‑222067
                                                                                                     |                                                                                                    
   gcacCGTCGCCGGGGCTTTGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGC.GTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtcc                                                                                                   <  2:2311967/100‑1 (MQ=255)
      gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggagccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgg                                                                                                 <  2:5600051‑M1/17‑2 (MQ=255)
         gggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggg                                                                                              <  1:3816085‑M1/20‑1 (MQ=255)
         gggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggg                                                                                              <  2:2106961‑M1/20‑1 (MQ=255)
          ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggga                                                                                             >  2:3943540‑M1/81‑101 (MQ=255)
            tccgtgggatcggtcggatccgtgggatcgggcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatc                                                                                           >  1:2361508‑M1/79‑101 (MQ=255)
            gccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatc                                                                                           >  1:5636289‑M1/79‑101 (MQ=255)
               gtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaggatcggt                                                                                        >  2:1165178‑M1/76‑101 (MQ=255)
                    atcgggcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggat                                                                                   >  1:2174837‑M1/71‑99 (MQ=255)
                        gtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgt                                                                               <  1:621111‑M1/35‑1 (MQ=255)
                             gtccgtggggtccgtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggat                                                                          >  1:4958006‑M1/62‑101 (MQ=255)
                             atccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggat                                                                          >  1:227573‑M1/62‑101 (MQ=255)
                              tccgtgggatcggtcgggtccgtggcatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatc                                                                         >  2:513222‑M1/61‑101 (MQ=255)
                               tcgggggatcgggcgggtacgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                        >  2:2765883‑M1/60‑101 (MQ=255)
                               ccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                        >  1:4105015‑M1/60‑101 (MQ=255)
                                cgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgg                                                                       >  1:4767668‑M1/59‑101 (MQ=255)
                                 tCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGC.GTGGGCTCGGTCGGATCGGTCgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                                     >  2:2221995/1‑101 (MQ=255)
                                  tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCgggtccgtgggatcggtcgggtccgggggatcggtc                                                                     <  2:528684‑M1/45‑1 (MQ=255)
                                   aGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGC.GTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGgtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgg                                                                   <  1:4209440/101‑1 (MQ=255)
                                        ccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATcc                                                               <  1:393593‑M1/51‑1 (MQ=255)
                                         ggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                                              <  2:642591‑M1/52‑1 (MQ=255)
                                         ggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                                              >  2:1999017‑M1/50‑101 (MQ=255)
                                         gCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGC.GTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGt                                                             >  2:1349639/1‑101 (MQ=255)
                                           tcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                                                            <  1:4306284‑M1/54‑1 (MQ=255)
                                            ggATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGC.GTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                                          >  2:1455718/1‑101 (MQ=255)
                                            cgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgg                                                           <  2:4650808‑M1/55‑1 (MQ=255)
                                            cggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgg                                                           <  2:4186066‑M1/55‑1 (MQ=255)
                                              aTCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGC.GTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                        <  1:3627000/101‑1 (MQ=255)
                                               tCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGC.GTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                       >  2:1914091/1‑101 (MQ=255)
                                               gtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCgtggggt                                                        >  1:1838445‑M1/44‑99 (MQ=255)
                                               gtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                        >  1:1316941‑M1/44‑101 (MQ=255)
                                                 gcgcTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGC.GTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg                                                     <  1:5045283/101‑1 (MQ=255)
                                                  cgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg                                                     <  2:3103999‑M1/61‑1 (MQ=255)
                                                  cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg                                                     >  2:4568525‑M1/41‑101 (MQ=255)
                                                    tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                   >  2:4947479‑M1/39‑101 (MQ=255)
                                                     ggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                  >  2:1022009‑M1/38‑101 (MQ=255)
                                                      tcttcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                                 >  1:5446177‑M1/37‑101 (MQ=255)
                                                          gACGGTGGGCGTCGGATGC.GTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCg                                            >  2:4076153/1‑101 (MQ=255)
                                                          cggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGTATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                             >  2:3678524‑M1/33‑101 (MQ=255)
                                                           ggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                            >  2:4434651‑M1/32‑101 (MQ=255)
                                                           ggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                            >  1:5332616‑M1/32‑101 (MQ=255)
                                                           ggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                            >  2:434628‑M1/32‑101 (MQ=255)
                                                           ggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                            <  2:5039131‑M1/70‑1 (MQ=255)
                                                           cgtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                            >  2:4860333‑M1/32‑101 (MQ=255)
                                                            gtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGt                                           <  1:4536998‑M1/71‑1 (MQ=255)
                                                             tgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTccggg                                          <  2:3395425‑M1/72‑3 (MQ=255)
                                                             tcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                                          >  1:137873‑M1/30‑101 (MQ=255)
                                                             cgggtgCGTCGGATTCGGCGGGTTCGG.CGGGTCCGGCGGGTCCGGGGGATCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                         <  2:2687867/96‑1 (MQ=2)
                                                               ggccggcgggATGC.GGGGGGTCGGGGGGGTCGGTCGGGTCTGTGCGATCGGGCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                                       <  2:2586579/93‑1 (MQ=14)
                                                                  tccgttggatcgggcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                     >  1:1650747‑M1/25‑101 (MQ=255)
                                                                   gggggggggC.GTGGGATCGGTCGGATTCGTGGGGTCCGTTGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATGGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGtccg                                   <  1:3106089/93‑3 (MQ=11)
                                                                    cgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg                                   <  1:5739393‑M1/79‑1 (MQ=255)
                                                                      tgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAGCGGTCGGGTCCGTGGgatcggcg                                 <  2:4756351‑M1/81‑3 (MQ=255)
                                                                       gggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                <  1:4641065‑M1/82‑1 (MQ=255)
                                                                       ggATGC.GTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                               >  1:2713129/1‑101 (MQ=255)
                                                                        ggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                               >  1:841633‑M1/19‑101 (MQ=255)
                                                                        ggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                               >  1:3389840‑M1/19‑101 (MQ=255)
                                                                         atcc.GTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGGTCCGTGGGAtcggtcgggg                             >  2:764761/4‑99 (MQ=11)
                                                                          tcc.GTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTc                            >  1:2996018/3‑101 (MQ=11)
                                                                               tGGGGTTGGTCGGGTCCGTGTGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGAGGTATCGGTCGGGTCCTTAGGATCCGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGtc                        <  2:3310988/101‑2 (MQ=17)
                                                                               tGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                        >  1:1100130/1‑101 (MQ=255)
                                                                                 ggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                      <  1:743935‑M1/92‑1 (MQ=255)
                                                                                 ggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                      >  1:1008891‑M1/10‑101 (MQ=255)
                                                                                 ggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                      <  1:4434649‑M1/92‑1 (MQ=255)
                                                                                 ggCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                      <  1:1554660/101‑1 (MQ=255)
                                                                                   gtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                    <  1:3262972‑M1/94‑1 (MQ=255)
                                                                                   gtccgtcggATCGGTCGGGTCCTTCCGATCGGTCGGTTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAt                    <  2:3201835/97‑1 (MQ=11)
                                                                                    tcccggggatcggtcgggtccgtcgggtccgtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                   <  2:4284964/95‑1 (MQ=11)
                                                                                    cttccgatctcggtcgggtccgtcggatcggtcggatccgtaggaTCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                   <  2:1291439/92‑1 (MQ=11)
                                                                                      cgtgGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                 >  1:2606726‑M1/5‑101 (MQ=255)
                                                                                      cgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg                 <  2:1674742‑M1/97‑1 (MQ=255)
                                                                                       gtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                >  2:2911804‑M1/4‑101 (MQ=255)
                                                                                       gtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGatcggg                <  2:3017370‑M1/98‑2 (MQ=255)
                                                                                        tgggatcggtggggtccgtggggtccgtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc               <  1:5221356/99‑1 (MQ=11)
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                                                                                                     |                                                                                                    
CCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGC.GTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGAT  >  NC_014034/221867‑222067

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG