New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_014034 222019 =1051 (5.060)62 (0.300) 7/196 27.6 0.05 coding (638/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
?NC_014034 = 222027 1092 (5.150)coding (630/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
Rejected: Position hash score below cutoff.

Only 100 of 1872 total aligned reads displayed.

CGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGG  >  NC_014034/221927‑222127
                                                                                                    |                                                                                                    
  ggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                                                                                    >  2:130842‑M1/28‑101 (MQ=255)
  gTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                                                                    >  1:2962715/1‑101 (MQ=255)
     tccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                                                                 >  1:189487‑M1/25‑101 (MQ=255)
     ggCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                                                                 >  1:4196785/1‑101 (MQ=255)
      ccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                                                                <  2:2718021‑M1/78‑1 (MQ=255)
       cgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCTGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                                                                                               >  2:635695‑M1/23‑101 (MQ=255)
        gtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                                                              <  1:564177‑M1/80‑1 (MQ=255)
        gtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                                                              <  1:4025297‑M1/80‑1 (MQ=255)
          gggatcggtcgggtccgtcGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                                                                            >  1:2140335‑M1/20‑101 (MQ=255)
              tcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATc                                                                                        >  1:3959863‑M1/16‑101 (MQ=255)
              tccgtggagccgggcggGTCCGCCGGGTGCGTGGGGTGCGTCGGGTCCCTGGGATCGGTCGGGTCCGTCCTATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                                                        <  1:3765108/91‑1 (MQ=2)
                  tGGGATCGGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGtc                                                                                    <  2:3157492/101‑2 (MQ=11)
                    ggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGCCGGGGCCGCGGGATCGGTGGGAGCCGTggg                                                                                  >  2:400282/10‑101 (MQ=11)
                    ggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgcgGGGTCCGTCGGATCCGTGTGATTGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                                                                  >  1:3621645/10‑101 (MQ=11)
                     gatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                                                                 <  2:4080602‑M1/93‑1 (MQ=255)
                      gtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                                                >  2:583376‑M1/8‑101 (MQ=255)
                      cTCGGTCGGATCGGTCGGGGCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                                                <  2:1077881/101‑1 (MQ=255)
                       tccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                                               >  2:101109‑M1/7‑101 (MQ=255)
                        ccgtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGAacg                                                                              >  2:2565599/3‑101 (MQ=11)
                         ctttggctcggtcgggtccgtgtgatcggtcggatccttgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcgg                                                                             <  2:3929308/94‑1 (MQ=11)
                          gtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGACCGTGGGCtcggt                                                                            >  1:1682077/1‑101 (MQ=11)
                           tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCGGTGGGATCGGTGGGATCGGTGGGGtcgggg                                                                           >  2:681766/3‑99 (MQ=14)
                           tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGACCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGACGGCTCCGTGGGATCGGCCGGAGCCGTggcggcgtcc                                                                           >  1:675750/3‑93 (MQ=11)
                           tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGAGtcggtg                                                                           >  2:1358978/3‑100 (MQ=11)
                            gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGCCCGTggggcccgtcg                                                                          >  1:3831944/2‑93 (MQ=11)
                            gGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCggatccgtggggtccgtgg                                                                          <  1:319549‑M1/100‑9 (MQ=255)
                            cggATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgggcg                                                                          >  2:2479920/1‑101 (MQ=11)
                             gggtcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggaTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGtccgtcgg                                                                         <  2:776309/98‑1 (MQ=11)
                             ggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGGtcggtcgg                                                                         >  1:1069037/1‑101 (MQ=11)
                             ggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                                                         >  1:3484173/1‑101 (MQ=11)
                              ggtcgggcgggtccgtggggtcggtcgggtccgtgggaTCGGGCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgga                                                                        <  1:1979503/99‑2 (MQ=11)
                              ggtccgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCggg                                                                        <  1:629591/96‑1 (MQ=14)
                              gatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGGCGGAGCCGTGGGGTCGGGCCGGTCCGTGGGAACGGGCggg                                                                        >  2:1551034/1‑101 (MQ=11)
                                tccgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                                      <  1:2327748/98‑1 (MQ=14)
                                 cggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcg                                                                     >  2:2915671/1‑100 (MQ=11)
                                  ggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                                                    <  2:2121024/101‑1 (MQ=11)
                                  ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtcCGTCGGATCCGTGGGATCGGCCGCATCCGGGGGATCGGCCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                                                    >  1:787496/1‑101 (MQ=11)
                                  ggtcggggccgtgggatcggtcgggtccgtggggtcCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCCGATCCGTGGGATGGGTCTGATCCGCGGCATCGGTCTGGTcgg                                                                    >  2:497929/1‑99 (MQ=14)
                                  ggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                                    <  1:2598806/101‑1 (MQ=11)
                                    tctggtccgtgggatcgggcgggtccgtgggatcggtcgGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtg                                                                  <  2:3249619/98‑2 (MQ=11)
                                    tcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                                                                  >  1:1833683‑M2/1‑100 (MQ=255)
                                    tcggggccgggggatcggtcgggtccgtcggatcggTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGtg                                                                  <  1:2540546/101‑2 (MQ=11)
                                     cgggtccgtgggatgggtgggctgcgtggggtcggtCGGCTCCGTGGGGTCGGTCCGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtgg                                                                 <  2:3628858/101‑3 (MQ=11)
                                      ggatccgtggggtccgtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGGGGGTACGGCGGAGCGGTCGGGGCCGTGgg                                                                >  2:2395689/4‑101 (MQ=2)
                                      ggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                                <  2:868614‑M2/101‑4 (MQ=255)
                                       ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTgggg                                                               <  2:3782412‑M2/101‑5 (MQ=255)
                                       ggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgGGTCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGCCGGGTCCgcggga                                                               >  2:341558/1‑96 (MQ=11)
                                       ggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggga                                                               <  1:144958‑M2/101‑5 (MQ=255)
                                        gtccgtgggatcggtcgggtccgtgggagcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                              <  1:409747/101‑1 (MQ=14)
                                         tccgtgggatcggtcggatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtc                                                             >  1:950765/1‑101 (MQ=11)
                                           cgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg                                                           >  2:1168435/1‑101 (MQ=11)
                                             tggggtccgtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtc                                                         >  1:2390415‑M2/1‑91 (MQ=255)
                                                gatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggggtcggtcggg                                                      <  2:3481620‑M2/101‑14 (MQ=255)
                                                gatcggtcggatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGCCCGTTGGACCCgtgggg                                                      >  1:1298416/1‑101 (MQ=11)
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                                                  tcggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtc                                                    >  1:1339040‑M2/1‑86 (MQ=255)
                                                      tcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtg                                                <  2:1467710‑M2/101‑20 (MQ=255)
                                                       cgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGCgggatcggtcgggtcggtgg                                               <  2:3856574‑M2/101‑21 (MQ=255)
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                                                       cggatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCCgggggggccgtcg                                               >  2:2040578/1‑101 (MQ=11)
                                                        gggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccggggg                                              >  1:1599752/1‑97 (MQ=11)
                                                        ggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcgg                                              <  2:1726255/98‑1 (MQ=255)
                                                        ggatccgtgggatcggtcggATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGgtcgggtccgtcgg                                              >  1:1136406/4‑101 (MQ=11)
                                                          gtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtggggt                                            <  1:2905079‑M2/101‑24 (MQ=255)
                                                            ccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGgtcgggtccgtggggtcc                                          >  2:2209809/1‑101 (MQ=11)
                                                               tgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTcgggtccgtcggatcggtc                                       >  2:1957752/1‑100 (MQ=11)
                                                                gggatgggtcggATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTgg                                      <  2:2332464/101‑1 (MQ=11)
                                                                gggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgggatcggtcggatccgtggggtcggtcg                                      <  1:2055721‑M2/101‑30 (MQ=255)
                                                                  gatcggtcggATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTgggg                                    >  1:1219421/1‑100 (MQ=11)
                                                                   atcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggt                                   <  1:3123119‑M2/101‑33 (MQ=255)
                                                                    tcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTGGGAtc                                  <  1:1763848/101‑1 (MQ=11)
                                                                    tcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtc                                  <  2:3073448/101‑1 (MQ=14)
                                                                      ggtgggATCCGTGGGATCGGCCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGAtccg                                <  2:4208227/101‑3 (MQ=11)
                                                                       gtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgt                               >  1:2757070‑M2/1‑65 (MQ=255)
                                                                        tccggtCCGTGGGATCTGTCGGGTCCGTGGGGTCTGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGAtcggtc                              <  2:2808390/96‑1 (MQ=11)
                                                                            aTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggat                          <  1:3419573‑M2/101‑42 (MQ=255)
                                                                             tCCGTGGGGTCCGTCGGGGCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATc                         <  2:1233640/101‑1 (MQ=11)
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                                                                                                 cGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcgg     <  1:2266379‑M2/101‑63 (MQ=255)
                                                                                                   tGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtc   <  1:3357925‑M2/101‑65 (MQ=255)
                                                                                                    |                                                                                                    
CGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGG  >  NC_014034/221927‑222127

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG