New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_014034 221956 =270 (1.570)30 (0.170) 2/162 29.4 0.06 coding (701/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
?NC_014034 = 222062 717 (3.380)coding (595/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
Rejected: Position hash score below cutoff.

Only 100 of 1120 total aligned reads displayed.

TTCGCCGGTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGG  >  NC_014034/221856‑222056
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cggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgg                                                                                                      >  2:2359071‑M1/101‑101 (MQ=255)
 gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtggg                                                                                                     >  1:2627219‑M1/100‑101 (MQ=255)
  ggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtggga                                                                                                    >  2:1179354‑M1/99‑101 (MQ=255)
   gtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggat                                                                                                   <  2:1015105‑M1/4‑1 (MQ=255)
   gtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggat                                                                                                   >  1:330907‑M1/98‑101 (MQ=255)
    ccGGTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatc                                                                                                  <  1:844759/101‑1 (MQ=255)
    ccGGTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatc                                                                                                  <  2:2203837/101‑1 (MQ=255)
     ccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                                                 <  1:739757‑M1/6‑1 (MQ=255)
      ggTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcgg                                                                                                >  2:3527668/1‑101 (MQ=255)
       gtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggt                                                                                               <  2:692748‑M1/8‑1 (MQ=255)
        tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtc                                                                                              >  2:2641033‑M1/93‑101 (MQ=255)
         gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                                                                             <  1:1789284‑M1/10‑1 (MQ=255)
         gggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                                                                             <  1:3003714‑M1/10‑1 (MQ=255)
          ggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgg                                                                                            >  1:4080863‑M1/91‑101 (MQ=255)
          ggataggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtcggtcgg                                                                                            <  2:140788‑M1/11‑1 (MQ=255)
              cggtcggttccgggggaccggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtcc                                                                                        >  1:626480‑M1/87‑101 (MQ=255)
              cggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtcc                                                                                        <  1:1236652‑M1/15‑1 (MQ=255)
              cggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtggggtcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatcc                                                                                        <  2:1628831‑M1/15‑1 (MQ=255)
                gtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgt                                                                                      <  2:4025473‑M1/17‑1 (MQ=255)
                  cgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgg                                                                                    <  2:626416‑M1/19‑1 (MQ=255)
                   gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccggggg                                                                                   <  1:3249115‑M1/20‑1 (MQ=255)
                          ttgtctcggtcggatcggtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                                            >  2:1928618‑M1/75‑101 (MQ=255)
                          tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtc                                                                            >  2:909301‑M1/75‑101 (MQ=255)
                           cggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                                                           >  1:36726‑M1/74‑101 (MQ=255)
                             gatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggcccgtgggatcggtcggg                                                                         <  1:1454029‑M1/30‑1 (MQ=255)
                              atcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggggccgtgggatcggtcgggg                                                                        <  2:3860829‑M1/31‑2 (MQ=255)
                                cGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtcc                                                                      <  2:1849057/101‑1 (MQ=255)
                                  gtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgt                                                                    <  1:4155689‑M1/35‑1 (MQ=255)
                                    cggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgg                                                                  <  2:3117069‑M1/37‑1 (MQ=255)
                                     gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggg                                                                 <  1:66275‑M1/38‑1 (MQ=255)
                                       atccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggat                                                               <  1:2854456‑M1/40‑1 (MQ=255)
                                       atccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggat                                                               <  1:3419573‑M1/40‑1 (MQ=255)
                                        gtggtCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatc                                                              <  1:2754564/101‑1 (MQ=255)
                                         tggtCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGgtcgggtccgtgggatcggtcggggccgtgggatcg                                                             >  1:2708375/1‑101 (MQ=255)
                                         ccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                             <  2:2276439‑M1/42‑1 (MQ=255)
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                                                                               gtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                       <  1:2567273‑M1/80‑1 (MQ=255)
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                                                                                    atccGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCGGTGGGAtcggcggggt                  >  1:1313022/4‑95 (MQ=14)
                                                                                     tcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGggatcggtcgggtc                 <  1:3976437‑M1/86‑4 (MQ=255)
                                                                                     tGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATc                 <  2:2113937/101‑1 (MQ=255)
                                                                                       ggTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg               <  1:1895736/100‑1 (MQ=11)
                                                                                       cGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCg               >  1:195652/1‑101 (MQ=255)
                                                                                        gtcggttcggtgggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGt              <  2:790093/95‑1 (MQ=11)
                                                                                        gTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGACGGGTCGGTGGGATGGGTCGGATCCGt              >  2:1242439/1‑101 (MQ=17)
                                                                                         tGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATTGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTg             <  1:3752227/101‑1 (MQ=11)
                                                                                         tGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg             >  2:434983/1‑101 (MQ=255)
                                                                                         tGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg             <  2:3457453/101‑1 (MQ=255)
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                                                                                             cTCGGGCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt         <  2:3763378/101‑1 (MQ=255)
                                                                                              tcggtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGtc        >  2:1766915/1‑101 (MQ=255)
                                                                                               ccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg       <  1:1388315‑M1/96‑1 (MQ=255)
                                                                                               ccgtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcg       >  1:185302/3‑101 (MQ=11)
                                                                                                ggtcggGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGtcgg      >  2:2894833/1‑101 (MQ=11)
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                                                                                                 gtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggt     >  2:2831027‑M1/4‑101 (MQ=255)
                                                                                                  tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGGggggagggtc    >  2:3382653/3‑94 (MQ=11)
                                                                                                   gGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg   <  1:3160219‑M1/100‑1 (MQ=255)
                                                                                                   gGGAGCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg   >  2:1524833‑M1/2‑101 (MQ=255)
                                                                                                    ggatcggtgggatccgtgggatccgtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg  <  2:3272292/101‑1 (MQ=11)
                                                                                                    ggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGCGGAtcggtcgg  >  2:2032760/1‑101 (MQ=11)
                                                                                                    ggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGGtcggtcgg  >  1:1069037/1‑101 (MQ=11)
                                                                                                    ggatcggtcgggtacgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGtccgtggg  <  1:3382898/101‑1 (MQ=11)
                                                                                                    |                                                                                                    
TTCGCCGGTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGG  >  NC_014034/221856‑222056

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG