Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 221,976 A→G 4.7% D227D (GAT→GAC)  RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034221,9760A→G 4.7% 57.5 0.0 ‑1.0699D227D (GAT→GAC) RCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (17/18):  ref base (323/340):  total (341/358)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.61e-02

Only 100 of 1874 total aligned reads displayed.

TCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGG  >  NC_014034/221876‑222083
                                                                                                    |                                                                                                           
ggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggga                                                                                                             <  1:4187909‑M1/21‑1 (MQ=255)
  tccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatc                                                                                                           <  2:2195724‑M1/23‑1 (MQ=255)
  tccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatc                                                                                                           >  2:5326053‑M1/79‑101 (MQ=255)
   ccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaggatcggtcgggtccgtaggatcg                                                                                                          <  1:4534228‑M1/24‑1 (MQ=255)
     gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggggccgtgggatcggt                                                                                                        <  2:4296573‑M1/26‑1 (MQ=255)
      tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                                                                       >  2:3031013‑M1/75‑101 (MQ=255)
           tcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtc                                                                                                  <  2:1980688‑M1/32‑1 (MQ=255)
            cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtcg                                                                                                 <  2:4207124‑M1/33‑2 (MQ=255)
               tcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtg                                                                                              <  1:120866‑M1/36‑1 (MQ=255)
                gtTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGgatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgg                                                                                             <  1:920932/101‑1 (MQ=255)
                   gtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggat                                                                                          >  2:1162392‑M1/62‑101 (MQ=255)
                     tcgggggatcgggcgggtacgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                                        >  2:2765883‑M1/60‑101 (MQ=255)
                     ccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                                        >  1:4105015‑M1/60‑101 (MQ=255)
                        tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtc                                                                                     >  1:247680‑M1/57‑101 (MQ=255)
                        tgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                                                     <  2:3205599‑M1/45‑1 (MQ=255)
                          aGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGgtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgg                                                                                   >  2:4449078/1‑101 (MQ=255)
                           ggtcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggg                                                                                  >  2:2690681‑M1/54‑100 (MQ=255)
                              cggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggccc                                                                               >  1:4279284‑M1/51‑97 (MQ=255)
                              ccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATcc                                                                               <  1:393593‑M1/51‑1 (MQ=255)
                                  cgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                                                           <  2:878358‑M1/55‑1 (MQ=255)
                                  cGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgg                                                                           <  1:4869751/101‑1 (MQ=255)
                                    ggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                                                         <  1:2690830‑M1/57‑1 (MQ=255)
                                    ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                                                         >  1:849173‑M1/45‑101 (MQ=255)
                                    gatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                                                         >  1:3170348‑M1/45‑101 (MQ=255)
                                     gtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCgtggggt                                                                        >  1:1838445‑M1/44‑99 (MQ=255)
                                      tccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                                       >  1:4013512‑M1/43‑101 (MQ=255)
                                       ccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCCTGGCAtcg                                                                      <  1:4325896‑M1/60‑1 (MQ=255)
                                       ccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                                      <  1:5227592‑M1/60‑1 (MQ=255)
                                        cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg                                                                     >  2:4568525‑M1/41‑101 (MQ=255)
                                         gtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                                                    <  1:5134552‑M1/62‑1 (MQ=255)
                                         gtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                                    <  1:2802719‑M1/62‑1 (MQ=255)
                                         gtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                                                    >  1:5039415‑M1/40‑101 (MQ=255)
                                         ctggcatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                                                    >  2:1278681‑M1/40‑101 (MQ=255)
                                          tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                                   >  2:4947479‑M1/39‑101 (MQ=255)
                                          tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGCTCCGTGGGAtcggtc                                                                   <  1:3497527‑M1/63‑1 (MQ=255)
                                          tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtctgtc                                                                   <  1:3608573‑M1/63‑1 (MQ=255)
                                          tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                                   <  2:4088859‑M1/63‑1 (MQ=255)
                                            tCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                                                 <  1:648204/101‑1 (MQ=255)
                                             gatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGatcggtcgga                                                                <  1:3385236‑M1/66‑2 (MQ=255)
                                              aTCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGt                                                               >  1:3722078/1‑101 (MQ=255)
                                                cggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                             <  1:1717042‑M1/69‑1 (MQ=255)
                                                ccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                             >  2:4354365‑M1/33‑101 (MQ=255)
                                                    cggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                                         <  1:3826370‑M1/73‑1 (MQ=255)
                                                     gTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                        <  1:3083631/101‑1 (MQ=255)
                                                       gggCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTAGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                                      >  2:133832/1‑101 (MQ=255)
                                                        tcggtggggtcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                     >  1:233722‑M1/25‑101 (MQ=255)
                                                          cgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg                                                   <  1:5739393‑M1/79‑1 (MQ=255)
                                                           gtggggtcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                  >  2:3680416‑M1/22‑101 (MQ=255)
                                                            tCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGtccgtg                                                 <  1:3261705/101‑2 (MQ=11)
                                                            tCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGtcgggc                                                 >  2:2926200/1‑99 (MQ=255)
                                                              ggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                               <  2:5045259‑M1/83‑1 (MQ=255)
                                                                 tccgtcgcgtcggtgggGTCGGTCCCGTCCCTGGGATTCGTCGGGTCCGTGGGATCTGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                            <  2:4875189/92‑1 (MQ=2)
                                                                  cggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                           <  2:1043393‑M1/87‑1 (MQ=255)
                                                                   ggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGggggatcggtcgggcacg                                          <  2:1760554‑M1/88‑6 (MQ=255)
                                                                   cGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                          <  1:145030/101‑1 (MQ=11)
                                                                    gtggggtgcgtcggATCGTGCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGt                                         <  2:1890065/92‑1 (MQ=11)
                                                                     tGGGGTTGGTCGGGTCCGTGTGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGAGGTATCGGTCGGGTCCTTAGGATCCGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGtc                                        <  2:3310988/101‑2 (MQ=17)
                                                                     tGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                                        >  1:1100130/1‑101 (MQ=255)
                                                                       ggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                      >  1:1008891‑M1/10‑101 (MQ=255)
                                                                        gCTAGGCCGGATCGGTCGGGTCAGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                     <  2:1666000/101‑1 (MQ=255)
                                                                         gtccgtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAt                                    <  2:773823/97‑1 (MQ=11)
                                                                         atccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                    <  1:4419333‑M1/94‑1 (MQ=255)
                                                                          tgcgtcggATCGGTCGGGTCCTTTGGGTCCTTCGGATCCGTGGGATCGGTCTGATCCGTGGGTTCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                   <  2:340997/98‑1 (MQ=11)
                                                                           ccttcggATGGGTCGGGGGCGTAGTATGGGTCGGGTCCGTGCGATCCGTTGGGTTCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                  <  2:3108571/98‑1 (MQ=2)
                                                                           ccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                  <  1:564313‑M1/96‑1 (MQ=255)
                                                                           ccgtccgATCGTGCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                  <  2:3929582/99‑1 (MQ=11)
                                                                            cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGATCGGATCCGTGGAGTCGGTCGGATCCGCGGGATCAATCGGATCCGTGGGAtcgg                                 >  2:649835/5‑101 (MQ=11)
                                                                             gtgggatcggtcgggtccgttggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                <  1:2587461/98‑1 (MQ=11)
                                                                             gtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTCGGGTCGGGGGGATCCTTGGGAGCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTCGGAtgcgg                                >  2:4776730/1‑97 (MQ=11)
                                                                              tgggagcggtcggggccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                               <  1:2938283/99‑1 (MQ=14)
                                                                              tgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                               <  1:1361608‑M1/99‑1 (MQ=255)
                                                                              tgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                               <  1:4746140‑M1/99‑1 (MQ=255)
                                                                               ggggtccgtcggctccgtgggagcggtcggctccgtgggatcgGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                              <  2:2303330/94‑1 (MQ=14)
                                                                               gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGACCGTGGGGtaggtcg                              >  2:145504/2‑101 (MQ=11)
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                                                                                                    |                                                                                                           
TCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGG  >  NC_014034/221876‑222083

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG