New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_014034 = 2220091004 (4.740)75 (0.360) 58/196 7.2 0.07 coding (648/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
?NC_014034 222019 = 1045 (4.930)coding (638/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
Rejected: Position hash score below cutoff.

Only 100 of 1775 total aligned reads displayed.

CCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGG  >  NC_014034/221909‑222109
                                                                                                    |                                                                                                    
  ggATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                                                                                    >  2:3983637/1‑101 (MQ=255)
   ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGtgggg                                                                                                   <  1:790171‑M1/57‑2 (MQ=255)
   ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGa                                                                                                   <  1:1005158‑M1/57‑1 (MQ=255)
      ccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                                                                >  2:3477207‑M1/42‑101 (MQ=255)
        gtgggatcggtcggttccgtgggctccgtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                                                              >  2:3404390‑M1/40‑101 (MQ=255)
            gatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCggg                                                                                          <  2:1387838‑M1/66‑1 (MQ=255)
             gtcggtcggctccgtgggatcggtcggctccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGt                                                                                         >  2:2860790‑M1/35‑101 (MQ=255)
              tccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                                                        <  2:75224‑M1/68‑1 (MQ=255)
               cggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                                                       <  1:114800‑M1/69‑1 (MQ=255)
                   cggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgg                                                                                   <  2:1095540‑M1/73‑1 (MQ=255)
                      atccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGCCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGTGATCGGTCGGGCCCGTGGgac                                                                                <  1:2363281‑M1/76‑2 (MQ=255)
                        ccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                                              >  1:3457481‑M1/24‑101 (MQ=255)
                        ccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGgatag                                                                              <  1:221888‑M1/78‑3 (MQ=255)
                         cgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                                                                             <  1:2512046‑M1/79‑1 (MQ=255)
                          gtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGatcggg                                                                            <  2:2340448‑M1/80‑2 (MQ=255)
                          gtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                                            <  1:2567273‑M1/80‑1 (MQ=255)
                           tCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                                           >  1:3227661/1‑101 (MQ=255)
                            ggggtcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                                                          >  1:1604283‑M1/20‑101 (MQ=255)
                            gggatctgtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                                                          >  2:3213897‑M1/20‑101 (MQ=255)
                                 gCGTCGGCTCGGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                                     <  2:1789165/101‑1 (MQ=14)
                                 ccGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                                     <  1:2990604/100‑1 (MQ=1)
                                  cGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                                                    <  2:330468/101‑1 (MQ=11)
                                    tGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtc                                                                  >  1:2909741/1‑100 (MQ=11)
                                    gggggtgggtgggATCGGTGGGGTGCGTGGGATGGGGCGGGTCCGTGGCCTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                                                                  <  1:2443565/94‑1 (MQ=11)
                                      gggttggtcggGTCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTcgg                                                                <  1:2621096/96‑1 (MQ=17)
                                       gggaggtgggATCGGTCGGGACCGTGGGATGGGTCGGGTCCGTGGGCGCGGTCGGGTCCCTGGGAACGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                                                               <  1:2774189/97‑1 (MQ=11)
                                       gatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                                               >  2:630054‑M1/9‑101 (MQ=255)
                                        gtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCgtggggt                                                              <  1:363265‑M1/94‑3 (MQ=255)
                                         tcctaagcgtcggtcgggtccgtgggagcgggctggttcgtggtaTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                             <  2:3792112/92‑1 (MQ=14)
                                         gccgggggttcgttcgggtccgtgggatcggtcggggccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                             <  1:3720481/92‑1 (MQ=11)
                                          ccgtcggATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                            <  2:2477945/99‑1 (MQ=11)
                                          ccgtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGAacg                                                            >  2:2565599/3‑101 (MQ=11)
                                          ccgggggctcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                            <  1:896068/93‑1 (MQ=11)
                                           gggggggtcggtcgggtccgtggggtcggtggggtccgtgggaTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGtccg                                                           <  1:2130583/94‑3 (MQ=11)
                                           ctttggctcggtcgggtccgtgtgatcggtcggatccttgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcgg                                                           <  2:3929308/94‑1 (MQ=11)
                                           cgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                                                           >  2:2273619‑M1/5‑101 (MQ=255)
                                            gtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                          >  1:2053915/1‑101 (MQ=255)
                                             tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGACCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGACGGCTCCGTGGGATCGGCCGGAGCCGTggcggcgtcc                                                         >  1:675750/3‑93 (MQ=11)
                                             ggggtttgttcggatcggtgggatcggtcgggtccgtgggatcggTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                         <  2:239941/92‑1 (MQ=11)
                                              gggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATGGGTGGGATCCGTtgggggggtgg                                                        >  2:1477922/2‑93 (MQ=11)
                                              ggaatcggtcgggtccaggggaccggttgggtccttgggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                                        <  2:462004/98‑1 (MQ=11)
                                              cggATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTgagggccgggg                                                        >  2:1943219/1‑91 (MQ=14)
                                               ggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGGtcggtcgg                                                       >  1:1069037/1‑101 (MQ=11)
                                               ggatcggtcggggccgggggatcgggcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                                       <  1:4076740/101‑1 (MQ=14)
                                                gatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGGCGGAGCCGTGGGGTCGGGCCGGTCCGTGGGAACGGGCggg                                                      >  2:1551034/1‑101 (MQ=11)
                                                  tctgtcggctccgtgggctcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                    <  2:3567729/98‑1 (MQ=11)
                                                   cggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcg                                                   >  2:2915671/1‑100 (MQ=11)
                                                    ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGCGATCGGTCGGATcag                                                  >  2:3857848/1‑99 (MQ=14)
                                                      tcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGCTCGGTCGGGCCCGtg                                                >  2:1708385/1‑100 (MQ=11)
                                                       cgggtccgtggggtcggtcggatccgtgggatcggtCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                               >  1:464736‑M2/1‑99 (MQ=255)
                                                       cgggtccgtgggatgggtgggctgcgtggggtcggtCGGCTCCGTGGGGTCGGTCCGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtgg                                               <  2:3628858/101‑3 (MQ=11)
                                                        gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                              <  2:2116016‑M2/101‑4 (MQ=255)
                                                         gatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGAGCCGTGGGATGGATGGGGCCCggcggg                                             >  2:1323902/3‑96 (MQ=11)
                                                          tcccgtgcgatcggtcggctccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCTGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                            <  2:2626385/99‑1 (MQ=11)
                                                          gttcgtgggatccgtggggttcgtgggatcggtcggGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                            <  2:1879235/98‑1 (MQ=11)
                                                          gtccgtgagatcggtcgggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                            <  1:1679235/101‑1 (MQ=14)
                                                          gtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggat                                            >  1:953538‑M2/1‑96 (MQ=255)
                                                           tccgtggggtccgtcggctccgtgggatcggccggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGAATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                           <  2:681565/101‑1 (MQ=11)
                                                           tccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTTGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                           <  1:3524097/101‑1 (MQ=14)
                                                            ccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtgggGTCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGACGGGGTATCGGTCGGCTCCgcgggggcg                                          >  1:1840039/1‑93 (MQ=2)
                                                                gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCTGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                      >  1:3588478/1‑101 (MQ=14)
                                                                  gatcggtcggatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGCCCGTTGGACCCgtgggg                                    >  1:1298416/1‑101 (MQ=11)
                                                                   tctggtcggatccgtgggatgggtcggatcCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggt                                   >  2:4168513‑M2/4‑87 (MQ=255)
                                                                   atcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGAGGGGTCGGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATTCGTCGGGGGCGGGGGAGCGggcgggc                                   >  2:3720227/1‑100 (MQ=11)
                                                                    tcggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtc                                  >  1:1339040‑M2/1‑86 (MQ=255)
                                                                     cggtcggttccgggggaccggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtcc                                 >  1:626480‑M2/1‑85 (MQ=255)
                                                                     cggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgggatcggtcggatcc                                 <  2:1628831‑M2/101‑17 (MQ=255)
                                                                     cggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtcc                                 >  1:3855724‑M2/1‑85 (MQ=255)
                                                                      ggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGACCGgtgggatccg                                >  1:3133258/1‑101 (MQ=11)
                                                                      ggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcgggcgggtaga                                <  1:4168775‑M2/101‑18 (MQ=255)
                                                                       gtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgt                               <  1:2713919‑M2/101‑19 (MQ=255)
                                                                       gtcgggtccggcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgt                               <  1:2302692/101‑1 (MQ=11)
                                                                       gtcggggccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgt                               <  2:574820/101‑1 (MQ=14)
                                                                       gtcggatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccgt                               <  1:3391082/101‑1 (MQ=11)
                                                                          ggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcgg                            >  1:2850568/4‑101 (MQ=255)
                                                                            atccgtgggatcggtcggATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCGgtcgggtccgtcgggt                          >  2:1240296/2‑101 (MQ=11)
                                                                              ccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGgtcgggtccgtggggtcc                        >  2:2209809/1‑101 (MQ=11)
                                                                              ccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgtggggtcc                        >  2:2710047/1‑101 (MQ=14)
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                                                                                   gggtccgtgggATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTggg                   >  2:1174523/10‑101 (MQ=11)
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                                                                                     atcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGCCGGGGCCGGCGGATCGGTCGGag                 >  2:2990382/1‑100 (MQ=11)
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                                                                                                ccGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc      >  1:154222/1‑101 (MQ=14)
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                                                                                                    |                                                                                                    
CCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGG  >  NC_014034/221909‑222109

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG