New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_014034 221986 =819 (4.770)55 (0.320) 13/162 20.2 0.08 coding (671/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
?NC_014034 = 222074 443 (2.090)coding (583/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
Rejected: Position hash score below cutoff.

Only 100 of 666 total aligned reads displayed.

TGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGACCGCTGTCGCCGCCGCCGGACAGACCC  >  NC_014034/221972‑222174
                                                                                                      |                                                                                                    
  ggatcggtgggtgccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                                                                                      <  2:950680/101‑1 (MQ=11)
  ggatcggtgggatccggcgggtcggtgggATCCGTGGGATCGGTGGGGCCCGTGGGATCGGTCGGGTCCCCGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGAtcggtcgg                                                                                                      <  1:3763214/101‑1 (MQ=14)
  ggagcggtcgggtccgggggatcggtcggATCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                                                                                      <  1:933833/101‑1 (MQ=11)
  ggagcgggggggtgcgtgggagcgggcggATCCTTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                                                                                      <  1:421225/92‑1 (MQ=11)
   gatcggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTG.........GGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcggg                                                                                            >  1:2714035/1‑101 (MQ=11)
    atcggtcgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTTGGATCGGTCGGGCACGTGGGGTCAgtcgggt                                                                                                    >  1:3190876/1‑101 (MQ=11)
     tcggtcgggtgcgtgggatcggtctgATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGgtcggatc                                                                                                   <  2:1156622/101‑1 (MQ=11)
     tcggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtc                                                                                                   <  1:2555535/101‑1 (MQ=255)
      cggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGAGCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGTTCAgtctggtgg                                                                                                  >  2:1448711/1‑99 (MQ=11)
      cggtcgggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGgtcgggtcc                                                                                                  >  2:2349333/1‑101 (MQ=11)
       ggtcgggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGGCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccg                                                                                                 >  2:4073340/1‑101 (MQ=11)
        gtcgggtccggcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgt                                                                                                <  1:2302692/101‑1 (MQ=11)
        gtcggatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccgt                                                                                                >  1:596753/1‑101 (MQ=11)
         tcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtc                                                                                               >  2:3021084/1‑101 (MQ=255)
         tcggatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccgtc                                                                                               <  1:3978729/101‑1 (MQ=11)
          cggatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccgtcg                                                                                              <  2:1105012/101‑1 (MQ=11)
           ggtgtcatgggataagccggATCCGTGGGTCCGCCCTGGTCCGTGGTTTGGGCCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGAGGGGTCCgtccgatccgtggg                                                                                             <  2:1886258/94‑1 (MQ=2)
           gggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgtggg                                                                                             >  1:3537476/1‑101 (MQ=11)
           ggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcgg                                                                                             >  1:2850568/4‑101 (MQ=255)
            gatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcgga                                                                                            >  2:1551810/3‑100 (MQ=255)
             gtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGCCCGTGGGATCGgtcgggcccgcgggac                                                                                           >  1:3381057/1‑95 (MQ=11)
              tccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgtcggatc                                                                                          <  1:2934253/101‑1 (MQ=11)
              tccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccgtcgggtc                                                                                          >  1:1464933/1‑101 (MQ=14)
                cgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGtcgggtccgtggggtccg                                                                                        >  2:2831268/1‑101 (MQ=14)
                cgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCGGTGGGATCGggcgggtccgtgggaccgg                                                                                        >  2:430601/1‑96 (MQ=11)
                 gtgggatcggtcggATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTcgggtccgtcggatccgt                                                                                       >  2:3867369/1‑101 (MQ=11)
                  tggggtcggtcggGTCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTcgggtccgtggggtccgtc                                                                                      <  1:4023238/101‑2 (MQ=11)
                    gggtccgtcggATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTggg                                                                                    >  1:1233736/7‑101 (MQ=11)
                     ggtccgtgggATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGa                                                                                   >  2:3493885/9‑101 (MQ=11)
                     ggtccgtcggATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGGGGGGTCGGGGGGa                                                                                   >  2:4022978/6‑101 (MQ=11)
                      gtccgtgggATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAt                                                                                  >  1:645994/8‑101 (MQ=14)
                      gtccgtcggATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGAt                                                                                  >  1:1071470/5‑101 (MQ=11)
                       tggggcggGTCCGGAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                                                 <  2:1054585/96‑1 (MQ=14)
                        gtgccgtctCCGTGGTCCCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAtcc                                                                                <  2:2913413/93‑2 (MQ=11)
                        cggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                                                <  1:1767034/101‑1 (MQ=14)
                        ccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAtcc                                                                                >  1:2144037/3‑100 (MQ=11)
                        ccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGCCCGTGGGGTCCGTCGGAtcc                                                                                >  2:3956649/3‑100 (MQ=11)
                         ggtgtgctCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGAtccg                                                                               <  1:1010002/94‑3 (MQ=11)
                         ggtcggATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGTGCCGtagggtccgtcgggtccgggagggccc                                                                               >  1:1188836/1‑92 (MQ=2)
                         ggtcggATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTgggggccg                                                                               >  2:1316116/1‑96 (MQ=11)
                         cgtgggATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                                                                               >  1:535998/5‑101 (MQ=14)
                          gtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGGtccgt                                                                              >  2:1626917/1‑101 (MQ=11)
                          gtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGAtccgt                                                                              >  1:3832867/1‑101 (MQ=11)
                           tcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGGGCCGTCGGGTCGGTGGGAtcggtg                                                                             >  2:382816/1‑100 (MQ=14)
                            cggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGAtccgtgg                                                                            >  1:1314036/1‑99 (MQ=11)
                             gggtCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                                                           >  2:725607/4‑101 (MQ=11)
                             ggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAtccgtggg                                                                           >  1:2428650/1‑101 (MQ=11)
                              gATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGGgccgtcggg                                                                          >  2:88704/1‑100 (MQ=11)
                                tCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTGGGAtcgcggggatc                                                                        >  2:2016302/1‑93 (MQ=14)
                                   gtaggATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGGCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                                     >  1:2896976/4‑101 (MQ=14)
                                     aggATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATTGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCGGTgg                                                                   >  2:3386458/2‑101 (MQ=14)
                                     aggATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtcg                                                                   <  2:659347/100‑3 (MQ=14)
                                     aggATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtcg                                                                   >  1:330519/2‑99 (MQ=14)
                                     aggATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGCCCGTgg                                                                   >  1:3917411/2‑101 (MQ=14)
                                      ggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGCCGGGTCCGTggg                                                                  >  2:1963848/1‑101 (MQ=14)
                                      ggATCGGTCGGGGCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                                                  <  1:140812/101‑1 (MQ=255)
                                      ggATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                                                  <  2:2193470/101‑1 (MQ=255)
                                       gATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCCTGGGa                                                                 >  2:2430068/1‑101 (MQ=17)
                                        gtcggtgggGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAt                                                                <  2:791553/100‑1 (MQ=14)
                                        aTCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                                >  2:1259010/1‑101 (MQ=255)
                                           ggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcgg                                                             >  2:3285280/1‑101 (MQ=14)
                                           ggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcgg                                                             >  1:2478129/1‑101 (MQ=14)
                                           ggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGGCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGCGGAgcgg                                                             >  2:629527/1‑101 (MQ=14)
                                           cgtcggTTCCGTCGGATCCGTCGGATCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                                                             <  2:2271518/100‑1 (MQ=14)
                                            gtggggTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGCGGGAtcggt                                                            >  1:414267/4‑101 (MQ=255)
                                             tggggTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTCGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                           <  2:3694365/99‑1 (MQ=17)
                                             tggggTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                           >  2:2119791/3‑101 (MQ=255)
                                              ggggTCCGTGGGATGGGTCGTGCCCGTGGGACCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                          <  2:2871706/100‑1 (MQ=18)
                                              cggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGCAGGAtcggcgg                                                          >  1:1878228/1‑98 (MQ=17)
                                               gggTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                                         <  1:1532205/101‑1 (MQ=17)
                                                ggTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCggg                                                        >  2:2630095/1‑101 (MQ=255)
                                                   ccGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGTGGGATCCGTGGGAGCGGTCGGGTCCGGGGGATCGGGCGGGTcg                                                     >  2:1699995/1‑100 (MQ=14)
                                                   ccGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTcc                                                     <  2:570414/101‑1 (MQ=17)
                                                    cGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                                    >  2:2752635/1‑101 (MQ=255)
                                                     gtcggATCGGTCGGATGCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGt                                                   >  1:3699512/4‑101 (MQ=14)
                                                     gTGGGATCGGGTGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                   <  1:3481990/101‑1 (MQ=17)
                                                      tgggtgcggtcgcATCCGTGGGGTCGGTCGCGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGta                                                  <  2:1530337/95‑2 (MQ=17)
                                                         gATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGGTCGGTAGGGTCCGTGGGTTCGGGCGGGTCCGtagcg                                               >  2:3643791/1‑97 (MQ=11)
                                                          aTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTgggat                                              <  1:1957878/101‑3 (MQ=14)
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                                                                                                      |                                                                                                    
TGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGACCGCTGTCGCCGCCGCCGGACAGACCC  >  NC_014034/221972‑222174

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG