New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_014034 221962 =408 (2.470)75 (0.450) 36/156 9.5 0.20 coding (695/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
?NC_014034 = 222128 182 (0.860)coding (529/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
Rejected: Position hash score below cutoff.

Only 100 of 1249 total aligned reads displayed.

GGTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGT  >  NC_014034/221862‑222062
                                                                                                    |                                                                                                    
cgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgg                                                                                                      <  2:2598615‑M1/7‑1 (MQ=255)
 gtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggt                                                                                                     >  2:3084440‑M1/94‑101 (MQ=255)
        cggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtcc                                                                                              <  1:2546517‑M1/15‑1 (MQ=255)
         ggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccg                                                                                             <  1:3251374‑M1/16‑1 (MQ=255)
         ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccg                                                                                             <  2:409696‑M1/16‑1 (MQ=255)
          gtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgt                                                                                            <  1:1052056‑M1/17‑1 (MQ=255)
            cGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgg                                                                                          <  2:1068697/101‑1 (MQ=255)
                  cgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtggggtcgg                                                                                    <  1:635772‑M1/25‑1 (MQ=255)
                    tcggatcggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                                                  <  1:130866‑M1/27‑1 (MQ=255)
                      ggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgg                                                                                <  2:597445‑M1/29‑1 (MQ=255)
                       ggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggg                                                                               <  1:3404827‑M1/30‑1 (MQ=255)
                        atcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgagggatcgggcgggg                                                                              <  2:926618‑M1/31‑2 (MQ=255)
                           ggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggcccg                                                                           <  1:3507192‑M1/34‑1 (MQ=255)
                           ggTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccg                                                                           >  2:1388500/1‑101 (MQ=255)
                              cggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgg                                                                        >  1:1913944‑M1/65‑101 (MQ=255)
                                  tccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatc                                                                    >  1:3453115‑M1/61‑101 (MQ=255)
                                  gcggtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtc                                                                    >  1:2395865‑M1/61‑98 (MQ=255)
                                   tggtCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGCTCGgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                   >  1:3182088/1‑101 (MQ=255)
                                   ccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                   <  1:4130607‑M1/42‑1 (MQ=255)
                                   ccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatgg                                                                   <  2:4213265‑M1/42‑3 (MQ=255)
                                     gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggt                                                                 <  1:4220500‑M1/44‑1 (MQ=255)
                                     gtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggt                                                                 <  2:36711‑M1/44‑1 (MQ=255)
                                      tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtc                                                                >  1:955828‑M1/57‑101 (MQ=255)
                                      tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                                >  1:468506‑M1/57‑101 (MQ=255)
                                       gggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgggcg                                                               <  1:259906‑M1/46‑4 (MQ=255)
                                       gggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                                               <  2:1173274‑M1/46‑1 (MQ=255)
                                        ggagcggtcgggtccgtgggatcggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgg                                                              >  1:2895052‑M1/55‑101 (MQ=255)
                                          gtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGAt                                                            >  2:812104‑M1/53‑101 (MQ=255)
                                           tcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtggggtcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtc                                                           >  1:1851908‑M1/52‑98 (MQ=255)
                                            gggtcgggtccgtgggatcgggcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                          >  2:1244677‑M1/51‑101 (MQ=255)
                                               ccGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATACGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                                                       <  1:3628306/101‑1 (MQ=255)
                                                cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                                      <  1:2846248‑M1/55‑1 (MQ=255)
                                                cGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgg                                                      >  2:2450178/1‑101 (MQ=255)
                                                 gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTggg                                                     >  1:2661015‑M1/46‑101 (MQ=255)
                                                 ggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                     <  1:4042555‑M1/56‑1 (MQ=255)
                                                  ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGa                                                    <  1:1005158‑M1/57‑1 (MQ=255)
                                                  ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtgggg                                                    <  1:3051895‑M1/57‑2 (MQ=255)
                                                  ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGtgggg                                                    <  1:3564183‑M1/57‑2 (MQ=255)
                                                    tccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                  >  2:2648254‑M1/43‑101 (MQ=255)
                                                     ccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                 >  1:1594021‑M1/42‑101 (MQ=255)
                                                      cgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcgg                                                <  1:1777061‑M1/61‑1 (MQ=255)
                                                        tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                              >  2:3140854‑M1/39‑101 (MQ=255)
                                                        gcTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgggc                                              >  2:3002182/1‑99 (MQ=255)
                                                         cggatcggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                             >  1:790612‑M1/38‑101 (MQ=255)
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                                                                      tccgtggtatcggtcgggtccgtgGGAGCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                >  2:3767083‑M1/25‑101 (MQ=255)
                                                                       ccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                               >  1:2733267‑M1/24‑101 (MQ=255)
                                                                        ggtccggtGCGTTGGGTCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGtccg                              <  2:3357680/94‑3 (MQ=11)
                                                                        ggTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGtccg                              >  2:2213199/2‑99 (MQ=11)
                                                                        cgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGtcgg                              <  2:290866‑M1/79‑1 (MQ=255)
                                                                         gtgggatcggtcgggtccgttGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                             >  2:1843887‑M1/22‑101 (MQ=255)
                                                                         gTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                             >  1:1434621/1‑101 (MQ=255)
                                                                               tGCGTGGGCTCCGTCGGATCGGTCGGGGCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATc                       <  2:2519909/101‑1 (MQ=255)
                                                                                gCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATcc                      <  2:3257619/101‑1 (MQ=255)
                                                                                cggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc                      <  2:3617721‑M1/87‑1 (MQ=255)
                                                                                 ggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                     <  1:3939910‑M1/88‑1 (MQ=255)
                                                                                  gtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGatcctg                    <  2:1922922‑M1/89‑3 (MQ=255)
                                                                                  gTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCGGGCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGt                    >  1:3322286/1‑101 (MQ=255)
                                                                                   tGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATTGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTg                   <  1:3752227/101‑1 (MQ=11)
                                                                                   tGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                   <  2:3457453/101‑1 (MQ=255)
                                                                                     gggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                 <  1:574884‑M1/92‑1 (MQ=255)
                                                                                     ggatccggcggGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTcgg                 <  2:1482662/93‑1 (MQ=11)
                                                                                      gggaggtgggATCGGTCGGGACCGTGGGATGGGTCGGGTCCGTGGGCGCGGTCGGGTCCCTGGGAACGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                <  1:2774189/97‑1 (MQ=11)
                                                                                       gtcggtgggATCCGTCCGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAt               <  2:2757341/100‑1 (MQ=11)
                                                                                       gtccgtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAt               >  1:1140137/5‑101 (MQ=11)
                                                                                         cggtgggGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGAtcg             <  2:1768664/101‑1 (MQ=14)
                                                                                         ccgggggctcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg             <  1:896068/93‑1 (MQ=11)
                                                                                          cgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGAtccgtgggggccg            <  1:1522642‑M1/97‑6 (MQ=255)
                                                                                          cgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg            >  2:2273619‑M1/5‑101 (MQ=255)
                                                                                           gtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt           <  2:738258‑M1/98‑1 (MQ=255)
                                                                                           gtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt           <  2:520681‑M1/98‑1 (MQ=255)
                                                                                           gtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt           >  1:2053915/1‑101 (MQ=255)
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                                                                                                    gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCGGTGGGGTCCGTCGGATCCGt  >  2:2346185/1‑101 (MQ=11)
                                                                                                    |                                                                                                    
GGTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGT  >  NC_014034/221862‑222062

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG