Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 221,991 G→C 6.9% P222P (CCC→CCG)  RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034221,9910G→C 6.9% 98.0 ‑0.3 ‑0.1714P222P (CCC→CCG) RCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (23/27):  ref base (326/337):  total (349/365)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 7.70e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 8.42e-01

Only 100 of 2101 total aligned reads displayed.

TGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGG  >  NC_014034/221891‑222091
                                                                                                    |                                                                                                    
  gggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggg                                                                                                    <  1:2230159‑M1/38‑1 (MQ=255)
     tccgtgtgatcggtcgggtccgtggggtcggtcggctccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatc                                                                                                 >  2:5246591‑M1/61‑101 (MQ=255)
     tccgtgggatcggtcgggtccgtggcatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatc                                                                                                 >  2:513222‑M1/61‑101 (MQ=255)
      ccgtgggagcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcg                                                                                                >  2:2712980‑M1/60‑101 (MQ=255)
        gtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggt                                                                                              >  1:4308224‑M1/58‑101 (MQ=255)
           aGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGgtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgg                                                                                           >  1:2579486/1‑101 (MQ=255)
            gatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGa                                                                                          <  1:2318489‑M1/48‑1 (MQ=255)
                ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                                                      <  2:2132546‑M1/52‑1 (MQ=255)
                 gtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGt                                                                                     <  1:5383095‑M1/53‑1 (MQ=255)
                   cgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                                                                   <  2:878358‑M1/55‑1 (MQ=255)
                    ggATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                                                                  >  1:5685184/1‑101 (MQ=255)
                      ttccgtgggattggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                                                                >  2:4322075‑M1/44‑101 (MQ=255)
                       tccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                                               >  2:4030365‑M1/43‑101 (MQ=255)
                       tccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGGCCGTCGGATCCGTGGGAtc                                                                               <  1:108843‑M1/59‑1 (MQ=255)
                       tccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                                               >  2:1306129‑M1/43‑101 (MQ=255)
                        ccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGatca                                                                              >  2:3239013‑M1/42‑100 (MQ=255)
                            gggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                                                          <  2:69032‑M1/64‑1 (MQ=255)
                                   gtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                                   <  1:500288‑M1/71‑1 (MQ=255)
                                   gtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                                   <  1:480998‑M1/71‑1 (MQ=255)
                                    ggggatcggTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGtc                                                                  <  1:4903937/93‑2 (MQ=1)
                                     gggttcgatCGGGTCCGTGGGATCGGTCCGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGtcg                                                                 <  2:3578538/93‑3 (MQ=11)
                                     ggTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                                                 <  2:4110845/101‑1 (MQ=255)
                                     cggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAGCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                                                 <  1:599320‑M1/73‑1 (MQ=255)
                                       gatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                                               >  1:9122‑M1/27‑101 (MQ=255)
                                         tccgtgggatcggtcggctccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                             >  2:5376118‑M1/25‑101 (MQ=255)
                                            gtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                          <  1:4511238‑M1/80‑1 (MQ=255)
                                             tgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                         <  2:5027162‑M1/81‑1 (MQ=255)
                                              gggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGggtcggtgg                                                        <  2:782632‑M1/82‑3 (MQ=255)
                                               gggtccgtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                                       >  1:3395630‑M1/19‑101 (MQ=255)
                                                   cggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                   >  2:3721850‑M1/15‑101 (MQ=255)
                                                    ggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                  <  1:5093056‑M1/88‑1 (MQ=255)
                                                       cgggtcgctgggatcgggcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTgg                                               <  1:4598532/91‑1 (MQ=11)
                                                       cggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGAtccgggg                                               <  1:3262915‑M1/91‑4 (MQ=255)
                                                       cggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgg                                               <  1:1195999‑M1/91‑1 (MQ=255)
                                                        tgatcggtcggATCTGTGGGGTCGGTGGGATCGGTCGGGTCCTTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                              <  2:2261247/98‑1 (MQ=11)
                                                        gggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                              <  1:732308‑M1/92‑1 (MQ=255)
                                                        ggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGCggg                                              <  1:1285256‑M1/92‑1 (MQ=255)
                                                         ggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGATCCGTGGGa                                             <  2:4235302‑M1/93‑1 (MQ=255)
                                                          gtccgtgagatcggttgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAt                                            <  1:317900/93‑1 (MQ=11)
                                                          cTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                            >  2:1704802/1‑101 (MQ=255)
                                                            ccgtggggtcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcg                                          <  1:135216/93‑1 (MQ=11)
                                                            ccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGATccgtggggtcc                                          <  2:4738387‑M1/96‑5 (MQ=255)
                                                               tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAGCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTgggggacgtg                                       >  2:2848280/3‑94 (MQ=11)
                                                               tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGATCGGTgggggccgtg                                       >  2:5679725/3‑94 (MQ=11)
                                                               tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGATCGGGACCGGGGGAtcggtg                                       >  1:396936/3‑100 (MQ=11)
                                                               tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggggccgtgGGACCGGTCGGGGCCGTGGGATCGCTCGGGTCCGTGGGGCCCGTCGGTTCCGCGGGAtcggtc                                       >  1:1604895/3‑101 (MQ=11)
                                                               tgggagcggtcggggccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                       <  1:2938283/99‑1 (MQ=14)
                                                               tgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                       <  1:2452913‑M1/99‑1 (MQ=255)
                                                               tcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTAGGGTCCGTGGGAtcggtc                                       >  1:2090636/1‑101 (MQ=255)
                                                               ggGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATGGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTGGGAtcggtc                                       >  1:1444968‑M1/3‑101 (MQ=255)
                                                                ggggtccgtcgggtccgtgggagcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGAtcggtcg                                      <  1:4690882/94‑1 (MQ=14)
                                                                gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggccg                                      >  1:1535935/2‑101 (MQ=14)
                                                                 ggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGGTCCGTCGGGTCCGAGGGTCCGGTCGGGTCGGTGGGAGGAGTCGGGTACGTGGGGtaggtggg                                     >  2:1593766/1‑101 (MQ=2)
                                                                   gtcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGat                                   >  2:3421529‑M2/2‑99 (MQ=255)
                                                                   gtccgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGt                                   <  2:4630965/97‑1 (MQ=14)
                                                                    gcggtcgggtgcgtgggattggtcgggtgcgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGGGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATc                                  <  2:2012259/100‑1 (MQ=11)
                                                                     cggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                 >  2:3082057/1‑101 (MQ=11)
                                                                     cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGCCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                 >  1:5587338/1‑101 (MQ=11)
                                                                     cggtcgggtccgggggatcgggcgggtccgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                 <  1:2692952/101‑1 (MQ=11)
                                                                      ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGatccg                                <  2:2622972‑M2/101‑6 (MQ=255)
                                                                      ggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATGGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGTCCg                                >  1:1922198/1‑101 (MQ=14)
                                                                      ggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcGGTCGGGTCCGCGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                >  2:251845/1‑101 (MQ=11)
                                                                       gtgggttccgtgggttcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                               <  2:1241918/95‑1 (MQ=11)
                                                                       gtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGATCGGTCGGGTcctg                               >  2:4917700/1‑99 (MQ=11)
                                                                       ggcgggtccgggggagcggtcgggtccgtgggatcggtGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                               <  1:827932/99‑1 (MQ=11)
                                                                         cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGCTCGGACGGGTCCGGGGGGTCTGTCGGATCAGtgg                             >  1:439723/1‑99 (MQ=11)
                                                                          gggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGatccgtagg                            <  1:2812687‑M2/101‑10 (MQ=255)
                                                                           ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggctcggtcgGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                           <  2:3943671/101‑1 (MQ=11)
                                                                           gatccgtggggtccgtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGGGGGGTCCGTGGGa                           >  2:45200/3‑101 (MQ=11)
                                                                            gtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGAt                          >  2:4819227/1‑101 (MQ=14)
                                                                            gtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGatccgtgggat                          <  1:1817007‑M2/101‑12 (MQ=255)
                                                                             tccgtgggatcggtggggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGgtccgtgggatc                         >  1:4140383‑M2/1‑89 (MQ=255)
                                                                             tccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTTGGTTCGGT.GGGTcccgtgggtgc                        >  2:3129461/1‑92 (MQ=11)
                                                                             tccgggggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGGTCCGGCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                         <  1:5487599/101‑1 (MQ=11)
                                                                              ccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                        <  1:4235562/101‑1 (MQ=14)
                                                                               cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGGAggggagg                       >  1:1699686/1‑96 (MQ=11)
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                                                                                 tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGatccgtgggatcggtc                     <  2:137853‑M2/101‑17 (MQ=255)
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                                                                                                    |                                                                                                    
TGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGG  >  NC_014034/221891‑222091

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 22 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG